二十八日，潘鼎新在海州上庄的战役中，击毙了一大批强悍的捻军。十一月十一日、十二日，刘铭传、唐仁廉等人在潍县、寿光从侧边包抄，袭击了捻军一个昼夜，敌军军心动摇，于是有很多人投降。郭松林、杨鼎勋、潘鼎新紧随其后，捷报频传，战无不胜。到了二十九日，刘铭传、郭松林、潘鼎新等人率部追击七十里，到了寿光的弥河，才开始与捻军交战。战斗到几十个回合，又追杀四十多里，消灭了将近三万人，捻军的精锐武器、马匹、粮草辎重全都被抛弃。李鸿章在给朝廷的奏报当中说：“我军士兵回到军营的，臣亲自去慰问，看到他们全都饥饿疲惫、劳苦不堪，面无人色。”赖汶洸在弥河一战战败后，落水未死，于是又纠集了一千多骑兵，冲出六塘河的防线。黄翼升、刘秉璋、李昭庆等人，率领水、陆、骑兵，尾随其后，步步追击，直到赖汶洸只剩下数百骑兵，被迫进入高室水乡。李鸿章在之前派出的淮军“华”字营的统带吴毓兰，正在扬州运河防守。于是，各路军队齐心协力，前面堵截，后面追击，十二月十一日，吴毓兰活捉赖汶洸。东捻军至此全部被消灭，山东、江苏、安徽、河南、湖北五省终于重获安宁。
李鸿章在向朝廷上奏的捷报后面，附带陈述说，他属下的各路部队自从接受剿捻任务以来，往来奔走于数个省，转战于全年各地，常常日行百里，忍受饥寒交迫，还要忧惧别人的谗言和指责，多次历经人生中所未曾遭遇的艰难困境。刘铭传、刘秉璋、周盛波、潘鼎新、郭松林、杨鼎勋，都多次向朝廷请求离职，李鸿章也请求朝廷让他们稍作休养，不要再调他们远征其他地方。并且以积劳成疾为由代刘铭传请了三个月的假。
同治七年正月，西捻军张总愚的大股部队，忽然从山西渡河以后北上，直逼北京周围。京师上下大为震动。初七、初八，朝廷多次下达命令催促刘铭传、善庆等步兵、骑兵各营，让他们迅速开赴河北地区剿灭西捻军。因为刘铭传仍处病困，正在休假当中，所以李鸿章不忍马上就调他参战，于是率领周盛波、周盛传兄弟十一个营的步兵、骑兵，潘鼎新的“鼎”字全军以及善庆、温德克勒西德骑兵陆续进发，由东阿渡过黄河。又命令郭松林、杨鼎勋整顿好大队人马，随后跟进。
剿灭西捻军的战役，与剿灭东捻军相比，更加难以成功。一因在黄河以北，几千里地都是平原，没有高山或大河可以用来阻碍敌军，而张总愚生性狡猾多端，又懂兵法，他们流窜滋扰华北平原，掠夺的马匹最多，往来行动迅速，瞬息之间可达百里之外，想要用大的包围圈来困住他们，确没有合适的地形条件，所以难以布下罗网。而且张总愚能从任柱和赖汶洸的覆灭处吸取经验教训，一旦听说有官兵包围，就会拼死杀出，不让官兵有充裕的时间有序地构筑战斗工事，这是第一大难题。二因李鸿章的淮军士兵都是南方人，渡河北上以后，所处地区的风俗与南方差异很大，南方人的性情和口音，与北方人都不相同，而且北方以谷食和面食为主，生活习惯也和南方不同，加上骑兵力单，又缺乏草料，这是第二大难题。李鸿章于是奏请实行坚壁清野的策略，他认为：“之前任柱、赖汶洸的捻军部队，流窜于中原地区多个省份，害怕城寨甚于害怕官兵。河南东部、安徽北部一带民风彪悍，由于被捻军侵扰已经很久，逐渐增添构筑起了不少堡垒、城寨，到处都和城池差不多，所以捻军乱党只能从那经过以后就走，不能够久停。近年来只有湖北、陕西一带被侵扰得最厉害，因为这些地方素来没有城寨，现在建造又来不及，所以捻军得以在这一带四处流窜、大肆掠夺，气焰越来越嚣张。直隶、山西一带，一直没有受到捻军乱党的侵扰，百姓民风淳朴、性格也较为软弱，不知道构筑堡垒和城寨来自保。张总愚本就极其狡诈奸猾，又是穷途末路的流寇，加上南边有黄河阻碍，致使其在北方纵横驰骋，到处流窜，百姓受其侵害而到处迁徙，这已经有相当长的一段时间了，实在是可悲可叹……自古以来，用兵必须对比作战双方的强弱和粮草等因素，以此作为决策标准。现在的情况是，捻军乱党未必比官兵强，但他们的马多，我们的马少，这方面有我们不能比的地方；他们可以到处抢夺粮草，我军则必须就地采购粮草，捻军乱贼常常能吃饱，我们的士兵却经常挨饿，在这方面又有我们不能比之处。而今想要断绝乱贼的粮草及马匹，只有严令河北的士绅和百姓赶紧构筑堡垒和城寨，一旦有捻军入侵的消息，就将粮食和牲畜藏到里面，既能保护自家安全，同时也能置乱贼于死地，如此等等。”而最终西捻军得以平定，实有赖于此策略。
四月，李鸿章又奏请由刘铭传为前线各部队的总指挥，朝廷同意了其奏请并敦促刘铭传即刻启程。李鸿章又命令淮军与直隶、山东的民兵沿着黄河和运河修筑长墙来围困敌军。然后派调各路军队，轮流出击、轮流休息。那些长时间追击捻军而必须稍作修整的疲乏之师，则就在运河的东岸选择险要地段驻扎下来，等到敌军流窜而至时，立即起来迎战，以剿为防。还派张曙、宋庆分别驻扎在夏津、高唐一带，程文炳驻扎在陵县、吴桥一带，为防守运河的部队做掩护。左宗棠也派了刘松山、郭宝昌等部队，在从连镇北部到沧州一带的河道东岸分别驻扎，与杨鼎勋等人的部队就近相互策应。布置好了这一切以后，才开始进行剿捻。
五月，一支捻军向西北方向流窜，各部队分头进行拦截，多次获得胜利。李鸿章于是趁着黄河进入汛期水位迅速上涨的时候，缩小了包围圈，以运河作为外部包围圈；而利用恩县、夏津、高唐的马颊河，截长补短，划为内部包围圈，把捻军乱贼逼向西南方，层层设围。五六月间，各部队都连续取得大胜，敌军的实力逐渐被削弱。投降、散落的人也越来越多。六月十九日到二十二日，政府官兵乘胜追击，每战必胜。二十三日，张总愚渡河后向西南方向逃走。二十四日，由平原县逃到高唐县。二十五日，潘鼎新追击了一百二十里，冒着雨到达高唐县，敌军已经逃向博平、清平一带，并企图进攻运河。而官兵已经早就在马颊河西北岸上筑起长墙数百里，足以围住捻军的人马，等到捻军恍然大悟的时候，已经落入到了圈套之中，越逃窜活动的空间越狭小，离死期越来越近。这个时候各部队在长时间追击后都已经疲惫不堪，李鸿章于是派遣刘铭传率领战斗力强的骑兵前来助战，前线军队的士气大振。二十八日，官兵将敌军包围在徒骇河、黄河和运河之间，刘铭传调集骑兵、步兵迎战，追杀了好几里远。逃窜的捻军又刚好遇到从东边来的郭松林部队的骑兵、步兵全军，被挡住了去路，又加上河道交错，湿滑泥泞，刘铭传、郭松林两军的骑兵共五六千人，纵横追杀，联合攻击，活捉、杀死捻军无数。张总愚仅仅带了几十名骑兵往北逃窜，很快便投河自尽。西捻军被肃清以后，中原地区终于再次获得了安宁。八月，李鸿章到京师入朝晋见皇上。
李鸿章的用兵之道，往往是谋定而后动，料敌如神，所以他在军中十五年来，从未曾经历过挫败。虽然可以说是很幸运，但这难道不是因为他的努力吗？李鸿章在剿灭太平军的过程中，以区区三座小城作为据点，只用了一年时间就扫平整个苏南地区；在剿灭捻军的时候，面对着横行了十多年的强悍敌人，面对着这个让众多将领无功而返的对手，他也只用了一年时间就将其歼灭，仿佛有天助一般。他对待属下部将，都以朋友道义相交，像爱护家人一样爱护他们，所以下属都十分愿意为其效命，可以说是一个真正善于统率将领的人才。虽说如此，李鸿章的军事生涯，实际上自始至终都是和曾国藩有密切联系的，不仅仅只是推荐他的人而已。他平定苏南的时候，是由曾国藩统筹全局，肃清长江上游的太平军；曾国荃的军队则包围南京，牵制敌军的兵力，因此使得李秀成在战场上疲于奔命，李鸿章也才有机可乘；他剿灭捻军的时候，秉承了曾国藩所制订的作战方略，而他之所以在千里之外有源源不断的粮草供应，士兵每天都不会挨饿，都是因为有曾国藩这位出色的两江总督在他的后方支援，免除了他的后顾之忧。除了这些之外，李鸿章追随曾国藩军队多年，既砥砺了他的道德义理水平，也学到了练兵和打仗的本领，大概他一生立身行事吃苦耐劳、任劳任怨、坚忍不拔的精神以及他统领军队和将士开诚布公、团结部下的方法和策略，没有哪一样不是从曾国藩那儿学来的。所以说，先有曾国藩然后有李鸿章。而李鸿章对待曾国藩像对父母一样，尊崇曾国藩如尊神明一样，不也是应该的吗？