这时，曾国藩正在筹划建立一支淮阳水师，便上书清廷，建议由李鸿章补用两淮盐运使负责此事。李鸿章在曾国藩的培育下就要飞黄腾达了。
然而，天有不测风云。这时候，变幻莫测的历史舞台上发生了另一件重大事变：英法侵略者企图在中国获得更多的政治、经济利益，以改签第一次鸦片战争签订的《南京条约》为借口，发动了第二次鸦片战争。侵略军依仗兵威，于咸丰十年（1860）六月攻陷塘沽，七月，夺取了大沽炮台，侵入天津。八月，由天津向北京进犯，在通州八里桥击败清僧格林沁和胜保的部队。北京受到威胁。咸丰帝惊慌失措，匆匆逃往热河。这本与李鸿章不直接相关。但是，咸丰帝一逃，曾国藩那封建立淮阳水师、举荐李鸿章的奏折不知被扔到了哪个角落，一直没有下文。李鸿章飞黄腾达的美梦又一次幻灭了。时年三十八岁的李鸿章自叹命蹇事乖，不觉心灰意懒，以为一生的“英雄”事业至此完结。野心愈大，失望愈甚。这大概就是他由野心勃勃转入灰心丧气的必然过程吧。
李鸿章个人的前程暂时受到影响，但却帮助曾国藩度过了“北上勤王”的难关。
咸丰在逃往热河途中，命令曾国藩速派湘军大将鲍超带兵北援。曾国藩一时举棋不定，因为北援事关“勤王”，无可推诿，但又想留下鲍超所部对抗太平军。他召集文武参佐讨论对策，要求每人提出一种方案，结果多数人主张派兵入卫，只有李鸿章力排众议，说“夷氛已迫，入卫实属空言，三国连衡，不过金帛议和，断无他变”，而“楚军关天下安危，举措得失，切宜慎重”，主张“按兵请旨，且无稍动。”李鸿章认为英法联军业已逼近北京，“入卫实属空言”，英法联军之役必将以“金帛议和”而告终。危及大清社稷的不是英法联军，而是造反的太平军。湘军“关天下安危”，应把刀锋对准太平军。至于北援，应“按兵请旨”，静待时局之变。曾国藩深受启发，一面上疏冠冕堂皇地表示：“鲍超人地生疏，断不能至，请于胡（林翼）、曾（国藩）二人酌派一人进京护卫根本”；一面在实际行动上采取拖延观变战术。结果不出所料，十月便接到“和议”已成、毋庸北援的廷寄。而同时接到率勇北上谕旨的河南、陕西等省巡抚闻命即行，结果却空跑一趟，劳民伤财。相比之下，则显出曾胡二人的高明，而他们二人之所以高明，则由于接受了当时正在曾国藩幕中充任幕僚的李鸿章的意见。事后，胡林翼选择李鸿章、陈鼐、李榕三人的献议附于曾、胡二人的书面意见之后，编为《北援集议》一书，刊行于世。大概由于内部议论，过于直露，不宜公开发表，在刊刻时删去一些内容。故李鸿章的条陈中已不见“按兵请旨”的字句。
其时，曾国藩军中又发生了另一件事，使李鸿章暂时离开了曾国藩幕府，但也使曾国藩更加了解了李鸿章性格中可贵的一面。当曾国藩的大本营驻扎在祁门时，曾将徽州方面的军务委任皖南道李元度。李元度，字次青，湖南平江人，与曾国藩同时办团练，招募八千人成立了“安越军”，转战于安徽、浙江一带，后来隶属于曾国藩部下。应当说，李元度与曾国藩既有同乡之谊，又是患难之交。李元度其人，虽非进士出身，但博通群书，长于文辞，晚年著述甚多，实在算得上一个才子。但他对兵书虽有涉猎，至于临阵作战、独当一面，实在非其所长。曾国藩委任他主持徽州方面的军务时曾再三叮嘱，要坚壁自守，不得轻易出战。咸丰十年（1860）八月，太平军进军安徽，李世贤、杨辅清攻克宁国府（府治在宣城），连下数县。李元度自以为以逸待劳，可获大胜，便违背曾国藩的告诫，出城应战，结果全军覆没，所属六七千人被太平军全部消灭。时曾国藩被围于祁门，对此事一无所知，还指望突出重围，去徽州安身，但徽州兵败之后，李元度却不知下落，过了好久方才逃回曾国藩大营。对其兵败失地，曾国藩本来已十分恼怒，而兵败后不等待处分，反而私自回家，更使曾火冒三丈。曾国藩一怒之下，上疏奏劾，请斩李元度以明军法，并自劾用人不当，请求朝廷处分。李鸿章得知后，便拉上曾国藩的另一个幕僚陈鼐去劝说，认为患难之交，不可不留情面，并对曾国藩说：
“老师如果一定要劾奏李次青，门生不能拟稿。”
曾国藩更加生气，说：“我自己拟稿！”
李鸿章又说：“这样的话，门生只得告辞回家，不能留下侍奉老师了。”
曾国藩怒气冲冲地说：“听你自便！”
九月十三日，曾国藩在日记中写道：“日内因徽州之败，深恶次青，而又见同人多不明大义，不达事理，抑郁不平，遂不能作一事。”从曾国藩手书日记原稿看，曾国藩在“而”与“又见”之间，圈掉“少荃”两字，他的原意可能要写“少荃不明大义，不达事理”。
这自然只是两人间小小的分歧。两人争执后并未弄僵，所谓李当场拂袖而去的情节实属杜撰。李系告假离营，一年间决非断绝来往，告假期间，李与曾信函频通，别后不到一个月李就给曾写信，不到二个月曾即函劝李出任南昌城守事。还有一个重要事实：告假前，李除了有福建延津邵道的实缺，还是湘军老营中仅次于曾国藩的第二号人物，省级大吏都知悉李在湘军总部总理文案，曾的大事往往得李数言而决。
李的出走，从心理上说，是其雄心壮志久久不得舒展的情绪冲动。他追求青史留名，要的是封一路诸侯，而不是屈居人后。他在诗中抱怨“昨梦封侯今已非”，做梦都想踞有一块地盘，对寄人篱下的状况感到不满。曾国藩为此曾安慰他：“观察阁下精明强悍的神色流露在眉宇之间，写字则筋骨胜于皮肉，象不会长期置身于玉堂，带玉器优游。假若要当四方诸侯，按图索骥，不是南方的两粤，就是东方的三吴。”曾果然看得准，同治元年（1862）李得以去抢三吴这块地盘。但在此前，李却常因此而郁郁寡欢，或是吟“愁弹短铗成何事，力挽狂澜定有人”；或是叹“郁郁松楸望不开”，“空将双泪寄泉台”；或是发牢骚“跧伏幕府之中，徒党都星散了”！当时湘军内部门户之见极深，李作为皖人虽居高位，却被占据要位的绝大部分湘人所排挤。那种克制忍让、忍辱负重的生活，令他感到极不舒畅。为此，他常有“戈马飘零何处家？”“四海无家行路难。”之叹。