赫鲁晓夫想补偿他的罪过，集体农庄的农户们写来的“催人泪下”的信件增强了他的这种决心。“好啊，赫鲁晓夫同志，”一位集体农庄主席写道：“我们已经将我们的配额上缴给了国家，我们把一切都交出去了，自己什么也没留下。我们确信党和国家是不会忘记我们的，会给我们帮助的。”赫鲁晓夫对此评论道：“显然他认为农民的命运决定在我的手中。毕竟我是乌克兰人民委员会议的主席与乌克兰中央委员会的第一书记。他认为因为我是乌克兰共和国的元首，我是不会忘记农民们的。”但是不管赫鲁晓夫如何想提供帮助，但“一旦谷物缴到了国家供应站，我就无能为力了。我就再没有处置它们的权力了。我自己也曾向他们恳求过给我们留下所需的谷物”。
即使是在这种痛苦的回忆中，赫鲁晓夫也能轻快地说出他的一大堆头衔。不过此时他是在保护他的人民，反对政府的做法。在一次到他过去所在的彼得罗夫-马林斯基地区的视察中，他惊讶地了解到强制上缴配额后，农户们已经一无所剩，就连所留的种子国家也要求他们上缴。“我们不是吉普赛人，”该地区党委书记记得赫鲁晓夫看到这种情况后说道：“我们还得耕种。”
“不久，我就收到了关于饿死人的信件与官员报告，”赫鲁晓夫后来写道：“当时开始出现人吃人的现象。我收到一份报告说在基辅外围的一个叫瓦西洛夫的城镇边的一座小桥下，发现了一个人的头盖骨和脚掌。很显然，尸体已经被吃掉了。”
奥得赛党委书记阿历克赛·I.基日钦科曾对农户们如何过冬进行过视察。他向赫鲁晓夫描述了如下的情景：“那个妇女将她自己孩子的尸体放在桌子上，正在大卸八块。她一边剁着，嘴里一边唠叨，‘我们已经吃掉了马奈琴卡（玛丽娅的昵称）。现在我们要把瓦奈琴卡（伊凡的昵称）腌起来。这可以让我们吃上一段时间。’”赫鲁晓夫说：“每当我说起这件事，我的思绪就回到了那段时期。我脑海里生动地浮现出当时的可怕情景。但是我却无能为力。”
根据他的战时经验，这种新出现的不必要的苦难（“必要的”苦难却完全是另外一回事，对此他早已习惯）促使他采取了新的冒险行动。后来赫鲁晓夫坚持说他实事求是地告诉过斯大林当时的情况：“过去我曾数次成功地突破过官僚主义的阻碍。……有时，如果我能呈送上经过精心挑选的材料，得出合乎逻辑的结论，事实本身会说明一切的，斯大林也会支持我的。”但是这次情况并非如此。在打电话向斯大林汇报乌克兰的饥荒情况后，“我放下话筒想，反正就是这样了。斯大林什么也没有说。我能听到的就是他急促的呼吸声”。还有一次，斯大林咆哮起来：“‘你就是耳根子太软。他们是在欺骗你。他们就是利用了你的多愁善感，否则他们也不会向你报告这些情况。他们是想逼迫你将所有的家底都交给他们。’他好像认为我是向当地的乌克兰势力屈服，好像我成了一个不值得信任的民族主义者。”
档案馆里的文件证实了赫鲁晓夫的勇气。在1946年10月15日写给斯大林的信中，他要求减少谷物上缴的配额。在12月1日，他描述“乌克兰的形势已经相当严峻”，12月17日，他请求紧急援助。不过赫鲁晓夫也采取了一种策略以减少他冒险的成分。他建议发放供应卡，以保证农村人口有最低的食物保障，但不是向斯大林本人。“所有的正式文件都要呈送到斯大林那里，”赫鲁晓夫解释说：“但是对于大多数文件，斯大林从来都不看一眼，就像他从来不在很多的政府法令上签字一样。”斯大林好像也没有看到赫鲁晓夫的建议，但是“得益于马林科夫和贝利亚，我的请求得以直接送达索奇”。
不管是否是马林科夫和贝利亚在暗中捣鬼，让赫鲁晓夫感到困惑的是：“斯大林给我发来了最粗鲁、最侮辱人的电报。我是一个可疑分子，他说：我正在起草备忘录，以证明乌克兰无力自保，我请求发放大量的供应卡，以便让人民有口饭吃。我简直不能形容这封电报对我的打击有多大。我清楚地看到了整个悲剧，这种悲剧不只是困扰着我个人，而是笼罩在整个乌克兰人民的头上。饥荒现在是不可避免的了，斯大林的回应打碎了我们避免饥荒的最后希望。”
赫鲁晓夫又一次来到莫斯科，准备接受主子的训斥。“我做好了准备，准备任何情况的发生，”他回忆说：“甚至被当成人民的敌人。一切都发生在顷刻之间，你能做的只是闭着眼睛，门打开了，你发现自己已经身处卢比安卡（Lubyanka）。”虽然对供应卡的建议持反对意见，但斯大林最后还是给了乌克兰有限的援助，包括食品、种子及资金，以组织免费的食堂。但是这位独裁者对其高级顾问们关于农业问题建议的气愤使他罕见地于1947年2月召开了一次中央委员会会议。
“谁应该做总结报告？”赫鲁晓夫记得斯大林问道：“马林科夫？他分管农业事务，但他能做出什么样的报告呢？他对农业问题基本上是一窍不通，他甚至不懂得农业技术。”[21]斯大林的下一个候选人是赫鲁晓夫，但是“我对他的这个指示感到十分吃惊”，他坚持说。“我可以在乌克兰做这样的报告，”他告诉斯大林：“到现在为止，我已经在乌克兰呆了几年了。但是我对俄联盟内的农业问题却是一无所知，我对西伯利亚连起码的了解都没有。我也从来没有到过中亚地区。我从来没有见过棉花，不知道棉花是如何生长的。”
斯大林仍然坚持他的意见，但赫鲁晓夫也没有让步：“不，斯大林同志，我请求您免除我的这项工作。我不想误导中央委员会，我也不想因为对我不知道的领域作报告而处于尴尬的境地。”
那时，赫鲁晓夫已经形成了他惯有的工作风格。尽管他以前的自卑感也许的确存在，或者至少部分如此，但他现在差不多完全是在推脱责任。即使他从来没有到过中亚，但他在准备报告时也可以得到帮助。但是这种作报告的安排实际上是一种陷阱，是一种迫使他不是公开其与斯大林的分歧就是一劳永逸地埋藏自己的方法。
让赫鲁晓夫感到幸运的是，斯大林对他开了恩，指定了另外一名报告人。但是当斯大林询问他对安德烈·安德烈耶夫报告的看法时，赫鲁晓夫还是忍不住提出了批评。“一开始你自己拒绝作报告，”斯大林对他反戈一击：“现在你又对报告说东道西。”
赫鲁晓夫是在保护自己，因为安德烈耶夫曾批评过他主管乌克兰农业的工作。他现在很可能也想捉弄一下这个傻瓜。他声称自己主要办了两件棘手的事情：一是需要在向国家上缴谷物前预留来年耕种的种子，二是根据严格强制的配额播种春小麦可能会带来危险。不过后来发生的事情证实了他对斯大林提出的挑战是有道理的。“接下来发生的事情是，”赫鲁晓夫回忆说：“斯大林突然提出一个问题，乌克兰应该得到什么样的帮助。”
1947年3月，乌克兰中央委员会决定“加强党和国家的工作”，将党和政府领导人的职务分离，赫鲁晓夫本人就身兼党和政府两个重要职位。会议决定推选卡冈诺维奇为党委书记，而赫鲁晓夫任基辅省主席与党委书记。
赫鲁晓夫对中央委员会所作的发言与别人没有什么两样，语气也比较柔和。他没有在讲话中穿插很多笑话与格言以及对别的发言者的讥讽，而是进行了“自我批评”，承认“党和政府在领导农业的工作中犯有巨大的错误，这些错误在乌克兰是显而易见的”。在此之前，赫鲁晓夫在乌克兰共和国内的身影几乎是无处不在的。从5月份开始，他的名字就从媒体上消失了。很多在斯大林统治时期的受害者都经历了这一过程：先是声名狼藉，继而被投入监狱，继而遭到逮捕，终而销声匿迹。
赫鲁晓夫后来说他那段时间病了，不过他的疾病好像是政治病。事实上，他得了感冒，后来转成了肺炎。拉达·阿朱别依记得她父亲“几乎处于死亡的边缘。如果不是卡冈诺维奇的话，他也许逃不过这一劫”。卡冈诺维奇从莫斯科找来了一位医生，给赫鲁晓夫用了盘尼西林，当时卡冈诺维奇做出这一举动是需要勇气的，因为斯大林对西方的抗菌素持怀疑态度。不过盘尼西林也没有让赫鲁晓夫马上好起来。赫鲁晓夫的儿子记得两位医学教授从他父亲的卧室里出来后“为难地摇摇头”。谢尔盖仍然记得“父亲躺在床上，苍白的脸上毫无表情，他的呼吸发出尖锐的哨声，他的样子真让人无法置信”。
赫鲁晓夫康复后，医生坚持让他到海边休息。起初他穿着大衣坐在拉脱维亚的海滩上，他的孩子们在冰凉的海水里嬉戏。但是没过多久，他就到附近的湖里去打野鸭。他于8月中旬飞往卡利宁格勒，观看德国科学家是如何从褐煤里制造出纤维的。一入秋，他又及时赶回了基辅，赶上了新学年的开学。
这是赫鲁晓夫自从战争开始以来第一次“度假”。他没有在1947年前长时期的压力下被拖垮，这真是个奇迹。即使他病倒了，但这好像也是部分出于心理原因。对于他来说，政治上销声匿迹的前景是难以承受的。当斯大林第一次让卡冈诺维奇提供“帮助”时，赫鲁晓夫后来说，他对这种变化很欢迎，卡冈诺维奇一来，“所有的人都跑到他那里，带着他的指令回去”[22]。拉达也没有“在家里看出他的举止有什么变化。我们与卡冈诺维奇都很熟悉。……当他来基辅时，我们仍然住在第聂伯河边的一号别墅里，他的别墅是二号，与我家正对着。我们与他的孩子们很要好，经常一起去看电影。卡冈诺维奇一家经常到我家来看望我们，我们也经常到他家去。他和尼基塔·谢尔盖耶维奇经常一起散步很长时间，一起开车去上班。因此，至少从家庭的角度来看，这种变化并没有让人觉得是一场悲剧。”[23]
赫鲁晓夫太孤傲了，不可能将他心里的郁闷表露出来。此外，他也感觉到了威胁，特别是当卡冈诺维奇将“资产阶级民族主义倾向”作为针对他的主要目标时。卡冈诺维奇不仅加紧了针对民族主义“分离分子”的运动（显得好像赫鲁晓夫以前工作得不得力），而且对以前与赫鲁晓夫有联系的人进行打击。“自己是个犹太人，但卡冈诺维奇却反对犹太人！”赫鲁晓夫讥讽地说，特别是“反对那些正好与我关系不错的犹太人”。卡冈诺维奇也没有放过雷日斯基与多夫仁科。[24]
卡冈诺维奇将乌克兰工业与农业开工不足的状况归结为“乌克兰资产阶级民族主义倾向”的表现。他开始准备召开一次中央委员会全体会议，会议定于1947-1948年冬举行，主题是“向乌克兰共产党所面临的主要危险——民族主义作斗争”。当斗争的风云积聚时，赫鲁晓夫仍在医治他的伤痛，在他女儿拉达的陪同下对彼得罗夫-马林斯基进行了一次怀旧式的视察，目的是让他女儿，或者是该地区的党委书记格鲁科夫（Glukhov）看看“他在该地区优秀的人民心目中的地位”。但是不久之后，赫鲁晓夫就开始挖他以前的指导者的墙脚了。赫鲁晓夫宣称卡冈诺维奇“不遗余力地对所有的人进行政治迫害”，他们中的很多人都与斯大林“有联系”。
“一天，斯大林打电话给我，”赫鲁晓夫回忆说：“说，‘为什么卡冈诺维奇送上来的这些备忘录上没有你的签名？’”
“斯大林同志，这些备忘录不是政府的事务，而是党的事务。因此，不需要我的签名。”赫鲁晓夫的言下之意是他被降职是个错误，需要得到更正。不过斯大林显然早就知道了这一点。
“不是这样的，”他说：“我告诉过卡冈诺维奇，我不会再接收他的任何备忘录，除非得到你的签名。”
卡冈诺维奇在基辅的日子屈指可数了。“你想让我去与乌克兰人民争吵？你是不会得逞的，”斯大林1947年12月警告他说。[25]赫鲁晓夫记得：“卡冈诺维奇呈送给斯大林的批评其他官员的材料不久就消失了，因为他知道他是不可能让我在上面签字的。这件事本身肯定是一个值得欢迎的迹象，不过最重要的还是，这说明斯大林对我的信任已经恢复。我将他的电话看成一个信号，说明我作为政治局成员又回到了政治生活的中心。我的士气得到了极大的鼓舞。”
当卡冈诺维奇被召回莫斯科时，赫鲁晓夫的士气更加高涨了，12月26日，乌克兰中央委员会重新任命赫鲁晓夫为党委书记（同时任命对赫鲁晓夫唯命是从的科罗钦科（Korotchenko）为乌克兰政府主席）。特别是在1957年卡冈诺维奇试图推翻赫鲁晓夫但没有成功后，尼基塔·谢尔盖耶维奇和他的党羽们将卡冈诺维奇1947年在基辅的所作所为加以臭名昭著的描述。[26]不过，如果卡冈诺维奇算是一个坚定不移的斯大林主义者的话，那么赫鲁晓夫也算是一个，他官复乌克兰党委书记一职就能证明这一点。实际上，赫鲁晓夫还有理由要对1947年的卡冈诺维奇表示感谢，他不仅在赫鲁晓夫生病期间帮助了他，而且他过火的做法使得赫鲁晓夫的形象相比较而言显得好了起来。作为犹太人，卡冈诺维奇不可能永久取代赫鲁晓夫，成为乌克兰的领导人。即使斯大林真的想弃用赫鲁晓夫，那他也会选派其他人到乌克兰去。尽管他对赫鲁晓夫很生气，但斯大林还是想帮他的。