应该说蒋介石在把蒋经国推举到领导岗位的每一步都不轻松，阻力重重。有时成功了，有时退却了。退对于蒋介石来说并非败退，他不把蒋经国培养成可靠的接班人是绝不会罢休的。
1950年蒋介石复职总统后，他急于安排经国的职务，夫人宋美龄一段肺腑之言，打消了他的念头。他表面上像是退却了，实际上他一刻也没有放弃努力。因为他的既定方针是传位于子。但因公子羽毛未丰，尚不具备人事支配力量，仍需磨砺。在这种指导思想下，1950年4月1日，蒋经国正式出任“国防部总政治部”主任委员，官阶二级上将。命令一宣布，很多元老就“炸”了锅，空军总司令周至柔就很不服气。当有人向他祝贺荣升一级上将时，周当着公子的面不屑地说：“现在将军贬值了，连老百姓都可以当上将。我在沙场打搏了几十年才升了这么一个一级上将，你们说有什么可庆贺的？！”说得在场的蒋公子满脸通红。他除了对周不满外，而他在“总政治部主任”任期内，始终不敢穿将军服出入公共场所。
蒋家王朝退守台湾后，什么工作最重要？蒋介石左思右想，感到台湾安全最重要。现在一切的核心问题，就是再也不能丢失台湾，不然就死无葬身之地。故此，蒋经国又奉父命独揽了整个台湾岛的安全，情报与特务系统大权，负责监督筹划情报业务和对大陆游击活动的指挥派遣。蒋经国具体负责“总统府机要室资料组”。该机构下设保安处，实际等于夺了毛人凤掌管的保密局的业务。此时的蒋经国，尽管官职不高，但其权力，可与当年戴笠相媲美。他可以在总统府内发号施令。只要戴上红袖标，想抓谁就抓谁，想杀谁就杀谁。躲在幕后行使法律以外的特权，指挥喽啰狠狠打击异己，一直是蒋家第二代、第三代在“蛰伏”阶段的特色。遇到人事安排，父亲开始先征求儿子的意见。对此，江南评论说：“这是一个极重要的转折点，由此时开始，蒋经国真正掌握到威灵显赫的权力之柄。”
再说吴国桢后来下台之事，就是得罪了蒋公子。
且说吴在任职台湾省主席期间，最不能容忍的就是蒋经国所豢养的特务打手的横行、猖狂。当时吴出于对老蒋的尊重和忠诚，向主子说出了自己的肺腑之言：“如钧座厚爱经国兄，则不应使其主持特务，盖无论其是否仗势越权，必将成为人民仇恨的焦点。”吴国桢还向蒋介石进言说：“国民党费应不用国家经费而向党员筹募，且应鼓励反对党之成立，俾能奠定西方两党制度。”
人或许到了老年的时候就变得固执了，蒋介石对别人的好言一点也听不进去。他不但听不进去，反而把此事告诉了经国。
蒋经国在与父亲多年的相处中悟出一个道理：父亲杀人的手段总是藏而不露，父亲说话的意图总是让人多方揣测。作为父之子的蒋经国，不用揣测，他已清楚父亲的用意。
既然是一块“绊脚石”，蒋经国决定搬掉它。怎样巧妙地又是滴水不漏地搬掉它？倒需费一番心计。于是蒋经国和他的狐朋狗党们，整整一个来月，关门闭户，策划于密室，他们把这次搬石头计划，定为“十三一工程”。
世界上没有不漏风的墙。作为台湾高级领导层的宋美龄，在此以前，曾听到吴国桢和太子之间的激烈冲突。后来，吴国桢也亲自找宋美龄上书。她感到矛盾越来越激化，并凭她以往的经验，预感到一场暴风雨要到来了。
宋美龄终于睡不着觉了。有时睡着了，还常做恶梦，醒来后满身汗淋淋的。
她要保护吴国桢，她要警告蒋介石，制止这场事态的发展。
这是一个风雨之夜，狂风吹打着屋外的树梢，吱吱作响。宋美龄循着唐诗里的“夜来风雨声，花落知多少”的著名佳句渐渐入梦了，梦中她看到被狂风暴雨袭落的片片花瓣，有的飘落在池塘，有的飘落在地面……渐渐地那花瓣变成了一个模糊的东西，她大胆地走近一看，啊！原来是吴国桢的人头……她吓呆了，她惊叫了起来……
“夫人，你这是怎么啦？又做恶梦啦？”被叫声惊醒的蒋介石这时推了推她。宋美龄醒了过来。
“你们不能加害吴主席，他是个好人啊！”宋美龄直抒胸臆。
“此话怎讲？夫人。”蒋介石为之一愣，心想，“她怎么知道了？”
“我在梦中看到。”确确实实，宋美龄在抓不到对方确切证据的时候，以梦作据是如何的巧妙。
“不会的！不会的！”蒋介石哭笑不得。
“我要警告你那个‘大义灭亲’的宝贝儿子，如果吴主席有个好歹，我要拿他是问！”宋美龄要是火起来，锋芒也是咄咄逼人。
蒋介石知道夫人的厉害，说了声：“快睡觉吧，不要疑神疑鬼的。”便蒙头入睡了。
作为夫人，宋美龄还能起到什么作用呢？她在冷静地思考着。她要阻止那项可怕“工程”的进行……
宋美龄这个“敲山震虎”的警告，果然使那项可怕的“工程”推延了。一年多来，事态发展平缓，使宋美龄悬吊上来的心也放了下来。她也自以为胜利了。可是事情恰恰与善良人的愿望相反，在人们不警惕的情况下，事情又突发了，连宋美龄也为之惊讶。
1952年10月30日，是蒋介石65岁的诞辰。生日祝寿，这是往年的习惯，今年蒋介石却打破了这个习惯。这天，蒋介石与宋美龄离开了台北，到郊外草山别墅过寿，但特邀请台湾省主席吴国桢夫妇上山吃晚宴，以叙旧谊，并殷切地挽留他们在山上过夜看焰火。
总统再三挽留，吴国桢夫妇岂能再次婉言谢绝。住就住吧，他们夫妇便答应下来。第二天吴氏夫妇离开别墅时，一个意外的事发生了——司机小刘不在了。派人去找也没有找到，只得由蒋宅另派了一名司机开车下山。那天正巧吴的妻子大闹腹泻，开车不久就停车到路旁一老百姓家中如厕方便。等吴氏夫妇回到汽车旁，发现司机小杨的脸色都吓白了。
“怎么了？小杨？”吴国桢急问。
“你看，多险呀！”司机小杨指着三个车轮的固定螺丝钉早已被人拧掉的孔孔，道，“要不是在这里停车，我们怕是下山没命了！”
“娘的，蒋家想要我的命了！”吴国桢甩掉烟蒂，狠狠地骂道。
正在这时，蒋经国的巡逻车队来了，发现吴国桢的车停在这里，便下了车，春风满面地道：“吴主席怎么不走了？”
“车坏了！”身在郊外荒野，吴国桢不便发火。此时，他知道发火会意味着什么！吴国桢不愧是美国普林斯顿大学训练出来的政治能手，十分成熟，尽管对此事心中有恨，却不露一点声色。
“上我们的车吧！”蒋经国摆了摆手。
“不啦，我已另派车了！”吴国桢说到这里又道，“谢谢，你们先走吧！”
就在蒋经国巡逻车队走后不多时，吴氏夫妇随便找一辆他认为比较安全的大卡车回到了自己的官邸。
吴国桢夫妇越想越后怕，半个月后向蒋介石交了坚辞省主席的申请。接着，他又暗中活动美国两个学术团体，弄到邀请吴到美讲学的签证，可是蒋介石坚持不让吴离开台湾。
在这个家族独裁统治面前，吴国桢一筹莫展，在这时，他又想到蒋夫人。于是吴国桢连夜给宋美龄疾书了一封长信。信的内容是从蒋介石生日那天写起，反映他们夫妇回官邸途中发生的意外，以及他现在手执护照不能出国的急迫心情。
“真是的，简直是法西斯专制！”宋美龄看完这封信愤愤不平。她连夜找到蒋介石，把信往他办公桌上一摔道：“瞧一瞧，这是你们办的好事！如果一年前我是做梦说胡话，这总是事实吧！”
蒋介石戴上花镜，一口气把这封信阅完，他秃脑门上汗涔涔的，连忙矢口否认：“这是栽赃！”
“栽赃不栽赃且不说了！你让不让他出国？”宋美龄直言相告，“如果你不愿批的话，我批！”
“此事不清，恐出国风波更大！”蒋介石已预感到事情败露可能给他引起更大的麻烦。
“什么不清！只是不敢承认罢了！况且人家有美国的支持，起码的外交脸面你也不顾吗？你说话，到底批不批？”
“夫人，你容我想想不好吗！”蒋介石口气显然比先前软了下来。
“你说，什么时间答复？”
“三天行吗？”
“不，明天12点前，我等你的电话。”
蒋介石出于夫人的当面干涉，第二天12点终于答复了：批准吴国桢夫妇离台出国，却留下吴的父亲和儿子做人质。
吴国桢1953年5月抵美后，有相当的克制程度，没有半句对蒋氏父子的不满之词。但蒋经国的嫌疑，亦未因吴出国而平息，江南先生在《蒋经国传》中写道：“恐怕，太子也有几分‘与人斗其乐无穷’的歇斯底里。”
1954年1月，台湾报纸披露吴国桢在台从政期间苟取巨额外汇、中饱私囊的内容，有的报纸还刊出《劝吴国桢从速回台湾》的长篇社论。吴先生只是要求台湾报纸登启事辟谣，但吴的父亲跑遍各报，不得要领，吴忍无可忍，于是在美发表对台三点“政见”，主要内容是：一、台湾如不实行民主，将无法争取美国和侨胞的支持；二、目前的台湾政府过于专权，是一党统治，应该结束；三、政治部全部照搬苏联的方法。这三条分明专指蒋经国但尚未指名道姓。
台湾自有许多忠于蒋介石的要员已“义愤填膺，揭竿而起”，始与吴国桢隔海骂战，指责吴“反动”，“狂妄”，“包庇贪污，营私舞弊”等，罪名达13条之多。
吴国桢在台湾的一片谩骂声中，复刊出《上总统书》一文，才正式点出蒋氏父子的名字，说：“太子是台湾政治进步之一大障碍，主张送入美国大学或研究生院读书……在大陆未恢复以前，不必重返台湾。”同时批评蒋介石“自私之心较爱国之心为重，且又固步自封，不予任何人以批评建议之机会”。
吴国桢的一纸上书，等于在蒋氏父子的后院丢了一颗原子弹，发出惊人的震动。美国各大报纸无不争相报道。蒋介石赶紧发表“总统命令”，开除了吴国桢的党籍，官方策动“上书”、“签名”、“声讨”运动，以维护领袖和领袖儿子的形象免遭吴国桢糟蹋，结果却于事无补。通过吴国桢事件，已给中外人士留下深刻的印象，蒋介石仍然是大陆期间的蒋介石。大陆惨败的教训，并未能使蒋介石洗心革面。
这时，蒋介石出来埋怨宋美龄，当初不该放吴国桢出走，造成吴借外国政治保护，肆意攻击“国府”，蒋经国更恨蒋夫人帮助释吴。由于吴案更使蒋经国与宋美龄间的斗争白热化了。
后来，吴国桢才真正深悟出蒋老先生“爱权之心，胜于爱国；爱子之心，胜于爱民”。应该说这是吴的刻骨名言。