經云。如來行菩薩道時。發十二微妙上願。令諸有情。所求皆得。是即如來甚深行處也。夫諸有情。即二十五有眾生。是諸眾生。多苦少樂。離苦獲樂。是其所求。菩薩起大慈悲平等之心。為之拔一切苦。與一切樂。乃其願也。無緣與拔。故稱微妙。其願一一皆云願我得菩提時者。我以自在為義。此我。雖菩薩自誓。亦即二十五有我性。願即我性力用。涅槃云。王三昧力。破二十五有。顯二十五有我性。我性即實性。實性即佛性。佛性顯時。得八自在我。葢自性起願。還願自性。願得自性成。性成無上道。故二十五有眾生。苦拔樂與。得所求時。即是菩薩願滿。得阿耨菩提時也。如來遊於如是法性。過諸菩薩所行。故曰甚深所行處也。又我所行處既爾。常樂淨處亦然。普賢觀云。常波羅蜜所攝成處。我波羅蜜所安立處。樂波羅蜜離身心相處。淨波羅蜜滅有相處。是知八在圓成。故稱破有法王。四德究竟。即號遮那性海。如是功德莊嚴。故曰微妙上願。然此十二願。即是四誓。依四諦立。四諦者。二示世間苦因果。二示出世樂因果。一切菩薩欲拔此苦。欲與此樂。故依之立四誓也。依苦諦立。云眾生無邊誓願度。依集諦立。云煩惱無數誓願斷。依道諦立。云法門無量誓願學。依滅諦立。云佛道無上誓願成。但今十二願。與樂在前。拔苦在後者。此是菩薩期心果體。為本修因。我得菩提方施與拔。又是菩薩拔苦心重。眾生苟獲樂已。焉有不拔苦耶。故初相好莊嚴。光明無量二願。依滅諦立成佛道願。次令得智慧。安立大乘。具三聚戒三願。依道諦立學法門願也。上是出世因果。次完具諸根。豐贍貧窮。具丈夫相三願。與第十脫惡對。十一免饑渴。十二解寒熱三願。是依苦諦立度眾生願。第九出魔網見林一願。是依集諦立斷煩惱願也。此示世間因果。其斷集一願者。惑雖無量。見思攝盡。外道著見。魔羅躭思。魔外出已。無餘事矣。若斷苦須六願者。世間現見苦境甚多。愽地滋蔓。忍堪苦苦。故須六願專對。庶可根枝俱拔。前三根缺。貧窮。女人。苦勢延緩。而根深難拔。故菩薩至初僧祇滿。始離此障。是故先發。後三惡對。饑渴寒熱。苦情逼切。而枝淺易除。故人世稍知方向者。自無此事。是以後發。然淺深前後不同。皆集為之主。集苟能除。兩頭自盡。故以集願居其中也。應知後三。亦從前三開出。只因世道現多。人情偏苦。是故諸佛恕己。堯舜病諸。即如光中說呪。亦偏對治。其瘦瘧。黃熱。是此饑渴。寒熱。中蟲短命。是此惡對。雖以滅除一切苦惱為名。而其悲心所緣。若有私屬。故知藥治正投急證。師功實堪殿軍。前之九願。諦智已足。與拔殆周。乃重運悲增。取次開出。深知有所不容已也。又願不依狂。諦名為願。雖不出四。今以藥師善巧方便。開為十二。要使行者標心立行。前後顯了。先與性德之樂。後拔性德之苦。雖一一稱性無緣。而一一熾然與拔。觀生即滅。成自性佛道。觀愚即智學自性法門。觀苦即法身。度自性眾生。觀障即法界。斷自性煩惱。如是觀之。克始克終。體性融即。是故既稱微妙與上。復云無量廣大也。聲聞獨覺。及未登地菩薩。不能信解。願何由發。披肝相授。無心好樂。坐受彈斥。泣動大千。諒亦無所辭乎。既知此旨。當發是願。經云。於諸有情。起利益安樂慈悲喜捨平等之心。正教頻發是願也（首者白云）藥師瑠璃光如來。本行菩薩道時。發十二大願。令諸有情。所求皆得。我今從佛。亦如是發。
（願文稍詳。今纂成偈。既易憶持。又便誦發。齊聲唱云）。
願我來世得菩提 身光熾然照法界 相好莊嚴丈夫身 令諸有情無異我 願我來世得菩提 光明功德甚廣大 燄網莊嚴過日月 幽冥眾生悉開曉 願我來世得菩提 智慧方便無邊量 所受用物皆無盡 莫令眾生有乏少 願我來世得菩提 令諸邪行住正道 若行聲聞獨覺者 皆以大乘安立之 願我來世得菩提 無邊有情修梵行 皆令具足三聚戒 設有毀犯還清淨 願我來世得菩提 有情身劣根不具 聞我名已具諸根 端正黠慧無疾苦 願我來世得菩提 有情眾病貧窮苦 我之名號一經耳 身心安樂資具足 願我來世得菩提 女人百惡之所逼 極生厭離聞我名 即得轉成丈夫身 願我來世得菩提 令諸有情出魔罥 解脫外道之稠林 正見修習菩薩行 願我來世得菩提 有情王法所加苦 及餘菑難逼身心 以我威神皆解脫 願我來世得菩提 有情饑渴因造業 我先飲食飽其身 後以法味竟安樂 願我來世得菩提 有情無衣寒熱逼 專念我名得衣服 寶莊嚴具亦滿足
南無藥師瑠璃光如來（十二稱竟五輪著地）。
既發願已。誦陀羅尼。此陀羅尼。全體三德。法身般若解脫謂之三。皆有常樂我淨之謂德。法身者。即我本性。體自常真。般若者。亦是我性。妙明圓照。解脫者。性我自在。無礙清淨。良由性本圓融。是三即一。亦唯性圓融故。即一而三。除滅一切苦故。得大自在。願行巧方便故。獨露妙明。究竟深境界故。本真圓滿。是既顯說。已示思修。今又密談。重彰秘要。當知秘要。體任遮持。遮二邊惡。持中道善。離邊離中。天然有在。非三非一。法爾現前。然一實深處。本離言說。欲人思自得之。故但引而不發。行願功德。像季妙投。正當淨國成生。是以一經三復。滅除苦惱。深悲重障。要須定光說呪。爰將密地轉移。好色香藥。授與一丸。諸重大病。平復如本。方其定體放光。光中說呪。安置諸子秘密藏中。若乃本時立願。願成苦度。我亦不久自住其中矣。
（呪文。灌頂譯於經後。隋譯與奘師譯。俱略。葢行願功德。即顯說明呪。故名結願神呪。後人取淨師譯。入奘譯者。則經為合部。而行為顯密齊修。故持呪即是持經。且拔苦法門。密為尤要。依之良是。首者作白）。
藥師瑠璃光如來。得菩提時。由本願力。觀諸有情。遇眾病苦。瘦瘧乾消。黃熱等病。或被魘魅蠱道所中。或復短命。或時橫死。欲令是等病苦消除。所求願滿。時我世尊入三摩地。名曰除滅一切眾生苦惱。既入定已。於肉髻中出大光明。光中演說大陀羅尼。呪曰。
南無薄伽伐帝 [鞥-合+（白-日+田）]殺社窶嚕 薜瑠璃鉢喇婆曷囉闍也 咀他揭多也 阿囉喝帝 三藐三勃陀也 呾姪他唵 [鞥-合+（白-日+田）]殺逝[鞥-合+（白-日+田）]殺逝 [鞥-合+（白-日+田）]殺社三沒揭帝 莎訶（同執爐繞座。誦一百八徧竟。首者白）
爾時光中說此呪已。大地震動。放大光明。一切眾生病苦皆除。受安隱樂（一禮）。