这样，解放军在西藏全区完全控制了城镇和交通干线，进驻了大部分边防要点，基本构成了“关门平叛”和对腹心地区集股叛乱武装分割的态势。1960年乃集中主要力量对腹心地区几大股叛乱武装发起进剿。从2月底开始，首先对思达、丁青、嘉黎、倾多地区和申扎、萨噶、定日地区的叛乱武装发起进剿之后，又组织了对盘踞在温泉、黑河、巴青地区、昌都东南地区及阿里、宁静、三岩地区的叛乱武装的进剿，先后经过六次较大的进剿战斗，全歼了叛乱武装主力，歼灭了美帝国主义派遣的（通过空降）藏籍特务，缴获了大批空投的武器弹药、电台，彻底粉碎了美帝国主义妄图在西藏建立“游击根据地”的美梦。在大股叛乱武装被歼以后，漏歼的少数叛乱骨干分子则分散逃至荒山僻野，四处逃窜。1960年下半年即转入清剿。至1961年底，在西藏全区范围内基本上肃清了公开活动的武装叛乱分子，大部分地区实现了“净化”。1962年上半年，人民解放军进驻墨脱地区，歼灭了最后一股叛乱武装。至此，平叛战争胜利结束。西藏反动集团的叛乱，以彻底失败而告终。
为什么在全国其他地区的广大人民以极高的热情投入经济建设的时候，西藏地区却发生大规模武装叛乱呢？这里面有多方面复杂的原因，首先在于帝国主义与蒋介石集团妄图借新中国立足未稳的时候，发动少数人挑起内战，想以此为颠覆新中国。另一方面的原因在于西藏内部少数人企图分裂祖国，破坏和平，要“脱离汉人的统治”，不想融入祖国大家庭之中。想借叛乱之机赶走中央政府派往西藏的党员干部和解放军。
这次武装叛乱是内外反动派和敌对分子蓄谋已久的。在中央人民政府和西藏地方政府关于和平解放西藏办法的协议签订之后不久，以西藏地方政府两个司曹鲁康娃·泽旺晓登、本珠仓·洛桑扎西为首的分裂主义分子就在拉萨支持一些人以“人民会议”的名义出面，反对协议，要求人民解放军撤出西藏，西藏“独立”。这些人到处滋事，在大街上唾骂人民解放军和地方工作人员，包围中央人民政府驻藏代表张经武驻地和中共西藏工委机关，枪击西藏地方政府噶伦、西藏军区第一司令员阿沛·阿旺晋美的住宅。他们阻止西藏地方政府和西藏上层人士卖粮给进藏人员，妄图乘解放军补给困难之机，把解放军饿跑。尤为甚者，他们向拉萨调集藏军，阴谋发动武装叛乱，把解放军赶走。在此紧急情况下，中央人民政府驻藏代表张经武根据党中央、毛泽东的指示，在作了相应的防卫准备之后，从维护祖国统一、民族团结大局出发，三次致函达赖喇嘛，并冒被扣留之险，亲自前往布达拉宫面见达赖，列举大量事实，揭露、指责少数分裂主义分子和伪人民会议分子勾结帝国主义和外国反动派破坏协议、破坏民族团结、分裂祖国的罪行，敦促达赖喇嘛责成噶厦立即采取有效措施，制止他们的非法活动。
在中央人民政府代表的严正要求和伪人民会议分子破坏协议、破坏团结、勾结帝国主义和外国反动派进行分裂祖国的大量事实面前，西藏地方政府不得不宣布“人民会议”为非法，明令予以取缔。达赖也宣布撤消鲁康娃、洛桑扎西两个的司曹职务。但后来，伪人民会议名亡实存，一直得到西藏地方政府或明或暗的支持，鲁康娃和洛桑扎西也受到保护和优待，他们继续进行着破坏协议、分裂祖国、反对西藏人民的活动。
1955年夏天，他们支持的伪人民会议分子又蠢蠢欲动起来，当达赖等人从北京开完全国人大会议返回西藏时，阿乐群则等人为人民会议的代表人物到康定、雅安迎接，并上书达赖要求恢复“人民会议”的名誉，撤消对两司曹的处分。他们在理塘召集反动头人20余人聚会，确定：在西康区采取“武”的一手，组织武装“起义”；在拉萨采取“文”的一手，同共产党搞政治斗争，争取以和平的方式使西藏“独立”，两手配合，互相支持。他们派人常驻康定，利用邮电局电台，通过暗语与康区反动头人保持联络，进行指挥。接着，西藏地方政府首席噶伦索康·旺清格来和达赖的副经师赤江·洛桑益西在随达赖返藏途中，在康定新都桥分南、北两路，沿途进行破坏团结、策划叛乱的阴谋活动。他们对被接见的土司、头人、上层喇嘛、活佛说：“你们内部要好好团结，世界上共产党和资本主义国家有很多矛盾，我们要依靠资本主义国家。我们要想尽一切办法拖延和阻挠民主改革，阻挠不成就组织武装起义。要起义必须与外国取得联系，才能达到西藏独立的目的。”并要求他们今后多联系，如有困难，西藏噶厦可给予帮助。
1958年1月，玉树扎或百户仁庆才仁从西藏给扎西才旺多吉、索昂则莫等人去信说：“达赖指示不要走合作化道路。政府一定要你们走，你们就组织人马打。赶走共产党，才能宗教信仰自由，才能保住百户及活佛的地位。你们不要怕共产党，我们支持你们打共产党。我们后面有印度、美国支持。你们打不过，来西藏。”接到信后，扎西才旺多吉、索昂则莫、蔡作祯、白马丹增等4人当即密定，攻打政府，占领县城，并确定了攻打各县的指挥人员，拟定了“赶走共产党，成立新政府”的人选。
大量的证据证明，康、青等藏族聚居地区的武装叛乱是西藏上层集团中少数分裂主义分子一手策动的。策动邻区藏族地区的武装叛乱是他们在西藏发动全区武装叛乱、妄图实现“大西藏国”而采取的重大步骤。
少数分裂分子策动的武装叛乱是与广大劳动人民的意愿相悖的，他们与中国共产党作对，是不会取得成功的。西藏叛乱的迅速平定，首先是因为西藏的广大人民群众是爱国的，他们拥护中央人民政府，热爱人民解放军，反对帝国主义和叛国分子。西藏（包括昌都、前藏、后藏）共有人口120万人，而叛匪则有2万人左右。其中多数是因为被欺骗要挟而参加的，并且还包括一部分由金沙江以东原西康地区逃跑过去的叛乱分子，即所谓康巴人。西藏人民绝大多数是极端贫苦的农民和牧民。他们迫切地希望从黑暗的封建农奴制下解放出来；西藏上层也有许多爱国进步人士，他们拥护中央政府，反对叛乱，并且主张民主地改革不合理的社会制度，使西藏逐步地变成一个文明进步的地方。西藏绝大多数人民反对叛乱分子进行分裂祖国的叛变活动。少数分裂分子发动的叛变活动激起了百万农奴极大的愤怒。他们为了维护祖国的统一，为了自身的解放，与人民解放军一起，前赴后继，同叛乱武装进行了刀对刀、枪对枪的特殊斗争。三年平叛斗争中西藏民工随军支前15800余人次，出动牦牛（骡马）。104400余头（匹）次，在斗争中创造了许多可歌可泣的感人事迹。其次是，中央人民政府采取了正确平定西藏的政策，即首恶必办，胁从不问，主动受奖，广泛团结一切没有参加叛乱的藏族同胞，负责保护西藏农牧工商政教各界人民的生命财产，尊重人民的风俗习惯和宗教信仰，保护喇嘛寺庙和文物古迹，维护群众利益和社会秩序，对于俘获和一切放下武器的人，一律不许报复、伤害和侮辱等。
平定西藏上层反动集团叛乱的胜利，粉碎了西藏上层反动集团分子分裂祖国使西藏倒退的梦想，挫败了帝国主义者和外国扩张主义妄图搞西藏独立的阴谋，维护了祖国的统一和民族的团结，巩固了我国的，西南边防；扫除了西藏民主改革的障碍，西藏世代受压迫的百万农奴也获得了新生。正像新华社1959年3月28日关于西藏叛乱事件的公报中所说：“帝国主义分子和西藏反动势力把西藏的形势完全估计错了。同他们的愿望相反，他们在西藏发动的叛乱不是造成了祖国的分裂和西藏的倒退，而是促进了祖国统一的巩固，促进了西藏反动势力的灭亡，促进了西藏的民主化和西藏人民的新生。”