前面说过，窥基法师是唯识宗的实际创始人。唯识宗是佛教中许多派别之一。佛教的唯一目的是解决人生痛苦。但是，人是宇宙万物之一，因此，要解决人生痛苦，就得先研究宇宙之所以成立及人生之所以存在，然后再进一步研究宇宙与人生的关系，方可找到解决人生痛苦的方法。由于这三重工作极其复杂，所以观察的立场、观点、方法即有不同，于是就产生了许多不同的派别。唯识宗的这个“唯”字，具有三种意思：一是简持义，二是决定义，三是独胜义。言简持者，是简弃外境，持取内心。换句话说，就是站在唯识的立场上，心境只是一个事物的两个方面，这两个方面相倚并存，劈不破，掰不开。如此的心境就是内心内境，即自己认识自己。否则，离心取境，或离境觅心，就是将心分成了孤立的两片，这样就解决不了自己的痛苦。唯识认为自己的痛苦是自己主观上的迷惘，于实际是不存在的。所以说，简弃外境是破“有见”的，持取内心是破“空见”的。“空”、“有”只是两个抽象概念，不一定能与“实事”、“实理”符合，因此，我们要破除这个自缠自缚的见网。决定义者，就是说，真理与事实本来就是融合无间的，它们既不是分开的，也不是离我们太远、太高的，就是在我们的日常生活之中，正如《中庸》所说：“道不远人”，“不可须臾离也。”《五灯会元》卷十二载：“僧问谷泉禅师：‘不知客来用什么招待，’师答：‘云门餬饼赵州茶。’”意思是佛法就在平常日用之间，即日用即道。独胜义者，这是说，在五位百法之中，识是最重要的高知成分，是我们解除烦恼、改善个人和社会生活的关键。故言“唯识”，绝不是说“唯识”独真，余法如幻影泡沫。他只是强调知识是改善我们生活的先决条件而已。
唯识论认为，宇宙万物的构成可以归纳为百种元素，名曰百法；百法又可分为五类，名曰五位。这五位百法就是我们实际生活中的元素。其中，第一位是心法，它包括眼、耳、鼻、舌、身等五识，合称前五识。它相当于我们通常说的感觉认识。而第六是意识，意识能思想事理，相当于我们通常说的综合感觉所形成的知觉，即概念上的知识。这六识显而易见，佛教的大小乘诸派、印度哲学、中国哲学，乃至西方哲学都是如此解释。但对小乘来说，因为它不管宇宙万物的真实存在，也不管他人的行为造作，而只是在自己的心意识上下功夫，但求眼不见色，耳不闻声，鼻不嗅香，舌不尝味，身不感觉触摩，意不思想宇宙万法，久而久之，六根退化，六识不起，达到了“灰身灭智”的所谓“涅槃”境界。上述这几种解释，都不是唯识哲学的精奥。但对大乘佛教特别是唯识宗来说，它不仅要研究宇宙的本原，更要探索人生的本原，所以，它首先要研究识的由来。唯识宗认为，眼根、耳根、鼻根、舌根、身根都有一种攀缘取相的作用，而色境、声境、香境、味境、触境都有一种引诱迷妄的作用。因此，根境和合，便产生了眼、耳、鼻、舌、身等五识。而第六意识呢？就是对前五识所得事物之理，即法境，进行想像、推理、判断和思维，即思量辨别，是前五识的共同依据。因此，唯识界说，识就是“了别”。第七识叫末那识，梵文为Manas，意译为意。其自相和行相是“恒审思量”，即不停动地起思虑作用。其特点是：我们通常说的“自我”——“私我”即“私心”。是万恶之源。所以要通过一定的修行达到转依位时，就变成了“恒审思量”、“无我相”，即去掉了“我见”，成了“无我”，即我们通常说的“公心”。但又以其具有“恒审思量”的特点，故不同于时有中断的第六识意识。所以，我们通常把它视为潜在的自我意识。第八识，叫阿赖耶识，梵文为Alagvijnawa，意译为“藏识”、“无没识”，别称“阿陀那识”、“种子识”、“异熟识”等。所谓“藏识”，就是说它含藏着诸法种子；所谓“无没识”，就是说它执持着诸法种子不失，是宇宙万法之本原。所谓异熟识，就是说它能按照前世所作善恶等行为（业），引生出后世的相应报应，保证其精神主体永恒相续，并以不同的形体和身份生于特定的环境。阿赖耶识具有三种功能，一是能持诸法种子（能藏），二是受熏形成新种子（所藏），三是由第七识执为自我（执藏）。这就是说，阿赖耶识由其前七识的杂染熏习构成种子，此中的“熏习”为因，“种子”为果；而阿赖耶识的种子又能生起前七识的杂染现行，此中的“种子”为因，现行为“果”。这种互为因果、连续不断的识体，使一般人认为它就是“内我”（灵魂），故此识被认为是物质世界和自我的本原、轮回果报的精神主体和世间证得涅槃的依据。可见，在唯识哲学看来，识外无境，识是第一性的，故名“唯识”。
上述心法的主要成分是知识，那么，心所有法如何呢？心所有法分为六位，它们分别是：遍行五法、别境五法、善十一法、烦恼六法、随烦恼二十法、不定四法，总计五十一法。其中，十一个善心所、六个根本烦恼和二十个随烦恼及遍行中的作意、受、思、想、别境中的欲、不定中的恶作等，其主成分是“情”与“意”。八个心法和五十一个心所有法都是对人的心理活动的说明。一切法的本性都是真实的常住的，这就是真实不妄的没有生住异灭变化的无为法，即终极真理，亦名绝对真理。总之，唯识所说的五位百法是对宇宙人生所有诸法的概括总结，诸法平等，相互牵涉，如《华严经》说的帝释网。但唯识哲学是以知识来统摄五位百法的，是人为的思想体系。
1.五重唯识观
五重唯识观为窥基所创，是他对唯识学说的重要贡献。以其是说明观“三性”的顺序和方法，所以，首先要阐述一下“观”和“三性”之说。
观，指在佛教“正智”指导下对特定对象或义理的观察思维活动，就是众生主体以佛教智慧观察世界，观照真理，主体的心灵直觉契入所观对象，并与之冥合，达到主客能所无所分别，这就是观。观是智慧的一种观照作用，是一种冥想，即直观、直觉。直觉是人类的一种普遍的心理现象，即一种不需要经过分析、推理，而对客体直接洞察、完整把握的认识能力和思维方式。通常说来，佛教之观不同于我们认识上的感性、理性活动，也不同于我们通常说的分判、理解。它观的对象为心、法、佛等等。观心就是观照主体自身的精神。以心有本质和现象之别，所以观心又分为观现象之心和观本质之心。“法”，泛指一切存在。观法就是观照一切存在的不同现象与真实本性。佛教十分重视对法的现观，也就是说，运用智慧对现前之境加以直观。对佛教的般若学来说，它非常注重观照对象的普遍、绝对的真实本性——空。观佛是心上升起对佛的念想，专心念想佛身的相好庄严和佛的无量功德，以进入沉思冥想的境地——佛境。由于所观对象的不同，观的类型、层次的不同，所以，在各种观法中，我国佛教比较重视内观，即以自省来观照的。内观就是观照内观者自身，自己观照自心的本性。中国佛教也重视观空。观空的方法很多，主要是纵观事物的前后延续和横观事物的彼此依存及直观事物的当下体性——空。于此，对于唯识来说，其观是以别境中的慧心所为自性的。那么，何为慧呢？窥基在其《大乘百法明门论解》卷上说：“言慧者，于所观境，简择为性，断疑为业。谓观得失俱非境中，由慧推求，得决定故。”这是说，以慧有断疑简滥择正的作用，所以要用它来观察诸法三性，悟得“唯识无境”之真理。换言之，我们现前的身心世界，俱为所观之境。身心世界的起源本质，活动的规律后果等等，我们都应该精密观察，透彻观照；以便明辨染净，知所修断。因此说，观是我们修行的最珍贵的仪器，也是我们转迷启悟、转凡成圣的法宝，还是我们不用花钱自有的用之不竭的灵泉。
三自性说：存在的三种形态
印度佛教的瑜伽行派相当重视对诸法现象的探讨。此派的三自性说就是关于诸法的三种形态或三种存在层次的理论。
三自性是印度瑜伽行派和法相宗宗教理论体系的中心观念，是指遍计所执性、依他起性和圆成实性，也称三自相，简称三性、三相。《成唯识论》卷八概括总结说：
三种自性，皆不远离心、心所法。谓心、心所及所变现，众缘生故，如幻事非有似有，狂惑愚夫：一切皆名依他起性；愚夫于此横执我法、有无、一异、俱不俱等，为空华等性相都无：一切皆名遍计所执；依他起上，彼所妄执我、法俱空，此空所显识等真性名圆成实。是故此三不离心等。
总之，三自性是心的三种层次（实际是染净二层，依他起无染净之别）的活动，是心的染净活动而引生的种种存在的不同表现。心识通过变现而贯彻于依他起中，从而使现象和本体统一。同时，三自性说以圆成实性的真如为真实本性，以依他起的诸法为事相，从而又使现象与本体处于相互对立之中。
五重唯识观，又名五重唯识。法相宗为了确立宇宙万法都是“唯识所变”的宗旨，遂提出了观想“唯识”之理的五个层次或五种观点。窥基在其《大乘法苑义林章》卷一《唯识义林》第三中说：
一、遣虚存实识，二、舍滥留存识，三、摄末归本识，四、隐劣显胜识，五、遣相证性识。
第一重唯识观：遣虚存实识，遣谓遮遣，意为否定；存谓诠表，意为肯定。用什么来遮诠呢？能观之慧。观什么呢？所观之境，即唯识三自性：遍计所执自性、依他起自性和圆成实自性。《唯识三十颂》解释“遍计所执自性”曰：“由彼彼遍计、遍计种种物；此遍计所执，自性无所有。”在仅仅的20个字中，就有三个遍计，初一为名词，次一为动词，第三是承接一、二说的。初一遍计是指主观上的情见，我们就是拿着这个不正确的情见来应付生活，逐境应缘，故言“彼彼”。当我们拿这“彼彼遍计”来遍计景物时，就产生了绝缘孤立的坚固不变的“实我”、“实法”的“种种物”。这个“实我”、“实法”的“种种物”的自性，都是主观上情执里面的幻影，是虚妄的“无所有”的，故须遣去遍计所执性的虚妄幻缘。
《唯识三十颂》解释“依他起自性”认为，宇宙万物中，没有一件是绝缘孤立的凝固不变的事物，都是“因缘所生法，我说即是空。”这性空之真理就是我们生活的实相。
《唯识三十颂》解释“圆成实自性”时说：“圆成实于彼，常远离前性。”这里的“彼”是指“依他起自性”，即性空之真理。全面贯彻依他起法，就谓之“圆”；真理是本身具有的永恒存在，故曰“成”；真理是真空不虚的不可改变的道理，故曰“实”。可见，“圆成实”是对真理的绝妙描述，或者说“圆成实自性”就是真理的代名词。总之，因为“依他起自性”和“圆成实自性”是诸法之体相和实性，以其为真实，故名“存实识”中的“存实”。所以，“依他起自性”和“圆成实自性”要留存之。
佛教认为，识谓了别。了别，分为能了别和所了别。能了别就是唯识宗说的见分，见分即心；所了别就是唯识宗说的相分，相分即境。
据实说来，宇宙万物，归纳起来，不外是“能了别的心”和“所了别的境”。它们都不是孤立的单纯的存在，都是缘生的。缘起性空就是我们生活的实相。
第二重唯识观：舍滥留纯识，在第一重唯识观时，依他起之事与圆成实之理都不离识，且“心”、“境”都是待缘而生，相依并存的，即心与境、境与心是平列的。为什么要偏偏成立唯识呢？《成唯识论》答曰：“识唯内有，境亦通外，恐滥外故，但言唯识。”由依他起和圆成实所成之境虽不离识，但与内识中有的客观之境（相分）相较，前者为心外之境，后者则为心内之境，“以识唯内有，境亦通外”，为恐相分之内境与心外之境混淆，无法得到正观，故须舍境留心。这里的境是指心外之境，心是指具有相分和见分、自证分之识，故称纯识。此为第二重唯识观。
第三重唯识观：摄末归本识，第二重唯识观舍离了与心境相对的滥境，留下了具有相分、见分和自证分的心识。以识有体用、本末之分，离体无用，离本无末，故要摄末归本识，浑然一体。
第四重唯识观：隐劣显胜识，识之自体为心王和心所，而心王和心所的自体，虽然都能变现见分和相分为能缘和所缘，但因心所为心王的伴属，作用较劣，故须隐劣之心所彰显优胜之心王。前面讲过，心王，亦即知也；心所，亦即情与意也。知、情、意三者，是人人本来就具有的，而且是浑然一体的。从佛教人人都有佛性的观点看来，世间没有一个人是无知无情无意的。第四重唯识观告诉我们要“隐劣显胜识”，就是要我们重视理智，不要盲目地被情与意驱使，更不要像某些人说的佛教是扼杀情欲的。那么，怎么办呢？这里说“隐”，隐就是不要显露。为此，就要用理智来洗练情欲，用戒律来节制情欲，用法律来制止纵欲。因为情欲是人与生俱来的，扼杀不了的，况且它还有积极的一面，如果运用恰当，将会是人生智慧幸福财富的源泉，也是推动社会进步的动力。诚如了亢居士所言：“我人之智，即佛大智；情，即佛大悲；意，即佛大雄大力。佛，即是凭着我们这些珍宝成的。我们没有这些珍宝，也就休想成佛。”
第五重唯识观：遣相证性识，在第四重唯识观中，虽已显存心王，但心王有了事理即相性之别。其识相为事用之依他起性，识性为理体之圆成实性。因此，乃须遣去依他起之相用。但是，有人认为依他起是缘起法，“缘起如幻，本自无相可遣”，其实不然，诚如吕澂先生在《慈恩宗》一文中说：“此处说遣相证性，并不同于旧译家（真谛、菩提流支等）所言遣除一切依他起的现象，而只是伏断依他起（染分）法的知解分别。从前陈那的《掌中论》里，曾依据《摄大乘论》所说作了一个很精彩的颂：‘于绳作蛇解，见绳知境无，若了彼（绳）分（麻）时，知（绳知）如绳解谬。’这就是观中伏断依他起法知解的扼要说明。依他知解既断，所缘染相自然不会当情而现。不过这还是观中境界，应该再联系到践行，明对治法门，逐渐引生，巩固种种净法（即依他起法的净分），代替染法的地位，这才得着转依的实效，而圆满唯识的理行。”《唯识三十颂》里解释圆成实性那第二十五颂：“此诸法胜义，亦即是真如，常如其性故，即唯识实性。”这就点明了圆成实性就是“唯识”之义。
总之，唯识五重观之第一重观是总观，其余四观是别观。前者就是见道之前的修法，后者就是见道之后的修法。如此逐层刊定，指出了观法的枢纽所在，可说是很切实的。