按照清朝的制度，革职的官员不得专折上奏权，凡皇帝的谕旨皆由大帅传知。因而每次听到提督、总兵喊：“听圣旨”，曾国藩叩头大拜时的难堪，不仅让他失去了自尊，也让以师事曾国藩的塔齐布等颇不自在。但曾国藩对此却一筹莫展。原来，康熙皇帝发明的这项“专利”，是专为勾通上下之情之举，即让最亲近的人专写奏折，由皇帝亲自批阅，再交上奏人执行。可谓单线联系，是连接最高层中枢神经的“特权”。而到了雍正时，能奏折的官员更多了，除了总督、巡抚外，道府中的个别人也特许奏事。因而被剥夺专折奏事，则是最大的惩罚。更重要的是，臣情无法上达，皇帝自然很难了解下边人的苦衷，不能专折，只能“会奏”，即同地位身份相等的人一同上奏，但须意见一致，而且奏什么，大家都知道，因而也就没有什么秘密可言。更何况，皇帝下发谕旨属公文性质，由军机处“廷寄”，仍由巡抚、提督传谕。因此，曾国藩对皇帝如此“折磨”他，真是有苦难言。在当时，专折奏事虽不如老祖宗时那样灵要，但最普通的东西一旦失去，也觉重要，更何况这还是一件“秘密武器”。
李元度深知失去专折奏事权将意味着什么。他为曾国藩的前途忧虑，也为自己的命运担忧。
一日夜晚，李元度将一份《革职待罪臣曾国藩乞请专奏以速戎机事》的奏疏呈给了心绪纷乱的曾国藩。但曾见后却大为不悦，因为革职后专折奏请本属“犯法”之事，加之咸丰帝此时猜忌很多，上奏的结果肯定会凶多吉少。他以为成功的可能要小于加罪的结果。
李元度说：“设无此项权利，他人沸沸扬扬，日达圣上，而我终不发一语，是人为刀斧，我为鱼肉，是非无以辩白。”
“此中利害，我岂能不知。只是军中情形复杂，不逊朝中。当此国家多难之时，做正人难，做正人君子更难，欲做愤然不欲之官难上加难。”
但李元度一再坚持，并以受死赴难相请，曾国藩只好听天由命。
后李元度又将原折一改再改，并以军情变化万端，随时奏报圣上为主旨。写完后，密封上达。几日后，朝廷即下谕特许曾国藩单衔专奏。这不仅是皇帝打破常规之举，也是曾国藩获得的“异数”之一。
李元度为曾国藩争取专奏权后，曾对他更加信任不移。两人卧同室、游同舟、饭同食，形影不离。而似奏折信缄之类，也大多出自李元度一人之手。此后，曾国藩九江之败，南昌之困，“元度无不相从艰危中，多以勖助。”而曾国藩的多次寻死觅活，也“皆以元度防救得复”。
太平天国翼王石达开自咸丰五年（1855）十一月十九日出安庆，坐镇九江后，使太平军战局转危为安，后又三度反攻，消灭了号称无敌的湘军水师，并将湘、鄂、皖三省联军一一击溃。六年二月十七日秦日纲又攻克武昌，致使曾国藩苦战半年打下的城镇得而复失，湘军精锐，溃不成军。曾国藩自杀不死，黯然逃到南昌，又一次饱尝了冷讽热嘲、奚落讪笑之苦。连他自己也说：“乙卯（咸丰五年）九江败后，赧颜走入江西……丙辰（六年），被困南昌，官绅人人目笑存之。”
他又说，这一次惨败，是他的平生四大惭（耻辱）之一。所谓六年丙辰被困南昌之役，他也是败给翼王石达开的，而那时的情形要比此次更惨。曾国藩诚然中兴名臣，但是在用兵破敌方面，比之勇武绝伦、胸中有十万甲兵的石达开差得远了。将新建湘军武力葬送无余，是他一生中最痛苦的经验，也是他平生所受到的最大的教训。
不过曾国藩还真没忘了他的这位师爷。咸丰四年（1854），他以收复湘潭功，保升李元度为知县，加内阁中书衔。在半壁山、田家镇诸多会战中，李元度又因立功卓著，被保升同知，赏戴花翎。尤其值得一提的是咸丰四年底，曾国藩率湘军水师入鄱阳湖，在湖口为太平军所阻。太平军得悉湘军在外江，大船势孤，便出小船迅速包围了曾国藩的坐营，同时放火烧船，船借风势，直入曾国藩营垒。湘军水师当时尚无三板船，无法抵抗，因而几十艘船顷刻化为灰烬。次日，太平军又将所获船只改装成官军模样，据湖口上游诱使湘军跟进，至湖口又断敌归路。随后，太平军又展开了猛攻，湘军水师不支，守备王荣等部死伤甚多。曾国藩的坐船也被团团围住，无望中，他再次投水自杀。李元度见状舍身相救，拚死力终将曾国藩抱过了江，使曾国藩再一次幸免于难。可以说，李元度此次与曾国藩确有救命之恩。
曾国藩惊魂未定地到了南昌后，开始整顿水陆两军，总结自三月以来岳州、靖港、湖口三次大败的原因。当时跟随曾国藩的幕僚已不多，一是因为曾国藩连遭失败，一些人对他失去了信心，另谋他途。二是因为曾国藩不被清廷重视，跟着他前程堪忧。三是南昌更加危急，弄不好会同曾国藩同归于尽。望着如此冷清的场面，曾国藩心中空落落的，很不是滋味。他让众人指陈三次失败的原因，但大家都面面相觑，不敢乱讲话。
曾国藩一向看重李元度，他又有救命之恩，便亲点名号说：“次青，你大胆请言！”
李元度为人仗义，见曾国藩几次寻死觅活，总不得胜，心里也很着急。眼见这样下去，自己的前途也委实堪忧。于是他鼓足勇气，语未尽，已惊三座：
“恩公东下之师，气势锐甚。然自三月至今，凡经三次大挫折，初挫于岳州，继挫于靖港，今又挫于九江湖口。幸而屡蹶复振，未坏大局。然依在下之见，非失于恩公不知兵，而失于知兵。”
李元度的话，如芒刺在背，一针见血。众将领谁也不敢望一眼曾国藩的表情，只是默不作声地坐在那儿。空气骤然紧张起来。
曾国藩倒还沉得住气。他又说：
“次青请细道之，吾愿闻其详。”
李元度也不再犹豫，说：“岳州之败，师未集而因大风阻于洞庭湖，敌察我困，大股围入，其败可谓天意，于理于势都是如此的结局。靖港之败就不然。一惑于困丁之清，临阵变成谋，夕令朝改，是策略之失。九江湖口之败，问题就更大了。三板大船入湖，敌断归路，变出不测，以大船攻敌小船，无异猛虎拔牙，虚威无用。并且，师出不为退路着想，乃行军大急。犯此，则不能不败。”
李元度的话虽然当众揭了曾国藩的疮疤，但无疑是一剂良药，众将领不由地频频点头，已忘记了曾国藩此刻什么样了。
曾国藩善于听人之言，博采众长，以为己用，他的心胸是宽广的。此刻见李元度一针见血地指出了三次失败的原因，也颇觉叹服。于是他接着说：
“次青的话句句在理。望吾将士共当戒之。”他一生嗜棋如命，此时，话锋一转，以棋喻战：
大抵用兵之道，形同两人对弈，弈术高低备于棋谱，而临局走子，对方未必按棋谱走路，以符合我布下的阵。又如射箭，射经主要讲的是身正，但身正也未必都所命中。因为胜负都在变化万端之中。国藩不才，东下之师，胜败之情，也如临局发矢，优劣其见。孙子曰：“军争为利，军争为危，利危相倚，岂有常域！”次青的话我当铭记。
从此，曾国藩遇子讲一个“退”字，即不做绝人之路之事，凡子更多留几着。