拳匪之入京师，刚毅实导之。刚毅识字不多，以清正自诩，由部曹外任巡抚，内召为尚书，入枢府，后眷甚隆。奉命江南查案，旋之广东，敛浮赋，括四百万；历东南诸省，括千万。归于京师，得梁启超所撰《清议报》，进于孝钦后；后大怒，愤外国之庇康、梁，必欲报此仇；益恨德宗，思废之，立端王载漪之子溥儁为大阿哥，将于庚子正月行废立，刚毅实主之。力引载漪居要职，宠眷在诸王上。后命荣禄告李鸿章，私以废立意询各国公使，皆不协；后益大恨。刚毅日言仇洋，见谈洋务者皆斥为汉奸。过金陵见刘坤一所立之储才学堂，立命闭之。董福祥以杀洋人自任，刚毅力誉于后前，恩宠日渥。
及拳匪据涿州，朝议剿抚不决，乃命兼管顺天府事尚书赵舒翘，偕府尹何乃莹，驰往解散；刚毅虑舒翘或戾己意，自请继往。舒翘至，召匪首谕朝廷德意，令解散；匪首坚请褫聂士成职，舒翘难之。刚毅至，许以先退聂军；及复命，力言团民忠勇有神术，若倚以灭夷，夷必无幸。舒翘本以刚毅力贵显，益附拳匪说，后乃命刚毅导拳匪入京。旬日至数万人，坛场遍城内外，王公贵人争崇奉之，渐出入宫禁，莫敢究诘。刚毅与载漪合疏，请用团民，乃奉统率团民之命。董福祥率武卫军攻使馆，刚毅日坐城楼观战，曰：“使馆破，夷人无噍类矣！天下自此当太平。”舒翘起为寿曰：“自康有为倡乱，天下扰扰，公起而芟夷之。上病失天下心，幸继统有人，定策之功公第一。”刚毅大喜。及联军破京师，两宫仓皇出走，刚毅随扈至太原，李鸿章电劾肇祸诸王大臣，后召见载漪痛斥之。自出狩后，刚毅忧惧不复有所言；及随扈西安，中道病，折回侯马镇病死。十二月，惩办罪魁，刚毅以先死免戮，追夺原官。