文天祥听说孛罗还要来审自己，就准备到时候与他死顶，逼他杀了自己。孛罗却改变了主意，决定不用再审就杀了他。但孛罗做不了主。当他上奏到元世祖忽必烈那里，忽必烈不同意，按《宋史·文天祥传》的说法：“我世祖皇帝，以天地有容之量，既壮其节，又惜其才。”如此，他还想着文天祥有朝一日为己所用。其他朝中大臣也不同意杀文天祥。留梦炎附和忽必烈说：“若杀之，则全彼为万世忠臣。不若活之，徐以术诱其降，庶几郎主可为盛德之主。”张弘范也在病中向元廷表奏：“文天祥忠于所事，愿释勿杀。”
张弘范此时已病入膏肓。这位对文天祥敬重有加的对手还朝后，受到忽必烈在内殿为他设宴洗尘的优待，朝廷还安排了系列活动欢庆他凯旋。不幸的是，由于在南方染了疟疾，回到大都他就卧床不起，尽管忽必烈口谕御医全力救治，终未能挽救他的性命。临死前，他叫人取出忽必烈赐给他的尚方宝剑和铠甲，抚摸着它们合上了眼睛。终年四十三岁。
既然皇帝不准杀，对文天祥的裁夺就搁置了下来。
囚牢中形影相吊，孤孑一身，日长似岁，夜永如年。在苦闷的煎熬中，文天祥决定以诗来抚慰内心，支撑精神，来与敌人作不屈的斗争。至元十七年（1280）元旦过后，他开始大量创作诗歌，并着手编辑《指南后录》和《集杜诗》。
寒冬腊月，风雪吼叫着灌进宽八尺、深三丈二尺的土牢，冻得他直哆嗦。
他思念故国和家乡了，他集杜诗写道：“天地西江远，无家问死生。凉风起天末，万里故乡情。”
他也倍加思念战友和亲人。他集杜诗写江万里、张世杰、李庭芝、姜才、陆秀夫、家铉翁；写金应、张云、吕武、巩信、缪朝宗、赵时赏、杜浒、刘沐、张汴、邹、肖资；写母亲、舅舅、妻子、儿女、弟弟、妹妹、妹夫。
写母亲诗云：“何时太夫人，上天回哀眷？墓久狐兔邻，呜呼泪如霰。”想起母亲葬在惠州的深山里，长与狐兔为邻，不知长弟文璧何时能将母亲遗骨迁回故里，自己身陷万里缧绁中无以作为，只能面朝南方呜咽痛哭。写妻子的诗一发三首，其中一首云：“世乱遭飘荡，飞藿共徘徊。十口隔风雪，反畏消息来。”妻子欧阳夫人在空坑与次子佛生、次女柳娘、三女环娘、妾黄氏和颜氏一道被俘，听说被押往北方，再无其他消息，每天盼着音讯又怕传来噩耗，人间灾祸有如此凄惨的吗？写两个女儿柳娘、环娘：“床前两小女，各在天一涯。所愧为人父，风物长年悲。”两个小女正当父母膝下撒娇的年龄，可现在天各一方，做父亲的非但无法呵护她们，连她们的生死都不知，怎不叫人心如刀绞。长子道生姿性可教，不幸早夭，“大儿聪明到，青岁已摧颓”；次子佛生生有奇缘，听说已死于乱世，“渥洼骐骥儿，众中见毛骨”；大妹懿孙贤惠孝顺，却孤苦漂泊，“近闻韦氏妹，零落依草木”；二妹淑孙自惠州葬母后，再也未见，“天际伤愁别，江山憔悴人”。这一字字，一句句，都饱浸血泪，凝结着无限的思念和苦痛。
囚牢里的时光像碾动的磨盘，日日夜夜缓慢而粗粝地碾轧着文天祥的身心。
牢外庭院的墙根和树枝上悄悄萌出了新绿，春天艰难地来临了。
这一天，朝中令官送来了一封信。文天祥展开一看，简直不敢相信自己的眼睛，这封信竟是三年多来杳无音信的女儿柳娘写来的。读了柳娘的信，他才知道妻子欧阳和柳娘、环娘等在空坑被虏后，即被李恒押往元大都，身穿道家衣冠，整日念诵道经，在东宫过着与世隔绝的生活。此前他只听说她们被押送北方，押到哪儿不知道，是死是活也不知道，他甚至以为妻子已罹难，曾写《哭妻文》曰：“烈女不嫁二夫，忠臣不事二主，天上地下，惟我与汝。呜呼哀哉！”今天突然接到来信，其悲喜交集的情状可想而知。他是多么多么地想见到她们呀。但为何近在咫尺，却不让她们与自己相见呢？为何不是妻子而是柳娘写这封信呢？从文天祥的反应看，柳娘的信中应该有哀劝之辞。总之，文天祥读过信立时警觉起来。他意识到这又是一个阴谋，意识到元廷想利用亲情来动摇他一死报国的决心。他有感而发，当日就写了一首《得儿女消息》。不同于此前给她们的集杜诗，这首诗没有儿女情长，只有志节的抒发。
故国斜阳草自春，争元作相总成尘。
孔明已负金刀志，元亮犹怜典午身。
肮脏到头方是汉，娉婷更欲向何人？
痴儿莫问今生计，还种来生未了因。
诗的意思是，虽然自己像诸葛亮那样未能扶持刘备（金刀）复兴蜀汉，未能扭转宋朝败势，却仍要像陶渊明（元亮）效忠东晋司马氏（典午）那样，尽忠于赵宋王朝。因此决心抗争到底，没有谁能让自己卑躬屈膝。无辜的可怜的孩子呀，不要再劝父亲了，父亲死志已决，未了的父女缘分还是等到来世接续吧。
“人谁无骨肉？恨与海俱深。”他爱妻子女儿。他太想念她们了。他太想回信了。他也应该回信。但他没有，只写了这首诗。
这是何等痛苦的抉择！但他知道敌人把他们之间的亲情当成了手中的利器，他就是要以对自己的决绝，对自己的毫不留情，挫败敌人的攻击。
他没有给女儿回信，但有许多话要说。听说大妹文懿孙被家铉翁赎出后，流落到大都的一座寺庙里，便给大妹写了一封信，全文如下：
收柳女信，痛割肠胃。人谁无妻儿骨肉之情？但今日事到这里，于义当死，乃是命也，奈何奈何！途中有三诗，今录至。言至于此，泪下如雨！
《邳州哭母小祥》（诗略）
《过淮》（诗略）
《乱离歌六首》（诗略）
一、读此三诗，便见老兄悲痛真切之情。事至于此，为之奈何！兄事只待千二哥至，造物自有安排。
一、可将此诗呈嫂氏，归之天命。仍语靓妆、琼英，不曾周旋得，毋怨毋怨！徐妳以下，皆可道达吾此意。当此天翻地乱，人人流落，天数，奈何奈何！
一、可令柳女、环女好做人，爹爹管不得。泪下，哽咽哽咽。
一、此诗仍可纳之千二哥。
兄文天祥家书，达百五贤妹信中表明自己并非丈夫无情，自己对亲人深切的感情和在战火离乱中的思念，在抄录的《乱离歌六首》（《六歌》）中表达得淋漓尽致，之所以不回信，也没有答应柳女信中劝父求生的请求，是因大义和天命使然，由不得自己，正如所录《过淮》诗中所说：“我为纲常谋，有身不得顾。妻兮莫望夫，子兮莫望父。天长与地久，此恨极千古。来生业缘在，骨肉当如故。”这是天命，同时也是家族血脉的定数：“母尝教我忠，我不违母志。及泉会相见，鬼神共欢喜。”信中要大妹把抄录的诗给欧阳夫人看，求得她的理解，并嘱咐柳女、环女好好做人。此外，信中说“仍语靓妆、琼英，不曾周旋得，毋怨毋怨！”这是什么意思？笔者以为南宋的妇女被虏后，很多都被元军将士强占为妾为奴，靓妆和琼英年轻漂亮，当然逃不过此命运。或许她们托信请求文天祥想办法帮助解脱，这当然也是元廷提出的交易，对此文天祥不可能答应，他只能请她们理解，让她们不要心存抱怨。
文天祥写给大妹的这封信，也是写给欧阳夫人、写给女儿的这封信，文懿孙没有收到，而是落到了王积翁手里。在福安降元的王积翁，此时任元朝兵部尚书，也参与了对文天祥诱降的活动，道士灵阳子的身后就有他的影子。几年后他出使日本，因强征使船上的船工哗变被杀，他死后，此信被其子季境在家中的故纸堆里发现，作为珍贵墨宝保存了下来。
在给大妹的信中，所谓“兄事只待千二哥至”，是指自己唯有一死，身后事要交由文璧去办；还说“此诗仍可纳之千二哥”，是说信中的三首诗也像自己其他的散作一样，交由文璧保存。除了自己的归葬和文稿保存外，母亲的灵柩迁回故里、接续宗祠香火等尽孝的大事也都指望文璧操办。自己尽忠，文璧替自己尽孝，是他与文璧形成的默契。所以，他誓死不降，并与降元的宋官水火不容，但从没有因此指责过文璧。相反，倒因为文璧为自己、为家族牺牲了名节而抱有一种同情和谅解。从他的诗中，便可感受到这样的情愫和信任。他在广州与文璧告别后，被押解北上的途中曾写了一首《寄惠州弟》：“五十年兄弟，一朝生别离。雁行长已矣，马足远何之？葬骨知无地，论心更有谁？亲丧君自尽，犹子是吾儿。”所谓“自尽”，即希望文璧能替自己尽到哀痛之情。在大都狱中，也集杜诗写了《弟四首》，其中有“兄弟分离苦，凄凉忆去年”、“百战今谁在，羁栖见汝难”、“忍泪独含情，江湖春欲暮”、“不见江东弟，急难心惘然”等句，表达了手足之情和对弟弟的深切思念。
文天祥有很多事要向文璧交代，盼着能有机会与他见面。巧的是这年春天，文璧奉诏进京觐见元帝忽必烈，于五月间来到大都。文璧以惠州城降元后，曾带着一家人回到吉州老家，后来被元廷召回，任命为少中大夫、惠州路总管兼府尹。
到了大都后，文璧没见到忽必烈。忽必烈按例已去上都避暑，要等到九月才返回。
文璧到达大都的消息通过乌马儿告知了文天祥。文天祥的感情十分复杂，写诗一首：“去年别我旋出岭，今年汝来亦至燕。弟兄一囚一乘马，同父同母不同天。可怜骨肉相聚散，人间不满五十年。三仁生死各有意，悠悠白日横苍烟。”弟兄俩而今一个是马上官，一个是阶下囚，已不同道，但文天祥仍念着胞血之情。