在1944年2月至1946年5月间，苏联军队与警察报告一共杀死了110825名“匪徒”，并逮捕了250676人。在1944-1952年间，西乌克兰有多达60万人被逮捕，其中大约三分之一被处决，其余三分之二则被囚禁或流放。[7]有些黑色行动组织有时也被当成了民族主义分子。有一次，假扮的民族主义分子让一家人承认他们是民族主义分子的同情者，然后以与“匪徒”串通的名义将他们逮捕。还有一次，一个黑色行动组织对一名17岁的农村女孩进行了殴打与轮奸，然后把她倒挂在树上，将一根木棍塞进她的阴道内。[8]
出于对西乌克兰人的不信任，苏联将东部人充实到这里的党和警察机构。由于受到工作要有成效的压力，当然也担心他们自己的性命，很多官员都夸大征召的“间谍”与摧毁的“匪徒”的报告，他们每天都在喝酒里寻找慰藉，很多人的精神都垮了。赫鲁晓夫在这场有预谋的迫害中的任务是对那些在这场斗争中冲锋陷阵的秘密警察进行监督，但是他那种事事亲历亲为的作风使他与大多数残酷的事件有着密切的联系。在1944年11月写给斯大林的一封信中，他建议对那些民族主义分子应当由内务人民委员部审判并“判处死刑”，在经过公审后“不是被枪毙，而是被绞死”。他呼吁成立由省官员组成的三驾马车（在30年代，类似的机构就曾镇压过地方骚动），赋予其通过“可以立即执行的”死刑的权力。
赫鲁晓夫用他那辛辣的幽默和对血腥的嗜求刺激着地方官员。他嘲讽一名官员“尽管头上光秃秃的，但由于害怕，头发都竖了起来”。他在1944年11月抱怨说，还有些人在看到反叛分子被消灭后会感到后悔，因为他们从此就不会为他们的失败找到可以推脱的借口了。“找到那些帮助抵抗分子的人的家属，逮捕他们，”他在1945年对手下人咆哮说：“如果不采取严厉的措施，我们就不会得到尊重。我们必须逮捕那些即使是不重要的人。一些人必须受到审判，还有一些人绞死就行了，其他的流放。对我们来说，一个人要抓他100个。……你们使用的暴力还不够！如果一个村庄里有两个妇女被他们杀害，那么你们在搜查这个村庄时就必须将村庄里所有的人都杀死。”[9]5个月后，他追问：“你们为什么没有杀死匪徒？……你们什么事情都没有做。……当你们还在揣摩谁是匪徒时，他们已经做好了进攻的准备了。……你们说他们偷了90头奶牛；奶牛生长的速度有多快，难道一天会长出三四公尺吗？你们为什么到现在还找不到他们？你们甚至还配备了一架飞机？就连拿着木棒的农民都能抓住他们。……过去我自己一天就能跑60公里的路。”[10]
1946年，在300名“清剿小分队”的支援下，军队与警察部队封锁了西乌克兰地区的很多城镇与村庄。[11]起初赫鲁晓夫利用希腊天主教教堂来鼓励民族主义者接受政府提出的一系列特赦待遇。但是当教堂证明不能或不愿提供这样的帮助时，他就开始逮捕教堂负责人［都市大教堂负责人伊奥西夫·斯里皮日（Iosyf Slipyi）最后在古拉格监狱和集中营里度过了18年的时光］，后来策划了教堂的“自愿”解散，并于1946年3月与国家控制的俄罗斯东正教堂“合并”。希腊天主教主牧师哈夫日伊尔·科斯特尔尼克（Havryil Kostel'nyk）刚开始时对这种合并表示支持，但后来当教会人员受到压制时，他的幻想破灭了。他于1948年被暗杀，而刺杀他的杀手也被从附近的汽车里射出的子弹击毙。
苏联对此次暗杀的策划组织并没有文件记录。[12]但是赫鲁晓夫在1947年10月杀害特奥多尔·罗姆查（Teodor Romzha）主教中发挥的作用是有文件记载的，罗姆查抵制内务人民委员部在乌克兰外喀尔巴阡山脉地区实施胁迫政策。在参加完一个村庄新落成教堂的祭祀仪式后回去的路上，罗姆查乘坐的马车受到了一辆军用卡车的严重撞击，卡车的后面紧跟着一辆小汽车。坐在汽车里的人用铁棍猛击罗姆查。在送到医院后（一辆路过的邮局卡车使袭击者因害怕而逃走），这位主教继续受到了摆布，一位在医院工作的希腊天主教修女目击有人在治疗过程中向罗姆查注射了致命的毒药。赫鲁晓夫向斯大林请示同意这起暗杀，在第一次努力未能成功时又请求帮助。在离开该地区前，乌克兰警察头目萨夫琴科（Savchenko）和毒物学专家麦罗诺夫斯基（Maironovsky）受到了赫鲁晓夫的接见，赫鲁晓夫给他们下达了具体的指令，并祝他们取得成功。两天后，在得到赫鲁晓夫的最后批准后，麦罗诺夫斯基就给当地一个对罗姆查注射致命毒剂的“护士”注射了毒剂，把她也送上了西天。[13]
对此，赫鲁晓夫当然不会承认。事实上，他在回忆录中对他在西乌克兰地区血洗行动的作用基本上就没有提及。[14]不管他是否有负罪感，反正他对自己在镇压民族主义分子的反抗中所起的作用没有丝毫的内疚。他不能没有乌克兰的苏联，或是没有西乌克兰地区的乌克兰。民族主义者的游击队起初依靠德国的保护者，后来又投靠西方情报机构。[15]最让赫鲁晓夫感到不能容忍的是，游击队将尼娜·彼得罗夫娜的叔叔安顿（Anton）和他的女儿折磨至死，并暗杀了赫鲁晓夫的好朋友瓦图京将军。[16]更不用说对赫鲁晓夫本人生命的企图了，1945年5月对他的暗杀阴谋差点得逞。如果赫鲁晓夫有一点负罪感的话，那么也与内战的残酷性没有太大的关系，更多的反而是他觉得没有尽可能快地赢得这场斗争。
1944年9月，莫斯科中央委员会对基辅的共产党员进行了严惩，因为他们在西乌克兰地区恢复秩序与对老百姓灌输思想的努力中“严重失职”。[17]到了1949年当苏多波拉托夫在利沃夫调查乌克兰作家雅罗斯拉夫·加兰（Yaroslav Galan）被刺杀事件时，加兰曾攻击梵蒂冈与希腊天主教教堂官员与德国串通一气，他看到“赫鲁晓夫心情很糟，担心斯大林会因为他在扑灭乌克兰武装民族主义分子抵抗行动中的无能而发火”。由于决心铲除游击队，赫鲁晓夫随时准备动用所有他可以使用的手段。
到了1946年，让赫鲁晓夫觉得如鲠在喉的就不只是西乌克兰地区的民族主义分子了。苏联在国外面临的困难及其在国外遇到的经济与政治危险也是他的一块心病。1945年夏天，斯大林希望控制东欧，对西欧发挥影响，并将苏联的影响力拓展至中东与亚洲，在达成所有这些目的的同时还要与西方保持良好的关系。1946年东西方之间的紧张关系不断升温，华盛顿1947年根据马歇尔计划向东欧国家提供的援助显然威胁着莫斯科对该地区的控制。冷战的开始意味着苏联不得不依赖自身的资源，但是苏联的资源能保证自身的需要吗？各省都出现了饥荒，同时在波罗的海与西乌克兰地区的武装抵抗仍在继续。很多苏联公民没有作更多牺牲的准备，他们仍然希望由警察来控制国家的秩序。
斯大林的做法是发起一次新的镇压，对挑选出的那些难以驾驭的知识分子进行恶毒的攻击。由安德烈·日丹诺夫领导的这场诽谤与打击运动驱逐了像安娜·阿赫玛托娃（Anna Akhmatova）和米哈伊尔·朱什琴科（Mikhail Zoshchenko）这样的作家，不久又第一次扩展到了戏剧、音乐、历史与哲学领域，后来连生物与语言学界都未能幸免。与此同时，斯大林的身体与精神状况正在不断恶化。朱可夫1945年3月看到斯大林时大吃一惊。“从他的气色、谈吐与行动方面来看，你可以判断得出他特别疲惫。经过四年战争后，他已经被完全拖垮了。他工作太拼命，整个战争期间，他睡得太少了。……所有这一切都可以从他的健康状况与过度敏感的神经系统上反映出来。”
1945年秋天，65岁的斯大林在黑海边度了一次长假。根据他女儿的说法，他“病倒了，有好几个月的时间感觉身体不舒服”。1946年夏天，他乘车去南方旅行，不时在城镇里停下来，“亲自察看人们的生活状况。他看到的只是由于战争破坏所带来的一片凄凉的景象”。斯维特兰娜（Svetlana）1947年8月去竖奇（Sochi）看望她的父亲达三个星期，她发现“他更加苍老了”。“他想得到和平与安宁。不过他并不知道自己究竟需要什么。”晚上他观看像“伏尔加-伏尔加”那样欢快的战前音乐喜剧，然后他就开始吃东西、喝酒，直到深夜。
米洛万·迪伊拉斯（Milovan Djilas）1948年初在斯大林的莫斯科近郊别墅里呆过一个晚上，他吃惊地看到“他已经露出了老态龙钟的明显迹象”。虽然斯大林每次吃东西时都显得兴高采烈，但他“此时已经显露出暴饮暴食的倾向，他好像担心餐桌上的食物不够他吃似的。……简直难以理解他何以在二三年的时间里就变成了这样”。在迪伊拉斯的印象里，斯大林是“活跃的，思维敏捷，他的幽默感让人印象深刻”，而现在“他会因为愚蠢而空洞的笑话而发笑”，有一次听到一张唱片里“一位歌唱家在狗吠声中拖着花腔女高音哀号”时，他爆发出“夸张、不适宜的大笑”。
斯大林仍然是“顽固而刻薄的，不管什么时候，只要有人不同意他的意见，都会引起他的疑心”，迪伊拉斯补充说，因此他的同事们“对他都极尽讨好奉承之能事，避免在他发表意见前流露出自己的观点，然后再忙不迭地对他的只言片语表示赞同”。斯大林健康状况的恶化也有积极的一面，就是减少了他在日常行政工作中所发挥的作用，这使得他的属下们可以偶尔不用理会他无端的指令。但是当事情出现差错时，他的报复心比以往更强了，想找到替罪羊的心理更加坚决。
让赫鲁晓夫感到倒霉的是，乌克兰总是不断地出现问题。他在1946年承认：“在中央委员会与省委员会里，准备、挑选与任命领导干部的工作都是以令人不太满意的方式进行的。……”但是他的这种陈述同样也令人难以满意。乌克兰共产党因为没有认识到“思想工作的重要性”而受到了责难，允许报纸、杂志和书籍中包含有“复活资产阶级民族主义思想的错误、歪曲与企图”。
知识分子的状况也不好，他们时刻受到无处不在的警察告密者的窥视，他们中的很多人不仅相互埋怨，而且也诋毁斯大林本人。在战争期间，赫鲁晓夫利用乌克兰的民族主义情绪来号召知识界，但是在日丹诺夫领导的镇压行动开始后，他就对任何带有民族主义情绪的东西进行攻击，包括书籍以及他以前曾支持过的作家。1946年夏天，乌克兰中央委员会批评了乌克兰作家联盟及其主席马克西姆·雷日斯基（Maksym Ryl'ski），因为其容忍“与苏联文学背道而驰的倾向”。几天后，雷日斯基就受到了攻击，因为中央委员会觉得他“有犯思想错误的苗头”。赫鲁晓夫后来回忆说：“要想阻拦对像马克西姆·雷日斯基这样应该受到褒奖的作家的批评实在太困难了。……”他能保护他的老朋友的唯一办法就是担当起对他攻击的任务，当然他保护的也有他自己。[18]
与此同时，乌克兰的经济状况正在不断恶化。1945年的秋天太干旱，接着冬天又太冷。在经过又一个干燥的春天后，一场大规模的旱灾降临了该地区。赫鲁晓夫回忆说：“恶劣的气候条件，加上我们农业机械化水平的落后，使得歉收不可避免。我们缺乏拖拉机、马匹与耕牛。……男人们正陆续从战场回来准备耕作，但他们都难以再适应自己走出去的地方了。由于长时间在外，一些人已经不再是称职的农庄劳动力了，其他一些人干脆一开始就没有成为农业上的好把式。”
所有这些都是实际情况，但是国家规定的严厉配额制度迫使农户们将他们收获的大部分都上缴给国库，尽管当时的农业产量比1944年、1945年还低。国家不是降低强制上缴配额，事实上还在1946年7月提高了上缴配额，其中部分是供应给东欧的共产主义盟国的。“我们当时的想法是先上缴国家，然后才是保障自己。”赫鲁晓夫后来评论说。乌克兰的农产品上缴配额“是武断决定的结果，尽管在媒体上用科学数据给以表面的支撑。配额的计算不是根据我们实际上能生产多少，而是根据国家能从我们身上榨取多少。配额制度实际上是一种敲诈勒索。我预料到今年会有灾荒的威胁，真的不敢想象今年会怎么度过。”
配额制度的破坏性是显而易见的，但一开始将配额定得过高，赫鲁晓夫也是有部分责任的。[19]就像在战争期间的基辅与哈尔科夫一样，他让斯大林对他的期望过高，等到他想挽救局势时已经为时太晚了。斯大林管家的说法是：“一些后来爬到很高位置的党的领导人1946年到南方来见他，报告乌克兰的农业状况。他们带来的西瓜大得甚至你都合抱不过来。他们带来了水果、蔬菜，还有金灿灿的麦穗，他们的目的就是显示乌克兰是多么的富有。但就在同时，一位领导人的司机——这位领导人的名字是尼基塔·赫鲁晓夫——告诉仆人乌克兰正在闹饥荒，在农村什么吃的都没有，农妇们耕地用的是奶牛。”[20]