經云。我說藥師名號本願功德。為拔業障所纏有情。故今依經。修滅障法。先念一切業障所纏。皆由宿因。過去今生。與諸有情。何惡不造。罪累既積。世世相逢。為冤為親。為纏為障。若不懺悔。無由解脫。道法不成。故須披誠。哀求三寶。為我滅除。法華三昧云。業性雖空。果報不失。顛倒因緣。起諸重罪。流淚悲泣。口宣懺悔。
（應心念言。我及眾生。無始常為三業六根重罪所障。不見諸佛。不知出要。但順生死。不知妙理。我今雖知。猶與眾生。同為一切重罪所障。今對藥師十方佛前。普為眾生。歸命懺悔。唯願加護。令障消滅。念已唱云）。
普為四恩三有法界眾生。悉願斷除三障。歸命懺悔。
（唱已。五輪著地。心復念言。我與眾生。無始來今。由愛見故。內計我人。外加惡友。不隨喜他一毫之善。唯徧三業。廣造眾罪。事雖不廣。惡心徧布。晝夜相續。無有間斷。覆諱過失。不欲人知。不畏惡道。無慚無愧。撥無因果。故于今日。深信因果。生重慚愧。生大怖畏。發露懺悔。斷相續心。發菩提心。斷惡修善。勤策三業。翻昔重過。隨喜凡聖一毫之善。念十方佛。有大福慧。能救拔我。及諸眾生。從二死海。置三德岸。從無始來。不知諸法本性空寂。廣造眾惡。今知空寂。為求菩提。為眾生故。廣修諸善。徧斷眾惡。唯願藥師。慈悲攝受。想訖。唱云）。
至心懺悔。（比丘）某甲。等與法界。一切眾生。現前一心。圓滿清淨。光明廣大。功德巍巍。安住諸佛。甚深行處。具足無量。善巧方便。無始不覺。行願力微。不識善惡。惟懷貪恡。不知布施。及施果報。愚癡無智。缺于信根。嗔恚嫉妬。自讚毀他。破壞尸羅。及以軌則。毀背正見。忽棄多聞。契經深義。不能解了。生增上慢。覆蔽厥心。自是非他。嫌謗正法。甘為魔黨。自行邪見。令諸有情。墮大險坑。好喜乖離。更相鬥訟。以身語意。造作增長。種種惡業。展轉常為。不饒益事。如是等罪。無量無邊。從此命終。應於地獄傍生鬼趣。流轉無窮。受諸劇苦。受劇苦已。從彼命終。來作人間。牛馬駝驢。恒被鞭撻。饑渴逼惱。又常負重。隨路而行。或得為人。生居下賤。受他驅役。恒不自在。種種惡纏。障子道法。不得熏修。由昔曾聞藥師瑠璃光如來名號。今復憶念。至心歸依。燒香散華。稽顙運想。歸向。
東土願王。藥師教主。誦持正法寶藏。大陀羅尼。從佛發願。成就菩提。與諸眾生。發露眾罪。唯願。
藥師瑠璃光世尊。放大光明。慈悲護念。乃至夢中。亦以佛名。覺悟其耳。令我與法界眾生。以佛神力。開發本明。願行莊嚴。隨念具足。得宿命念。畏惡趣苦。不樂欲樂。好行惠施。正見精進。善調意樂。受持學處。無有毀犯。解甚深義。離增上慢。不謗正法。不為魔伴。諸根聰利。智慧多聞。常遇善友。永斷魔罥。破無明[穀-禾+卵]。竭煩惱河。解脫一切。生老病死。一切嫌恨。皆起慈心。不相侵凌。互為饒益。至命終時。有八菩薩。乘神通來。隨方示道。淨瑠璃國。蓮華化生。日光月光。同會一處。常得見佛。聞妙法門。具諸總持。入不退地。然後迴生天上。及與人間。而本善根。無有窮盡。十善統攝。威德自在。安立無量。百千有情。漸次修行。諸菩薩行。乃至證得。無上菩提。究竟同圓。微妙上願。
懺悔發願已。歸命禮三寶。（一拜）