关于纪念堂的建筑形式和规格，当年担任纪念堂工程设计小组领导成员的沈勃，在《参加毛主席纪念堂建设回忆》一文中回忆：“当时大家衷心怀念毛主席对中国人民的伟大贡献，认为只有宏大的建筑才能体现毛主席的伟大和崇高。有的建筑方案几乎把天安门广场南半部全部占满了，有的方案建筑面积达十几万平方米。在所有专家当中，只有南京工学院杨廷宝教授提出的方案，是50米见方二层高的建筑。杨廷宝教授冷静地考虑了天安门广场的整体环境，考虑到纪念堂应该是天安门广场的有机组成部分，建筑规模合理，才能突出纪念堂的光辉形象，使它千秋万代闪耀着光芒。杨教授所做的方案，给予我们以很大的启示。”最后，沈勃在众多专家学者意见的基础上，勾画出了纪念堂实施方案草图，并由北京市建筑设计院方伯义建筑师画出了正式方案。“这个方案是65米见方的平面，后来经大家进一步研究修改，增加了警卫和管理用房等，平面增大为72米见方。
经谷牧同志请示叶剑英、华国锋同志，纪念堂工程实施方案就这样确定下来。接着，下一步的设计工作和挖槽工作也就开始了。”
经过多次修改，确定之后的毛主席纪念堂建筑方案为：建筑形式呈正方形，八开间，重檐屋顶，两层红色花岗岩石台基，绕以汉白玉栏杆，廊柱为正方形抹小角，总高度为33.6米，长宽各105.5米。
这一高度是经过严格视线分析而确定的。规划设计专家首先考虑到的是，站在天安门城楼上或金水桥畔正视纪念堂时，避免在纪念堂的正面重叠着一个正阳门城楼大屋顶的剪影；从广场其他方向和角度瞻仰纪念堂，要高低相宜；同时不能过高，超过纪念碑。这就要求纪念堂高度恰如其分，最后经过分析，确定为33.6米。
毛主席纪念堂这一宏伟建筑，平面布局平整，造型简洁，由于它位于天安门广场中轴线上，是对称的中心，首先给人以稳重平衡的感觉，产生出和谐统一的美学效应，具有强烈的中心感和庄严肃穆的艺术效果；其次是方便群众瞻仰，路线通畅简捷；再次是南北入口各建有三樘大门，甬道是中轴线标志，中轴线直贯诸柱廊，取其开朗、挺拔、有力而与广场原有建筑相配合，也有利于抗震。
纪念堂从1976年11月24日奠基到1977年5月24日竣工，只用了半年时间。纪念堂占地面积57200平方米，总建筑面积33867平方米。这一宏伟的纪念工程，基本上满足了当时的政治需要及功能要求。
此前，杨廷宝还参加过北京图书馆设计方案的评定工作。北京图书馆是国家级图书馆，当时藏书近150万册，正向藏书300万册的规模发展。周总理指示说“不能大国小馆”，提出要建14万平方米以上的规模，选址在紫竹院北侧的白石桥高粱河畔。
1975年，杨廷宝在北京图书馆扩建会议上了五院（北京市建筑设计院、国家建委北京设计院、建筑研究院、西北建筑设计院和广东省建筑设计院）、五校（清华大学、天津大学、哈尔滨工业大学、南京工学院和同济大学）的专家，共同商议设计与建设事宜。
1975年秋，有关单位在日坛路一号召开会议，请出10个单位参赛的专业建筑师，在宾馆礼堂摆上各自设计的方案参加评选。对于此次会议，张镈在《我的建筑创作道路》中写道：“杨廷宝这次也来了，是属于南工的。他认为国家图书馆必须有传统建筑艺术的风格和气派，不能只讲功能不讲形式。在学校建筑系作方案时，他提出这个观点，被系党总支和工农兵学员否定，并加以批判，认为是因循守旧。这次竞赛已是第三轮了，基本上以洋式为主。宋养初很不以为然，向大家宣告说，民族形式的概念还不清楚，但是还应该向这个方面去努力探索。
他特别向杨廷宝说，你看怎么样？你有什么想法？杨师拿出一张32开的信纸，上面画着一个高低错落、互相对应的鸟瞰总平面说，我原来有这样一种想法，但是校方和群众都不接受，所以罢了。宋主任看到这个草案，如获至宝说，请南工来的同志帮你画出来，画清楚，好不好？又说，三天后会议。会后，南工同志们鉴于系党总支已否定在前，不少青年又拒绝于后，不敢伸手帮忙作画。杨师不仅自己动手绘图，还主动找院模型组，做了宾主、高低的石膏模型块块，想从图面到三度空间做个检验。”
对杨廷宝参加国家图书馆设计方案的审定之事，张镈先生在《怀念授业恩师杨廷宝》一文中再次回忆：
1975年7、8、9月正是江青（原文中“江青”加了引号，后面的“谣言”
没加引号，据当时的政治形势和引号的正确用法，改之——编辑）追查“谣言”
的当口，臭老九正是臭到顶的时期，基层来人不敢从命。杨先生以七十四五的高龄，就在日坛路一号的会场和招待所里，戴起花镜，趴在板上，一笔一划一丝不苟地画出图来。我商得院领导同意，领宋主任之命做了塑料切块模型。这个模型主次分明、高低错落、舒展有势，传统韵味很足，得到宋（养初）主任的肯定。会后把与会的作品分为三组进行深入的研究。一组是建研院与清华合作。二组以上海方面为主。三组以杨先生为主，由我辅之，再请建研院的戴念慈总、清华的吴良镛教授和广东省院的黄远强总等成立五人小组，共同研究带有一定民族形式的方案探讨。宋主任结论说：“这个尝试可能成功也可能失败，可能会创新也可能再复旧。但在创作我国重点建筑时不能回避在地方民族性上有所发挥、有所创新。”在这次会上宋主任对老专家的作用作了估计，得罪了一些初露头角的青年学员，也指责个别中青年专家担心这是奇谈怪论的冲刺（疑为“冲击”——编辑）。周荣鑫同志这时还健在，宁、沪的专家、学者去看望这位学会的老理事长，异口同声地认为老知识分子在京接近中央就敢于在知音面前畅所欲言。
建委领导下了令，杨先生就留京开始工作。住在建委招待所，吃在大食堂，一个人在京再过起学生时期的生活。工作在设计所，每人一块板，名义上是五个人，但每日坚持八小时不离画图板的只有杨先生一人。在独立思考和集体讨论当中，每个人都积极表达自己的思想意见。但是总的目标是在杨先生最原始的设想下统一了功能和形式的矛盾。尤其是在1976年1月周总理逝世以后，大家以沉痛的心情要按总理生前对图书馆的眉批和指示竭尽全力。在1976年3月统一了意见之后，杨先生才先回去销假，4月初完成方案、模型送审。
王冶秋同志看后说：“我本来对这个竞赛没有信心，看了第三方案后很高兴。”
谷牧同志和养初同志首肯了这个尝试。北京市工宣队师傅认为可以。郑天翔同志恢复工作后倾听了汇报表示赞许。这个图纸在我院模型室制作精致模型时，工人师傅赞扬，但部分中青年专家认为保守，个别领导认为太古太旧，说明探索新的艺术形象是相当复杂而艰苦的。经过评选之后，建委领导把这个试作的第三方案推荐成正式向国务院报审的第一方案。现在正式图纸由建研院设计所负责，基本上维持了中选方案的风格。
在政治运动期间，作为一个高级知识分子，杨廷宝的心中十分痛苦，身心遭到了严重的挫伤，有形和无形的压力摧残着这位老建筑师的心灵。但在任何情况下，他都坚持从大局出发，忍辱负重，任劳任怨，从不做任何有损于国家和民族的事情，他也以自己的人格魅力一再赢得人们的尊重。
1.重新上马
1978年12月18日至22日，中国共产党第十一届中央委员会第三次全体会议在北京举行。会议从根本上冲破了长期“左”倾错误的严重束缚，端正了党的指导思想，重新确立马克思主义的思想路线、政治路线和组织路线，做出了把党和国家的工作重点转移到社会主义现代化建设上来和实行改革开放的战略决策。
中共十一届三中全会的精神像阳光一样照亮了杨廷宝的心坎。
1979年，教育部批准南京工学院成立“建筑研究所”，年近八旬的杨廷宝担任所长，杨廷宝戏称自己这次是“重新上马”。他再次焕发青春，以百倍的热情投入到他所挚爱的事业当中。
建筑研究所成立这天，会议就要开始了，杨廷宝突然说：“请将会议稍作推迟，等一会。”原来，童教授还没到，他马上让人去请童，直到老朋友出来了，他才对大家说：“这是我们的家。”他还让童和齐康一同担任研究所的副所长。在他“招贤纳才、谦让和睦”的风范带动下，所里的老、中、青三代研究人员精诚团结，和睦相处，为科学研究打下了坚实的基础。
众心齐，泰山移。在杨廷宝教授的领导下，南京工学院建筑研究所硕果累累。刘怡、黎志涛在《中国当代杰出的建筑师、建筑教育家——杨廷宝》一书中写道：“仅他在建筑研究所工作的短短二年多里，建筑研究所出版学术专著8部，已交稿付印的学术专著10部；在国内专业杂志上发表学术论文55篇，结合科研完成工程43项，锻炼了青年科技人员，培养了一大批专门人才。”1982年9月，教育部正式批准南京工学院建立全国第一个“建筑设计与理论”专业博士点，成为全国第一个建筑学博士点教育培训基地，杨廷宝也以丰富的实践经验、阅历和声望，当仁不让地担任了博士生指导教师的重任。