从以往和田地区考古发掘中出土的佛和菩萨像观察，较多为“化佛”，表现为佛与菩萨以其通力化作人形示现，如观音菩萨示现三十三身。因而，佛寺中的“七佛一菩萨”或可视作“化佛”，当然，或多少受到佛教“七佛”说的启发。
令人惋惜的是，佛寺主尊佛塑像头部已完全损毁，且难以修复，因而对主尊佛塑像有不同的猜测。据以往在和田地区发现的古佛寺遗址，尚无相同类型的佛像可作为比照、参考。从托普鲁克墩佛寺的结构和壁画内容观察，突出表现的是主尊佛像和南墙壁上的一组壁画，以弥勒菩萨、毗沙门天王、鬼子母构成的壁画，更是反映了于阗国佛教流行的趋向。
汤用彤先生说，密宗“所供养者为神甚多，以大日如来为中心，而聚千百佛菩萨，纷然杂陈”。密宗建宗较晚，时间在唐玄宗李隆基（685—762年）时，其实，之前密教已流入中原。大日如来即毗卢遮那，为密教的本尊。托普鲁克墩佛寺内四面墙壁上，壁画绘有众多的立佛像、菩萨像、千佛像，且立佛像均为化佛，并非佛寺中的主尊佛像，据此，佛寺中的主尊佛像应当就是密教的本尊——大日如来。
佛寺的面积不足四平米。在这一方空间里，填满了另一个世界所有美好的物象，这里没有空白，甚至没有针孔大小的空隙，如同一只充满气体的彩球，置身在这样的空间里，让人忘记了一切。
千年以前的修行者是以怎样的心境走进这方净地的，不妨作这样的设想：
修行者从喧闹的市廛走到清旷的绿野，走得愈远，离那个生活中的俗世愈陌生，渐渐地，忘记了自家的归属。先是模糊了往日稔熟的面孔，脑际中仿佛有一张滤网，将朋友、邻居、兄妹、父母挡在滤网之外，佛寺外的一切都在朦胧中消失得干干净净，只剩下了自我，最终，连这个自我也被摄入空界。万象俱灭的困惑突然令人感到孤独、恐惧、肢体僵化，然而，也就在濒临死亡的绝境，恍惚已躺在一只独木舟中，舟楫被和煦的风吹离水涯，耳畔的波涛声像一首催眠曲，慰藉一具失去记忆、灵魂飘远的躯干，是昨昔还是今时，是生或是死全然不知，一片浑沌……
那一段绝世之路，有痛苦、有懊悔、有绝望。然而，当冥冥之中的浑沌散去，那张无形的滤网已经消失，一片明朗的天宇，看到的是从未见到的景致：华美的楼阁，流光溢彩的台榭，芳草葳蕤，香花竞妍；天门巍巍，殿堂煌煌；金刹焕焕，梵音朗朗。前有天女接引，后有侍从尾随，安步玉阶，盘桓精舍，馔食奇珍，息止帐幔……
于是，大彻大悟的非昨日之我，默念心历万劫的苦楚，教诲后来者修行成佛之业。而这一方空间，正是凡俗通往缥缈世界的开始，面对的是一心虔敬的佛祖和朝思暮想的胜境。修行者自入门槛，割断尘缘，专注苦修；一扇门扉关闭了一个世界，一实境界进入了佛界天堂。
我不怀疑这座佛寺曾化度凡夫俗女，也不怀疑有僧人于此涅槃，小至纤芥，大到宇宙，徜徉在精神世界者，是不以小为小，不以陋为陋的。作为一个凡人，我倒想知道，往昔的虔男善女是如何在这里修持的。
在所有悬疑问题未得到诠释之前，作出的判断显然是草率的。
在之后一个月内，我对毗邻托普鲁克墩佛寺以西七十米的托普鲁克墩2号佛寺遗址进行考察。这处佛寺遗址的规模较大，因清沙工程巨大暂缓考古发掘，但从已出土的物品中，已经让我获得了所需的资料。同时，在托普鲁克墩佛寺以北的达玛沟喀拉墩荒漠沙丘中，也有一座规模较大的喀拉墩佛寺遗址，所出土物品亦具有重要参考价值。引起我注意的是，三座佛寺都座落在达玛沟南北向古河床一侧的绿洲上，相同地理环境中的三座佛寺必然存在某种关系。这三者的关系反映了这样的一个现象：只有在特定的自然环境和社会背景下才可能产生互为相连的关系。
据考古调查报告称，托普鲁克墩佛寺中的主尊佛像，经碳14测定年代距今1424年前后，约公元526年，树轮校正年代为公元618—公元656年，表明托普鲁克墩佛寺主尊佛像时代大约在公元6世纪中至7世纪前期之间。从三处佛寺遗址形制上看，托普鲁克墩佛寺为小型像殿佛寺，托普鲁克墩2号佛寺形制为回廊像殿，达玛沟喀拉墩佛寺遗址因未完全清理尚未确定形制。
总体上看，三座佛寺遗址中以托普鲁克墩佛寺为最早，不排除三座佛寺之间的承续性，以及在一个时期并存的可能。
在喀拉墩佛寺遗址出土的物品中，有一件千手千眼观音菩萨壁画残块，为佛寺密教特征提供了佐证。于托普鲁克墩2号佛寺发现的毗卢遮那佛木版画及“擦擦”等物，已具有明显的密教特征。关于托普鲁克墩佛寺，在考古发掘报告中称，未发现明显的密教因素，并据此认为其始建年代要早于公元7世纪。
我对三处古佛寺遗址出土物品综合比较分析后，再次来到托普鲁克墩佛寺。重新认真地观察佛寺的外部环境及佛寺的形制布局，以及佛寺壁画中的内容，续接之前的考察，困惑已久的疑云渐渐明晰起来。
我漫步于托普鲁克墩佛寺周围，没有发现聚居的村落遗址，而空旷的周围环境，正是远离市廛修行的处所。托普鲁克墩佛寺的东南面为一处林园，残留沙枣树、梨树枯干，近佛寺三米处有一株粗大的胡杨树根茎。当初筑建佛寺时，可能就是以胡杨树为邻，并藉以庇荫的。
托普鲁克墩佛寺外部环境清幽，建筑形制简约，唯有一扇门扉，内部面积狭小，空间封闭，是修行者“独离”修行的理想之地。这恰恰符合《瑜伽真性奥义书》文中所说的“是故修其导引，自作莲花式而坐。当建一精舍，美丽可悦，门扉细小，绝无孔窦”。从佛寺的外部环境和佛寺形制上观察，佛寺建筑是受到瑜伽说影响的。
佛寺壁画中见不到佛本生故事壁画，礼敬本地保护神表现以保护神为主的虔佛意识。修行时“端直其身，始则合掌敬礼其所亲爱之护神”。壁画上所绘诸多佛、菩萨像，表现出密教修行场所的一个特征。
壁画上的菩萨均为半裸，显然是受到瑜伽修行的影响，这似乎是在导引一种半裸修行的方式，这也是密教较早修行的特点。
佛寺中未见佛经经本和佛寺中必备的法器物。壁画中菩萨手持花束是瑜伽修行者常具的礼仪形式。
“节食”为瑜伽修行时唯一的要义。由于节食而体重减轻，所需食物也有选择性。佛寺中未留下生活用品，以及残留食物的痕迹，符合瑜伽修行的要义。
瑜伽初修行时以莲花式而坐，渐渐于地面移行，逐渐能为蛙跃，逐次达到修行的最高境界，以佛寺不足四平方米的面积，符合瑜伽“独离”修行的要求。
托普鲁克墩佛寺虽是修行之地，但并不是多人共修的地方，它只能为一个人提供修行，因而，佛寺可能系由一人捐资修建。综合分析，来这座佛寺的修行者可能是一位女性，推测为一居士的修行地方，佛寺实际就是为她修筑的，这位女性有可能是于阗国虔信密教的王族，亦或是一位看破红尘的女性富贾。
托普鲁克墩佛寺赋有瑜伽内容的密教修行方式，是有其宗教历史渊源的。
密教在印度是比较古老、原始的宗教，注重程式化的仪式，祈祷的仪式既有与生存相关的安宅、治病、祈雨，也包括修行中所产生的忧虑、困惑、劫难，而最终目的则是通过修行实现成佛。密教的修行方法大致可归为三密，即身密、语密、意密。
身密也称做“结印”，以手指指形结式的变化，表示某种涵义，不仅指形结式有一定的规范，不同的结式也要与佛的坐姿、形态及所表现的指形结式相符合。手结契印即能够产生慧通佛法的效应。
语密，梵语称“陀罗尼”，即咒语。密教以咒语显验佛法，咒语即口诵真言。咒语不必全念，有时一字即可表示涵义，不同的咒语，都可以幻化出佛像和佛的意旨。
意密，意思是唯大日如来为佛尊，心作观想，不动它念，譬如心住瑜伽相，应该在月满之际、天穹白净之时，以心观实相，断除心念中的障碍，心中理会大日如来的一切经法。
三密是密教的基本信条，修行三密，旨在修行者与佛法融为一体。三密中除语密因时、因事而发，语密、意密有一定的程式。形式和内容互为融通，这是密教修行的特点。
印度的密教思想很早就渗透到瑜伽之中。瑜伽的本意是“结合”，所指修行而言，最早见于古代印度钵颠阇利所著的《瑜伽经》。瑜伽思想重视调息、静坐的修行方法，带有神秘主义的成分，为印度佛教所汲取、利用，并逐渐流行于中亚地区及于阗国。
继《瑜伽经》之后，出现了宣阐瑜伽哲学思想的若干书籍，《瑜伽顶奥义书》是较早的一部。《瑜伽顶奥义书》分“大品”与“小品”，“小品”有十颂。
“小品”第一颂称：“宣说瑜伽顶，一切智卓出，静虑此咒语，肢体无战栗。”
第一颂大意是：宣讲瑜伽顶十颂，所有的智慧都卓然而出，静心地思虑“咒语”，身体就无所惧怕。开宗明义之后，对瑜伽静虑作阐释，继而阐述练瑜伽者的向往，以及启迪瑜伽者只要持修“静虑”，便能得益。
第十颂结束语说：“前世再转生，无由销罪孽，独以瑜伽见，轮回从此绝。”大意是：长时期不断地一次次转生，并不能消除身上的罪孽，唯有瑜伽能显现神功，那种罪孽的轮回，从此根绝。
从最早的瑜伽可以看出，修瑜伽并不是单纯的修体，而是心、身并修，这种修行的方法为早期的密教所吸纳。因而，澄心静虑、兼以修身的方法，成为后来密教修行的程式，也成为佛教修行者借鉴、融合的修行方法。
《瑜伽真性奥义书》文中也有类似的说法：“盖瑜伽而无智识，则其为解脱也，无力。是故欲得解脱者，必瑜伽与智识，坚定双修。”
印度的瑜伽派哲学思想与瑜伽的结合时间较早，修行瑜伽在于修身；所谓“智识”即是精神层面的修行，无“智识”的修行，生与死循环延续，只有修行“智识”，才能由生死循环中得到彻底解脱。二者并修，体现瑜伽哲学思想与修行行为上的一致，二者不可缺一。在印度早期的佛经中，已经出现了瑜伽哲学思想的萌芽，由于带有神秘主义倾向的修行方式，在所传佛经中并不明显，然而具体到每个僧人修行时，都会本着秘而不宣的方式进行修行。
当我趺坐于狭小的佛寺中，坐北南向，不由得想象到当年的修行者，端正身体，首先合掌专心礼拜护神的情景，而这座佛寺乃至整个古于阗国的佛寺，护法神不就是南墙壁壁画上的毗沙门天王吗？
可以得出这样的结论：至迟在公元7世纪初，于阗国大乘教派所奉行的佛教带有明显的密教色彩，并在印度密教基础上衍生出新的内容和修行方式，其后，在印度密教与唐代僧人不空建立的密宗之间起着过渡性的作用。托普鲁克墩佛寺是迄今发现的最早的密教佛寺，它是以瑜伽修行方式表现密教的，证明于阗国也已产生本土独有的密教佛寺。
这仅仅是一己之见，并不能成为定论，因为余留的诸多问题，我仍存在着悬疑。倘若说，这些有待解疑的问题或将成为不可解的谜，我愿意就未解之谜继续进行探讨，原因是在策勒这片绿洲中留存着沉睡的文明，个人所要做的就是探讨、解析这里曾经拥有的古老文明，并分享历史文明带来的喜悦。
达玛沟托普鲁克墩佛寺隐没沙丘，不管在这里曾经发生了什么，最终结束于大自然的毁灭，这或许是密教修行者最后的一劫。然而，在一千多年之后，堙埋沙土下的古佛寺又得以再现，它为沙土所吞噬，又因沙土得以保存，算是一桩幸事。
回溯千年，昆仑山下的绿洲，清流漾波，林木婆娑；东西往来的驼队行经此地，听到的是伴河水共鸣的梵音，看到的是祥云缭绕的一条佛寺长廊，那幅画面中的人文风光实在是很诱人的。