倭贼入南京，大肆掳掠，屠戮生民，焚毁房舍。时兵部侍郎黄懋官，调郗游击领兵三千出城，直犯贼营。贼无防备，大败而走。郗游击收军入城，徐国公大悦，乃置酒于报恩寺，以宴黄侍郎、郗游击。酒至半酣，忽须臾报言，城内军士作乱，徐国公等官皆起身逃走，黄侍郎尚在座上，笑曰：“诸老先生何懦弱若是？吾为兵部侍郎，乃主将也，他岂敢无礼！”左右拽其衣裾，使之逃避。黄侍郎乃徐徐而行，正出寺门，只见军士个个持枪执刃，泉涌杀来。黄侍郎骂曰：“诸军士敢无礼欲作乱耶？”众军皆指黄侍郎曰：“正是你克落我等粮食，致我父母妻子辗转沟壑，吾等不得已如此，敢复反耶？”言毕，众军将黄侍郎揪倒地下，棰杖交下，几乎打死，擒至应天府前，悬于长竿之上，众军合声呐喊丛射，黄侍郎哀号无地，身被箭如猬，气绝而死。诸军任意剿杀，大乱五日，街衢中尸积如山，流血满沟。徐国公回入府中，坚壁不出，问左右云：“南京城内，十二团营军，今几营作乱？”左右曰：“三营军叛。”至第六日，徐国公不得已，乃书揭帖，遣人贴于各街坊牌上，出银立券讲和。诸军军士欢喜殊甚，乃如其约，由是祸患始息，人民稍安，交易如故。
先是，军中有三个月不得支粮，又被黄侍郎克落，是以叛乱。古云：“黜货忘身，”《春秋》云：“不戢自焚。”其黄公之谓乎？时戚参将闻知黄侍郎克落军粮，被军士所弑，乃叹曰：“克落军粮，自古为患，正德间，福建周布政之事可鉴也。奈何复蹈其覆辙乎？”言未已，忽细作报言，哥罗王、刚杜王、许朝光统倭贼万余，屯于桃渚。许朝光谓哥罗、刚杜二酋曰：“戚虎若至，必屯牛头门。兵法有言，敌人新至，行列未定，可击。汝等可引兵伏于港口险隘去处，俟其辄至，炮声为号，一齐掩杀，可尽擒也。”哥罗王、刚杜二人大喜曰：“此神算也！”遂领兵埋伏，已毕。已而戚参将统兵果屯于牛头门。炮声响处，贼兵四出，任意驱舟，使楫纵横来往，两下交锋，自申至戊，官军大败。朝光督贼兵夺官军海苍船四百五十三艘而去。哥罗王、刚杜王两下并进，被把总陈文澄以火箭火铳焚其船只，二酋乃退，复泊于桃渚岛。
戚参将被贼兵夺去苍船，心中抑郁，无以为怀，问军师叶涵曰：“今日不意为此小寇所侮，如之奈何？”叶军师曰：“楚获吴余皇何如？”戚参将大悟曰：“先生之言，正合吾意。”乃唤倭奴四十余人，赏以酒食，谓之曰：“吾用汝为间，功成当复厚赏。”众倭许诺，复嘱曰：“汝等今夜亥子时候，伺贼睡熟，便撑小舟，径进潜伏于贼船之侧，闻官军呼声，汝等亦皆大呼而应后，吾自有计策。”众倭皆叩头而去。戚参将即令把总朱玑引一彪军，伏于圣塘门，秦经国引一彪军，伏于獭鳗山。又令严念二伏于白达山，陈亮伏于米筛门。诸军俱分拨已定，至中夜，戚公帅中军，把总陈濠统官军，直抵桃渚，令军士作倭语大呼曰：“可下手么？”其贼船侧倭子应曰：“正好下手！”再呼再应，三呼三应。哥罗王、刚杜王二人闻知，即在楼船上望时，遥见火光中有倭子四十余应声，疑是自部下倭子，与官军有合，尽皆杀之。
朝光亦以部下倭子杀了，贼众大乱纷纭。忽喇叭声响，官军鼓躁呐喊，直冲贼船，贼兵大败，奔圣塘门。朱玑一彪军船杀进，贼兵催船奔獭鳗山，秦经国一彪军船杀进，严念二由白达山杀来，陈亮由米筛门杀来，贼兵大败，斩首三千七百余级，陷溺水死者，不计其数。先是，戚参将南湾花街之战，收俘倭子七百余人，置于旗下，待之甚厚，而倭子皆有妻子，乐为之用，故致大捷。时季知府有诗赠戚公云。诗云：
勇绝长淮胆气雄，甲兵数万列胸中。
宣尼俎豆昭文事，却教诗书出武功。
海岸已无烽火警，蛮陬常有捷书通。
从今解甲儒更服，坐见遐荒礼让风。