不过，安市城之战虽成就了长孙无忌，但这次征战却没有让李世民续写他的战场神话。高句丽这块硬骨头并不好啃，随着战况胶着，唐军伤亡越来越大，时间一长，后勤供应也出现了困难。
此前，李世民曾将后勤一应事务全部委托给岑文本管理。岑文本为此昼夜不休，事事亲历亲为，最后心力交瘁，言辞举止也逐渐变得迟钝起来。李世民见此状颇为担心，对身边人讲：“文本这次同朕一起来，怕是不能和朕一起回去了。”果然，大军才过幽州，岑文本就突然离世。不得已之下，李世民只好从定州召来许敬宗接替了岑文本的工作。
说起来，岑文本也实在是可惜。作为一个此前因站队问题犯过“错误”，在朝中又没有后盾党援的大臣，他知道，李世民之所以将自己提拔到高位，一定是对他的能力寄予了极高的希望。要想在朝堂上站住脚，就只有拿自己的这条命去拼了。
由此也可以看出，在这场战争中，李世民军所面对的压力达到了何种程度。贞观十九年（645年）九月十八日，天气渐凉，军粮也即将告罄，李世民只好下令班师。万般无奈之下，李世民懊悔地说：“假如魏徵还活着，他一定不会让朕出征的。”国有难而思良臣，李世民立刻派人连夜启程赶回长安，以猪羊祭祀魏徵，并重新树起那块两年前被自己砸坏的石碑。
十二月初七，李世民带上太子，从定州返回长安。因为连日来的征战和旅途劳累，再加上此次劳师远征无功而返，李世民心情十分郁闷，在班师途中背上竟然长出了痈疮。病痛之中，李世民不禁长叹一声：“英雄老矣！”李世民这一次的病痛来势汹汹，对自己的身体状况李世民心里很清楚，看来，必须得加紧安排身后事了。
李世民病后，刘洎和马周前来探望。出来之后，刚好在门口遇到褚遂良。褚遂良向刘洎询问李世民的病情，刘洎面露愁容地说：“病得厉害，让人担忧啊！”
胸无城府的刘洎不知道，这一句话竟会成为要了自己命的导火索。褚遂良立刻向李世民密告：“刘洎此前经常宣扬只要有他在，朝廷大事不足忧虑，他将效仿伊尹、霍光来辅佐太子，诛杀不言听计从的大臣。如今又四处宣扬陛下病势沉重，不禁让人对其用意感到疑惑不已。”
实际上，褚遂良跟刘洎早有矛盾。刘洎因为此前拥立李泰的事已经成了长孙无忌和褚遂良心中防范的对象。他后来又在担任尚书左丞之时大刀阔斧地改革人事，清理积弊，这也影响了长孙无忌在朝中的人事布局。如今抓住这个机会，褚遂良怎么能不赶紧动手，搬掉面前这块石头呢？
李世民也确实不放心这个心高气傲，又太过于独断专行的刘洎。褚遂良的言词虽然十分夸大——后来李世民找来马周对质，马周一口咬定绝无此事。然而也清楚地说明，刘洎绝对是未来政局中的一个不安定因素。就算他不至于胡来，也很有可能会授人以柄，带来不必要的麻烦。
病重之际的李世民行事难免会有失偏颇，最终的处理结果是刘洎被下诏处死。这个结果对他来说，是过分严厉了一点。不过，政治斗争就是这样残酷，李世民不能给自己的儿子留下一点点可能的隐患。
至于褚遂良，确实是官场上异军突起的一匹黑马。他跟魏徵一样，都是靠直言敢谏确立自己地位的。比如封禅问题、皇子待遇和太子问题等，几乎每一件大事都有他的身影。然而跟他的老师魏徵不一样，他敢谏，但并不固执己见，甚至在谏中有捧，总是能在标榜了自己的才干胆识之后，又哄得李世民开心不已。这正是他在官场异军突起的手段。
当然，只凭这样，褚遂良也只不过做到一个亲信侍从的位置而已。要在官场上走得更远，就必须在李世民之外找到自己可以依靠的力量。这个力量，就是长孙无忌。褚遂良在长孙无忌还没有被选为辅政大臣之前，就聪明地看出了苗头，并刻意与之结交。有了长孙无忌的保护加持，褚遂良自然能在朝堂上顺风顺水，顺利跻身为“实力派”之一。
这不是李世民最为忌讳的行为吗？为何李世民在暮年之际，会对此放任不管呢？
很简单，褚遂良有才气，有心计，却没有格局。
他的野心虽然不小，但也实在是有限。李世民此前已经看出来了，他永远也跨不过长孙无忌这道门槛。换句话说，这两个人的组合，倒是朝堂上十分稳定的一道安全阀。权力往往会激发出人的独占欲望，这是无法避免的事实，但长孙无忌和褚遂良是相对来说李世民可以找到的最适合人选。此时房玄龄年事已高，处理政事起来力不从心，朝堂之上一时也实在是没有人能比此二人对李世民更为忠心，关系更为深厚的了。
贞观二十年（646年）三月初七，李世民终于回到了京城，也了解了这么久以来的京中情况。让李世民恼火的是，萧瑀还是和房玄龄明里暗里闹得不可开交。一怒之下，李世民借着萧瑀宣称要出家，结果出尔反尔的当口，狠狠地讽刺了他一番。不过，另一大功臣，刑部尚书张亮可就没那么好运气了。有人检举他私自豢养了五百义子作为死士，还曾经对巫师公孙常自夸：“我的名字暗合‘有弓长之君当别都’的图谶，一定能够成就大事！”于是，李世民命马周等人严查张亮，最后定为死罪，处斩于西市。
诛杀张亮，很大程度上也是因为李世民素来知道，这个人秉性狡猾善变，处理不好，将来就有可能卷进什么密谋政变当中去，李世民不能把任何一个不稳定因素留给未来的储君李治。不过，张亮之死似乎并没有让萧瑀认清形势，他仍然一如既往地跟房玄龄吵，跟同僚吵，甚至跟李世民也闹起了脾气。后来李世民干脆将其贬为商州刺史，免除其封爵，逐出了未来辅政大臣的班底。虽然第二年，萧瑀又被封为宋国公、金紫光禄大夫，然而在未来的政局安排中已经没有他的一席之地了。
同时，房玄龄也因小过被李世民逐回家中闭门思过。不过，他的人缘毕竟比萧瑀好得多，朝臣纷纷上奏为其求情，尤其是褚遂良更是卖力。于是不久之后，李世民又重新启用房玄龄，命他继续执政并辅佐太子。
此后，李世民的身体每况愈下，他想到，该是考虑后事的时候了。贞观二十二年（648年）的正月，李世民命令长孙无忌代理中书令，同时掌管尚书、门下两省事务。这是大唐开国以来，政务的决策、监督和执行权力头一次集中到一个大臣手里。恐怕也只有长孙无忌才有资格领受李世民如此的信任。也只有他，才有这个能力承担起过渡时期的总协调工作。不到半年之后，为相二十多年的房玄龄因为病重，先李世民一步告别了人世。
与此同时，正当盛年的宰相马周也因病离世。死前，马周将自己此前的进谏奏折全部亲手烧毁，挣扎着说道：“管仲、晏婴为了追求身后之名，不惜把君主的过错展示在天下人面前，我不能效仿他们。”马周的这一举动，与当初的魏徵有着天壤之别，自然让李世民十分欣慰，故而才能在死后极尽哀荣。
房玄龄走了，马周走了。这些重量级人物接二连三地从李世民安排的辅政班子中消失，不由得使李世民忧心忡忡。为了巩固这个好不容易建立起来的局面，李世民以太子的名义任命黄门侍郎褚遂良为中书令。此前，他虽然受到重用，但名位一直不显，这也是李世民在有意地压抑他，磨砺他。直到现在，李世民才给了他执掌正式权力的名分。
不过，受李世民的恩，跟受太子的恩毕竟不是一回事，所以李世民才要通过太子之手来下达这道诏命。
除此之外，军方的布置还没有安排妥帖，因为担心这一点，李世民甚至对太子直言不讳地说道：“李世绩军功卓著，才干非凡。但你素来于他无恩，恐怕难以驾驭他。朕现在将他降职使用，倘若他流露出一丁点的怨望犹豫之意，朕便立刻除掉他。假如他能毫不耽搁地接受调遣，等朕死后，你就要重新重用他，视他为亲信！”
不久，李世绩便接到了免去宰相职务、外调叠州都督的圣旨。受命之日，李世绩二话不说，连家都没回便整装上路了。他的这一举动也让李世民宽心了许多。早在此前，李世民便多次刻意市恩于他，相信今后，他也一定会忠心耿耿地继续替太子效力吧。
在做完这一切安排之后，贞观二十三年（649年）五月二十六日，李世民的病势已经到了无力回天的地步。于是，李世民强撑病体，在太子面前紧急召来了长孙无忌、褚遂良。看来，到了托孤的时候了。
望着跪伏在御榻前，一脸焦虑悲痛的三人，李世民强打精神，对太子说道：“有无忌、遂良辅佐你左右，你不用担忧大唐江山！”
说完这句话，李世民还不放心，又挣扎着转向褚遂良道：“无忌为朕立下大功，竭诚尽忠，朕死之后，你一定要防止有小人进谗言，离间了他们甥舅之间的关系。”而在此前，李世民还曾经嘱咐太子道：“朕死之后，你一定要保护好长孙无忌，不要让别人借机陷害他！”
听上去，竟不像是李世民在向长孙无忌和褚遂良托孤太子，反倒像李世民在向太子和褚遂良托孤长孙无忌了。岂非咄咄怪事？其实，李世民心里最清楚，只有保证太子和这两位重臣之间关系的稳定，整个朝局、整个江山社稷才能稳定。而在这三角关系中，长孙无忌有敢作敢为的魄力，在将来一定会流于独断专行的毛病，再加上他是太子的亲舅舅，难免会摆出倚老卖老的架势。若是将来朝中发生问题，一定归咎于长孙无忌身上。
正因为如此，李世民才会认为，长孙无忌始终只能是一个过渡性的人物。他的能力若是稍微弱那么一点，李世民不会放心将托孤首辅的重任交给他；他的能力若是稍微强那么一点，李世民更不会放心将这个重任交给他。太子总有一天会在长孙无忌的卵翼下成长起来，成为一个真正的君主。
只是，到那个时候，他们两人必不可免会产生严重的冲突。长孙无忌若不能认清形势，必然会成为权力斗争的牺牲者。早年的长孙无忌一向以善避嫌疑，知道进退而著称，可是，在尝到了权力的丰美果实之后，他还能重新做回当年那个长孙无忌吗？
回不去了，大家都回不去了。长孙无忌已不再是当初太原高家的那个翩翩少年，李世民也不再是那个意气风发、天不怕地不怕的李家二郎了。贞观之治的辉煌，并没有随着李世民走到尽头。未来的路，还得靠新君辅臣继续走下去。而我李世民，辛劳一生，用尽心机，所能做到的，所能留下的，就全数交托给你们了。
终于，李世民缓缓地合上了眼睛。