陈其美中弹身亡，蒋介石舍命收尸
“肇和”起义失败后，陈其美、蒋介石、陈果夫等人再次逃往日本。在那里总结经验教训，以待东山再起。找出失败原因有：一是革命军并没有同时占有“应瑞”、“通济”两舰，致“肇和”有孤立之势，而卒遭两舰攻击。二是担任陆上各方面攻击之敢死队等，武器只有手枪、炸弹，不能与正式军队之枪械抵抗。三是总部机关被破坏后，各方联络中断。四是陆军方面不能确实响应，是因为无根据地凭借。
通过总结教训后，也对这次起义的意义做了正确的估价：起义虽然失败，但是影响深远。不仅影响到全国，也影响到世界。在国内可以打破袁世凯种种欺骗性的宣传，纠正袁世凯认为兵力能够镇压全国的错误，同时在本党中间，也因此重新鼓舞起各同志积极的勇气，在各处做种种发难的准备。
经过全面整顿，如果说昔日的逃亡者个个颓唐，则今日组织健全，纪律严明，人心一致，同仇敌忾。无疑又成了一只“下山虎”，令窃国大盗袁世凯大为不安。
再说，身登龙椅、黄袍未加身的袁世凯，自“肇和”举事后，得知中华革命党在东京东山再起的信息，当夜就失眠了，这无疑是他实现皇帝梦的一大障碍。于是连忙召集大臣密谋一番，既然武力鞭长莫及，最好的办法就是金钱收买、分化瓦解。方针既定，派谁去做这件事呢？他想到了蒋士立，此人与革命党关系甚密，又是自己的亲信，是个“两栖”人物，万无一失。于是召来蒋士立，面授机宜一番，当场送款50万，作为这次的活动经费。蒋士立见钱眼开，也是表现自己的好机会，向主子表白一阵，翌日便登船去了日本。
在驻日公使陆宗舆的配合下，一幕诱人上钩的把戏上演了。
不多日子，一则新闻就在革命党内部传开了，袁政府派员携重金来日，为留日人员办好事：一是资助回国，予以政治地位；二是在国外休养，予以优裕生活费；三是资助留学，为国公派。即日起，凡留日人员均可任意选择登记。
这一招真灵，果然有人上钩报名，愿意回国做官。
革命党内部对此认识不一，莫衷一是。
有阴谋就有反阴谋。孙中山、陈其美及时召开会议，研究防范对策。湖南籍年轻党员吴先梅主张以牙还牙，先斩掉魔爪——蒋士立再说。
“杀掉蒋士立！”大家立即赞成，称绝称妙。
暗杀蒋士立，是在一个大雨滂沱的夜晚。
这天雨大，蒋士立没有外出宣传，只身一人在屋内，起草电函给国内袁大总统，申请邀功请赏之事。恰在此时，急促的电话铃声响了。蒋士立操起听筒：“啊，是吴先生，外面大雨倾盆，有什么事啊？”
“上次见面后，我已做了工作。我手上现有一份关于革命党的机密要件，趁雨夜，想给你送去。为防意外，我就不上楼了。你在宅门等候！我10分钟内到达面交。”
“那好。”蒋士立正做升官梦，也不多想，就答应了对方。尔后，草草将信画了句号，便匆匆下楼等候。
果然，10分钟内一个冒雨举伞的不速之客在幽暗的灯光下出现了，渐渐地向宅门走来。
“你好，蒋兄！”
“你好，吴先生。”
“文件我已带来。”
“那好。”
吴先梅佯装从手提包内取文件，结果取出了手枪，黑色的枪口对准了蒋士立：“我是革命党，明年的今日是你的周年！”
蒋士立一时目瞪口呆。
“啪！啪！啪！”吴先梅手疾眼快，对准蒋士立连开三枪，蒋应声倒地。
吴先梅收枪而走。
袁世凯得知此事，大为恼火。
魔爪被斩，党心大快。
接着，作为中华革命军总司令的孙中山，为扩大战果，又令陈其美赴上海，成立中华革命军东南军部；令居正赴青岛成立东北军部；令胡汉民赴广州，成立西南军部；令于右任赴陕西，成立西北军部；令夏重民、胡汉贤去加拿大，组织华侨讨袁敢死队，机关设在《新民国报》社，还在加拿大阿尔伯塔省会埃德蒙顿成立军事社，训练队伍。报名参加的有五百多人，孙中山得力副官马湘就是在这时参加革命队伍的。后来华侨讨袁敢死队又奉孙中山电召，在团长夏重民的率领下，开往日本横滨。经过五个月的训练，调到山东潍县周村，归中华革命军东北军部指挥，准备进攻济南。至1915年冬末，中华革命党除部分党员在南洋筹饷外，多数党员已潜入国内各省组织中华革命军分部，进行联络策动工作，讨袁战火开始蔓延全国各省。
革命党人在国内一些城市四处出击，举行暴动、暗杀抑或策动兵变等，使袁世凯的地方军政爪牙如坐针毡，惶恐不安。
陈其美在上海积极组织讨袁活动引起袁世凯及其爪牙的刻骨仇恨，他决定以牙还牙，于是，一场暗杀陈其美的阴谋开始了。
其实，从“宋（教仁）案”以来，袁世凯一直不断派人跟踪陈其美，前后共派了六七批人。陈其美的弟弟陈其采，接到北京一位朋友的来信，说袁世凯忌恨陈其美比忌恨孙中山、黄兴还要厉害。嘱托陈其采赶紧转告陈其美，行动务必十分秘密谨慎。恰在这时，陈其美办事极不顺利，经济也越来越困难，各方面的事情又十分繁忙，日夜难得休息，心情既不好，身体也越来越坏，形容枯槁，疲惫不堪。当他看到革命事业面临重重困难，护国运动各派蜂起，而上海的反袁斗争进展缓慢，心里十分焦急，他决心不惜冒一切风险也要搞到发动起义的一笔经费。这就使在上海的刺客们有了可乘之机。
土匪出身的张宗昌，原是陈其美的部下，后倒戈投靠冯国璋的门下。此人了解到陈其美的困境后，忙收买会党分子程子安，策划暗杀陈其美。
暗杀必须知底。
程子安一伙得知陈其美眼下经费紧缺，就设计组织了一个鸿丰煤矿公司，来引诱陈其美上钩。程子安设法找到革命党人王介凡，又通过王介凡找到陈其美手下一个亲信李海秋，让李去向陈其美游说：鸿丰煤矿公司有一块矿地，要向日商中日实业公司抵押借一笔款子，日商要求有人担保，鸿丰公司希望陈其美作保，借到款子后，以十分之四（20万元）帮助陈做革命经费。陈其美虽然觉得这件事有点不太妥当，但当时经费紧缺，正苦于没有办法，既然有此机会，就想冒险试试，便答应可以作保。李海秋就同陈其美约定了日期。这时很多革命同志也劝说陈不要去，可能有诈。陈其美说，没钱什么事也干不成，如是待毙，不如冒险一试。
5月18日下午，陈其美按时到萨坡赛路14号赴约。与此同时，袁世凯收买的凶手们，秘密地张出了罪恶之网，里里外外进行着周密的布置。程子安召集了一帮凶手，王殿章、王润章、王子连、潘甫庭等拿了手枪、石灰包分布在萨坡赛路14号周围的马路上，随时准备袭击。李海秋是这里的熟人，负责带路。程子安、王介凡、许国霖及一个日本人分乘马车前去与陈其美见面。杜福生租借了汽车、马车在门外等候，以便行刺后迅速逃跑。李海秋既是这里的常客，又按约定前来，门卫没有戒备。李海秋把许国霖带进来之后，就去请陈其美。陈其美随即下楼在客厅与客人相见，刚刚坐定，准备谈正事的时候，李海秋突然推说合同底稿忘了带来，必须亲自去取，说完就匆匆忙忙离席走了。陈知事情不好，正要退出，两个凶手冲了进来，拔出手枪齐向陈其美头部射击。陈其美连中几枪，倒地身亡。时年40岁。
陈其美遇刺后，孙中山丧失了一个得力的助手。他悲痛异常，但局势非常紧张，又不能亲临祭奠，更增添了孙中山先生的无限伤感。
陈其美殉难后，因慑于袁世凯的淫威，一时间无人敢去认领尸体。唯独结义之弟蒋介石狂奔现场，抚尸痛哭，随即又冒险将义兄的遗体送往蒲石路（今长乐路）家中入殓，并亲自撰写祭文：“悲乎哀哉，而今而后，教我勖我，抚我爱我，同安同危，同甘同苦。而同心同德者，殆无其人矣。”
为陈送葬时，蒋介石哭得很痛。有人曾出一言：“英士与介石不枉兄弟一场。”
1916年11月20日，孙中山在陈其美国葬《致各总长各议员函》中充分肯定了陈其美：
平生事功，艰苦卓绝，百折不挠，卒以身殉，死义甚烈。
陈其美的去世，使孙中山失去了左膀右臂，使蒋介石失去了恩师，使陈果夫、陈立夫失去了父辈。“孙陈情结”、“蒋陈情结”自然不自然地也会传染给下一代，让陈果夫、陈立夫兄弟二人从中受益不小，得到许多精神上的补充和慰藉。因此，蒋介石与陈果夫、陈立夫的关系也由此非常起来，用两兄弟的口吻表述：公开场合里，他们称蒋介石为“蒋先生”；私下的场合里，则叫他“蒋三叔”。