咸丰六年（1856）八月，郭嵩焘从曾国藩处归抵湘阴。翌年春，曾国藩在撰郭氏家谱序中说：“自予督师东下，伯琛相从，往来吴楚之交四年，倦而归，将休息乎京师。”可知郭嵩焘对奔波战事已感厌倦，决定另谋出路。同年十一月，他离湘北上，赴京任翰林院编修。
郭嵩焘此次入京，用曾国藩的话说，一则是他的“铺面”有限，郭嵩焘还要走正常的进身之阶；二则郭已为曾出了许多谋策，也该休整一段时间了。但更重要的是，朝中有人好做官，郭回紫禁城，就能“京信常通”，必要时也可居中斡旋。还有，此时咸丰帝信任的肃顺正延揽俊杰。
肃顺（1816—1861年），满洲镶蓝旗人，爱新觉罗氏。字雨亭，一字豫庭，裕亭。郑亲王之弟，历任户部尚书、御前大臣，以敢于任事，善迎合帝意，为咸丰倚为左右手。清代满汉官僚虽历经几朝，逐渐融和，但矛盾、猜忌依然存在。肃顺的特点之一，是相信汉族官僚的政治经验高于满人。他看出满族贵族入关后锐气消磨殆尽，文化水准又不及汉族官僚，所以要办事，必须重用汉人。至太平军兴起，政府军屡战屡败，朝廷只得听任南方汉族地主士绅办团练自保，湘军于是崛起。咸丰四年（1854）春夏间，湘军在湘潭抵抗太平军，太平军损失惨重。湘军乘机反扑，于九月攻陷武汉。战报传到北京，咸丰大喜过望，说：没想到曾国藩一介书生，能立如此大功。旁边一位军机大臣祁春圃却冷冷答道：“曾国藩一在籍侍郎，犹匹夫也。匹夫居闾里，一呼蹶起，从者万人，恐非国家之福。”说得咸丰大为扫兴，默然无语。其时肃顺为曾国藩等人说了不少好话，并力主重用湘军，为此祁春圃一气之下，称疾休致。
肃顺权力欲极强，“思欲延英雄，以收物望”，未尝没有拉扰湘军以自重之意。为此，他广交名士，搜罗人才以扩充自己力量，同时通过整顿吏治，不遗余力打击异己。咸丰初年，科举考试舞弊现象严重，考试时条子之风盛行，有无耻之徒，加识三圈、五圈于条子上，倘或考中，三圈则馈三百金，五圈则馈五百金。咸丰八年（1858），大学士伯麟因其家人求请，参与科场舞弊。事发，肃顺力劝咸丰杀一儆百。咸丰采纳了这个主意，将伯麟及其他三人处死，十几名高级官吏及僚属也被革职、降职、流放。处分如此严厉，竟以大学士开杀戒，朝野震惊。九年，肃顺等又借“钞票舞弊案”大兴刑狱。当时户部大量印行钞票，铸行大钱，并设“官钱总局”等机构主管此事。肃顺查出巨额贪污案后，又广泛追查，株连数百人，甚至连恭亲王奕的家人也被查抄。此案使主管财政的大学士翁心存与协办大学士周祖培也受到间接打击，而肃顺更权倾一朝。
郭嵩焘到京后，先找到与他关系密切的兵部尚书陈孚恩。
陈孚恩与肃顺关系甚密，因为陈孚恩的牵线，肃顺颇器重郭嵩焘。郭嵩焘曾向肃顺表白，“自粤寇起，不敢复存利禄之志”，这样一位忠心耿耿的名士，肃顺自然乐于收揽。当时肃顺门下之客有“肃门六子”之称，多数是湖南人，郭嵩焘便是其中之一。
郭嵩焘向以才子自命，又立过“军功”，但不过才混了个编修。算命的说他40岁以后当富贵，难道这就算富贵？日有所思，夜得一梦，慷慨吟诗，醒来犹记两句：“流离身世生何晚，微薄功名死即休。”可以窥见他对现世极为不满的愤懑之心。除了替自己鸣不平，他还替曾国藩叫屈。郭嵩焘生平最佩服曾国藩。咸丰八年（1858）七月，他的长子刚基与曾国藩第四女纪纯订婚，从此二人关系更深。这是后话。当时曾国藩正统率湘军与太平军激战，为咸丰皇帝支撑东南大局。咸丰对曾国藩不能不用，又不能不疑。尽管肃顺常替湘军表功，但祁春圃那句“恐非国家之福”的话，总像咒语一样言犹在耳，使皇帝耿耿于怀，不愿授曾氏以实权。曾国藩长期以侍郎空衔领兵，不免牢骚满腹。七年，曾国藩父丧回家守制，便乘机上奏要求离职。他说：“细察今日局势，非位任巡抚有察吏之权者决不能以治军”，而自己在各省“处客寄虚悬之位”，“终不免于贻误大局”。咸丰明知曾国藩是伸手要官，却佯做不知。这就是郭嵩焘说朝廷对“有功者、贤者”“终以不用”的原因。
正当郭嵩焘感到事事不如意时，忽然喜从天降：皇帝要召见他。皇帝所以想到他，自然是由于肃顺的推荐。“天威咫尺”，皇帝的威严足可使臣民匍伏，不敢仰视。这次真要在咫尺的距离内叩见皇帝了，一般人恐怕要兴奋、惶恐得失去常态，但郭嵩焘却很镇静。八年七月二十三日，对于郭嵩焘来说，是个难忘的日子。一早，他便从容自若地进入如意门，并依太监之嘱，在北朝房门坐等“叫起”。所谓“叫起”，就是皇帝事先预定某天召见某几个人，这些人早早去北朝房等候，待太监入内禀报后，皇帝再最后决定今天召见某某，太监按此名单通知等候的人，然后按顺序进去谒见皇帝。召见几个人就称之为几起。凡初次被召见的人，事先都得托门子与太监沟通，届时太监会指点其在何处下跪之类。否则在皇帝面前有失礼仪，不知要出什么大乱子。
郭嵩焘的被召见，因有人事先关照过，所以一切顺利。太监引他走过一个数十步的长廊，就到了皇帝所在的大殿。太监指示跪拜处后，又退到长廊尽头，整个大殿里只剩下了君臣二人。这和“独对”差不多了。郭嵩焘对这种方式很满意，因为“两廊以上空无一人，使诸臣得尽所欲言，无所避忌”。初次见到皇帝的荣幸使郭嵩焘暂时忘却了满腹牢骚，只知一味恭维“国朝体制，远出前代”。年轻的咸丰皇帝想必为了把威风摆足，“注视良久”才开始问话。其实天子与普通人原没有什么区别，初次见面，无非是问问籍贯、年龄、履历，与湘军有关的一些琐事，之后就无话可说了。双方沉默了一阵子，郭嵩焘又介绍了一些罗泽南、李续宾的简况，但皇帝也只答一个“然”字，召见就算结束了。及至第二天郭嵩焘的朋友“问召对时敬畏之心如何”，他回答说就像做一件平常事一样。诚然，那些见了皇帝诚惶诚恐，怕说错话的人，无非是怕奏对失词，贬官降职。但郭嵩焘当官已经有点当够了，或者说对当大官这漫长的期待久久不能实现感到无所谓了，所以敢说：“贬官于我何损……幸是看得功名轻，犹能据实陈奏，不似他人一语便了。”只要漠视功名，在皇帝面前也同样可以保持个人的矜持，这就是郭嵩焘当时的感想。
咸丰八年（1858）末，陈孚恩又面奏皇帝，言郭嵩焘与刑部主事何秋涛“通达时务，晓畅戎机，足备谋士之选。”于是皇帝下令召见郭、何二人。何秋涛（1824—1862年），福建光泽人，字愿船。道光进士。因外患日深，关心社会政治问题，尤注重边疆记载，以资考究。为此他广搜资料，撰《北徼汇编》，考证中俄边界及蒙古、新疆、东北的历史地理。咸丰阅后赐书名《朔方备乘》。
年末，咸丰第二次召见郭嵩焘时，开始接触到了一些实质性问题。待寒暄过后，皇帝劈头提问：“汝看天下大局，宜如何办理？”“汝看天下大局，尚有转机否？”郭嵩焘受宠若惊，首先恭维“皇帝，天也。皇上之心，却天心所见端”，接着便讲了很多讲求吏治、认真办事的意见，并顺便大肆吹捧湘军将领胡林翼、罗泽南、王金王王、李续宾等人，但对曾国藩却只字不提。大概他也看出皇帝对自己这位亲家的疑忌，因而不敢轻易替其说话。但不说曾国藩一个“好”字，却极言曾氏手下各员“皆大将才也”，咸丰自然也能听出弦外之音。因为郭嵩焘断言天下事大有转机，太平军不能倾覆清王朝，所以皇帝听了非常满意。当天便下圣旨：翰林院编修郭嵩焘“着在南书房行走，钦此。”
南书房是皇帝的私人咨询机关，它虽然没有实权，却“近水楼台先得月”。入直南书房，就可以经常与皇帝见面，成了“天子近臣”，以后往外放官，往往优先照顾。这真是一步“近”天，宠幸何如！第二天，咸丰再次召见郭嵩焘，并表示了进一步的信任：“南斋司笔墨事却无多，然所以命汝入南斋，却不在办笔墨，多读有用书，勉力为有用人，他日仍当出办军务。”对于这样的殊荣，郭嵩焘当然一再“叩谢天恩”。
通过这次召见，咸丰已视郭嵩焘为心腹，对其寄很大希望，并欲派他随僧格林沁前往天津前线。僧格林沁（？—1865年），蒙古科尔沁旗（今属内蒙古）人。博尔济吉特氏，嗣父索特纳木多布斋是嘉庆皇帝额附，道光五年（1825）袭封郡王，咸丰三年（1853）为参赞大臣，率骑兵防堵太平军北伐部队。咸丰五年（1855）击溃北伐军于山东，晋封亲王。此时正负责天津海防。但因僧格林沁自恃蒙古马队凶悍，骄横不可一世，对湘军抱有成见，所以咸丰特意嘱咐郭嵩焘：“汝可常与僧格林沁谈谈军务。北边马队，原与南边不同，彼此却不妨考证。”同天召见的还有僧格林沁，咸丰一定也向僧格林沁提过郭嵩焘。因此，三天之后，僧格林沁特邀郭嵩焘谈“练兵、筹饷、制器械三事”。一个月后，僧格林沁又正式奏请以郭嵩焘随同办理天津防务。至此，南方的湘系与北方的蒙古王爷勾搭起来，不过他们很快就翻了脸。
咸丰皇帝的知遇之恩，扫去了郭嵩焘胸中的郁懑情绪，他接二连三上奏，为皇帝积极出谋划策。咸丰九年（1859）初，郭嵩焘上奏陈说海防与御夷之道，提出“今日海防，当筹数十年守御之计，非务防堵一时，又夷船水道拦入，专从陆路抵御，亦非全算”。并推荐湖北提督杨载福熟知造船制器，“可否饬令杨载福选派将领数人，造船委员一人，前赴天津……如法仿造，责成经理，足以扼海口之冲，而补陆军之不及。”清晨呈上去的奏折，几个小时就听到“叫起”的传呼。见面后皇帝对他说，造船一事非旦夕可行，当徐图之，问他是否“尚有不能形之笔墨”的话要讲？郭嵩焘对官场上下欺瞒的虚伪作风深恶痛绝，中国边患日深，国弱民穷，官吏粉饰太平，报喜不报忧，皇帝在深宫哪知外界真情？他早感到“天下之患，在上下否隔”，但苦于无机会向皇帝建言。这次咸丰要他坦言，他便直言不讳地说道：“今日总当以通下情为第一义。王大臣去百姓太远，事事隔绝，于民情军情委屈不能尽知，如何处分得恰当？事事要考求一个实际，方有把握，故以通下情为急。”兴之所至，又谈到“即如人才，岂是能一见即定他为将才、为名臣，亦多是朝廷立定一个主意鞭策之。人人晓得朝廷志向，自然跟着这一路来，久之积成风气，便觉气象光昌。故总须是朝廷立个榜样才好。”他心中的“榜样”是曾国藩，咸丰何尝不知道？只是不愿表态。郭嵩焘急不择言，侃侃而谈，听起来不像臣子向皇帝跪奏，倒像是老师教训学生。咸丰听惯了谀媚之词，怎能接受这种逆耳忠言？说的人披心沥胆，听的人却趣味索然。好不容易等他止住了滔滔话语，皇帝谈锋立转，问他是在翰林院花园住，还是在外租房住？这次到天津去准备带几个家人？郭嵩焘知道这是下逐客令了，便赶紧跪安退出。这次他呼吁“通下情”的结果，却封死了自己通往天子的渠道，从此皇帝再没有主动召见过郭嵩焘。他的“圣眷”已经到了头，自己却还浑然不觉。