穆斯塔法·萨迪格·拉斐尔（Muafāādiq al-rāfi‘，1880-1937）的《古兰经奇迹》（’I‘ajāz al-qur’ān）。该书中，作者专门辟章“古兰经与科学”，运用现代科学知识解析《古兰经》中言及的宇宙、自然、人体、心理等科学知识的经文。作者在界定《古兰经》“自伊斯兰有史以来至世界末日，都是人类科学史上的根本奇迹”的同时[6]，引证前辈如哲拉鲁丁·苏尤蒂在《古兰经学通论》、艾布·法德里·穆尔萨在《包罗万象的古兰经》（’Ishtimāal-qur’ān ‘alāsā’ir al-‘ulūm）中对科学的言论，根据现代科学知识阐释科学性经文。他以科学知识解读有关经文，根据经文证实自然现象和现代科学，如基于经文“Rafī‘al-darjāt”（40：15）演绎出关于时间的各种学问——时间学（‘Ilm al-mawāqīt）。对于解读类似这样的经文，作者一言蔽之地指出：“一些科学家从《古兰经》中挖掘和证实了那些涉及科学现象，以及我们原本不甚明确的自然科学的经文，并对此给予详细阐释，从而使我们能够深入研究。这些经文仅仅是指示，如果人们深入思考《古兰经》，就能借助现代科学知识明确这些经文的微言大义。《古兰经》指出了所有科学知识的起源、发展和结果：‘我将在四方和在他们自身中，把我的许多迹象昭示他们，直到他们明白《古兰经》确是真理。难道你的主能见证万物还不够吗？’（41：53）据此，人类所有的知识无一不在经文‘四方和在他们自身中’所指的范畴内。”[7]
阿布杜·阿齐兹·伊斯迈尔（‘Abd al-‘azīz’ismā‘īl）的《伊斯兰教与现代医学》（Al-islam wa al-ibb al-adīth）。作者是医学家，该书是他在《爱资哈尔》（Al-’azhar）杂志上发表的有关论文的专集，埃及伊尔提玛德出版社于伊历1357年出版发行。该书中，作者开宗明义，首先强调“《古兰经》绝不是一部医学书，不是一部工程学书，不是一部天文学书，而是指出了自然规律，这些规律都要归结于这些学科知识”[8]。作者接着说明，“《古兰经》中很多经文的微言大义，唯有通过现代科学研究才能明晰。”[9]作者在言简意赅地指出了科学注释对于解读《古兰经》有关经文的重要性和必然性后，以大量案例注释了很多经文。
谭塔维·焦海里的《焦海里经注》，鉴于该部经注是近现代科学注释《古兰经》的扛鼎之作，故笔者将在下章中予以概要介绍，兹不赘述。
近现代以来，除上述6部重要典籍外，解读《古兰经》科学知识经文的注释典籍或研究专著还有：艾布·阿扎伊姆的《科学奇迹》，阿布杜·哈里姆·迈哈姆德的《伊斯兰教的艺术观、科学观和哲学观》，穆罕默德·塔希尔·阿舒尔的《科学注释》，穆罕默德·纳济姆·奈希姆的《古兰经中的医学》，穆斯塔法·迈哈姆德的《解读时代的古兰经》，穆罕默德·陶菲格·苏迪格的《研究宇宙万物的规律》，哈乃斐·艾哈迈德的《科学注释古兰经中的宇宙性经文》、《古兰经描述宇宙万物的奇迹》，穆罕默德·艾哈迈德·阿德瓦的《天际中的真主迹象》，穆罕默德·本·艾哈迈德·亚历山大的《解析植物、矿物和动物中的奥秘》、《阐释动物真相中的明证》，欧麦尔·本·艾哈迈德·米勒巴里的《珠玑中的古兰经奇迹》，穆罕默德·布海特·穆提尔的《鼓励人类理解古兰经中的宇宙性和文明性经文》，加齐·艾哈迈德·穆赫塔尔·巴沙的《古兰经的奥妙》，萨义德·基拉米特的《古兰经与欧洲对自然、天文和宇宙的研究结论完全一致》，穆罕默德·阿菲夫的《古兰经与气象学》，穆罕默德·苏迪格的《天文学与古兰经》，穆罕默德·艾哈迈德·盖姆拉维的《科学时代的伊斯兰教》、《真主的宇宙规律》，穆罕默德·哲马鲁丁·凡迪的《真主与宇宙》，穆罕默德·优素福·哈桑的《诸天地的故事》，阿布杜·俄宁耶·拉吉哈《伊斯兰思想观中的地球与太阳》，莫里斯·比卡尔的《基于现代科学研究天启经典》、《人类的起源是什么》，阿里·阿布杜·阿济姆的《天地的王权》，阿卜杜拉·阿布杜·兰扎格·苏欧德的《牙刷与保护牙齿》、《古兰经中的医学奇迹——蜂蜜》，萨拉丁·海什拜的《科学与信仰》，纳伊姆·哈姆西的《思考古兰经的奇迹》，穆罕默德·穆罕默德·易卜拉欣的《地层学中的古兰经奇迹》，阿布杜·兰扎格·瑙菲勒的《真主与现代科学》、《伊斯兰教与现代科学》、《古兰经与现代科学》、《古兰经中的数字奇迹》，穆斯塔法·迪巴格的《古兰经奇迹的哲理》，穆罕默德·阿布杜·加迪尔·费根的《古兰经与环保》，陶菲格·阿莱瓦奈的《预防静脉瘤症中的古兰经奇迹》，穆罕默德·阿里·布尼的《古兰经与医学之间的蜜蜂与蜂蜜》，阿布杜·穆奈伊姆·阿什里的《注释古兰经中的宇宙性经文》，穆罕默德·奥斯曼·海什特《伊斯兰教与现代学科观中的男女不同》，曼苏尔·穆罕默德·哈塞布·纳斌的《宇宙与古兰经中的科学奇迹》、《古兰经与现代科学》、《古兰经对极速与相对速的示意》、《古兰经中的宇宙百科全书》，阿布杜·阿里姆·海德尔的《科学与古兰经之间的地理现象》、《信仰概要：研究古兰经中的宇宙》、《古兰经中的宇宙规律》、《古兰经与科学之间的水与生命》，卡里姆·赛义德·加尼姆的《蜘蛛的奥秘》、《古兰经中的宇宙示意：研究与实践》、《古兰经与圣训中的家畜奶》，陶菲格·穆罕默德·因兹·丁的《古兰经与现代科学中的精神证据》，穆罕默德·萨义德的《伊斯兰教的树木观》，塔希尔·陶菲格的《古兰经与创造人类的奇迹》，阿布杜·哈米德·塔哈玛兹的《古兰经蚂蚁章中的奇迹》，阿布杜·迈吉德·赞达尼的《创造主的独一》，穆罕默德·巴尔的《医学与古兰经之间的人类起源》、《医学与法学之间的酒》、《禁食猪肉的哲理》、《子宫的周期》，阿布杜·哈米德·阿布杜·阿齐兹的《古兰经真理与医学之间的人》、《医学观中的伊斯兰功修》，艾哈迈德·阿布杜·瓦哈比的《伊斯兰遗产中的原子学》，等等。[10]
二派别层面的注释
伊斯兰教早期，因政治分歧和学说异见等因素促使派别林立的局面，到中世纪后期渐次衰微。除逊尼派和什叶派成为两大主流派别继续发展外，其他自成一家的派别或已消失殆尽，如穆尔太齐赖派已荡然无存；或一派多支的派别仅有一个分支派别传至今日，如哈瓦利吉派仅有艾巴德派延续至今。
正如历史上各派根据自己的教义信条、思想观点和主张学说不遗余力地注释《古兰经》那样，近现代以来，伊斯兰各派注释家亦遵循本派教义信条，恪守本派思想原则，继承前人注释遗产，继往开来地延续和发展着注释的学术事业，使其绵延不绝，成果不断问世。
逊尼派作为伊斯兰教的最大派别，自然形成和开国建朝致使信徒众多和分布广泛等因素，自认教义信条和思想观点为正统等主张，社会学说和学术活动占据伊斯兰教主导地位等特点，促使该派学术研究和学术成果自始至终成为伊斯兰教学术活动的主流，很大程度上代表和引领伊斯兰教学术研究的整体发展。同理，在《古兰经》注释的学术活动领域，逊尼派一如历史上成为伊斯兰教各派注释《古兰经》的主流那样，近现代以来该派学者对《古兰经》的注释，依然成为伊斯兰教整体注释《古兰经》的主流和主导派别，该派学者也成为世界范围内穆斯林学者注释《古兰经》的领军人物。他们恪守经训原则，遵循教义主张，基于文化需要，根据学科特点，对《古兰经》各个层面做出了符合时代要求，顺应社会发展，回答现实问题，解决信众疑难的注释，各类精深细微的注释成果亦斐然卓著。
什叶派作为伊斯兰教的第二大派别，自其形成以来，在伊斯兰学术研究领域的贡献仅次于逊尼派，时至今日概莫能外。什叶派三大支派中，伊斯玛仪派自始至终没有注释专著，栽德派虽在历史上留下注释专著如邵卡尼的《全能主的胜利》，以及谢姆斯丁·本·优素福·本·艾哈迈德的《成熟的果实明确的律例》，但该派在近现代史上还没有注释文献问世。因此，近现代以来，十二伊玛目派作为什叶派的主流支派，在包括《古兰经》注释在内的各个方面占据着什叶派的主导地位，该派学者对《古兰经》的注释也就整体上代表着什叶派注释。该派注释家素丹·本·穆罕默德·呼罗珊在《阐明功修等级中的幸福》、穆罕默德·坚瓦德·本·哈桑·纳杰夫在《古兰经注释中的至仁主恩典》，均根据本派教义主张和思想学说，注释着《古兰经》的微言大义。尤应指出的是，“现代什叶派学者穆罕默德·侯赛因·塔巴塔巴仪编著的《古兰经注之准衡》（Al-myzan fi tafsir al-qur’ān）很有影响，全经注共20卷，300余万言，除了经义解释和选引以往什叶派著名经注中的材料外，据著者所说，这是一部包括教义学、哲学、历史、社会和伦理各方面研究的综合巨著，它在取材广泛和涉及当时伊斯兰社会问题方面，可与逊尼派的《光塔经注》相媲美。”[11]
至于哈瓦利吉派中唯一存在的艾巴德派，历史上既是哈瓦利吉派中最为温和、最接近逊尼派的分支派别，近现代以来尤为如此。该派“在政治方面，认为先知穆罕默德及哈里发艾布·伯克尔、欧麦尔执政时期是伊斯兰教的最理想时代；主张穆斯林社会应公开推选自己的领袖；任何虔诚信徒只要能主持正义并有公认的才能，均有资格被推举为领袖；认为领袖的职责是忠于真主的诫命，执行教法，主持正义、公道、抗击敌人，保护教民。在宗教信仰方面，主张‘五项天命功课’是伊斯兰教的基础；强调信仰的要素包括口头表白、内心坚信和行为实践；主张严奉《古兰经》中关于真主‘任何物不似像他’的启示，坚信真主的本体存在及其各种行为和德行，认为真主的德行既非本体，也非本体以外之物；反对按照《古兰经》字面意义为真主塑造形象；对于经文中有关表述真主有感觉、思维以及手脸等拟人的借比用词，应以‘最符合真主完美性’的意义加以解释。在教法方面，奉行贾比尔的法学主张，视《古兰经》和可靠的圣训为立法的首要依据；尊崇伊玛目赖比尔·本·哈比布辑录的《圣训实录》的同时，也承认其他教派辑录圣训中所公认的可靠圣训；除经训外，还认为‘公议’亦是立法的依据之一；主张必要时可运用‘推理’进行立法，并把‘类比’和艾布·哈尼法的‘唯善’及马立克的‘公益’等原则包括在‘推理’的范畴之内；教法主张上接近哈乃斐学派”[12]。近现代以来，艾巴德派的注释家基于历史以来业已形成的政治学说、教义学说和教法学说的总体思想和观点主张，没有停止对《古兰经》注释的学术活动。该派代表人物，伊历14世纪注释家穆罕默德·本·优素福·伊特菲什所注的《期望彼岸》、《后世之本》与《简明注释》，即为近现代以来该派在《古兰经》注释领域内的最新学术成果。
综上简而言之，近现代以来，尽管时代变迁、社会发展和文化进步等因素，促使那些关乎社会、政治、经济、法学、科学等层面的注释虽然较之以往发生变化，具有鲜明的时代特色和深刻的社会印记，但各派自古至今的一脉相承性质，促使各派对《古兰经》的注释根本上万变不离其宗，而是在本派思想主张的总体范畴内开展注释活动，推动注释学术工程的繁荣发展。换言之，近现代各派注释家在延续前人注释传统，汲取前人注释精华的基础上，都能因社会发展、时代要求和文化进步，通过新角度，运用新理念，对《古兰经》的方方面面，作出基于教义法理和注释学理的灵活注释，以便使《古兰经》始终指导伊斯兰教与伊斯兰文化，以及穆斯林社会与时俱进。如逊尼派注释家、“埃及伊斯兰改革家穆罕默德·阿布笃的两个学生穆罕默德·拉希德·里达的《光塔古兰经注》和谭塔维·焦海里的《焦海里经注》，都根据现代社会向伊斯兰教提出的问题，吸取前人经注精华，对经文进行广泛阐发，为当时风行一时的伊斯兰教改革运动服务，影响颇大”[13]。
三叛教层面的注释
根据伊斯兰史学界、文化界和注释学界的研究，伊斯兰教在发展过程中，始终面临别有用心者对伊斯兰教的歪曲，对伊斯兰文化的曲解。其中的惯用手法之一，就是借助违背《古兰经》经义经旨、符合他们需求的荒谬注释来达其目的。历史上有之，近现代以来亦不绝于耳。令注释学界喜忧参半的是，这样一些违背伊斯兰教义教理和注释学理的叛教注释（Al-lawn al-’ilādiyy），虽被极少数不明真相和不辨真伪的人接受，但绝大多数穆斯林因能对其一目了然而能明辨是非曲直。尤其是学术界和文化界的权威学者更责无旁贷，通过著书立说和发表论文等学术举措，捍卫《古兰经》，保护伊斯兰教与伊斯兰文化。
注释学界研究指出，近现代以来，《古兰经》注释领域之所以出现叛教注释的情况，主要由以下三项因素引起：[14]
其一，沽名钓誉者冒天下之大不韪，假借“创新”（Al-tajdīd）之名批评前辈注释家由于保守落后，致使以往注释落伍且不为时代所认同，而代之以他们对《古兰经》的“创新注释”。事实上，他们的“创新注释”，只是个人对《古兰经》微言大义的妄想臆猜，甚至对《古兰经》经文本义肆意地篡改。它既不符合《古兰经》语义的要求，也没有任何教义法理和注释学理根据。
其二，才疏学浅者自命不凡，认为自己学贯古今，遂无证无据、无理无识地任凭其思想在《古兰经》注释领域肆意阐发。事实上，根据注释学理的要求，他们既对《古兰经》的语言阿拉伯语的知识知之甚少，也对伊斯兰教的教义教理不甚知之。由于他们的学识水平没有达到注释《古兰经》的学术条件，其注释也就相应地违背了注释学理的学术要求，从而不为阿拉伯语言学家和穆斯林学者所认同。
其三，宗教信仰尚未明确者，由于其思想意识中充斥着各种宗教信仰的主张和观点，故这些互相混淆的主张和观点自然而然为其所用，并以其注释古兰经义，解读伊斯兰教义。事实上，这些人对《古兰经》的如此注释，无论就其出发点而言，还是从其注释文来讲，都与伊斯兰教的教义教理，以及注释学的法理和学理相左。