毛泽东说，党要朝气蓬勃，就必须“吐故纳新”，吸收“新生血液”，清除被诬为“叛徒”、“特务”、“死不改悔的走资派”，吸纳造反派头头，于是，一大批投机分子、野心分子、阴谋分子堂而皇之进入党内。
酝酿提出进行整党建党的缘由
1969年4月党的九大以后，“文化大革命”运动进入所谓的“斗、批、改”阶段，整党建党运动正是这个阶段的一项“重大战略部署”。当时，按照毛泽东的设想，在前一段“文化大革命”经过大串连、大夺权、大联合之后，已经完成了建立“革命委员会”等“夺权”的既定目标，下一步的主要任务就是整党建党，以巩固“文革”的成果。于是，全国按照毛泽东提出的“五十字建党纲领”进行整党建党。这次整党虽然重新建立了从中央到地方的各级党组织；恢复了大多数党员中断两年多的组织生活，但从总体来说问题很多，消极影响很大，可以说是在“左”倾方针指导下的一次错误的建党实践。
整党建党运动，经历了较长时间的酝酿。从时间上说，从1967年10月起，整党建党的方针和方式就酝酿提出，并进行了初步的调查试点。
从根本上说，整党建党是“文化大革命”运动中“左”的错误理论和实践发展的必然结果。在“左”的思想指导下，毛泽东对当时党的政治状况和党员组织成分作了违背实际的错误估计，认为党的领导权大部分已不在马克思主义者手里，“刘少奇的修正主义建党路线”危害严重，因此，“文化大革命”不搞是不行的，不夺权很危险。在夺权完成之前，可以暂时停止党员的组织生活。正因为有这样的认识，毛泽东一直把“文化大革命”称作是一次整党建党运动，要通过“文化大革命”重建一个新的党，最终达到巩固无产阶级专政的目的。1967年11月5日，他就整党问题同中央文革小组成员谈话时说：打了一年多仗，搞出了不少坏人，现在要打出一个党来。文化大革命就是整党、整团、整政府、整军队，党、政、军、民、学，都整了。我们的党要吸收新鲜血液。工人、贫下中农、红卫兵中的积极分子要吸收到党里来。旧血液中二氧化碳太多，要清除掉。一个党也要吐故纳新，不清除废料，就没有朝气。恢复组织生活，不要恢复老样子。可以说，上述谈话既反映了毛泽东提出整党建党的目的，又反映了他关于整党建党的指导思想。在他看来，要通过“文化大革命”运动建设一个新的有战斗力的党。必须首先打乱既有的党的领导秩序和组织生活秩序，必须夺权。因此，他的通过“天下大乱”达到“天下大治”的设想，正体现在整党建党的思考上。他认为这种乱虽不是目的，却很必要，通过乱，暴露了敌人，锻炼了群众，挑选了革命事业接班人，建设了一个新的党。这样，从中央到地方，直到基层每个党支部、党小组，就普遍受到了“夺权”风暴的残酷冲击，广大党员也被停止了正常的组织生活。正是在这个基础上，毛泽东逐步明确提出了进行整党建党的五十字方针，。开始把重点转向“治”的方面。
正式提出整党建党的指导方针
所谓“重新建党”，具有特定历史条件下的特定含义，它不是说要改变和重建党的名称、党的宗旨和纲领，而是在上述基本方面不变的情况下，使党员发展对象、党内各级领导机构和成员、党的组织生活等方面都带有新的“以阶级斗争为纲”的成分和内容。它与“文化大革命”运动的错误理论和实践不可分地联系在一起，是“文化大革命”运动在党的建设方面所要达到的既定目标。
从1967年下半年开始，毛泽东多次提出整党的问题，并开始采取了一系列具体的纠“左”措施。然而，既要在总体上坚持“文化大革命”的错误，又要在具体领域纠偏，问题是难以从根本上解决的。1967年10月11日，张春桥、姚文元根据毛泽东的指示，就党的九大召开问题到上海进行调查后，写信给毛泽东（由姚文元执笔、署名），其中谈到整党问题时说“很多同志主张，在已建立革命委员会的地方，应当有一个党的领导核心。”“整顿党组织，首先不是从基层，而是从领导机关开始。”“‘恢复党组织’这个口号不妥，容易曲解为‘恢复’原状，应为整顿和改造。”10月19日，中共青海省核心小组向中央请示，已经建立革命委员会的单位可否恢复党的组织生活？为此，中共中央、中央文革小组27日作出《关于已经成立了革命委员会的单位恢复党的组织生活的批示》，公布了毛泽东的最新指示：“党组织应是无产阶级先进分子所组成，应能领导无产阶级和革命群众对于阶级敌人进行战斗的朝气蓬勃的先锋队组织。”中央批示还指出：中央认为各地都应当这样做（即恢复党的组织生活——编者注）。但党组织内不应当再容许查明有据的叛徒、特务和在“文化大革命”中表现极坏而又死不改悔的那些人，再过组织生活。
毛泽东的上述指示，后来经过个别文字修改被称为整党建党的“五十字方针”（或“五十字纲领”）而大加宣传，成为党中央和毛泽东向全党正式提出的“以阶级斗争为纲”进行党的建设的指导方针和要求。
同年11月5日，毛泽东同中央文革小组成员又进一步谈了整党问题，其中谈到，整成一个什么样的党、老党员怎么一分为二、新党员怎么入党、恢复组织生活又不要恢复老样子等问题，并要中央文革小组去研究，搞出一套办法。同时，在这次谈话中，毛泽东还提出了后来被广为宣传、家喻户晓的所谓“吐故纳新”的最新指示。
虽然整党建党的指导方针已在内部正式提出，但从1967年11月27日中央关于征询对召开九大的意见的通报中可见，整党工作仍处于酝酿阶段，主要任务是调查研究，征求意见。通报中的第四条是专门谈整党问题的，但对这次整党活动的名称、具体内容、方式方法和步骤等问题尚未确定，各地意见也不统一。全国除上海等个别地区、单位初步进行了一点调查试点外，凡建立了革命委员会的地区和单位，都只限于恢复党的组织生活；而尚未建立革命委员会的地区和单位，连正常的组织生活都难以进行。整党建党的酝酿同修改党章和筹备九大基本上同时进行，是这个时期酝酿提出进行所谓“重新建党”活动的一个主要特点。
开始整党建党的试点
经过一段时间的酝酿调查，1967年12月2日，中共中央下发《关于整顿、恢复、重建党的组织的意见和问题》（简称《意见和问题》），标志着整党建党活动（此时还未叫运动——编者注）在全党范围内的正式开始。
《意见和问题》共分四部分：（一）关于用毛泽东思想整顿、恢复、重建党的组织的问题。文件提出：“恢复党的组织生活，绝不是恢复无产阶级文化大革命以前的老样子，老一套。”（二）关于整顿、恢复、重建党的组织过程中的思想工作问题。文件要求各地在整党中，“一定要做好党员和非党员中无产阶级革命造反派同志的思想教育工作”，并列举了三种教育形式和办法。（三）关于整顿、恢复、重建党组织的条件、范围和政策界限问题。文件规定：凡成立了革命委员会或革命委员会筹备小组的单位，才可恢复党的组织生活；而下列三种人则不应再过党的组织生活，即叛徒、特务、文革中死不改悔的那些人；有叛徒、特务嫌疑而未作结论的，待问题查清后，再考虑是否恢复；凡是犯有严重错误，表现不好，群众意见很大，又尚未承认错误向群众检讨的，暂缓参加组织生活。文件还规定了吸收新党员的标准：即以毛泽东关于接班人的五个条件和林彪关于选拔干部的三条标准为根据吸收新党员。那么，清除党员根据什么原则呢？文件同时提出存在有五个方面问题中的任何一项，即可清除出党：叛徒、特务、阶级异己分子、死不改悔的走资派、修正主义分子及死气沉沉、不起作用的党员一律清除出党或劝其退党、取消预备党员资格等。（四）关于建立党的核心小组问题。文件规定，在革命委员会中建立党的核心小组来领导，基层成立支部或小组。
这个文件首次用“整顿、恢复、重建”的提法对整党建党的一系列问题正式和较为系统地做了说明与规定。此后，关于整党建党的舆论宣传、动员和准备工作，开始进入了试点和初步进行的阶段。
1968年元旦，《人民日报》、《解放军报》、《红旗》杂志联合发表题为《迎接无产阶级文化大革命的全面胜利》的社论，首次向全国公布了毛泽东的“五十字建党方针”，并把整党建党列为“文化大革命”进入“斗、批、改”阶段的一项重大战略部署和当年的五大战斗任务之一。这一年的整党工作，以上海市最为积极和最有代表性。9月17日，毛泽东批准上海市革委会可以授权在一些有条件的单位进行发展新党员的试点工作。9月22日，上海市革命委员会向中央写了关于在产业工人中有步骤地发展新党员的请示报告，总结该市整党工作初步进行的经验，提出发展新党员的具体标准。10月14日，《红旗》杂志发表题为《吸收无产阶级的新鲜血液——整党工作中的一个重要问题》的社论，披露了毛泽东关于“吐故纳新”的最新指示，并高度评价说：“无产阶级文化大革命，是一次以革命的方法进行的空前规模的开门整党运动。这次整党运动，无论在广度或深度上，在思想批判的深刻性和组织整顿的彻底性上，都大大超过了解放以来任何一次整党。”社论强调：“当前整党工作中的一个需要引起注意的问题，是吸收无产阶级新鲜血液问题。”为此，社论对“吐故纳新”作了权威性的解释，要求各地认真贯彻。其中说：“‘清除废料’，就是必须把证据确凿的叛徒、特务、一切反革命分子、顽固不化的走资派、阶级异己分子、蜕化变质分子坚决清除出党。‘吸收新鲜血液’，包括两个互相联系的任务：吸收一批优秀的造反派，首先是产业工人中的先进分子入党；选拔优秀的共产党员参加各级党组织的领导工作。”事实证明，在“文化大革命”中被作为“废料”清除出去的所谓“几大分子”，大都是经过党多年考验的领导骨干和中坚力量，而作为“新鲜血液”被纳入党组织的人，却有不少靠造反起家的“打、砸、抢”分子和帮派分子。这样的造反派党员由于九大党章取消了党员预备期，一入党往往马上进领导班子，成为“双纳新者”。
尽管这段时间毛泽东对整党建党问题发出了指示，报刊上的宣传动员也在大张旗鼓地进行，但由于全国尚处于“大夺权”的混乱形势下，整党工作难以大规模展开。除个别地区和单位进行了试点外，不少地区和单位仅仅限于学习领会、酝酿试点，有的只做了点初步工作，根本不具备普遍进行的条件。1969年4月党的九大召开以后，各地才开始结合学习新党章，全面展开了整党建党运动。
大规模开展整党建党运动
中国共产党第九次全国代表大会，是在各地初步整党或试点的基础上召开的。因此，林彪代表党中央所作的政治报告中第六部分，专门谈了党的整顿和建设问题，进一步说明毛泽东关于整党建党的两段著名批示，“确定了我们整党建党的政治方向”，“是今后进行整党建党的根本指导思想”。接着，报告用“左”倾观点概括了党的历史，歪曲地批判了刘少奇的所谓“修正主义建党路线”，说这条路线“正是从根本上背叛了马克思列宁主义的无产阶级专政学说和党的建设的理论”，其突出标志和主要内容就是《论共产党员的修养》。报告要求各级党的组织，要在这次党的历史上“最广泛、最深刻的整党运动”中“继续开展革命大批判，彻底肃清它的恶劣影响”，“把叛徒、特务和代表剥削阶级利益的分子清除出党，把大风大浪中经过考验的真正的无产阶级先进分子吸收入党”。在接着召开的九届一中全会上，毛泽东又专门对中央委员、候补中央委员谈了整党建党的问题。他从党的历史谈起，从“文化大革命”的必要性人手，结合来谈党的建设问题，认为我们这个党进城以后（即成为执政党以后——编者注），不那么好了。“进城是好事，也是坏事。有些外国人、新闻记者说，我们这个党在重建。现在我们自己也提出这个口号，叫整党建党。事实是需要重建。每一个支部，都是要重新在群众里头进行整顿。要经过群众，不仅是几个党员，要有党外的群众参加会议，参加评论。”这就明确提出了整党建党的实质是“重建”，并要实行“开门整党”的方式。
于是，在九大精神和毛泽东讲话的指导下，全国各地陆续开始了恢复党的组织生活、整顿和重建党的组织的工作，一场整党建党运动全面展开。运动的基本过程和主要内容分两方面：