1941年12月7日，当珍珠港硝烟四起时，日本南进部队攻击威克岛和香港，空袭菲律宾，并在泰国和马来半岛的北部登陆。12月9日，曼谷失陷。当日军在马来半岛上猛攻英军据点时，其他日军则占领了吉尔伯特岛和关岛。一周之后，日军在文莱登陆。
1942年1月11日，日军在西里伯斯岛登陆，此后陆续在苏门答腊岛、帝汶岛、巴厘岛及爪哇岛登陆，荷属东印度群岛相继陷落。日军入侵缅甸，英军一败再败，5月退入印度境内。2月27日，一支英荷舰队在爪哇海战中被消灭。日军在新不列颠岛和新几内亚岛登陆。到1942年5月，一个北起千岛群岛，南到拉包尔的庞大帝国出现在太平洋上。
1935至1937年，麦克阿瑟出任菲律宾军事顾问，1936至1937年出任菲律宾军队元帅，57岁后退伍回家。1941年7月太平洋战争爆发前夕，61岁的麦克阿瑟复入军界，被任命为美国驻远东武装力量司令。
1941年12月8日凌晨，麦克阿瑟得知日本偷袭珍珠港，太平洋战争爆发。他没想到日本人来得如此突然。更吃惊的是，日本人攻击珍珠港几小时后，轰炸了菲律宾的克拉克机场，将他半数以上的空中力量摧毁。
美国在菲律宾克拉克和甲米地（吕宋）建有亚洲最大的空军和海军基地，构成日军南进的障碍。日军企图攻占菲律宾群岛，夺取美军基地，控制日本本土与东南亚之间的海上交通线，为进攻荷属东印度创造条件。日军计划以驻台湾航空部队实施航空火力突击，消灭美驻菲航空兵主力，夺取制空权；同时先遣部队在海军支援下在吕宋岛登陆并占领机场，航空兵前移，以保障陆军主力在林加延湾登陆并占领马尼拉；在南部占领菲律宾第二大岛棉兰老岛，随后南北对进占领菲律宾全部岛屿。
指挥菲律宾战役的是日军第14军团司令、日本菲律宾派遣军司令本间雅晴中将。战后被联军军事法庭以在菲律宾涉嫌屠杀16万美、菲军民起诉，宣判为甲级战犯，于1946年4月3日在马尼拉郊外枪决。
日本海军菲律宾战役联合编队司令为高桥伊望中将，辖有巡洋舰10艘、驱逐舰29艘、航空母舰1艘和水上飞机母舰3艘；陆军航空兵第5兵团，司令为小冰英良中将，飞机200架；海军基地航空兵第11航空队，司令为冢原二四三中将，飞机300架以及约100艘运输船和辅助船只。
麦克阿瑟是美菲联军司令，联军有13万人，其中10万人是菲律宾土著，美军官兵31000人，270多架飞机中，可作战的142架。协同作战的有美国亚洲舰队，司令为哈特上将，主要类型战斗舰艇45艘。
战役开始时，日军陆海军航空兵对美军机场和甲米地海军基地实施突然袭击，于12月8日和9日两天摧毁了美军在陆地上的一半重型轰炸机和1/3以上的战斗机，为登陆作战创造了条件。美国亚洲舰队的基本兵力驻菲律宾南部基地得以幸免。同时间内，日军一部攻占吕宋岛以北的巴坦群岛。日军夺取制空权后，乘吕宋地区几乎没有舰队之机，派先遣部队第48师田中支队和菅野支队约4000人，自12月10日起分别在吕宋岛北部的阿帕里和维甘登陆并占领机场。
12日，日军第16师团木村支队约2500人，在吕宋岛南部的黎牙实比登陆，占领机场并进一步扩大战果。自11日起，第5飞行集团逐渐转移到吕宋岛已占机场，掩护地面部队登陆和发展进攻。17日，美军仅剩的17架B-17轰炸机撤到澳大利亚。至此，日军完全掌握制海制空权。
22日，日军第48师团主力在吕宋岛西岸的林加延湾成功登陆。24日，第16师团在吕宋岛东南部拉蒙湾登陆。至此，登陆日军形成南北夹击马尼拉、围歼美菲联军主力的有利态势。26日，吕宋岛守军奉命撤往巴丹半岛预设阵地和科雷希多岛，准备长期抵抗。日军从南北两面进逼马尼拉，但未能切断美菲联军撤向巴丹半岛的退路。
1942年1月2日，日军占领了菲律宾首都马尼拉后，以一部兵力占领甲米地和八打雁，并在棉兰老岛和霍洛岛登陆。吕宋岛上的79500名美菲联军撤向巴丹半岛。
日军认为菲律宾作战大局已定，将海军主力和第48师调往荷属东印度，将第5飞行集团主力调往缅甸，而仅以第14集团军的剩余兵力清剿吕宋岛。
1月9日，日军开始进攻巴丹半岛，遭到美菲联军的顽强抗击。美菲联军与日军展开了激烈的山地战、丛林战和阵地战。交战中，木村支队被围，前来救援的日军被歼1个营。月底，日军因伤亡严重丧失攻击力，被迫转入防御，战局一度陷入胶着状态。
当时，日本人宣布，假如生俘麦克阿瑟，将在东京的帝国广场将其当众绞死。麦克阿瑟的回答是：“来吧，小日本儿，你们还等什么！”他找出父亲使用过的手枪，并准备好两粒子弹，说：“这样，我就不会被活捉了。”
麦克阿瑟表示要战死疆场的当口，1941年12月24日晋升上将。美国不可能让一名上将成为战俘。1942年2月8日，罗斯福总统以国家名义命令麦克阿瑟及家属迅速撤离菲律宾。2月22日和23日，罗斯福和美国陆军参谋长马歇尔连续给麦克阿瑟发电，要求其迅速撤离，并允诺他到澳大利亚指挥盟军反攻。3月11日，美军一艘鱼雷艇来到巴丹半岛附近海域。暮色中，麦克阿瑟携家眷和一名保姆离开菲律宾，临走时扔下一句硬邦邦的话：“我还要回来！”
麦克阿瑟转赴澳大利亚，担任西南太平洋盟军司令，留守美菲联军由乔纳森·温赖特少将指挥，全权行使驻菲律宾盟军指挥权。他的第一个重大决策是在科雷吉多尔要塞加强防守。接着，美国政府发布命令，提升乔纳森·温赖特为临时中将。
日军得到第4师团增援后，实力增强，并以航空兵和炮兵轰击美菲联军阵地。4月3日，日军以第4师、第65旅为主力对巴丹半岛再次发起进攻。双方在丛林中展开殊死战斗。美菲联军既无援兵又缺补给，在日军猛烈攻击下，巴丹半岛守军75000人（其中美军9300人）于4月9日投降。
日军攻占巴丹半岛后，对科雷希多岛连续实施炮击和轰炸。5月2日，日军对该岛实施火力准备，5日在炮火掩护下分左右两路登陆，对岛上要塞发起攻击。15000名美菲联军依托坑道工事抗击，并组织敢死队展开白刃战。在弹尽粮绝之后，为了士兵的生命，转移到哥黎希律岛指挥作战的温赖特于5月5日向罗斯福发出最后一封电报，被迫请求投降，并于次日通过马尼拉广播电台命令所有美菲军队投降。
日军下令，美菲联军的所有被俘人员长距离徒步行军，从巴丹半岛的麻利威尔斯去位于圣费南多的俘虏营。当时正值炎夏，病疫流行，粮食缺乏，日军对战俘恣意虐杀。几个月后，有3名美军士兵从日军战俘营中侥幸逃出，越海到达澳洲布利斯坦，揭开了这次“死亡行军”的秘密。
巴丹死亡行军是二战中著名的战争罪行与虐待俘虏事件。美菲联军投降人数约有78000人，包括67名女护士。这78000人成为日军战俘后，遭日军强索财物，并押解到约100千米外的战俘营。路程以徒步行军为主，但整个行军过程除了初期给予少量的食物外（根据幸存者言，仅给一次高尔夫球大小的米团），一路上不再提供给战俘食物（美军投降时已用尽食物，而日军因未料到美军过早投降也没有事先准备供给战俘的食物）。经常有找寻饮水与食物的战俘被日军以刺刀捅或开枪处决。日军也驱赶当地菲律宾人给予战俘食物与水。路上只准战俘从路边水洼中饮水，即便有若干侥幸者躲过日军眼线而偷喝到几口河水，也因河水已严重遭受污染（河中漂浮着尸体以及绿色泡沫），且气温达38摄氏度，最后引发严重腹泻、呕吐而死。后来日军也追加设置了几个食物供应点。
经过不吃不喝的强行军，虽抵达目标营地，但沿路因饥渴而死及遭日军刺死、枪杀者达15000人之多。抵达战俘营后的战俘也没有摆脱死亡威胁，由于日军在营地内虐待战俘，包括拷打折磨、斩首杀害、逼迫苦力劳务、刻意让其挨饿等，在抵达营地的两个月内，又有约26000人死亡。
温赖特被俘后，辗转于菲律宾吕宋岛、台湾和中国东北战俘营。1945年8月16日被苏军解救。战俘生涯彻底拖垮了他，他“皮包骨”，头发花白，形容枯槁，患上严重忧郁症，认为自己对菲律宾沦陷难咎其辞。此后几天，他先去重庆与蒋介石会见，而后飞往日本，与老领导麦克阿瑟见面。
1945年9月3日，当麦克阿瑟在“密苏里”号战列舰代表盟军接受日本无条件投降时，温赖特站在麦克阿瑟身旁。麦克阿瑟在日本投降书上签字后，想起了什么，把钢笔递给在日军战俘营中备受折磨、极其憔悴的温赖特将军，让他也签上了自己的名字。这是麦克阿瑟的临时个人决定，没有人提出异议。让温赖特在日本的投降书上签字，全世界都认为十分恰当。