元、明朝时期，是儒学发展的一个新时期。创立于两宋时期的程朱理学，在这个时期被定为官方哲学，也成为当时的主流意识形态。
明代中叶以后，儒学的发展又出现一个新的方向，那就是阳明心学的异军突起，从而把儒学推向了又一发展阶段。
一、总论
元朝是一个少数民族建立的王朝，然而这一时期的儒学仍然得到了发展，明显的标志是儒学得到广泛传播与普及。
这自然和入学在这一时期的一些特点有关，尤其明代后期崛起的阳明心学更是受到朝野上下的认同。
元代儒学
元朝虽然是少数民族建立的政权，但它很重视儒学。元朝建立不久，统治者便不得不与汉族士人结合，借鉴中国传统的统治方法和意识形态，以巩固自已的统治。于是儒学在元朝便自然具有极为重要的地位。
早在成吉思汗从欧洲回师东向，征战中原的时候，蒙古统治者就注意网络汉族知识分子或已严重汉化了的少数民族知识分子以为己用。
像耶律楚材、元好问、郝经、郝枢、杨唯中等。蒙古人通过他们接触了儒学，从而有助于蒙古族的汉化。
到了忽必烈建立元朝的时候，儒家学说一开始并没有受到怎样的重视，当时尽管赵复、姚枢、刘因、许衡等人大力倡导程朱理学，但并未立即被官方认可。
忽必烈本人对儒学大师尊礼有加，除了任命这些儒学大师一些相当重要的职位外，还欣然接受“儒教大尊师”的称号，并真诚地接受那些儒学知识分子向他传授儒家的三纲五常、正心诚意等治国平天下的道理。
儒学的地位在元朝获得真正的确立，还是在仁宗的时候，即1313年设立的科举法，由此开始以经义取士，程朱理学才终于上升到官方意识形态的至高地位。
随着儒学在蒙古贵族中的传播，儒学经典开始大量的被译成蒙古族的语言，像《大学衍义》等，当时都有蒙古语译本。
在元朝统治者的重视下，儒学在元朝得到了发展，儒学名士也不断涌现，著名的有赵复、许衡、吴澄、刘因等。
在儒学思想上，元朝儒学的基本特色是以程朱理学为基本内容而又有所发展，在发展的同时，实际上是以陆九渊的心学去补充朱熹学术思想之不足。
这样一来，元代理学便呈现出调和朱陆的倾向，为此后理学的发展提供了新的机会和可能。因此，元代理学虽然没有多少新的思想贡献，但其在理学史、儒学史上的转折意义却值得重视。
明代儒学
明代又是儒学发展的一个重大转折期。明朝初年，朱元璋建立天下后，继续推行儒学，规定以八股取士。在意识形态上，把朱熹理学作为理论基础。这使程朱理学得到了一定的发展。
明朝中期以后，学术思想开始转向，阳明心学开始崛起。当时以王阳明为中心，提出了“格物论”、“心即理”、“知行合一”和“致良知”等理论，建立了心学体系，形成了阳明学派。
明朝后期，宋明理学开始式微。然而在没有新的思想资源作凭借的历史条件下，思想家们的思考只能在旧有的范围内打转。
于是在晚明思想界所涌现的清流运动，所反对的只能是逐步变质的宋明理学，所呼唤的也只能是儒家的早期精神。他们的表现形式虽与异端思想家有别，然其思维趋势则殊途而同归，所期望的都是要重建儒家精神。
当时清流运动主要以东林书院为中心。东林书院由顾宪成、高攀龙等人创建。他们在学术思想上一般认为程朱、陆王之学均有流弊，然两害相权取其轻，大体以程朱之学为宗，批评陆王心学尤其是王学末流谈空说玄、引儒入禅的学风，提倡治国救世的务实之学。
这批清流思想家出于对王学末流的不满，他们在向被王学所否定的朱学寻求思想资源的同时，实际上也不能不承认朱学的内在缺陷。他们一方面呼唤向朱学复归，另一方面也试图寻求超越朱学，向早期儒学复归，以重建儒家思想新体系。
正当晚明思想界的清流们热衷于重建儒家思想新体系，李贽等思想异端拼命攻击宋明理学正统的时候，从西方吹来了一股清新的风，那就是西学的东渐。
西学东渐不仅是我国文化史上的一件大事，而且对儒家思想的发展和演变具有至关重要的意义。在某种程度上说，它既启发了晚明的异端思想家，同时也为儒学思想体系的重建提供了新的思想资源。
元代科举与儒学
科举制度是古代王朝的一种读书为官制度，而科举又多以儒学经典为主，因此，科举的实行对儒学影响很大。
元代的科举制度基本沿袭宋代，用“经义”、“经疑”为题述文。在元代科举考试的内容和标准方面，程朱理学取得了科举考试的正统地位。
元代规定，考生答题时，《诗经》采朱注，《尚书》用朱熹门人蔡沈之说，《周易》主程朱之说，《春秋》用程颐私淑弟子胡安国作的传。除《诗》、《书》、《易》三经允许兼用古注疏，《春秋》许用三传，《礼记》用古疏外，其他儒家经典一律以程朱理学的阐发为主。
由于科举考试的导向，儒家教育的内容越来越狭窄，束缚了人们的聪明才智，压抑了思想的自由，阻碍了教育与学术的发展。
同时，蒙古人不着重开科取仕，灭宋后一度不举办科举，至元仁宗延祐二年才再次开办。元代科举只考一科，但分成左右榜。
右榜供蒙古人、色目人应考；乡试时只考两场，要求相对较简单。左榜供汉人、南人应考，乡试时考三场，要求相对较严格。乡试、会试考获名单俱按种族分配。
元朝自仁宗至顺帝时灭亡止，科举时办时废，共举办过16次，取士1000余人。但元科举所选人材通常并没有受到足够的重视，在元政府中产生的影响也不大。元代对科举的种种限制和不重视，对儒学发展也产生了一些消极一些。
明代代科举与儒学
元朝开始，蒙古人统治中原，科举考试进入中落时期，但以四书试士，却是元代所开的先例。元朝灭亡后，明王朝建立，科举制进入了它的鼎盛时期。明代统治者对科举高度重视，科举方法之严密也超过了以往历代。
明代以前，学校只是为科举输送考生的途径之一。到了明代，进学校却成为了科举的必由之路。明代入国子监学习的，通称监生。
监生大体有四类：生员入监读书的称贡监，官僚子弟入监的称荫监，举人入监的称举监，捐资入监的称例监。监生可以直接做官。
特别是明初，以监生而出任朝廷和地方大员的多不胜举。明成祖以后，监生直接做官的机会越来越少，却可以直接参加乡试，通过科举做官。
明代正式科举考试分为乡试、会试、殿试三级。明代乡试、会试头场考八股文。而能否考中，主要取决于八股文的优劣。所以，一般读书人往往把毕生精力用在八股文上。八股文以儒家经典“四书”、“五经”中的文句做题目，只能依照题义阐述其中的义理。措词要用古人语气，即所称代圣贤立言。
八股文虽然对儒学弘扬有一定的意义，但不可否认，八股文的危害极大，严重束缚人们的思想，是维护封建专制治的工具，同进也把科举考试制度本身引向绝路。
陆王心学
陆王心学，就主要强调人的本心作为道德主体，自身就决定道德法则和伦理规范，使道德实践的主体性原则凸现出来。
心学，作为儒学的一门学派，最早可推溯至孟子，而北宋程灏开其端，南宋陆九渊则大启其门径，而与朱熹的理学分庭抗礼。至明朝，由王守仁首度提出“心学”两字，并提出心学的宗旨在于“致良知”，至此心学开始有清晰而独立的学术脉络。
陆王心学的代表人物是陆九渊和王阳明。南宋陆九渊和明代王阳明为代表的心学一系，是在与道学一系的辩论中不断发展的。
南宋时期，理学家陆九渊把“心”作为宇宙万物的本原，提出“心”就是“理”的主张；强调“宇宙便是吾心，吾心便是真理”，认为天地万物都在心中。
所以他的学说被称为“心学”。他认为穷理不必向外探求，只需反省内心就可得到天理。
心学的创始人陆象山，与朱子曾进行过多次辩论，辩论的范围涉及到理学的所有核心问题，辩论的影响也涉及当时的多个学派。
朱陆之辩，以及后学就此展开的朱陆异同之辨，绵延至今达800余年而不绝，而且还随着理学的传播扩展到日本和古代的朝鲜。
王阳明，是心学的集大成者，他的思想便是朱陆之辨的一个成果。阳明心学既是对象山心学的继承和发扬，同时也可看作是对于朱陆学说的综合。王阳明继承了陆象山的同心说，他也同样强调心的普遍性。
阳明学派
阳明学派，简称“心学”，是指明代中后期思想学术领域中以王阳明哲学思想为宗旨的一个著名流派。因创始人王阳明为浙江余姚人，故又称姚江学派。
明代中期，王阳明在从政期间，始终从事讲学，传播他的“致良知”之学，他的“心学”思想，在当时思想学术领域风靡一时。
他的弟子也陆续出版了他的语录、文集。王阳明去世后，他的一些主要弟子在全国各地纷纷创建书院，举办各种讲习会，积极宣传他的思想学说，形成了阳明学派。
阳明学派认为，“吾心”宇宙万物的本源，心是宇宙之天渊。这是王守仁继承陆象山之学而加以发展，为主观唯心主义论。王守仁的“知行合一”，与朱熹学说的“论先后，知为先”这一说相抗衡。
王守仁的“致良知”是他的哲学核心，认为“良知”是“人先天具有”，见父自然知孝，见兄自然知弟，见孺人入井，自然知恻隐。
“致良知”即知之天理于事事物物，事事物物皆得其理，要求每人通过反求内心，消绝人欲修养方法，达到“万物一体”的境界。
王守仁的良知并非知识的标准，而是判断善恶、道德的标准。即以“致良知”为认识和实行封建道德途径达到道德修养的目的。王学以反传统面目，冲击着当时被封建统治者定于一尊的程朱理学，给僵化的思想界注入活力，对后来明清启蒙思想的形成、发展产生了极大影响。
王阳明的弟子因对其致良知的理解不同而分成若干支派。主要有以王畿为代表的良知现成派；以王艮为首的良知日用派；以聂豹、罗洪先为首的良知归寂派和以欧阳德、邹守益、钱德洪为首的良知修证派。
明末学者黄宗羲在《明儒学案》一书中，曾以师承的地域为界限，将阳明学派粗略地分为：浙中王学、江右王学、南中王学、楚中王学、北方王学、粤闽王学、泰州王学等七派。
由于王阳明的学说中包含着不可克服的矛盾，其生前又没有进一步加以阐明，所以他的弟子们各执一端，产生了不同的理解。
粤闽王学
粤闽王学，阳明学派的一个分子，代表人物有方献夫、薛侃，主要学者还有杨骥、周坦等。该学派认为“心”是世界的本体。
又提出认识人应从“可见可闻”人手。在社会伦理观方面，粤闽王学提倡舍生取义。儒家这种“舍生无欲”与佛老不同。即儒家舍生是不借以最大代价履行社会义务，而佛老的空无是逃避社会责任。
粤闽王学的主要著作有薛侃《语录》，薛侃门人《研几录》等。
浙中王学
浙中王学，指与王阳明在同郡，即今宁波和绍兴的王学传人所研究的王学。浙中王学的代表人物是王阳明的两个著名大弟子王畿和钱德洪。
王、钱两人都曾放弃过科举考试，专心就学王阳明，并成为王阳明学说的主要诠释者，被当时称为“教授师”。
王阳明在世时他们对师说已有分歧。在王阳明去世后，他们之间的互相批评责难更加激烈。因此，浙中王学又分化成“良知现成”和“事上磨练”两派。
良知现成派由王畿开其端，后来的周汝澄、管志道、陶望龄等人都是这派的主要人物。他们论学宗旨是心、意、知、物的“无善无恶”。
批评钱德洪以王阳明“四句教言”，又称四句教，即无善无恶是心之体，有善有恶是意之动，知善知恶是良知，为善去恶是格物，提出自己的“四无之说”。
为了证明王畿的“四无说”，万历年间被称为“今龙溪”的周汝澄，在南京作《九解》，引经据典，反驳许孚远的《九谤》，证明“四无说”的合理性。
他们还吸取了佛学思想，认为“儒即禅，禅即儒”，所以当时就有“三教合之”说。
与王畿的“良知现成”派相反，钱德洪主张“四有”，力辟王畿论学的空疏，恢宏师说，论学宗旨倾向于王阳明晚年的“事上磨练”。
这一派除有钱德洪、张元忭外，持有相同观点的还有江右王学的欧阳德、陈九川等人为代表。
所以钱德洪主张在日常行事上，著实格物，使竭意诚心正，不停留在心的本体认上。
这表明钱德洪等人的道德实践是主张在事上“实心磨练”、“行著习察”，以达到在“人情事变”或“见在功夫”上泯灭“气拘物蔽”的目的。
钱德洪等人的这些理论，只是对王阳明的学说作了进一步的补充，他们的所称事，也未能超出王阳明所说的道德实践范围内。
江右王学
江右王学，指明代江西地区的王学传人。江右王学的代表人物为邹守益，字谦之，号或廓，江西安福人，学者称东廓先生。其他主要人物还有委木、刘邦采、王时槐等。
江右王学与钱德洪等人一样，讲学以宏扬师说、传授王学。邹守益认为宋代理学家周郭颐的“主静”，程颐、程颢的“寡欲”，以及思孟的“戒惧”，“皆致良知的名”。
邹守益希望通过“主敬克己”的功夫，达到良知本体的主宰作用。他批评主静派一味强调“未发之时”的“寂然之本”，因而偏于内；批评日用派的“已发之后”的“百姓日用”，因而偏于外；只有他自己的“主敬”才能克服“偏内偏外”之失。