当赫鲁晓夫于1960年10月中旬从纽约回到莫斯科时，距离美国的总统大选还有一个月的时间。虽然急于与新的总统重新开始对话，但是他只得等待美国大选的结果。与此同时，他在国内面临着一场农业危机。
赫鲁晓夫在8月份就已经向主席团报告了他对阿斯特拉罕省的视察情况。尽管大家普遍对缺乏肉食颇有微词，赫鲁晓夫将此归咎于当地党的领导者，认为他们“应该承担无能的罪责”，但粮食作物收获的前景还是好的。卡里诺夫卡的情况也差不多。当月的晚些时候，赫鲁晓夫曾在那里视察过两天。然而，当他从纽约回来后，10月29日呈送给他的备忘录中披露了很多不好的消息，口气与以往也大不相同。那一年是斯大林去世后农业状况最为糟糕的一年。特别是开垦的处女地，收成情况让人大失所望，在赫鲁晓夫参加联合国大会期间，他的助手安德烈·谢甫琴科曾对那里进行过视察。肉、牛奶与黄油都很紧缺。赫鲁晓夫写道，形势是如此的糟糕，“如果不采取必要的措施，我们就可能回到1953年的状态中去”。如果出现那种情况，其后果是可能会带来农业以及政治上的危机，因为在他的鼓动下，人们对于未来的期望已经大大地提高了。“我认为我们大家必须充分理解这个问题的严重性。”他对同事们说。但是他能想出的唯一的补救办法还是他多年以来一直推行的那一套：官僚机构的修补（例如对处女地党的领导集团进行重组）、种植更多的玉米（还有养鸭，他在印度尼西亚参观过那里的养鸭情况，现在他将其引进到了伏尔加河三角洲）、迫使不太情愿的农民将他们的奶牛送交集体农庄，当然还有仿效卡里诺夫卡的做法，这里曾被宣传成是农业改革成功的范例，不过，赫鲁晓夫现在的辩解口气也不像过去那么强硬了。
10月份的备忘录标志着苏联开始了一轮为期五个月的狂热的恢复农业活动的运动。赫鲁晓夫于1961年1月召集了一次中央委员会全体会议特别会议，秋天的大部分时间都在起草此次会议的长篇报告。在全体会议后，他进行了为期两个月的视察，或者可以说是一系列的视察，就像在战争时期那样在全国范围内来回奔波，试图将苏联农户以及监督他们的职能机构动员起来。乌克兰（1月28日）、罗斯托夫（2月1日）、第比利斯（2月7日）、沃罗涅日（2月11日）、斯维尔德洛夫斯克（3月2日）、新西伯利亚（3月8日）、阿克摩棱斯克（3月14日）、切利诺格勒（3月18日）、阿拉木图（3月31日）：每到一处，他的讲话不仅表达了他对装腔作势与职能腐败行动的蔑视，而且也让人体会到了他对自己的困惑。
在1961年1月的中央委员会全体会议上，他指责农业部长让“所有的人都装出是农业方面的专家。在餐厅里吃了一些土豆，他就觉得自己了解农业了。……”赫鲁晓夫对一个真正的农业专家的概念是什么呢？他详细描述了T.D.李森科（Lysenko）那种想入非非的成功。赫鲁晓夫在基辅大发雷霆，他们“烧掉的”并不只是乌克兰的玉米，而是“烧掉了那些领导者推卸责任的可怜借口”。然而，作为中央委员会成员与乌克兰政府的首脑，卡尔琴科（Kalchenko）同志还坐在这里，“在他看来，犯了错误好像无所谓似的——就像鸭子抖掉背上的水珠一样”。赫鲁晓夫突然间说到了那些羊倌与猪倌，“他们通常被认为是很下贱的人。……我之所以说起他们，”他继续以歉意与吹嘘的口吻说：“因为我自己就是个羊倌，现在党和人民把我推到了党的中央委员会第一书记与苏联部长会议主席的位置上。很显然，羊倌中也是有好人的。［长时间的掌声。］同志们，请不要误解我的意思，不要批评我，不要说我开始颂扬自己了。［会场内一阵议论，接着鼓掌。］毕竟，我不是自己任命的，是你们推选了我，而你们不是推选了一个不值得你们信任的人。这就是为什么我尊重你们的原因。既然你们推选了我，我就必须有所作为。”
赫鲁晓夫将乌克兰1960年的收成情况与1949年时的可怜状况进行比较，他不用提醒听众们是谁领导了1949年时的乌克兰共和国。在去往沃罗涅日的途中，赫鲁晓夫和他的随行人员本来是计划经过一片没有收割的600公顷玉米地的。得知这一消息后，当地官员从当地铁路部门征用了一条长75英尺的铁轨，将其固定在一辆拖拉机后面，将玉米秸秆推倒，这样看起来就像收获过的一样。“很好，同志们，”赫鲁晓夫在发现后咆哮道：“这里发明了新的农业机械！也许你们应该申请专利，基特罗夫同志［在俄语里，‘基特罗夫’的意思是‘聪明的人’］！”
在哈萨克斯坦的一次宴会上，一个羊头端上来摆放在赫鲁晓夫的面前，他叫人将羊头肉撕下来给其他的人。“我扯下了一只耳朵与眼睛”，赫鲁晓夫在7月4日美国大使馆的招待会上对记者们说，他将它们都给了哈萨克斯坦的领导人，接着问道：“谁要羊脑？”当一位学者主动提出来时，赫鲁晓夫开玩笑地说：“学者当然需要补充脑子，而作为部长会议的主席，我不用补充脑子照样可以活下去。”
“你们为什么不鼓掌？”赫鲁晓夫在那年春天莫斯科的一次聚会上问道：“我不是要求你们为我鼓掌。不是，我已经过了那种你们鼓掌与否会影响我的心情的年纪了。在这里，我会把鼓掌看作赞同中央委员会对你们降低粮食产量的批评。……那么现在”——在告诉听众们就如何补偿粮食短缺后——“你们同意吗？［雷鸣般的掌声。］这是否意味着我认为你们的鼓掌是同意？……［雷鸣般的掌声。］”
到1961年3月31日，赫鲁晓夫向主席团提交了另一份备忘录，提出了复苏农业的15点计划，这时他的口气已经显得乐观多了。在他的计划中唯一没有做的就是对整个集体农庄制度中固有的体制缺陷加以分析。相反，他指望着创造出更多的奇迹，当奇迹没有出现时，就怪罪于其他人。
在美国大选前后，德国问题也困扰着赫鲁晓夫。“我用了大量的时间来思考解决这个问题的办法。”他后来回忆说。根据他儿子的说法，“他做梦都会想到这个问题。德国问题让他寝食难安。然而，这个问题却一再让他失去控制”。
赫鲁晓夫最初的目标之一是通过迫使西方国家承认乌尔布里希政权来稳定东德（以及整个东欧）的局势。然而，他挑起的危机将使那里的形势进一步恶化。紧张局势的不断升级使得东德的难民流亡大量增加，造成了东德严重的劳动力短缺。乌尔布里希请求进口苏联工人的想法让赫鲁晓夫想起了希特勒使用斯拉夫劳工的事情。“那天他满腔愤怒地回到家里，”谢尔盖记得：“‘他［乌尔布里希］的脑子里怎么会冒出这样的想法呢？’他不停地重复着。”
同样令人烦恼的还有富裕的西德人大量购买低价的、由苏联进行补贴的东德商品，这不仅使东德的物资短缺状况更加严重，而且还加重了乌尔布里希对莫斯科的巨额债务。更为糟糕的是，还没有等到赫鲁晓夫实施他的柏林威胁计划，乌尔布里希已经开始了单方面的行动。1960年9、10月间，东德试图对西方国家大使发放德意志民主共和国通行证，以对他们加以控制，这让莫斯科大吃一惊。11月30日，在与赫鲁晓夫的一次会谈中，乌尔布里希抱怨说：“我们不能再像在巴黎首脑会晤前那样重复想签署和平协议的运动了。我们现在唯一能做的就是想想现在能取得什么实际的效果。”在这位东德领导人看来，他的人民已经开始在说：“你们只会空谈和平协议，但是你们却什么都没有做成。”
“我认为在巴黎首脑会晤后……你会同意我们的看法，就是我们不应该缔结一个和平协议。”赫鲁晓夫反击说：“从我们提出建议到现在还不到两年的时间；我们已经动摇了他们的立场。”不过，他承认这是“我们双方的失误，就是我们没有将所有的事情都想深想透，也没有制定出经济方面的措施”。
赫鲁晓夫还迫使乌尔布里希承认，1961年他也不想缔结和平协议，如果莫斯科不提供充足的援助，以抵制可能随之而来的西德的经济封锁的话。但是这种安慰也是十分有限的，因为苏联也不可能再提供更多的援助。同时，赫鲁晓夫也不得不承认：“如果我们不在1961年签署和平协议，那该在什么时候呢？如果我们不在1961年签署，那我们的威望就会受到打击，同时西方的，特别是西德的地位就会得以巩固。”
不管是否签署和平协议，他都会遭到唾骂：这就是赫鲁晓夫的策略让他陷入的两难窘境。“我们必须将所有的事情都考虑妥当。”他教导乌尔布里希说，而这恰恰是他所未能做到的。东德人必须在经济上实现自我保障。但是在赫鲁晓夫呼吁东德自立的同时，乌尔布里希却强调了苏联的优柔寡断：“如果我们不能成功地签署和平协议，而是简单地停留在对和平协议的宣传上，那我们的政策将失信于民，我们就不能在一两年内重新树立我们的威信。我们就不能像1960年时那样。”[1]
这并非东德人最后一次向苏联摇尾乞怜，或者至少是试图摇尾乞怜。1961年1月18日，乌尔布里希再次抱怨说，自从1958年最后通牒以来几乎就没有取得过什么进展。[2]赫鲁晓夫接下来知道的一件事是，一个东德代表团在前往中国会谈的途中在莫斯科作短暂停留，苏联人事先并未得知这一消息——而这发生在苏联与东德就德国与柏林问题的下一步计划进行谈判的期间。
为了对付东德人的挑挑拣拣，赫鲁晓夫又指望上了美国新总统。“我们现在正与肯尼迪就这些问题进行正式讲话发出倡议。”他于1月30日告诉乌尔布里希说。初步的外交试探表明这位新总统还需要时间来确定他的立场。然而，如果“我们不能成功地与肯尼迪达成谅解，”赫鲁晓夫接着说，“那我们就会选择与你们一起采取”措施，包括单独的和平协议。
在美国大选期间，赫鲁晓夫小心地保持着公开立场上的中立：在被问到他倾向于肯尼迪还是尼克松时，他回答道：“罗斯福！”事实上，他很不喜欢尼克松，他认为尼克松是那种麦卡锡式的冷战斗士，在1959年访问苏联期间，尼克松已经露出了他的本来面目。因此，虽然他只与肯尼迪见过一次面，即1959年他们在美国参议院里见过的短暂的一面，赫鲁晓夫在那次见面时告诉肯尼迪说他看上去太年轻，不像参议员，但赫鲁晓夫还是决定给这位民主党人“投上一票”。为此，他没有理会亨利·卡波特·洛奇的亲口保证（洛奇于1960年2月间来到了莫斯科），洛奇保证说尼克松其实并不像他在竞选演说中所表现的那样反对共产主义；后来赫鲁晓夫又否决了一项建议，即那年夏天在美国大选前将被苏联击落的U-2飞行员释放回国。
赫鲁晓夫对肯尼迪11月4日取得大选胜利感到很高兴，谢尔盖记得，他绝对是“笑逐颜开。他开玩笑地将肯尼迪的胜利称为是他在革命纪念日收到的礼物”。他后来也坚持认为，他“对肯尼迪成为美国总统没有什么感到遗憾的理由。很快就清楚地表明，他比艾森豪威尔更懂得改善关系是唯一理智的选择”。然而，赫鲁晓夫对肯尼迪的态度实际上从来都没有如此简单过，不管是在政治上，还是在私人关系上。
1960年8月，葛罗米柯向赫鲁晓夫呈送了外交部准备的一份背景分析材料。这份材料将肯尼迪说成是一位务实的政治家，会主张与苏联进行会谈的，如果他于1960年5月掌权的话，他是会为U-2间谍飞机一事向苏联道歉的。但是就是这位肯尼迪，他批准了在柏林问题上进行军事集结，并采取了“好战”姿态。此外，肯尼迪的某些个人性格无疑也对赫鲁晓夫构成了挑战：肯尼迪家族位列“美国最富有的75个家族”；他曾在哈佛、普林斯顿、斯坦福以及伦敦经济学院读过书；他具有“敏锐、透彻的思想，能很快掌握并分析局势。……”[3]
随着时间的推移，赫鲁晓夫从苏联驻华盛顿大使以及他女婿阿历克赛·阿朱别依处所得到的有关肯尼迪的正面评价越来越少。阿朱别依讥笑约翰与罗伯特·肯尼迪是“穿着开裆裤的小孩”，这在外交部已经成了公开的秘密。缅希科夫大使告诉赫鲁晓夫说，肯尼迪是个“毫无经验的新手”，什么时候也不会成为一个好总统的。[4]这些评价进一步增强了赫鲁晓夫想与这位新总统对抗的欲望：赫鲁晓夫对自己驳倒接受过更多教育、举止更为文雅的西方领导人的能力颇为自豪，他对于痛击一个“比我儿子还年轻的”富人的孩子肯定有着特别的喜好。不过，如果肯尼迪真的软弱而没有经验的话，那么他可能是受到了美国“统治集团”的操纵，包括华尔街与军事工业集团，赫鲁晓夫认为这些都是苏联不共戴天的仇敌。也许就是这种想法促使赫鲁晓夫在美国大选的最后关头向汤普森大使表达了他内心的疑惑：“我希望尼克松会赢得胜利，因为我知道如何对付他。肯尼迪则是个未知数。”