王懿荣第一次出任团练大臣是在光绪二十年底至光绪二十一年（1894-1895），中日甲午战争爆发之时。中日甲午战争是日本侵略朝鲜和中国的战争。因战争爆发于农历甲午年，史称甲午战争。日本明治维新后，迅速走上对外扩张的军国主义道路，制定了以掠夺朝鲜和中国为首要目标的“大陆政策”，加紧扩充军备。光绪二十年（1894）二月，朝鲜爆发了东学党农民起义。朝鲜政府派兵进行镇压，但屡次遭到失败，无奈请求清政府出兵援朝。六月起义军攻占了全罗道首府全州，朝鲜李氏王朝惊恐万状，速求清政府“酌遣军队，速来代剿”。当时北洋大臣兼直隶总督李鸿章总揽军事、外交大权，接到朝王请求，奏明朝廷后，即决定调直隶提督叶志超率大同镇总兵聂士成带清兵1500名赴朝对朝东林党作战。清廷军机处还传达光绪帝的上谕：
“此次朝鲜乱匪聚党甚众，中朝派兵助剿，地势敌情均非素习，必须谋出万全，务操必胜之势，不可意存轻视，稍涉疏虞。派出兵练千五百名，是否足敷剿办？如须厚集兵力，即著酌量添调，克期续发，以期一鼓荡平，用慰绥靖藩服至意。”（《李鸿章全集》·电稿二第686页）。据此，聂士成部于6月6日率第一批清军911名自大沽登轮赴朝。叶志超于8日率第二批清军1055名继进。
日本觊觎中、朝，蓄谋已久，中国出兵朝鲜，日本即以保护在日侨民为借口，亦大量出兵，至6月中旬，入朝日军已达4000余人，是清军数量的两倍。由于清兵迅速镇压了东林党起义，朝鲜国内局势趋于稳定。清政府向日本建议双方撤军，遭到日本拒绝。于是中日两国围绕从朝鲜撤军问题进行了频繁交涉，前后历时一个半月，但因日方强词夺理、节外生枝而毫无进展，其蓄意挑起事端的企图已很明显。总理衙门致电李鸿章：“倭如添兵未已，我应否多拨以助声援，望审筹酌办。”然李鸿章一厢情愿地说：“我再多调，日亦必添调，将作何收场耶？”仍不增兵朝鲜，想以忍让来避免战争。但日方却并没有因中方忍让而停止增兵，到了七月初，赴朝日军已达万人，其蓄意挑起战争的企图显而易见。7月2日，光绪帝发出密谕：“南洋各海口均关紧要，台湾孤悬海外，倭兵曾至蕃境，尤所垂涎，并着密电各该督抚，不动声色，豫为筹备，勿稍大意。”对此，叶志超对赴朝清军的下一步行动提出建议：或速派水路大军入朝，和派轮将其全部撤回国内。7月14日，清廷复电：“所筹派轮赴牙，将我军撤回一节，彼顿兵不动，我先行撤退，既先示嫌，且将来进剿徒劳往返，殊属非计。现在和商之议，迄无成说，恐大举致讨，即在只顾。著李鸿章体察情形，如牙山地势不宜，即传谕叶志超先择要退两便之地，扼要移扎，如期迅赴戌机，毋致延误”（《李鸿章全集》793页）。如此时撤兵，或许可以暂避战事。但此时清廷中枢既对中日双方军力对比缺乏清醒认识，又碍于中朝间的特殊关系和中央大国的脸面，于是决计“大举致讨”。7月23日，清政府被迫派兵增援。同日，侵朝日军占领王宫，发动政变，并攻掠清政府驻朝总理公署。继而又在牙山口外半岛海面突袭了中国运兵船，爆发了黄岛海战。29日，陆路侵朝日军进犯驻牙山的清军。8月1日，中日双方正式宣战。
开战前，由于李鸿章犹豫不决，而使我装载清兵的“高升”号全船官兵700余人全部遇难。开战后，李鸿章仍坚持避战静守的方针，置清军处于被动挨打的境地。9月初，日本陆军大将山县有朋指挥第一军万余人，分四路进逼平壤。平壤陷落后，日本海军中将伊东佑亭率联合舰队在黄海海面袭击清提督丁汝昌率领的北洋舰队，双方激战5个多小时，互有损失，日舰略占优势。李鸿章竟不顾大局，下令北洋舰队退守威海基地。日军趁机占领朝鲜全境并掌握了黄海、渤海制海权，遂由陆路两线直逼中国国门。9月下旬，日本陆军大将大山岩被任命为侵华第二军司令。10月下旬，侵华日军第一军攻入中国境内，陷九连城，占安东（今丹东），直入辽东半岛；第二军渡海由花园口登陆，直犯金州。不日，两军南北夹击，辽东半岛陷落。光绪二十一年（1895）腊月，日军组成山东作战军，海陆两路夹击威海卫，丁汝昌等将士在腹背受敌的情况下，仍坚持战斗。正月，日军入踞威海刘公岛，北洋舰队全军覆灭。
清末，慈禧太后与光绪皇帝亲政，帝后两党之争的发生及其发展，对政局的影响极大。早在甲午战争之前，帝后两党之间的矛盾业已略见端倪，但尚未表面化；中日甲午战争爆发后，其矛盾才逐步显露，并在许多问题上激烈地表现出来。
甲午年（1894）十月初十日乃慈禧太后的六十寿辰，她本想大举庆典，是不希望战争发生的。但是，她本以阴谋而掌握最高权力，老谋深算，初尚忌惮清议，并对日本亦有轻视之心。故在中日决裂之前曾“传懿旨主战”。其实，慈禧的“主张”并非本意，她无真正把仗打下去的决心。在战争初期，她冷眼旁观，除对重大问题决不放手外，一般不动声色，伺机以操大局。（《翁同龢日记》甲午六月十四日）
尽管慈禧早已归政，但军机处仍为后党所控制。首席军机大臣礼亲王世铎，遇事模棱，毫无建树，但“终身无疾言厉色，对内侍尤恭谨。”因光绪十年（1884），醇亲王奕与恭亲王奕争政，慈禧尽罢军机王臣，宫内左右争誉世铎之贤，遂令为军机领班。兵部尚书孙毓汶善权术，任军机逾十年。世铎名领枢府，然其“懦庸无能，毓汶遂专魁柄。夙值南斋，多识群奄，恒于后前称其能，宠以日固”。徐用仪以吏部左侍郎入军机，追随孙毓汶之后，亦步亦趋。与翁同龢“论事不合，至动色相争”，成为孙毓汶的重要帮手。其余两位军机大臣，一为东阁大学士张之万，一为武英殿大学士额勒和布。时张之万已是84岁的龙钟老翁，善体慈禧之意，“意在不轻开衅”。额勒和布则“木讷寡言”，“才欠开展”，随声附和而已。孙毓汶既主政枢府，深得慈禧宠信，又“素于李鸿章相纳”，遂成为后党的中坚。
自日本递交“第一次绝交书”后，光绪皇帝非常恼怒，严责枢府“上次办理失当，此番须整顿”，并派主战的翁同龢和主和的李鸿章参加军机会议，于是翁同龢俨然成为帝党实际领袖。从此，在清廷高层开始形成了帝后两党对峙的格局。但把持军机高层主和派后党占上风，帝党成了微弱少数，使战局不能施展一筹。
中日自八月开战以来，帝党虽然主张对日作战，但并无实力；而后党的中坚李鸿章不主张交战，慈禧太后又恰逢六十大寿，正准备大肆庆贺，更不愿意打仗。所以战争一开始，慈禧轻敌求速，但战局越来越对清军不利，清政府被迫于光绪二十年（1894年8月1日）对日宣战，但始终处于被迫应付的状态。
转眼来到农历十月十日（11月7日），是慈禧太后的六十整寿。为了隆重的“万寿庆典”，早在两年前就着手进行准备工作，特别成立了庆典处，专管办理庆典事宜。著派礼亲王、庆郡王、大学士及户、礼、兵、工四部尚书专理。
庆典的准备工作大致有如下项目：
其一，备慈禧所用的衣物、玉堂、金辇。
其二，宫廷的点缀、陈设、修缮。
其三，街道铺面修葺装潢，点设景物。
其四，筵宴、演戏。
其五，仪仗。
其六，贡赏物品，报效银两。皇帝以下王公大臣、外省大员都要进献“万寿贡品”；慈禧为了表示对臣属的“行庆施惠”，也要“加恩”赏赐。庆典大量经费开支，一部分由“部库提拨”，一部分由“京外统筹”。即除了挪用边防、铁路经费外，则是向京内外臣工摊派报效银两。
在准备庆典之前，慈禧太后为自己游乐已经挪用海军经费白银500万两，修建了颐和园，这次“六旬庆典”又花费了白银1000多万两。
就在战争吃紧时，慈禧太后的奢侈铺张也毫无收敛。虽然她也假惺惺、故作姿态地颁布懿旨说：“自六月以后，倭人肇衅变乱，藩封寻复，毁我舟船，不得已兴师致讨。刻下干戈未戢征调频繁两国生灵均罹锋镝，每一思及，悯悼何穷！……兹者庆辰将届，予以何心侈耳目之观，受台莱之祝耶！所有庆典，著仍在宫中举行，其颐和园受贺礼，宜即行停办。”其实这不过是遮人耳目的官样文章，一切庆典的准备工作仍大肆铺张进行。
就其修葺街道铺面，点设景物一项来说，规模庞大，耗费惊人。在庆典期间，凡慈禧太后由颐和园进皇宫所经过道路两旁，街道铺面要修葺一新，并分段搭建龙棚、龙楼、经棚、戏台、牌楼、亭座及点设景物，“以昭敬慎而壮观瞻”。
点景工程共分六十段，搭龙棚18座，彩棚、灯棚、松棚15座，经棚48座，戏台22座，经坛16座，经楼4座，灯楼2座，点景罩子门2座，点景46座，音乐楼67对，灯游廊120段，灯彩影壁17座，牌楼110座。
每段点景的装饰和规模都有一定的要求。棚、楼等内用彩绸，设围屏、宝座、孔雀扇、香几、香案、玉炉瓶、如意、彩幢、龙旗御仗、黄缎龙旗、祝嘏牌等；上面挂彩绸、玻璃匾对，下面地平板上均铺地毯，红漆的桌椅板凳、茶几，均罩蓝布套。并配置茶具、香盘、水果盘等应用家具。每段挂灯约150只左右。每段派官员、茶役、士兵30人照料，僧众、乐师29人。
点景工程繁巨而且时间紧迫，耗费惊人。每段需银两4万两，60段需银240万两。
此时，王懿荣正任翰林院侍读、南书房行走兼国子监祭酒。他看到国家内忧外患，多灾多难，而且战争正在吃紧，慈禧全然不顾国家及人民的死活，仍大操大办“万寿庆典”，深不以为然。于是于九月一日（9月29日），毅然奏上了皇太后万寿《吁请暂停点景但行朝贺疏》，他钩深致远地道：
奏为讹言可虑，吁请暂停点景，但行朝贺，以靖肘腋而弭不虞，恭折仰祈圣鉴事：
窃臣等伏读八月二十六日上谕：“钦奉慈禧端佑康颐昭裕庄诚寿恭钦献崇熙皇太后懿旨：“本年十月，予六旬庆辰典礼，著仍在宫中举行，等因，钦此。”仰见思患豫防，明见万里，曷胜钦佩！第念耳目之观非圣怀所役，而台莱之祝，实臣下同殷，一旦撤停，在瞻仰盛典者岂乏向隅之望？以故承办诸臣于裁减之中，仍寓铺张之意。臣等欢忻下悃，何独不然？惟伏闻近日倭人行踪诡秘，津沽内外不乏华奸。日来都城多出面生可疑之人，以瞻仰点景为名。形状凶恶，行藏靡定，民情惊骇，竟有置盛典而不观，反思往乡村遁逃为避居计者。连日洋人纷纷出京，各处教堂种种聚谈不一。若点景依然热闹，止系稍移地段，万一偶然不警，匪徒乘机窃发，臣等备员差使，纵有意外，不足为惜，而变生肘腋，恐非六班及周庐直宿诸大臣一时所能猝辨。应如何防患未然之处，用敢吁请圣明深维事理。况皇太后膺天钟庆，福冠古今，转盼七旬万寿近在十年，期颐亿龄非可数计，将来红旗报捷，随时补行，何时非万寿之时？何日非祝之日？此际安危所系，实在呼吸之时，必区区于一半月之内汲汲铺张，诸臣所见诚为未广。臣等忝同直，既有闻见，不敢不具折密陈，伏祈圣鉴。
此疏既上，满朝为之变色。当时的许多王公大臣都认为庆典正是讨好慈禧太后的机会，正搜肠刮肚想主意、送礼品以博慈禧的欢心。想不到王懿荣却斗胆敢于反其道而行之。很多人都为王懿荣紧张了一把。
因王懿荣在疏中有几处使慈禧太后大为恼火之处：一、王懿荣要她此60大庆停办，要等到70再庆；二、尽管慈禧太后在庆典面上已经让步裁减，王懿荣在疏中仍认为“汲汲铺张”。但她深知王懿荣虽不算帝党人物，他身后有若干清流势力，因此不好发作，要等待时机。
或许因为王懿荣在奏折中，对铺张浪费只是轻描淡写，而着重陈述战争时动荡不安，此系朝廷的安危，为朝廷着想，当然忠心可嘉；也或许是当时的时机不宜，所以慈禧太后并没有当即开罪于他。但是也许从此种下祸根，王懿荣一直再也没有升迁，按例，在王懿荣二任国子监祭酒后，应升迁或改任学政。因此，在八国联军入侵北京时，慈禧不露痕迹地报复了他，给了他一个送死的差事。因为慈禧是一个善于玩弄权术之人，置人于死地也能寻出个明正言顺的时机来。
在同一天里，王懿荣还奏上《时事孔极请召用亲贤疏》，过了一个月，也就是十一月初四日（11月30人），王懿荣又奏上《详度夷情审量时局疏》，陈述了自己主战而勿轻许议和的立场。他在疏中曰：