奏为详度夷情，审量时局，仰祈圣鉴事：窃自倭人肇寡，扰我边隅，凤凰不守，而陆贼全渡江；旅顺不守，而水贼亦超北海，我与倭寇势无两全。顷者濒海一带，逢冬大雪，寇性畏寒，既据要害，藉此休息，阴谋布置。兼之彼国空虚，外强中干，久成弩末，若以和议，遽来夷情莫测，愿皇上勿轻许也。何以言之？我之虚实，彼已知之。彼之所缺者钱耳。和议猝成，钜款至，输将逮半，而秩厉重来，挟我之资便以攻我，近则半载，远或数年，中国无安枕之日，是益寇粮而资之盗也。趁此大兵云集，精厉士马，厚积军火，肃清海隅，使其畏服，切誓有坚不敢再犯之心，而后从容讲信，示以威福，断在圣志。倭寇狡诈，有非泰西诸国可比，一旦反噬，人心涣散，过于今日。若和议暂成，兵不能散，劳师靡饷，终无了期。是不以之战贼，而以之坐耗粮糈，罗掘一空，民可畏。以亿万姓之脂膏，半以贻寇，半以防边，国家将有内溃之患，不可不虑。臣受恩甚重，事机甚急，不敢缄默，削牍上陈，伏乞皇上圣鉴。
王懿荣在奏折里谈了两方面的意见，一是敌人国库空虚，所缺是钱。如果一旦议和，必然又要赔款，他们则挟我之资，便以攻我，是益寇粮而资之盗；一是不与敌战，则人心涣散，坐耗粮饷，这样亿万百姓的脂膏，一半用之给敌人赔款，一半用之于边防，国家也将有内溃之患。王懿荣一介书生，对战局发展利害分析如此透彻。他指出当前对日讲和的将使国家从此衰败下去，不可收拾，只有坚持抵抗才有出路的战略方针，是可行的。只可惜，尽管他的主张得到光绪皇帝赞同，但却遭到慈禧太后的反对。为此，没有被采纳。
中日甲午战争进行至第二年，日本军队已由朝鲜半岛打到辽东半岛，又由辽东半岛打到山东半岛。光绪二十一年（1895年1月20日），日军在山东荣成的落凤港登陆，攻陷荣成县城。采取包抄后路的办法，进犯威海卫，企图全歼困守港内的北洋舰队。
自从黄海大东沟战役之后，北洋大臣李鸿章为了保存自己的实力，实行他既定的所谓“以保船制敌为要”的方针，竟然命令北洋舰队躲进威海卫港内，“不得出大洋作战”。当时港内停泊的大小军舰有15艘，鱼雷艇13只，在日军的进攻面前，却不出来阻拦，他们希望陆地能予以反攻，可是清政府根本没有反攻的准备，而且李鸿章命令陆军是“可守则守，不守则退”。
当时胶东乃至整个山东的陆地军事防御力量都是薄弱的。山东巡抚李秉衡感到“练军兵数较单，实属不足分布”。而且“旧存军械本属无多”，又多是“旧式洋枪，难以及远”。因此他奏请“募勇填营”，并急需“购西洋新式快炮、快枪”，以克敌致胜。
王懿荣看到战火蔓延到自己的家乡胶东，心急如焚，愁虑彷徨，寝食俱废。王懿荣上疏请求回籍兴办团练，以御倭寇。疏中讲道：
臣籍隶山东福山县，地处滨海，烟台即其所属，东距威海百八十里，为渤海南路紧要关键。此地一失，大局瓦裂。抚臣李秉衡，公忠廉介，中外交推。惟履任未久，兵力又单，淮军水师依恃李鸿章，不遵该抚约束。故致有荣成失陷之事。臣家有老母，年已七十有三。闻此信，神魂飞越。登莱商贾，旅食京师者约30余万人之多，人人皆有身家之念。海隅有警，兵团不给，众情惶惑。若市面一空，转滋动摇，亦必须先有以镇定其心。臣父前任四川成绵潼龙茂兵备道。先臣祖源于咸丰十年任部员时，曾经山东督办团练大臣杜奏调回籍，专办登州海疆一带团练。臣于斯时年已十六七岁，跟随周历各口，故与乡人夙昔治熟，二三豪侠皆所周知。惟有仰恳我皇上逾格天恩准臣回籍，会同抚臣办理团练，兼事招募。
王懿荣在请办团练的奏疏中还讲到“惟时机已迫，非有得力军干迅速赴援，不足济急。”因此，他推荐了自己的堂弟、陕西永兴军记名提督王鸿发，偕同自己一起回乡抗击倭寇。而朝廷却批示曰：“著准其回籍办理登州团练事宜，以卫桑梓。至请调记名提督王鸿发，系总兵马心胜营中分统，此军已归牛师韩统带，业经刘坤一调赴榆关。所请毋庸议。”
王懿荣所奏请协助他筹办团练的另外几个人都被恩准了。一个是莱阳籍的翰林院编修王垿，一个是黄县（今龙口）的族兄翰林院检讨王守训，一个是荣成籍的原安徽宿松知县孙葆田等人，他们都是胶东籍人。
在王懿荣向朝廷申请回籍办团练的同时，两江总督张之洞也向朝廷发出建议：“威海戴、孙两军，以少击众，力挫凶锋，洵为难得。惟孤军恐难持久，援军缓不济急，……由东抚李电饬该军，晓谕荣成、文登一带居民，各集团练义勇，协助官兵击倭。”光绪帝采纳了这些建议，一面电谕李鸿章：“集团练一策，著李秉衡即饬地方文武赶紧办理。”令王懿荣即刻起程，命兵部“刊该关防，并请发给勘金”，著户部“借支银二千两”，以作筹备所需费用。
王懿荣奉旨后，火速束装上路，于光绪二十一年正月十九日（1895年2月13日）承领户部所支银两后，于二十二日直赴登州（今蓬莱）。
在早春料峭的寒风里，王懿荣心中却像一团火，沿途急行，不敢作片刻的逗留。并将沿途所见所闻随时回报朝廷：“臣此次沿途经过直隶及本省各州、县地方，亲加访问正在举办的团练。畿辅以顺天所属之良乡六里河，东省以青州所属之昌乐较为整齐。而莱州之潍县民团尤属认真。此皆逼近京城及东抚驻扎之区。”
王懿荣经过了二十天的跋涉，于二月二十三日（3月9日）在莱州府会见了山东巡抚李秉衡。至此才知道威海已经失陷，北洋海军提督丁汝昌、总兵刘步蟾、参将杨用霖、北洋护军统领张文宣、陆军统领戴宗骞等，全都以身殉国了。王懿荣心情十分沉重。他不顾沿途的劳顿，立即与李秉衡商谈布防及巡视团练事宜。随后就赶赴登州，察视登州所属十县的团练组建情况。
二月二十六日（3月22日），王懿荣一行来到黄县。黄县团练总局董事候选知县前广东丰川县知县山民、四品衔候补员外郎丁世常、候选训导王常益、试用教谕前署平原县训导姜淑、四项统选教职丁庭闻、候选训导姜梧庆、廪生丁毓旃等人，共同迎拜了王懿荣，并向他汇报了黄县团练训练、站岗、巡夜、值勤及筹款、开支等事项。
王懿荣听罢汇报，认为黄县是登州府办团练最好的县，“办团练认真，为合郡第一”。该县有居民55262户，城内共587户，圩内共2792户，圩外各乡有51883户。居民全部按照要求编入保甲，这就是团练的基层组织。除临海渔村之外，其余各村每十户人家为单位，互相稽查。每村则组织一团练，每社（大于自然村的基层单位，每社有二三十村，或七八村不等）则成立总团。总团长由社长担任，而团长则由总团长推举一二人任职，以办理各村事务。凡已设团的城乡，皆有办公的场所。有事则由团长召集议事。
团练的经费来源，总局经费由全县绅商捐输，各村则由各村自行捐输。圩内军火由总局发给，各乡军火则由各团练自筹。
圩内24村尚订有自己的章程《圩内二十四村变通章程》，其中规定：“圩内二十四村围绕，联络一气，拟邀营官二名，管带约束团丁。各村未选余丁，无论老弱，各团长率领操练，昼夜巡街，夜则支更，看守圩墙。”
二月二十九日（3月25日），王懿荣在黄县看过团练队伍操练之后，甚为满意。即起程赴府治蓬莱。
三月朔日（3月26日），王懿荣到达登州蓬莱阁炮台时，听到“黑山岛炮声隐隐”。在蓬莱阁北上炮台视察结束时，他为表彰提督夏辛酉亲自率守军向三艘日舰发炮轰击，使“吉野舰受创，急回旋挂白旗后逃遁”的抗敌事迹，亲笔题写了《郓城夏公印辛酉字庚堂德公碑》。事情是这样的：
年初，一月十八日、十九日两日，日本海军派主力舰吉野、浪速及秋津洲三舰驶到登州海面，对登州府城进行炮击，其中一炮打入蓬莱阁内，击中阁后“海不扬波”碑刻，穿碑而过，所幸为哑炮，才得以保全千年古阁。炮台守军在夏提督指挥下，连发大炮，其中一炮击中敌吉野舰，该舰火烟滚滚，挂出白旗。我炮台停止发炮，贻误战机，后敌舰抢修伤舰，向深海逃遁。
王懿荣闻听此事，深为遗憾，他提笔写道：
甲午腊月二十三、四连日，日本倭寇，横行海岛，东侵登州海上，岁元日及念七日，先后来攻，提督郓城夏公，督登州诸镇，昌邑傅公等来往海上，悉力防御，迎机开炮，击日舰退，府克全，百姓安堵，侦谍即勤，固知敌视坚壁无摧无抚，使民无惊，威福所庇，万家感戴，勒此上。（山东蓬莱师范学校教师高英转抄）
此后，王懿荣用了短短十几天的时间，巡察了登州所属十个县城。“每到一处，止留一日”，就连自己的家乡福山也不敢多逗留。
有关当时王懿荣登州抗倭的事迹今蓬莱阁最后一个道士说了一个传说。他讲道：
王懿荣冒着漫天大雪于腊月二十三日来到蓬莱城外。登州知府贾湖昨日接到朝廷邸报，说钦差大臣王懿荣来到登州城，忙派人去城外迎接，可等了一个下午也没见迎接人回来。他正坐在后堂生闷气时，忽然跑进一个差役高声禀告：“大人，海面上有三艘不知何国军舰在游弋。”
贾湖一听，吓得脸都白了，忙率众官员往丹崖山炮台奔去。在炮台上，贾湖用望远镜一看，远处有三艘炮舰飞快地升上了膏药旗，忽然，轰！几发炮弹打到丹崖山后半山上，又一发炮弹打在蓬莱阁后墙的“海不扬波”碑碣上，因是哑炮，只是在墙上穿了一个大窟隆。这时，炮手中有一曹姓青年，外号“曹大炮”，跑上前跪在贾湖面前，道：“大人，敌舰犯我海上，向我开炮，我们应放炮回击才是。”
贾湖一楞，怒斥道：“尔等不可造次，待我奏明巡抚，方可行事。”
曹大炮眼含热泪道：“大人，若等上面允准，那敌舰早就攻上来了，请大人下命令吧！”
贾湖气极抬脚将曹大炮踢倒，骂道：“国家大事，尔等焉能视同儿戏，还不给我退下！”说着怒气冲冲地下了炮台，然后直奔海神娘娘庙磕头烧香去了。
众炮手见贾湖离去，一个个急得直跺脚。这时，敌炮又在山半腰炸响，其中一炮还把避风亭女儿墙炸去了一角。又一炮把墙垛炸开了一个大缺口。曹大炮气得两拳紧握，牙齿咬得咯嘣直响。
就在大家怒火中烧之时，从炮台后闪出一个中年汉子，只见他青衣小帽，两眼神如闪电，双手抱拳道：“兄弟们，为何不开炮？”曹大炮看了他一眼，道：“知府大人说要请奏上面……”
“糊涂！洋人都打到我们家门口了，还请示什么？快开炮，一切责任由本钦差担着。”
大伙一听为之一振，曹大炮上前吼了一声道：“开炮！老子今个要和你们拼了！”说着领一帮人直奔炮位。曹大炮一面目测着距离，一面将炮点上。轰地一炮，只见敌艘腾起一股黑烟。又一炮，打中后面一舰的尾部，舰上立即着了火。
忽然，有人喊：“炮手，你看……”
众人抬头，只见敌舰升起了一面白旗。
这时，那个中年汉子大声道：“我乃钦差登州团练大臣王懿荣，前来登州督办抗倭事宜。现在，我命令速派船只到海上招降日本人，曹炮手快装炮以防不测。”
不知什么时候，贾湖回来了，他从人后闪出来道：“王大人，使不得，使不得！大人有所不知，自中日甲午开战，我朝挫败，李中堂传谕，沿海炮台没有命令一律不得擅自开仗。”
王懿荣板起脸道：“混账话！中日八月正式开战，我北洋水师损失惨重。难道人家打到我们家门口了，我们也不还手？再者说啦，日本人首先开炮，我们怎么打不得？日后朝廷开罪下来，由我王懿荣一人承担！”
贾湖见王懿荣动了怒，无可奈何地向差役说：“还不快去准备船只！”
王懿荣急得在炮台上来回走着步子，看了看敌舰，要曹大炮快装炮。众炮手装好炮，王懿荣让他们快测距离，准备开炮，忽然发现海上的日舰已降下白旗，由一艘拖着，一舰做掩护，向深海逃遁而去。
王懿荣命众炮手快开炮，轰轰！两炮直打在敌舰尾的水面上，海上顿时腾起几股水柱。不一会，敌舰变成了三个小黑点儿……
当晚，登州府署为王懿荣安排了接风宴，被王懿荣谢绝了。王懿荣连夜部署抗倭团练事宜去了。
这个传说不管是否属实，但起码有一点，说明了王懿荣在任登州团练时，给当地人民留下了深刻印象。人们十分怀念他，把他的英雄事迹编成故事在民间流传下去。
当王懿荣来到莱阳时，莱阳知县徐桂宝对王懿荣抗倭十分敬佩，将自己珍藏多年的戚继光当年在浙江抗倭时所缴获倭首的宝刀赠送给他。王懿荣十分高兴，他在给族兄王守训信中写道：“在莱阳得万历十年戚武毅所造刀，此是刻《止止堂（集）》之报也！”
戚继光是著名儒将，王懿荣此时儒臣统兵，而且二人都是从事抗倭，戚继光的宝刀今又被王懿荣所用，于是他写下了《戚武毅宝刀歌谢莱阳徐明宝同年》长诗曰：
昔日曾刻南塘集，
今朝喜得戚家刀。
刀轻如纸光如水，
两行款识秋芒豪。
上镌万历十年字，
是时公居蓟镇地。
登州戚氏岳家军，
铸刀初成姓为记。
忆昔浙闽与三边，
公所到处皆凌烟。
虏酒朔风不成醉，
精神炯炯三百年。
几经流传济南驿，
徐侯得之若拱壁。
银函未改明时装，
血染苔花碧。
我今持节过莱阳，
下马直上徐侯堂。
徐侯宝刀举相赠，
知余团练兼御防。
千金挂树生不疑，
楚弓楚得千古奇。
即今防边无二义，
关东诸将何离披。
北洋舟师更无论，
一掷三千六百万。
遂令穷岛呈天骄，
海峡虾夷任滋漫。
朝廷命我治乡兵，
徐侯与我同岁生。
俯仰东南天半壁，
酒酣斫地泪纵横。