明朝初期仍沿用未改，至永乐纂修《五经大全》时，只是将《礼》改据陈浩《集说》，其它不变。经过《五经大全》的纂修，朱学在经学苑囿确立了统治。
《性理大全》
《性理大全》，明朝的三部《大全》之一，理学文集，70卷。明朝胡广等42人奉敕编撰。明永乐十二年开编，次年九月完成。
胡广，字光大，号晃庵，明建文二年举进士第一，授翰林修撰，官至文渊阁大学士兼左春坊大学士。主持编写《四书大全》、《五经大全》、《性理大全》等。
《性理大全》在编辑上是先列正文，后置各家之说，以卷编次。所采宋儒之说120家。
在全书70卷中，第一至二十六卷为自成卷帙的著述，计有周敦颐《太极图说》1卷、《通书》2卷，张载《西铭》1卷、《正蒙》2卷，邵雍《皇极经世书》7卷，朱熹《易学启蒙》4卷，《家礼》4卷，蔡元定《律吕新书》2卷，蔡忱《洪范皇极内篇》2卷。
第二十七卷以下，捃拾群言，列为13目。是为理气、鬼神、性理、道统、圣贤、诸儒、学、诸子、历代、君道、治道、诗、文，共计44章。
其中，理气分太极、天地、天度、天文、阴阳、五行、时令与地理。鬼神兼祭祀生死。性理包括性命、气质、心、性情、道、德、仁、仁义、仁义礼智、仁义礼智信、诚、忠信、忠恕、恭敬，并采朱子性图与仁说图，道统为孔颜曾思孟。
诸儒为宋之周子、二程子、张子、邵子、罗从彦、李侗、胡安国、朱子、张拭、吕祖谦、陆九渊、朱子门人、真德秀、魏华父与元之许衡、吴澄。小学、为学之方、存养、知行、力行、教人、人伦、读书法、史学、字学、科学、论诗、论文，皆入于学。诸子有先秦、汉、唐、宋诸子16人。
从《性理大全》内容看，朱学印迹十分明显，《性理大全》卷首所列先儒姓氏120多人，其中程朱理学家占半数以上。所收先儒著作，或为朱熹注，或为朱熹著，或为朱熹门人著者占了绝大的比例。
只有《正蒙》、《皇极经世书》，既非朱熹注，又非朱熹或其门人著，但这两书也是朱熹所推崇的。
《性理大全》自27卷以下关于性理的语录，大体上是仿照《朱子语类》的门目，内容则取自程朱及朱熹门人后学之说，很少其他学派的。
书以周子《太极图说》冠首，有如《近思录》，盖以周子好性理之基，而上承孔孟道德之传。朱子之道统观念与其性理见解，均贯彻全书。所以，《性理大全》以朱子为中心，也无不可。这也与胡广等人进书表中所言“家孔孟而户程朱”是相符的。
《性理大全》集汗牛充栋的宋人理学名篇名章为一体，又在九个月内编撰完成，以速成而求全，自然难免失于“庞杂冗蔓”。
但编者对《性理大全》的编撰仍然采取了谨慎而客观的态度，这一点是值得注意的。书以性理为宗，宜无释老，然诸子包括了老列庄墨，可见其没有拘于门户之见。
邵子在书中也占一章，比《近思录》屏之于外，包容为广。更主要的是，《性理大全》集诸儒之言为一体，为后世治儒与研究提供了系统而丰富的资料。
《性理大全》与《五经大全》、《四书大全》的编撰，对明初政治和思想上的统治及程朱理学统治地位的确立起了一定的作用。虽然元皇庆二年就已诏定科举“四书五经”以程朱注为重，但在实际上对程朱理学的重视还不够。
三部“大全”包括《性理大全》的编撰才真正确立了程朱理学的统治地位。
《周易集说》
《周易集说》为元初道士俞琰撰。该书草创于元世祖至元二十一年，完成于至大四年，费俞氏毕生之精力。时人孟淳、李克宽、白挺、张英、颜尧焕等皆甚推崇。
俞琰由卦象伸发义理，非以一卦说一理。他每“并卦取义”，即以两卦互并，倒转反对，释象说理。如释《姤》与《夬》，称《夬》卦上六之爻倒转即成《姤》卦初六之爻。
又称《升》与《萃》均以坤上坤下取义，“萃”卦三阴爻聚于下，倒转为“升”卦，则三阴升于上，下巽而上顺。诸如此类甚多。
俞琰一生探研《易》学，颇有成就，仅是易学、丹道著作，就有多部，如《周易参同契发挥》、《周易参同契释疑》、《易经考证》、《易传考证》、《读易须知》、《六十四卦图》、《古占法》、《卦爻象占分类》、《易图合璧连珠》、《易图纂要》、《读易举要》、《易外别传》、《玄牝之门赋》等，《周易集说》则是其代表作。
由于他毕生从事《易》学研究，故在接触道教典籍中应用《易》象、《易》理的作品时，便能得心应手，融会贯通。表明他在《易》学应用上已驾轻就熟。
《周易集说》收入《通志堂经解》和《四库全书》中。四库本《周易集说》共40卷，通志堂本则分为13卷。其中包括《周易上下经说》、《象辞说》、《彖传说》、《爻传说》、《文言传说》、《系辞传说》、《说卦说》、《序卦说》、《杂卦说》。
《易本义附录纂疏》
《易本义附录纂疏》，共有15卷，元初胡一桂撰。胡一桂的父亲为宋朝胡方平，胡氏一家以《易》传家，故胡一桂自幼即玩味《易学》，秉承家学，多有所得。
后来，胡一桂是编注《易经》以朱熹《本义》为宗，取文集语录中凡有关于《易》者附之是为附录。取诸儒《易》说合于《本义》者纂之。称之纂疏。
书中内篇分三不部分：举要，以发辞变象占之义。明筮，以考史传卜筮卦占之法。辨疑。以辨河图、洛书定同异。该书是发展朱熹之说，对研究宋末元初理学流派、理学思想有很高的参考价值。
《古周易订诂》
《古周易订诂》，共16卷，明代何楷撰。何楷天启五年进士，他博综群书，尤邃于经学。著有《诗经世本古义》等。
何楷认为古代经、传各为一书，古《易》分为上下二篇，孔子作传释经，也随经而分，称之《十翼》：上《彖传》一、下《彖传》二、上《象传》三、下《象传》四、上《系辞传》五、下《系辞传》六、《文言传》七、《说卦传》八、《序卦传》九、《杂卦传》十，历代相传，原都单行，列于经后。
自西汉费直才将《彖》、《象》、《文言》杂附于八卦中，至东汉费氏之学兴起，古《周易》12篇就消失了。后世所传的《周易》都是郑玄所注的旧本。以后《周易》有发生多次变化。为此，何楷特意编《古周易订诂》。
《古周易订诂》前6卷为《易》上下经，而《彖》、《象》、《系辞》诸传之文仍随卦分列，以作为经注，似犹祖费氏之意，而《十翼》之文皆低一格附上，以别于卷七以后之正文。第七卷以后，仍列《十翼》原文，以还田何之旧，分经分传，以存古本，故名《古周易订诂》。
《春秋左氏传补注》
《春秋左氏传补注》共10卷，元代赵汸撰。赵汸为元末著名学者。他治《春秋》尊从其师黄泽之说，以《左传》为主，注解则以杜预为宗，《左传》有论及不到的，就以《公羊》等其他诸传记本补充。
全书在传注得失上，辨释均较精审，不仅有补于杜预的注解，有功于《左传》，即使圣人不言之旨要，它也得灼然可见，被称为“诚乃《春秋》家持平之论”。
《大学衍义补》
《大学衍义补》，阐发《大学》经义，论述“治国平天下之道”的儒学著作，明代丘浚著。
《大学衍义补》的成书过程：《大学》为儒家经典，汉时杂入《礼记》之中，宋时人始大力表彰，列入《四书》。
宋儒真德秀作《大学衍义》，发挥格物、致知、诚意、正心、修身、齐家诸义，但缺治国平天下部分。进入明代，丘浚博采六经诸史百家之文章，加按语抒发自己见解，补其所缺，撰成《大学衍义补》。
《大学衍义补》书卷首有一卷补述“诚意正心之要”。正文160卷，分《正朝廷》、《正百官》、《固邦本》、《制国用》、《明礼乐》、《秩祭祀》、《崇教化》、《备规制》、《慎刑宪》、《严武备》、《驭夷狄》、《成功化》12章。
《大学衍义》偏向于“主于理”，《大学衍义补》则“主于事”，其内容包罗宏富，为研究古代，尤其是明代前期和中期经济、政治、文化、教育、司法、军事发展，提供了重要资料。
《大学衍义补》最早于弘治初刊行，万历时再版，明神宗朱翊钧亲为作序。明代又有张溥刊本、陈仁锡刊本、乔应甲扬州刊本、续补全书本。清代有《四库全书》本、摛藻堂四库全书荟要本。明清时，学人为广传该书，还曾纂有多种节本或述要行世。
如明凌迪知《大学衍义补精华》17卷、胡世宁《读大学衍义虞见》2卷、清陈弘谋《大学衍义补辑要》12卷等。
《鲁斋遗书》
《鲁斋遗书》共8卷，《附录》2卷。元代许衡撰。许衡，号鲁斋，故以名集。许衡一生既是元代大儒，又一直高官在身，“道学君子”位居相位者。
此编是他一生著述的汇总，由其七世孙婿郝亚卿初辑，河内教谕宰廷俊继成，何塘为之做序，嘉靖四年山阴萧鸣风校刊于开封。萧鸣风作序，初名《鲁斋全书》，但因先生之书，尚有散佚，不敢称全，遂终以遗书为名。
《鲁斋遗书》首为《语录》，第二卷为《小学大义直说》、《大学要略》、《大学直解》，第四卷分上、下，上为《中庸直解》，下为《读易私言》、《读文献公揲蓍说》及《阴阳消长》一篇，第五卷为奏疏，第六卷分上、下，第七卷、八卷为诗乐府；《附录》二卷为像□诰敕之类及后人题识之文。
《鲁斋遗书》书中全面反映了许衡的儒学思想。他认为，在未有太极之前，道已独立存在，道生出了太极；宇宙的本原是道，道生太极，则太极是理，理生一气，一气分阴阳，判为天地；有了天地，就有了人和万物；人是万物之灵，承天履地。显然，许衡的宇宙观是在承袭朱熹的陈言，是道地的客观唯心主义。
在《语录》中，他谈到了理与天与物的关系显然具有唯物主义因素。
但在阐述理出于天，还是天出于理时，和陆九渊的说法一样，把心能反映天地说成了心就是天地。
许衡认为元朝的统治者应该继续继承孔孟道统，在上忽必烈的《时务五事》中，他推销的“汉法”则是儒家传统的仁义、王道、德政，指出得天下之道是“爱与公”。
针对蒙古贵族统治下人分四等的政策，他告诫统治者应该做到“天下一家，一视同仁”，如此，才能达到君民之间的稳定，以利于长治久安。
在天理与人欲的问题上，许衡基本上重复宋儒的陈言，但措词与解释稍有不同，他认为性是天赋，得自天命，也就是宋儒的天地之性和气质之性。
综合而言，许衡对程朱理学没有更多、更新的贡献，但却使程朱理学的余泽延续至有元一代，而许衡平生之议论宗旨，则全赖此编以存。
《鲁斋遗书》明正德刊本作7卷，正德十三年刊本作10卷，万历刊本作11卷；清有《四库全书》本，乾隆五十五年怀庆刊本作14卷。
《周易原旨易源奥义》
《周易》以象、辞含义理，以阴阳变易显示自然界和人世问万事万物的要义，精心体味其中“三昧”，让思维从事物表层深入到事物的本质，找到事物发展变化的规律。
《周易》为群经之首，是我国经学高深的一门学问，也是最早指出宇宙人生奥秘的学问。《周易原旨易源奥义》为元人解《易》著作之一，其学本于程颐，常就卦体解释卦义，重点在阐释义理，有不少人生体验，文字简明，便于初学。
《文献通考》
《文献通考》，是元初著名学者马端临的重要著作。《文献通考》全书分为24门，348卷。自《经籍》至《物异》等5门为《通典》所未有者，此外19门均为《通典》的原目或子目。
书的内容起自上古，终于南宋宁宗嘉定年间。就其体例与内容来看，实为《通典》的扩大与续作，这是本书的第一个特点。
马氏著此《文献通考》，在《自序》中反复说明，一方面为续补杜佑《通典》天宝以后之事迹，一方面要配补司马光的《资治通鉴》，略如纪传体史书中的纪和志。
《文献通考》的取材中唐前以《通典》为基础，并进行适当补充。中唐以后则是马端临广收博采的结果，尤其是宋代部分，当时《宋史》尚未成书，而马氏所见到的宋代史料最丰富，所以其所收之材料多有为《宋史》所无者。取材广博，网罗宏富，可以说是本书的第二个特点。
此外，《文献通考》以《食货》为首，说明杜佑对国家经济的重视；郑樵《通志》移之于《选举》、《刑法》之后；而马端临更将之列于全书之首，且增加为8门之多，可知马氏对经济的重视更超过杜氏、郑氏。
马端临是古代进步的史学家之一，他发展了杜佑所创立的新史书体裁，即以事类为中心叙述历史发展的典志体，又推进了郑樵所倡导的会通之义。
历代学者对二书的看法是：《通典》以精密见称，《文献通考》以博通见长，各有独到之处，应互相参证而不可偏废。《通典》、《通志》和《文献通考》三书都以贯通古今为主旨，又都以“通”字为书名，故后人合之称为“三通”。
“三通”在我国古代史籍中占有非常重要的地位。通行的刻本为清乾隆年间在武英殿校刊的三通合刻本，附有考证，其后复刻者多以此为底本，重要者为江西崇仁谢氏及浙江书局等本。
《读书录》
《读书录》，共22卷，明代哲学家薛瑄的重要著作，是薛瑄一生读书、讲学的笔记，编成于景泰七年以后。