光绪二十年（1894）六月，刚刚升任翰林院侍读、日讲起居注官不到一个月的王懿荣，又传来擢升的消息。奉上谕：现任国子监祭酒陆润庠现出试差，国子监祭酒王懿荣署理。钦此。是为王懿荣第一次任国子监祭酒之职。
陆润庠（1841-1915），江苏元和（今吴县）人。字凤石，同治状元。历官南书房行走、翰林院侍读、山东省学政、国子监祭酒、工部侍郎、尚书、东阁大学士、弼德院院长。辛亥革命后，留毓庆宫，为宣统帝师傅，授太保衔。光绪二十年，他出任山东学政，主持山东乡试主考官一职，所以国子监祭酒一职由王懿荣掌任。
国子监，官署名。《周礼·师氏》：“以三德教国子。”郑玄注：“国子，公卿大夫之子弟”。西周时期，为了加强军事统治，要求贵族子弟都成为善射的武士，大学教育的首要任务是练兵习武，其次才是学文习礼。汉代由中央主办学校称太学。晋武帝时，设立国子学，或称国学，与太学同隶太常。北齐时国子学脱离太常，独立成署，称国子寺。主官为祭酒，专门管理学校教育工作，即国子、太学、四门、书、算学，各置博士。隋炀帝时改称国子监，作为全国管理学校的最高行政机构，自唐至清，其制均同。唐代国子监置祭酒一人，司业二人，以官兼师。其下除主簿、录事为事务官外，掌教者称为博士及助教。领国子、太学、四门、律、书、算七学。国子、太学、四门学以所教诸生的家世为等级，国子生为三品以上官的子孙，太学生为五品以上官的子孙，四门为七品以上官的子孙。律学、书学、算学等专门学校，招收八品以下子孙及庶人之通其学者，地位较国子等三学为低。广文馆专领以进士为专业的国子学生，其等级和四门学、律学等相似。五代沿袭唐制亦置国子监。宋代国子监除掌训导学生，推荐学生应举外，并掌藏书及刻印书籍等事，元丰改制前置判监事二人，以两制或带职朝官充任，其下置直讲八人，丞一人，主簿一人，监生无定员。元丰改制，始置祭酒、司业、丞、主簿各一人，太学博士十人，学正、学录各五人，武学博士二人，律学博士、学正各一人；又有学谕、直学、斋学、斋谕、学长、集正等。监内分设三案，即：厨库案、学案、知杂案，分管各学钱粮、文武学生升补、考选等事。所辖有国子、太学、武学、律学与小学。北宋于陪都西京（安）、南京、北京亦设国子监，设分司官，由执政、侍从等官担任。南宋初，诏国子监并归礼部。不久，诏命复收生徒，置博士。辽太祖于上京置国子监，设祭酒、司业、监丞、主簿。金国子监置祭酒、司业各一人，丞三人，一人兼提控女真学。辖国子学、太学。元代国子监置于至元二十四年（1287），隶属于集贤院。所辖仅有国子学。明代国子监，设祭酒一人，所属有绳愆厅监丞一人，博士厅五经博士五人，率性、修道、诚心、正义、崇志、广业六堂助教十五人，学正十人，学录七人，典簿厅典薄一人，典籍厅典籍一人，掌馔厅掌馔二人。迁都北京后，南京仍设国子监、设同北京国子监，惟员额较少。因南北两京都设国子学，故有南监、北监之称。国子学生多由各州县学选拔入肄业，也有由捐纳而得的。清代国子监设官大体仍如明制，惟员额减少。祭酒，满、汉各一人；司业，满蒙汉各一人；监丞及博士均满汉各一人。而六堂都以汉人充任助教。另外特简大臣总理监事，并置学正、学录。清代捐官之制，非生员出身的纳资者，必先捐得监生，并不真正在监肄业，于是国子监便成为有名无实的机构。惟祭酒、司业仍须翰林官充任，而州、府、县学官中的优异者，可以充任国子监学正、学录之衔以为荣典。为此，国子监是掌管全国教育的最高行政机关，称国子监衙门；又是直接举办大学的教育机构，称太学；以国立中央大学行使教育部的职能。光绪三十一年（1905）设学部（教育部），国子监遂废。
清代国子监位于安定门内国子监大街（即成贤街），创建于元代至元二十四年（1287），明初曾为北平府学，明成祖永乐元年（1403）始设北京国子监。永乐十九年（1421）迁都北京，以北京国子监为京师国子监。清沿明制，增建辟雍，创建国学，使北京国子监规制度更加完善。它是元、明、清三代培养全国各民族知识分子的最高学府。
国子监是由一个前、中、后三个院落组成的长方形四合院，占地约28000平方米。进入集贤门（门三，按旧制，中门只在皇帝临雍等重要活动才开），便是前院。东有门通孔庙，西有门通射圃。院内建有为圜河供水系统配套的东西井亭。穿过前院，进入太学门，便是国子监的主要建筑群。中轴线上有黄色琉璃牌楼、圜河、辟雍、灵台、彝伦堂；左右有率性、修道、诚心、正义、崇志、广业等六堂，绳愆、博士、典簿、典籍等厅，东西御碑亭，钟鼓亭等。后院有敬一亭，东西厢。
乾隆四十九年（1784），建造辟雍殿。辟，君也。上覆黄色琉璃瓦，表明它是皇家最高等级。因为辟雍离不了水，根据西周青铜器金文记载，辟雍是水上习射的地方。《礼记·王制》称：“天子命之教，然后为学，小学在宫南之左，大学在郊，天子曰辟雍，诸侯曰叛宫。”
圜河及供水系统，“建辟雍以象天运，敷教化于流水之源。”
琉璃牌楼。是太学门内的琉璃牌楼。南面为“圜桥教泽”，北面为“学海节观”，皆乾隆帝手书。西御碑亭刊刻《三老五更说》，“学海节观”是指汉明帝刘庄于永平二年，率群臣恭养三老于辟雍，饷射礼毕，诸儒执经问难于前，冠带搢绅之人圜桥门观听。节观，含有限制参观之意。学海无涯，读书治学的人，都面临一个书林学海如何涉足的问题。
“圜桥教泽”。泽，恩泽，德泽，泽及万世。《清朝文献通考》作了这样概述：“士习者，民风之本也。……列圣之教译，有以深入人心，而庠序之教化，有以表率乎民俗也。”
彝伦堂。元代为崇文阁，原系皇帝诣学御讲之所，中门及中座为皇帝专用，平时国子监生员不得在中门设座及中门出入。御书楼未建前，为珍藏图书典籍之所。明永乐年间改建，更名彝伦堂，作为祭祀、集会、宴请和讲学之场所。
祭酒，明代品级为三品或从四品官员担任。清初祭酒由亲王担任：随后由大学士、尚书、侍郎内任命。祭酒本为首席之意，非官名，古代宴飨时推年高德望之人先举以祭，故有此称。历代相传。祭酒以下有司业，为祭酒之副职，辅佐祭酒，品级为五六品。监丞、博士、助教、学正、学录、典籍、典簿等官。监丞是主管生员违犯监规，予以纠举惩治的官员，品级为六至八品。博士就是教授生员的教师。整个国子监就是以官兼师，以师治校的教育官署。国子监生源是专门培养贡生的地方。贡生是地方考选在学生员，贡于王廷之意，经廷试，升入国子监后称监生。监生在府州县学受初级教育，选拔到国子监受高等教育，称贡监生。贡监生又分拔、优、岁、恩、副五贡。府、州、县学为同级，相互之间没有隶属关系，学生是经童试考取秀才，称生员。
监生毕业后，首先到中央各衙门实习，称为历事，每三个月考核一次，一年期满，然后由朝廷分配工作。那些重视功名的人，还可以参加科举考试。历代以来，国子监生取得举人、进士的人很多。《清会典》规定：“文官进士、举人；国子监毕业的监生都是正途。” 监生毕业考试为廷试，廷试每百名，取正印8名，授予知州、知县等正印官，一般的分配到中央各衙门，以七品、八品小京官录用。国子监还培养在华留学生。来自那些附属国和邻国的学生亦称贡生，又称夷生。由于交通梗阻，对学习期满等待回国的留学生，未回国前，一切银米衣物，照旧由国子监支领。
国子监自雍正三年（1725），开始设置管理监务大臣。每天早晨，祭酒、司业升坐彝伦堂，属官自监丞以下按次序站立。诸生见过礼后，质问经吏，拱立听讲。
监生们除了学习四书五经外，尚有历代典礼、赋役、律令、边防、水利、天官、河渠、算法之类。每日练习书法200余字，以二王、智永、欧、虞、颜、柳诸帖为法。每班选一人充斋长，督促诸生的功课和管理日常生活。衣冠、步履、饮食都要遵守规则。
王懿荣初任国子监祭酒，正逢祭孔大典之期，他于七月开始筹备，于八月二日在国子监进行祭孔前演礼。初三日，光绪皇帝驾临国子监，王懿荣陪同，并主持了国子监行祭孔的释奠典礼。一切在王懿荣周密安排下，成功进行。光绪皇帝龙颜大悦，赐御笔“福寿”、“松寿”字各一幅。
王懿荣任祭酒时正逢爆发中日甲午战争，刚刚任职半年的他，请缨奉旨回家乡登州办理团练事宜。光绪二十一年（1895），甲午战争结束。王懿荣请假两个月，滞留故乡处理停办团练的善后诸事。这年五月，又奉上谕：王懿荣补授国子监祭酒。钦此。六月假期已满，十六日由烟台起程北上。二十日回京覆命，具疏谢恩。时为二任国子监祭酒。
王懿荣在第一次任国子监祭酒时，在《谢署理国子监祭酒疏》中曾说道：
奏为恭谢天恩仰祈圣鉴事：
本月十日内阁奉上谕：“陆润庠现出试差，国子监祭酒著王懿荣署理。钦此。”
窃臣叨依禁中，备员讲幄，念涓埃之末答，恒寤寝以难安。兹复渥承简命，权领成均。谢坛济受代之日，荀卿子游学之年，聪明威重，汉太初已慎其官；学识德望，唐元和尤钦其选。臣顾何人，膺斯宠遇！惟此生成之独厚，诚非梦想之所敢期，祗有益加砥砺，倍矢靖共。居其位而思职，断不存五日京兆之心。戒其属以率其徒，庶稍裨礼乐百年之治。所有微臣感激下忱，谨缮折叩谢天恩，伏祈皇上圣鉴。
从这个奏疏上看，王懿荣虽然身任国子监祭酒，但仍在大内南书房入值，陪伴光绪帝左右。国子监祭酒一职实属兼任。当然王懿荣也十分谦虚，说自己的资历、德望还不够足以担任此职。由此可见，国子监祭酒一职虽是清水衙门，但实是非一般官员所能担任的。在清代担任国子监祭酒一职，有一个不成文的惯例，清初一般由大学士、尚书担任，清中期，一般由状元出身的翰林担任，还有一条就是国子监祭酒不得连任。所以国子监一职更换频繁。王懿荣能连续三次担任，实属学识渊博、德高望重，已是打破多项之惯例。
王懿荣第二次担任国子监祭酒也是半年的时间。就在光绪二十二年（1896）正月，他的母亲谢太夫人病逝于家乡福山县城里新宅（俗称二宅子）。王懿荣在京接到讣告，星夜匍匐奔丧。他同时还驰电告知次子王崇烈曰：“吾父母，吾不能奉养矣，此后，之致身君国者，赴汤蹈火亦不敢辞！” 王懿荣忠君报国之思想与念头，早已在此时流露于纸背了。
按清代官吏制度，父母病逝为丁忧守制。在职官员需返里为父母守孝三年。实际是二年七个月，制满后称服阙，到家乡省抚报到，然后上奏朝廷，由吏部重新安排官职。然而，守制之官场人情却是千姿百态。如，乾隆皇帝到热河避暑，宠臣傅恒奉命伴驾。忽然丧报传来，傅恒的大哥去世，傅恒赶紧奔丧。在此期间其兄家正按例搭好灵棚，供人凭吊，讣告也送给相关亲朋好友，但来者寥寥。第三天，傳恒风尘仆仆地赶到。街上一下子热闹起来，各部院大臣纷纷白衣素马，一路哭号着跑来吊唁，且都备了重礼，有的跟傅恒的哥哥根本没见过面。傅恒走到哪里，一帮人跟到哪里。
这个片段常被当作世态炎凉的样本。所谓冷暖自取，大家不能按照常人社会要求官场人情。
话说一群候补知县打麻将。才打完一圈，仆人来报说巡抚大人的姨太太得了重病。大家争先恐后寻找衣帽，备马抬轿急欲先赶到巡抚官邸。仆人又来报得病的是巡抚老娘，大家相顾而笑：“巡抚大人需回家丁忧，再也管不着咱们了，明天吊唁不迟。”一会仆人又来报死去的是巡抚本人，众人立马齐刷刷地脱了官服，重新入局，连声说道，差点耽误了大好时光，赶紧摆上，打个通宵！
谢太夫人生于道光三年（1823）癸末二月二十六，卒于光绪二十二年（1896）正月初六日。享年74岁。谢太夫人一生知书达理，深明大义，虽出身名门望族，却没有丝毫骄横之气。当年在京曹的寒素生活，她全力支持丈夫编书做学问，从没有半点埋怨。后来丈夫做到了四川按察使，儿子也官至国子监祭酒。她还是那么平和待人，没有一丁点骄恣。中日甲午战争爆发时，张之洞任两江总督时，看到战火在胶东半岛燃起，把她接到了南京，问寒问暖，虽说女儿已经故去了多年，而张之洞还是待她如亲生父母一般，可见谢太夫人的为人兰薰桂馥。甲午战争结束后，王懿荣为了遣散团练兵勇，为了不花费朝廷饷银，叫儿子如数上缴国库。谢太夫人拿出自己的私房钱，替儿子王懿荣上缴遣费，真是应了那句古语，有其母，必有其子。谢太夫人的这种高风亮节。瑰意琦行的大家风范至今也是后人学习的楷模。