部门之间的纷争早见端倪。2005年，一向对房地产开发贷款忧心忡忡、主张紧缩贷款的中国人民银行就与当时的建设部进行了一场纷争。2005年8月15日，中国人民银行发表《2004年中国房地产金融报告》，其中明确提出，由于预售房制度存在严重的金融风险，建议取消商品房预售制度。中国人民银行的态度得到某些官员的支持，而这前的7月31日，国土资源部土地利用管理司司长廖永林在“《物权法（草案）》土地问题座谈会”上也指出，目前房地产市场上出现的种种问题，特别是乱炒房地产，都跟预售有关，建议完全取消商品房预售。然而仅隔9天，2005年8月24日，建设部就在其官方网站上明确表态，国家近期不会取消商品房预售制度。
时间倒退到两年前，2003年6月5日，中国人民银行发布“121号文”，要求严格审批空置量大、负债率高的房地产企业，掀起开发商巨大的反对声浪，由于这一政策有损银行的赢利机会，也遭遇银行业内部沉默的抵制。两个多月后的2003年8月12日，国务院发布“18号文”，其中第14条规定：对符合条件的房地产开发企业和房地产项目，要继续加大信贷支持力度。这个建设部主要参与的文件，引入了大量房地产商人的意志。
中国人民银行与建设部之所以围绕商品房预售制度展开激烈争论，是因为这一制度是我国现行的房地产滚动发展模式的核心。如果取消商品房预售制度，房地产开发现金链就会崩裂。据中国人民银行的统计数据，2004年房地产开发资金超过55%来自银行贷款，其中第一大资金来源就是“定金和预收款”。而预售房重复抵押等引发的风险也导致银行坏账快速上升，四大国有银行中，农业银行房贷总额的不良贷款率高达16%，风险控制较好的工商银行、建设银行也达到7%左右。银行机构的管理者认为，是自己的资金支撑了现在房地产的发展模式，并使风险积聚在了银行。
建设部门窝了一肚子火，国内房地产融资渠道本来就不通畅，截至2005年8月，境内外上市公开融资的房地产公司不足130家（含非主业房地产公司），仅为全部房地产公司的0.3%；利用信托方式融资的全部资金累计不足150亿元，约为当年房地产开发完成投资额的0.1%。因此，预售房制度是一条主要的融资渠道，一旦取消，大多数房地产商将遭遇灭顶之灾。显然，在长期从事房地产的人士眼里，那些取消预售款之类的说法是抢夺眼球、不负责任、不懂房地产市场的胡说八道。
建设部与房地产商的暧昧关系久受民众诟病，有人甚至认为建设部就是助推高房价的始作俑者，从以往建设部某些官员的发言来看，不无推高房价的嫌疑。建设部作为宏观调控的主导部门之一，无法证明自己作为政府部门的公正而独立的身份。
虽然建设部为开发商撑腰，出于身份不得不顾全大局，时任建设部部长汪光寿指责开发商“有的不愿建普通商品房，盲目追求过高利润，有的不负责任地散布房地产冬天等言论，有的甚至公开曲解中央调控政策，借助个别媒体误导消费者”。
2009年，各方矛盾白热化，全国工商联房地产商会在全国“两会”上为房地产开发商鸣锣喊冤。
喊冤者本身就曾经是投机家族的活跃分子，他们只有在暴利消失、利益受到侵害时才重扛市场化大旗，开发商恢复了市场主体的本来面目，用市场与法律替自己撑腰—这与那些平时不知《宪法》为何物，生死时刻举起《宪法》维权的人何其相似。
房地产商并非无理取闹。当他们从政府手中拍得土地的时候，也就在规则许可的范围内获得了房型等设计方面的自由。2006年5月29日公布的《关于调整住房供应结构稳定住房价格的意见》（“国十五条”）规定，自2006年6月1日起，凡新审批、新开工的商品住房建设，套型建筑面积90平方米以下住房（含经济适用住房）面积所占比重，必须达到开发建设总面积的70%以上。政府突施冷箭收回房地产自主规划、建设权利，2006年强逼开发商更改设计，当然令开发商痛苦万分。这种单方面撕毁协议的行为虽然是行政经济下的调控常态，但并不等于公道。就事论事，此次房地产商确实受到了不公正的待遇，尝到了类似于深受准入门槛之苦的民间加油站、民营钢厂一样的痛苦。由于房地产商一直是地方政府的宠儿，他们对这种痛苦的感觉也就来得格外强烈。
但房地产商不该忘了自己以前的好日子是怎么来的，难道那些远高于国际平均利润率的暴利真是市场的赐予吗？事实上，房地产商一直在政策的哺育下，从大规模拆迁人为制造无数需求者，到市场初期大开发商得到的廉价土地，无不是政策的功劳。那时没听到房地产开发商多谈市场公平，而是一味强调为“富人造房”，面积越造越大，越建越奢华，而房产一年之内易手数次、房产循环抵押获取炒作资金的投机性消费被粉饰为市场的本来面目。
中国的房地产市场成为永远无法成熟的青涩市场，市场不是面向大多数消费群体，这埋下了房地产市场的定时炸弹。当时政府可能在财政的压力下不置一词，甚至在同一战壕大唱房地产高端化的赞歌。但在民意的巨大压力与未来改革路径的抉择下，政府必须采用极端手段，“催熟”房地产市场，强迫房地产商为多数消费者服务。
房地产商应该摆正心态，对应着一个有庞大中低收入住房需要的市场，维持100%利润是不现实的，30%也是不合理的。既然他们喜欢谈国际惯例，那么也应该正视一下国际房地产开发10%左右利润的事实，开发商一味声称中国房地产利润率只有8%，无疑是把大众当成了白痴。2009年4月14日，房地产思想家冯仑先生再次强调，10年来，以A股上市公司业绩统计，房地产开发商的平均资产收益率甚至达不到5%。
当时笑纳行政的好处，并未提出任何异议，如今政策对己不利，转而攻击行政经济的不足—这样的行为说得好听点叫商人本性逐利为先，说得难听点就是彻头彻尾的投机。这样的主体既不会成为可靠的同盟军，当然也成不了市场的顶梁柱。
房地产商的不成熟不过是市场经济不成熟的反映，房地产商的投机也不过是普遍的投机风潮的组成部分，房地产没有比其他市场主体更恶或者更善。社会对房地产商过于苛刻的道德指责，甚至提出取消开发商的过激之论，既有保障公益的正义呼吁，也不乏暴力均分财产、投机者趁势出名种种炒作；也要警惕房地产商及其利益同谋者假借市场为名，把反市场的暴利行为当成市场化理所当然的结果推销给社会。房地产市场既应反左，也应反右。
房地产商主张把市场的归于市场，政府的归于政府，这没有错，但清醒的房地产商迟早会意识到，这样做的结果是市场利润归于均衡，因为政府的真的归于政府了，政府也就不会允许开发商肆无忌惮地攫取暴利了。
按照以往的政策运行逻辑，房地产商受到越来越紧还是逐渐宽松的待遇，取决于房地产商对中国经济的作用有多大，其捆绑金融机构的程度有多严重。如果地方政府在土地财政之外迟迟无法找到经济的支撑点，那么，房地产业将会很快回到经济舞台的中心位置，在种种名义下进行新一轮大发展；如果国内金融机构通过改组上市成功冲销了房地产业下降带来的不良贷款风险，或者通过资产证券化转移了风险，那么，房地产商的要求就不是需要特别考虑的问题。这两种内涵相同，取决于一点，即中国经济能否尽快摆脱对房地产的饥渴性依赖症。
相对而言，扫除房地产商暴利最容易，没有背景的房地产商说到底只是一介商人，而商人在目前依然无法左右经济与财政大局。一些无法抵抗调控压力的房地产商会消亡，尤其是没有行政资源为依托的中小房地产商。房地产业的调整很可能衍变为数个房地产企业尤其是国有企业做大做强的翻版。
不论从土地供给方式上，还是融资渠道、住房的主要供应上，房地产的市场化不过是政策主导下半吊子市场化的演绎。法律与政策受既得现实经济发展需要与利益阶层的牵绊，制度性的双轨制造成了房地产业制度性的投机格局，政府要扫平雷区，就要改变房地产业的制度性格局。
2005年中国人民银行与建设部的激烈争论，启动了房地产市场宏观调控的大幕，接续了2003年因SARS未能完成的调控大业。
继续双轨制之旅
在2007年3月5日温家宝总理的《政府工作报告》中，给房地产定的调子是稳定发展，所谓稳定，即房地产开发商利润回归均衡水准，房地产投资者不可能再通过房地产获得数倍净利的转让收益，对习惯于高利润的房地产开发商和习惯于高投资收益的购房者而言，无疑是心理的烤灼，对于依赖房地产的中国经济何尝不是。
房地产市场面临根本转变
2007年8月，国务院发布关于解决城市低收入家庭住房困难的“24号文”，表明房地产市场大局初定。中国房地产市场将以廉租房与经济适用房满足低收入阶层的住房需求，以商品房满足另一部分人的需求。
在走了一大段弯路、在代价极大的试错之后，政府以抑制调控房地产，以反投机倒把式的手段打击房地产投资为策略—中国房地产业终于重新回到正轨：重归保障与市场两分天下的格局。
政府试图使房地产市场出现以下局面：低收入者通过政府的廉租房或者廉租房补贴解决住房问题；中低收入人群通过有限产权的经济适用房购买有限产权住房；其他高收入人群通过房地产市场解决住房问题。为避免利益群体的贪婪，“24号文”对于廉租房与经济适用房的土地资金来源作了交代，尝试用有限产权与资格认定堵住经济适用房的寻租之路，同时第一次明确表示，除了两类企业外，停止非驴非马、大开行政寻租之门的单位集资建房。
与以往口惠而实不至地满足住房保障需求不一样，这次政府似乎下决心完成目标，大规模的配套措施也即将出台，房地产市场宏观调控部际联席会议负责研究提出解决城市低收入家庭住房困难的有关政策，协调解决工作实施中的重大问题。完善廉租房管理办法和经济适用房管理办法、城市低收入家庭资格认定办法、廉租住房保障专项补助资金的实施办法等政策将一一出台。
“24号文”是对房地产市场的再次矫正。从“23号文”、“18号文”到“24号文”，房地产以市场为名走过了一条超额垄断利润之路，对保障性住房的重视，让我们看到垄断利润反哺社会的一丝光亮。
“24号文”的出台在2005年开始的房地产调整周期就已显现踪迹。为保障公益性住房的资金来源，中央政策对地方政府动用铁腕，用行政手段解决地方政府积极性不高与寻租兴趣高涨的棘手难题。2006年8月，财政部、建设部、国土资源部出台的《关于切实落实城镇廉租房保障资金的通知》明确规定，各地土地出让净收益的5%必须用来建设廉租房，廉租房建设资金专户管理，专款专用。建设部亲自“督战”，首次提出了“应保尽保”的硬性要求，除为145个城市划定“2007年年底”的时间底线之外，要求166个尚未上报和承诺从土地收益中提取比例用于廉租房建设的城市，必须在2007年5月1日之前上报，而后向社会公开承诺。
为抑制经济适用房寻租，廉租房被重新搬到前台，而对经济适用房居住人群的调查将更加严格。有报道称，建设部有意从开发商手中收回经济适用房的开发权，改由政府自行承担。关于集资、发债、建立基金等多方面筹措廉租房建设资金的讨论也在经济学界、房地产界、全国工商联住宅产业商会热烈讨论。
以行政权力对抗行政权力未必见效，但以行政权力对抗权贵权力却受到上下一致的拥戴。围绕房地产市场，人们关注的焦点始终是暴利与高房价，而不是市场化与公平、法治，呼唤政府出手打压房价，这一深厚的反市场基础，让政府的出手屡屡得到民意背书，并且成为振振有词的清官，而市场被涂上了可笑的小白鼻，成为一个人人得而侮之的丑角。
大规模推出公益性住房是建立保障性住房的重要步骤，这一点贯穿整个调控过程的始终。
2009年3月30日，全国保障性安居工程工作会议在长沙召开。中共中央政治局常委、国务院副总理李克强出席会议并作重要讲话，会议确定，三年内解决750万户城市低收入家庭、240万户林区垦区煤矿等棚户区居民的住房困难。