《尚书》是我国最古老的一部历史文献。王懿荣所说：“载尧以来，二帝三王之政，灿然大备”，是指传说时代的唐尧、虞舜二帝及夏、商、周三代这一段时间部分史迹的记载和政府重要文件的汇编。它是研究我国古代历史、文学、哲学必不可少的重要资料。
然而，由于时代的久远，《尚书》一书成为聚讼最多的一部古籍。有关此书的各种问题争议甚多。比如此书的定本成于何时？由谁把它编定？每篇的作者是谁？写于何时？还有版本的不同，内容的真伪等等，后代的学者都众说纷纭。
经过自宋朝直到清朝的学者们的努力，《尚书》的版本和内容的真伪已经搞清楚了。正像王懿荣在奏疏中所讲：“顾自遭罹秦燔，重厄斯文。”自秦始皇焚书之后，包括《尚书》在内的许多典籍亡佚殆尽。“汉既奋兴，旁求典籍，得自济南伏胜者，名曰‘今文’；出自孔子宅壁，鲁孔安国所定者，名曰‘古文’。这样就出现了《今文尚书》和《古文尚书》之别。所谓“今文”，是用当时的隶书写的，所谓“古文”，是用先秦的篆书写的，但比“今文”本多出十六篇，抛开多出的十六篇文字不说，其它内容“今文”本与“古文”本基本相同，只是“今文”本有脱简、漏字的情况。与《尚书》情况相似，其它各经也有今、古文本的区别。由此而引出的研究经学的不同学派，即“今文经”学派和“古文经”学派。两派的治学方法，研究的重点，自成门户，各不尽同，即所谓“字形递变，师说各异。乖疑难正，在所难免”。东汉熹平年间，由蔡邕主持刻成的《汉石经》（又称《熹平石经》、《一体石经》），是采用今文经学派的本子，用隶书刻成。三国魏正始年间，是又用先秦古文、小篆、隶书刻成的《魏石经》（又称《正始终石经》、《三体石经》），则是采用古文经学派的本子。
可惜的是，经过东汉末年的董卓之乱，特别是西晋的永嘉之乱，文化典籍所遭到的破坏极为严重。《尚书》也不例外，不仅书失传，就是刻在石碑上的文字，所留下的残碑拓片，为数也不多。
东晋元帝时，豫章内史梅赜向朝廷献出一部自称是孔安国作传、作序的《古文尚书》，共有五十篇。此书从南北朝开始流行。有北朝学者刘炫、刘焯等人为它作疏，南朝陈的学者陆德明的《经典释文》为它作《音义》，使其大为流传。唐朝孔颖达又采用这个本子撰写《尚书义疏》，成为参加科举考试中“明经科”必需遵照的标准本。
岂知梅赜所献《古文尚书》乃是伪作。自宋朝的学者吴棫、朱熹等人提出疑问之后，元、明的学者都有论著证明其伪。直到清朝也有辨伪的论著，其中著名的考据学家阎若璩的《古文尚书疏证》列举了一百二十八条证据，说明其伪，铁证如山，至此最后定案。不过伪《古文尚书》也非全书皆伪。经学者对证考订，其中三十三篇是将原伏胜所传《今文尚书》二十八篇分增而成，其余多出的二十五篇全是伪作，其《孔传》、《孔序》也是伪作。所以王懿荣在讲完《尚书》这一不平常的经历之后，并没有提出要把今本《尚书》亦即伪《古文尚书》，剔出不用，而是认为“犹如披沙拣金，往往得宝。历代沿承，隶于经典，流传有年，自弗可废”，也确有见地。
鉴于今本《尚书》中有伪，王懿荣建议将当代学者孙星衍所撰《尚书今古文注疏》三十卷，名之为古本《尚书》附于《十三经注疏》中与今本并列。他认为：“不存其真，曷用其极。以之比较《旧唐书》、《旧五代史》得邀天鉴并列学宫者，所关尤大。”新旧《唐书》和新旧《五代史》不过是不同学者所写成的同一时代的历史，差异自然是有的，然而今本《尚书》与古本《尚书》却有真伪的问题。况且，在封建社会里，《尚书》与其他儒家经典以及由此而形成的经学是指导整个封建时代政治生活和精神生活的思想基础，对于封建社会的各个方面产生了极其深刻的影响。假如文字是伪造，又如何能用？所以关系更为重大。故而王懿荣的建议也就十分重要。是一个百年大计，是关系到千秋万代的大事情。
孙星衍，字渊如。江苏省湖阳人，乾隆五十二年（1787），考取一甲第二名榜眼。官翰林院编修、刑部郎中、山东督粮道等职。他一生博览群书，勤于著述。是继阎若璩之后，研究《尚书》十分有成就的学者。他的《尚书今古文注疏》搜辑了汉朝今古文各家古注所仅存者，又遍采前人传记之涉书义者，如《史记》中曾采用过《尚书》里的很多资料，孙星衍就经过与之仔细的对勘校订。又兼采近代王鸣盛及段玉裁等人的成果，所以他的注疏很详尽，是阅读《尚书》非常好的参考书。王懿荣对它的推荐是至为妥当的、郑重的。
《<；四库全书>；恳请恩特饬续修疏》，是光绪十五年（1889）的重要奏疏之一。是王懿荣在这一年六月十六日（1889年7月13日），一天内连上三个奏疏中的文教方面的奏疏。
王懿荣要求续修《四库全书》，是为了保存祖国古籍，发扬传统文化的一项重大举措。
《四库全书》是乾隆三十七年（1772）开馆纂修，经十年始成。全书共收书3503种，79337卷，分为经、史、子、集四部，故名四库。其内容十分广泛。在一定程度上起了保存和整理文献的作用。
《四库全书》以著名的文人纪昀（晓岚）为总裁，成为我国历史上最大的一部丛书。参加编纂的有360余名知识分子，集中了当时大批名流学者，其中比较著名的有：纪昀、于敏中、金简、任大椿、戴震、朱筠、姚鼐、王念孙等。《四库全书》在我国文化史上占有很重要地位，保存下来许多有价值的典籍。后人在利用这套大型图书时，自然会联想到乾隆帝对中国文化的贡献。但是，乾隆帝在为了宣扬有利于清王朝统治和封建礼教的同时，对于不利于封建统治的著作，多实施抽毁或篡改，以至排斥不录，并加以禁毁。全书共缮写了七部，分藏文渊、文源、文津、文宗、文汇、文溯、文澜七阁。其中文汇、文宗都毁于战火；文渊被美法联军焚毁；文澜所藏亦多散失，经补抄得全。
王懿荣认为《四库全书》自乾隆编纂以来，又过了100余年了，各种体裁的书籍层出不穷，是到了可以重新聚集到一起的时候了。还有一个方面，王懿荣所担心的是，随着西方列强的入侵，外来的西方文化也侵入到中国来了。他认为近30年来学术变化很大，新学异说，纷然竞起，扰乱了人们的传统思想观念，或视中国传统学问为迂腐，或视中华文化为丑陋，若不及早加以整顿，统一思想，“其为流弊，岂可胜言。”这道奏疏也同时反映了王懿荣对“西风东渐”的态度。从这道奏疏不难看出，王懿荣是反对西方文化渗透的。至少他的态度和张之洞《劝学篇》基本相似，但有所不同。他的这道奏疏是保护祖国传统文化一支强心剂，是完全有必要的。只可惜，当时大清帝国已经走向末途，朝廷根本没有能力和财力来经办这么一件文化大事了。
光绪十六年（1890）六月十六日，王懿荣又奏了《胪陈本朝儒臣所撰十三经疏义请列学宫疏》，王懿荣的这一奏疏，与前面奏请将古本《尚书》附于《十三经注疏》是同样的意见。只是前面的奏请是有关《尚书》一书，而这次的奏请是有关整个十三经的疏义之作。
经书中的《礼》有“三礼”，即《周礼》、《仪礼》、《礼记》；《春秋》有“三传”，即《左传》、《公羊传》、《谷梁传》。唐朝时，将《诗》、《书》、《易》及“三礼”、“三传”合到一起，称之为“九经”，唐文宗开成年间，又将《孝经》、《论语》、《尔雅》列入，合称“十二经”，到了宋代又加入了《孟子》，于是就形成了“十三经”。由于经书受到统治者的重视，历代学者不少人给经文作注，又给注文作疏，形成了洋洋大观的各种解释经书的注疏，汗牛充栋。其中最具有代表性的是在南宋光宗绍熙年间（1190-1194）三山黄唐合刊的群经注疏，这就是通常讲的《十三经注疏》。
清代考据学盛行，而经书的研究占有首要地位。这也是自康、雍、乾大兴文字狱，广大士子为了躲避文字祸，而专热此门的结果。广大学者们绝大多数是以治经为主，兼治史学，或先治经，而后治史及其它。出现了不少的名家或名著。其特点是，他们肯下功夫，殚精竭虑，长期钻研，荟萃诸说，博采众长。他们从校勘、辨伪入手，“索隐钩沉，精穷奥业，存真截伪，澡雪前修”。做到言必有据，事必有本，有疑则阙，不穿凿附会，不妄加臆测，他们的义疏详尽精微，远远超过以往的旧作，使“大义乘而复昌，微言语绝而重续。”对我国古籍整理和研究，有着不可磨灭的贡献。王懿荣在疏中所胪陈本朝的这些学者及所撰经书的注疏（正义），都是具有代表性的。这些人的著作，不仅收入了阮元于道光年间所汇刻的《皇清经解》及光绪间王先谦补刻的《皇清经解续编》，清末民初学者章炳麟也曾选择了清朝学者的经书注疏，编成群经新疏的书目，其中就有孙星衍的《尚书今古文注疏》、陈奂的《毛诗传疏》、胡培翠的《仪礼正义》、刘文淇的《左传正义》、陈立的《公羊义疏》、刘宝楠的《论语正义》、郝懿行的《尔雅义疏》、焦循的《孟子正义》等。这些都是足以说明王懿荣在奏疏所推荐的诸人诸作，都极为精当，具有代表性，为当时经学之精华。同时也反映出王懿荣对当时学术界如此熟知和掌握。
当时也有人对王懿荣的建议不以为然。户科给事中洪良品就因王懿荣上疏而上疏弹劾王懿荣“专己守残”，认为续修《四库全书》尚属可行，而儒臣经义请列学宫毋庸置议。
王懿荣在光绪十五年（1889）六月十六日又上了一道奏疏，是《训饬衍圣公向学并饬整理衍圣公府地产疏》。光绪二十年（1894）十一月初四日，又上了内容相同的《重疏前请整理孔子祀田并清查地产疏》，并附片奏请修复曲阜民山、洙泗两书院及请饬各省督抚，无论新旧刻本图书解交山东巡抚转行曲阜收藏疏。这两道奏疏的目的，皆是为了维护孔子及衍圣公府的尊严，以加强清政府的思想统治。
孔子（前551-前479），春秋末期伟大的思想家、政治家、教育家，儒家学派的创始人，是中国历史上最有影响的人物。名丘，字仲尼，鲁国昌平诹邑（今曲阜东南人）。先祖是殷末商纣王之庶兄微子启，启奉商祀，封于宋。六世祖孔父嘉。始以孔为姓。五世祖木金父避难奔鲁，后定居于鲁国诹邑。父叔另行部署纥为鲁武士，以勇士闻于诸侯，晚年与颜氏女征在结婚而生孔子。孔子3岁丧父，受教于贤母征在，“为儿嬉戏，常陈佾豆，设礼容。”（《史记·孔子世家》）自言：“吾少也贱，故多能鄙事。”（《论语·子罕》）15岁立志于学。及长，曾当过“秉田”（管中羊小吏）、“委吏”（管理仓库的小吏）。51岁，为鲁中都宰（中都县长）。由于政治有为，“一年，四方皆则之。后由中部宰为司空，由司空为大司寇。”68岁，乃集中精力于教育及文献整理工作，至终了。孔子一生思想学说的核心是“仁”。“仁者，人也。”（《礼记·中庸》）“孝第（悌）也者，其为仁之本与！”（《论语·学而》）将亲情之爱推而广之，就是人与人要相爱。
西汉武帝“罢黜百家，独尊儒术”之后，孔子的名声扶摇直上，被尊为“至圣先师”。孔子死后，其弟子或再传弟子纂辑《论语》等，保存了孔子生平事迹及思想学说。自西汉以来，历代帝王不断加封于孔子，相继被追封为褒成宣尼公、文宣王、至圣文宣王、大成至圣文宣王、至圣先师、大成至圣先师等。公元前195年，汉高祖刘邦至鲁，以太牢之礼仪祭祀孔子，为帝王亲临祭孔子之始。后历代帝王效仿之。
孔府又称衍圣公府，为孔子世代嫡系长孙居住之府第。位于曲阜城里，孔庙东邻。北宋至和二年（1055）宋仁宗赐予孔子46代孙孔宗愿的封号为衍圣公；徽宗时又封世袭衍圣公。这一封号孔子子孙相继，整整承袭了30余代。
然而圣人府中的圣人后代，并非人人都恪守圣道、能够为人师表的。传至七十五代衍圣公孔祥珂，“幼而多病，中年短折，外戚任事，家用不康，折毁墙屋，遭罹火灾，书籍图录，散亡殆尽。加以恩赐田产，百户把持，任意出纳，甸蔽日深，渐多失迷。尼山、洙泗两书院，久已废驰，门庭荒芜，家计零落。”甚至于其“田产租粮经管侵吞，朦混多弊，积重难返，非官为清理，不足以定出入，供资盛。”所以，王懿荣恳请朝廷下旨，要山东巡抚委派一妥实的道府大员前往曲阜，会同地方官员清查衍圣公府地亩，稽核粮租，确定章程，择人管理。每年年底由地方官详查结报，由巡抚存案。如经管人员再有前项情弊，即由地方官斥责驱逐，随时更换。每当巡抚和学政巡视地方时，应该到曲阜衍圣公府查询，以资久远。
王懿荣的第一次奏疏上呈之后，光绪帝曾下旨山东巡抚，委选官员前往曲阜会同地方官详细确查。可是光绪十七年（1891）山东巡抚张曜病故，后任巡抚福润一直未及清理。王懿荣又再一次上疏。
这一次的奏疏，不仅再次请求朝廷清查衍圣公府地产，而且奏疏中还根据文献记载，将衍圣公府地产的情况，详述于奏疏中，鉴于孔府地产的实际情况，王懿荣提出了多项建议。