公筹划团务，部署营章，奏准调用翰林院编修王垿、检讨王守训、分部行走郎中陈阜随同办事。又公从弟文卿公（鸿发）时以济里杭阿巴图鲁记命提督统带陕西永兴军勤王入卫，派守榆关。公亦奏请偕行，未蒙谕旨。当即由京驰驿前往济南，曾同山东巡抚商酌防务后，遄赴登州防次，初具规模。幸朝廷修复旧好，请旨停办团练，仍以颁缴还部库。公曰：“奉命阅数月之久，所奏调各员派委各营哨，经历登州府属各州县，川资之费，粮饷马乾之需，皆奉旨所允行。而终未能国家出一力。吾不敢累国家以度支也。公奏请以从弟文卿公随行练兵，未获谕允，文卿公乃统所部兵屯防榆关，事竣还陕。初，文卿公聘室谢氏，为同邑谢振之太史（文起，同治乙丑科进士）之女，方在襁褓。已而长安公殁，文卿转徙兵间，犹未及冠。频年戎马，音问隔绝，所聘谢夫人停辛佇苦，待年以终。文卿既贵显，始悉音耗，仅得迎柩附先茔而已。以故终身不娶，乃置簉簉室乔氏，西域回部人。生女一，命名崇熺，受贵筑黄氏聘，为原任署理江办巡抚子寿中丞（彭年）之孙、原任湖北襄阳府知府铁生太守（国璿）之子信成妇，未嫁而信成以病殁，过门守节。文卿时思立嗣，至是请于公。公曰：‘吾弟身莅戎行，位至专阃，但能无负君恩，无违祖训，’将来诸子中任弟自择。”文卿乃指公第四子出崇焕为嗣，公允之。
二月，公第三女生，继室谢夫人出，乳字来往，未命名旋殇。
东事之棘也，公弟信卿懿棨适遣嫁其女于陕西长安，为陕抚定兴鹿文端公（传霖）第三子涟理妇。闻变东归，取道京师，始知谢太夫人已移养江南，乃携公长子妇张氏、长孙福坤由海道遄程驰往南京，随侍谢太夫人。
兵事既平，里闾亦靖，张文襄公专使扶送谢太夫人率眷安旋福山原籍，公亦来自防恭迎返与于烟台海口，因以缴还部饷事禀陈。谢太夫人欣然色喜，饬即质衣裘，售钗钏，用弥亏欠，並谕曰：“吾衣饰岂所固有？皆国恩之余。以国家赐予复为国家用之，何憾？汝勿以累吾为念！”公再拜受命。
五月十八日，奉上谕：“王懿荣著补授国子监祭酒。钦此”。二十九日具疏谢恩，有“即家超擢，洽毛义捧檄之私，闻命悚惶，愧韩愈名篇之恉。”部勒乡土子弟，甫解弓刀；翘望頖水宫墙，尝闻俎豆。况在省亲给假，复邀逾格真除；既非梦想所敢期，实属生成之独厚”等语。
六月假滿，由烟台起程北上。二十日回京复命，具疏谢恩，并奏请注销钦命办理山东登州团练木质关防。
十一月二十五日，奏进《山东海丰儒臣前内阁学士兼礼部侍郎卫吴式芬所撰集<；古金文捃古录>；九卷，有裨经训，恭呈御览疏》。
十二月二十三日是，蒙恩颁赏御笔“福寿”字、“荣庆”字各一幅。二十四日偕同徐郙、陆宝忠、张百熙、吴树梅具疏谢恩。
二十二年丙申，五十二岁
公母谢太夫人以高年往返南北，劳累之余，时多不适，正月初六日病殁福山城内北街里第。生于道光三年癸未二月二十六日，享年七十四岁。与资政公合葬于本县两甲坡西原祖茔。
谢太夫人既弃养，公在京闻讣，星夜匍匐奔丧，遵制成服。自里中丧次驰函天津，手谕次子崇烈曰：“吾父母吾不能奉养矣，此后之致身君国者，赴汤蹈火亦不敢辞。”公殉国之念盖已始于此时。
十二月初九日，次孙生，次子崇烈妇蒋氏出，命名曰福塨，字曰次蠡，出为公从姪来庶后，因福垚既殤，大宗不可无后，又以福塨嗣之。时蒋氏侍谢夫人居京宅。
二十三年丁酉，五十三岁
是岁，公里居守制，将以读礼之睱，重修《福山县志》。顾以旧志印行已久，应进行纂修者事多待访，乃先定义例，陆续从事。泊公殉国，尚未成书。
公性嗜古，凡书籍字画，三代以来之铜器、印章、泉货、残石片瓦，无不珍藏而秘玩之。钩稽年代，补证经史，搜先达所未闻，通前贤所未解，爬罗剔抉，每多创见。至于购求古物，固未尝一日有巨资，处极困之时，则典衣以求之，或质他种以备新收。至是居丧奇窘，抵押市肆至百余种，然不愿脱手鬻去也。
二十四年戊戌、五十四岁
二月十二日邸钞：会典馆总裁大学士麟书以恭修会典全书过半，公在事出力，奏请叙。奉旨：“王懿荣赏加二品顶戴。具疏谢恩。”
四月，公服闋，由籍率长子妇张氏、孙福坤来京。
四月二十一日，请圣安，蒙谕召见。奉旨：“仍在南书房行走。钦此。”二十二日，具折诣湖苑谢恩，二十三日到任。公自值内廷，仰荷恩纶，独深倚任，鉴别书画，特命恭写御屏风，恭代御笔，日极其多。两宫奖励，时有传宣，或奉勅书于私第，或一日再入于宫廷。复命时进“经史子集”异本新刊，以备观览。
次子崇烈妇蒋氏病殁京师。时崇烈以甲午举人援例为直隶候补直隶州知州，供差永定河工，再届安澜，叠蒙保荐为候补知府、候补道，赏加二品衔，分发直隶候补，需次天津。
七月，公从弟文卿（鸿发）奉旨署理四川川百镇总兵，八月到任。
二十五年乙亥，五十五岁
五月十二九日，奉上谕：“王懿荣补授国子监祭酒。钦此。”三十日具疏谢恩。公之盺夕入直也，风雨无间，至是三为祭酒。启迪两学诸生，虽退直余闲，犹复秉燭批判。在公固为称职，而诸生讲解益得切磋也。
六月，奏上《请重申旧章封禁天下古墓疏》。因上年服满诣省取咨，路出青州府益都、临淄两县地方，亲见世传齐恒公、景公及齐四王墓者大逾一邱，犂耕其上，故有是奏也。
七月十一日，公弟信卿公殁于福山城内北街里第，享年四十九岁，葬本县豹卧夼老塋（又名罗山坡）八世祖墓侧。先是信卿公以西征军功叙奖至盐运使衔候补知府，上年戊戌入都赴部投供，未获铨简。适值变法之际，京师设农工商务总局，朝旨以端方、吴懋鼎为督办、会办，因檄派信卿公为提调。端与公为至契，信卿公因见重，乃入局办事。同时，关内外铁路督办胡雲楣侍郎（燏芬）亦拟奏调信卿公到路助理。会逢政变，均以中辍，信卿公郁郁回里。至是以误服补剂，病遂不起。
宗室祭酒盛昱与公为金石之交，谊重昆弟，亦以是年病故。公既信卿公之丧，复恸祭酒之殁，益觉颓唐。十二月，据国子监南学肄业生翰林院编修喻长霖、余堃、魏时钜，检讨洪汝源、陈曾佑、刘树屏，庶吉士何聊恩等呈请，代奏请将已故祭酒宗室盛昱平生事迹宣付史馆立传。
公次子崇烈在京续娶原任山东章丘县陈云笙大令（代卿，四川叙州府宜宾人）之女为妇。
河南彰德府安阳县小商屯地方发现殷代卜骨龟甲甚多，上有文字。估人携之京师，公审定为殷商故物，购得数千片。是吾国研究殷墟甲骨文字开创之始，事在是年秋。
二十六年庚子（1900），五十六岁
五月二十一奉上谕：“五城御史文瑮等奏京城地面情形日亟，请安民心而弥祸变一招，著派李端遇、王懿荣为京师团练大臣，会同五城御史督率弁勇，严密稽查，加意巡逻。城门出入，亦按时闭，以靖闾阎。钦此。”二十四日具疏谢恩。是时拳匪聚哄，寻仇抢劫，群商歇业，出京者相踵于路。朝廷轸念商民，又以山东人在京贸易者多，欲有以安定民心，遂有简派公及李小研侍郎（端遇，山东安丘县人）办理京城团练之命。公勉为其难，殚竭精力，用效补苴。辄喟然而叹曰：“此天与我以死所也！”见拳匪目无法纪，白昼行凶，特于召见时沥陈情状，请旨严饬统率大员，而九重始知邪说不可尽恃，外侮不可轻启。然而战势已成，莫由补救。又以拳匪兴练勇不协，时生齟齬，公约束部伍，力遏匪焰，往往夜漏三下未及就眠，心力交瘁，殆难言喻。时隨公办理团练者为御史陈璧（雨苍，福建侯官县人，举人，官至邮传部尚书、郎中铁良（宝臣，满州人，官至江宁将军）、晏安澜（海臣，甘肃人，举人，官至度支部左丞员外郎）、主事于宗潼（梓生，山东福山县人，进士，官至四川劝业道。）、潘江（问楼，直隶监山县人，举人，官刑部郎中）、卢德复（来庭，山东福山县人，进士，官度支部主事）、道员刘祖桂（仲木，直隸吴桥县人，官湖北候补道）等皆公所遴选奏派者。时方盛暑，李侍郎多病，每在假中，公独当其中，与陈、铁诸公昼夜擘划，日无暇晷。
京寓有井，井穴宽深倍于寻常，列横石其上，另斲巨石为井。六月间，公及谢夫人知京师之必危岌也，率仆媪启横石而詧之，复觅工斲之使大，意以是为止水之计，公与谢夫人熟商，城破必死，长子妇张氏惨立侍侧，默然无语。公手谕次子崇烈，言京师情形並拜命办理团练为难各节，並云：“京师闭塞，若非尔谢仲廉母舅之接济已成饿莩。”又促崇烈速携妻女离津。时崇烈以道员需次天津，乃遵谕携眷返里。
七月二十日，公呼宣武门而出，至团练局。则洋兵已入城，甘军溃散，充斥途巷，练勇不能成军，大势已去。公抵夜入城。夜半，洋兵攻东安门。公徘徊庭院，念两宫之惊扰，不能入卫。翌晨，传闻銮舆西狩。十时，公谓谢夫人曰：“吾可以死矣！”楷书绝命词一纸，曰：“主忧臣辱，主辱臣死。于止知其所止，此为近之”。末署“京师团练大臣国子监祭酒南书房翰林王懿荣”。书竟，呑金钱二，不绝；复仰药，仍不绝，遂入井。谢夫人率长媳张氏相从入井死焉。时光绪二十六年七月二十一日也。谢夫人生于咸丰八年戊午九月二十六日，享年四十三岁，张氏生于同治八年己巳七月初二日，年三十二岁。十日后，张振卿侍郎（英麟，山东历城县人，同治乙丑科进士，官至都察院左都御史）措资七十余金，置薄材三具，躬视国子监学正王伯恭率南学诸生王杜松等从井捞获，权为成敛，渴葬于本宅花园隙地，距井不数武也。未几，王孝禹观察（瓘，四川铜梁县人，官至江苏监巡道）、张燕谋侍郎（翼，通州人，官至户部右侍郎）复为移厝三柩于京师郊外宝应寺之义园。宝应寺者，登、荣两府之义地也。公平日整理寺产，安新送旧，异地旅榇运还故土，不意公之忠骸亦厝寺中也！
九月初八日，行在内阁钞奉上谕：“袁世凯奏大员殉节，吁恳恩施，据呈代奏一折，二品衔国子监祭酒王懿荣，敦品绩学，持躬清正；侍从南斋，叠承恩眷；平日夙怀忠义，思济时艰。本年七月间，临难捐躯，从容就义，洵属大节凛然，加恩著追赠侍郎衔，照侍郎例赐卹。其妻谢氏及其长子妻张氏亦同时殉难，忠烈孝义萃于一门，允宜特予褒扬，以彰贞节。王谢氏、王张氏均著准旌表。伊长孙王福坤著俟服阕后，以主事分部行走。该部知道。钦此。”
九月二十四日，行在内阁抄奉上谕：“前经赐恤之国子监祭酒王懿荣加恩予谥，该衙门知道。钦此。”同日，奉硃笔圈出“文敏”二字。
二十七年辛丑
二月，公次子崇烈扶公柩及谢夫人、张氏之柩，由京遵海道遄返福山原籍，奉葬于本邑两甲坡西坡西北顶，是为新茔，与中丞公、资政公之兆域相近。
二十八年壬寅
二十九年癸卯
公次子崇烈就京师锡拉胡同宅公殉节处建祠奉祀，旋经张文襄公为署祠额，曰“福山王文敏公家祠”，八字横匾。祠既落成，顺天府尹陈雨苍京兆（璧）题楹曰：“率诸生以时习礼，君隆祀典，臣重儒行，阐心讲学术，且幸文章宗工，政事名族，金石通家，春酒一尊瞻遗像；忆圣驾蒙难出巡，我捍牧圉，公守社稷，泪笔写奏稿，可怜父子尽节，夫妻捐躯，儿妇从井，秋风七月葬忠魂。”复于井上甃砖为小亭，勒石记之曰：“福山王文敏公殉节处”。
国子监奏准以公及熙文贞公（元，满州人，光绪己丑科进士，国子监祭酒，二十六年殉难）附祠国子监韩文公祠。南皮张文襄公有《国子监拜熙文贞、王文敏两公祠，遂观石鼓》诗云：“戟门阶下绿苔生，凤翥鸾翔老眼明，人纪未沦文未丧，岿然十鼓两司成。”
三十年甲辰
荣城孙佩南京卿（葆田，山东荣城县人，同治甲戌科进士，安徽宿松等县知县，四品京堂）掌教河南开封省城大梁书院。公次子崇烈，曾从受业。又与公为总角交，相契甚深。是年，崇烈至开封乞京卿撰拟公神道碑铭。京卿属稿既竟，拭泪授公次子崇烈、幼子崇焕，切嘱勒石墓门，以示异禩。以公降生之岁计之，恰值六十年，适一周甲也。