一次，某领导机关要南工停课一天，派学生去列队欢迎某国元首。汪海粟知道后，严肃地说：“学生的主要任务是学习，要停课，事关重大，必须经高教部批准！”没有同意。他规定教师要立足本职，专心搞好教学，校外要调用老师，必须经学校同意，要保证教师每周有六分之五的时间从事业务活动。这一系列强硬措施，对于南工的稳定起到了至关重要的作用。但是，汪海粟院长本人很快受到了批判，被定性为“严重右倾机会主义”，撤销党内外一切职务，并调离南京工学院。
当时，学生受到校外思潮的影响，遇到问题，随时贴大字报，不少学生把贴大字报当成解决问题的方法，当成一种时尚。1957年春，建筑系部分学生对个别助教辅导设计课有意见，时有议论。有的学生就写了大字报贴在系办公室门口，要求系里撤换一些教师，改派有经验的教师辅导设计。大字报贴出后，引起了骚动。第三天上设计课时，杨廷宝带着系里几乎所有的建筑设计教授，包括童寯、陈裕华、刘光华、成竟志，以及当时还比较年轻的张致中、潘谷西、钟训正等老师，来到大礼堂东侧的设计教室。杨廷宝非常严肃地说：“大家对设计课有些意见，这可以理解。今天我们教设计的老教师都来了，目的是向大家表明，系里对大家的意见是重视的，我们要想办法进一步改进设计课的教学。但是我要告诉你们，你们对助教的看法是错误的。我们这些助教每个人都受过极其严格的专业训练，每个人肚里都有很多学问，这些学问足够你们学好长一阵子的了。你们当前的任务就要尽快把他们肚子里的学问学到手，要踏踏实实地学，不要好高骛远。”杨廷宝的一番话既严肃，又热情，可谓其语谆谆，其情切切，让贴大字报的学生无地自容，从此改变了对老师的看法。
1957年6月，全国开始发动反对右派的斗争。1958年，“大跃进”的浪潮又轰轰烈烈地扑面而来。运动开始之后，南京工学院也和全国一样，校内到处都贴满了“双反双比”的大字报：反保守、反右倾；比速度、比干劲；还有插红旗、拔白旗的“两旗”，擂台摆得东一个，西一个；有些人甚至还提出了“只怕想不到，不怕做不到”的口号。在反右斗争中，南京工学院揪出大大小小的“右派”达人，与《水浒传》中的“一百〇八将”相吻合。之后，运动一个接着一个，几乎占用了师生的全部时间，正常的教学、科研工作受到了严重的冲击。
国内各大学的建筑院系也集中精力搞大批判，如同济大学在批冯纪忠先生提出的“空间论”；清华大学在批梁思成先生的“唯心主义建筑思想”等，南京工学院的杨廷宝以及他的老朋友刘敦桢等均未能幸免，先后卷进了这场大批判当中。原属于正常的学术观点上的争论，不同学派之间的相互探讨和争鸣问题，现在却因形势的“需要”被政治裹足，在上纲上线之后，演变成为一场“政治+学术”运动，用染上政治色彩的狂热语言套上种种“主义”的帽子，甩向曾经是一条战壕里的朋友。
1958年，杨廷宝根据自己多年的实践经验，并结合近二十年的教学经验和教育观点提出了“建筑办学十条”，积极探索适合中国国情的建筑教育道路，强调理论与实践相结合，借以服务于国家建设这一大局。很快，他的这些观点就被冠之为“教学十条”而受到批判，被认为是办学保守的典型。在这个问题上，杨廷宝的弟子齐康在回忆时说：“杨先生在50年代末提出‘教学十条’，实际上并不是真的分得很清楚的十条，只是一些话，别人将它分解成‘十条’，为此在‘双反’运动中，杨先生遭到批判，当时国内建筑界都在搞批判，比如同济批冯纪忠先生的‘空间论’。当时批杨老不注重工业建筑，不注意城市规划，不注意低标准建筑，还有‘插红旗拔白旗’之口号。今天看，几个不注意提法并不全错，但运动搞过了头。”
李伶伶在《齐康传》中写道：“反‘右’运动还没有结束，又一个‘反’来了，那就是‘双反’（反保守、反浪费），还有两‘旗’（插红旗、拔白旗）。
在这些运动中，杨廷宝被认为是办学保守的典型，一夜之间上百张批杨的大字报铺天盖地。”
为了表明个人的立场，很多人不得不站在了杨廷宝的对立面。齐康当时作为党员干部和支部书记，不但不能保持低调，甚至必须也“送”恩师一张大字报。
他考虑来考虑去，最后在大字报的开头郑重地写上：“尊敬的杨廷宝老师。”这一个“尊敬的”立刻遭来指责：都什么时候了你还这样恭敬。
当时，全国学习苏联模式而“一边倒”，不仅在教学上全面学习苏联，在建筑界也提倡以“快速设计”“快速施工”为核心，以“技术革新”“技术革命”
为手段“多快好省”地追赶苏联，杨廷宝的老朋友梁思成1958年6月在青岛参加城市规划座谈会后应邀为《青岛》一书作序，以赞扬的口吻写道：“在大跃进的形势下，城市规划和建设工作也在以‘一天等于二十年’的速度飞跃前进。许多中、小城市鼓足干劲、力争上游，用快速的办法、土办法多快好省地编制出了城市规划，彻底打破了过去对城市规划的迷信，解放了思想，做出了过去不敢想象的奇迹，给全民性的工业化准备了良好的条件。”然而杨廷宝却不盲目跟风，坚决反对“讲究速度高、数量多，论排场，讲气派，好大喜功，华而不实”的作风，因而招来了种种批评，南京工学院建筑系被批评在设计思想上学习苏联不力，热情不够。在本来就已经被批判的情况下，杨廷宝顶着巨大的压力，坚持自己一贯的建筑教育主张，认为按照苏联办法而不结合我国的情况，是不妥当的，学苏联经验不能生搬硬套、生吞活剥，强调中国的建筑教学一定要结合中国的国情，这些思想使当时的南京工学院建筑系在教学上少走了许多弯路。
当时，南京对城市规划也提出了要在十五年内超过巴黎，办法是一靠革命的思想加干劲，二靠仿效苏联老大哥的“蓝本”。首先提到议事日程的是对中央路的改造。不少建筑师认为，中央路是南京最主要的干道，可是到现在还是一条弯曲的石子路，有损南京的形象。建议按照苏联的做法“逢山找对景，逢路拉直线”，把中央路拓宽、取直，使它与北京西路、保泰街成九十度直角。这个提议，得到了很多同志的赞同：道路讲究对称、笔直，在建筑中一直是惯例，古代的长安、北京都是这样建设的。南京作为六朝古都，理所当然在这方面也要做楷模。
杨廷宝却坚决反对这样的做法，尽管他素来不事张扬，低调做人，又处在被批判的地位，但如鲠在喉，不吐不快：“我反对拉成直角。人常说‘设计一条线，落笔值千金’。建筑师的落笔，大有讲究，落得好，利国利民，省千省万；落得不好，劳民伤财，浪费成千上万。大家算算账，如果把中央路与北京西路、保泰街成九十度直角，要拆多少房，挖多少土方，花多少钱？
“据我所知，中央路与保泰街在子午线上只偏三五度，也就是说大体上还是垂直的。人们站在路上看不出偏斜，甚至坐在飞机上也看不出弯曲，为什么一定要追求对称、规范、气派呢？如果一定要讲什么规范，那么，是不是南京的城墙也要拆掉重建？
“我听有的同志说，我国古代的城墙都是方形、长方形的，那么，根据地形的起伏、山和湖的起身而建的南京城墙就恰恰违反了这一常规。你们可以到市府大院一墙之隔的玄武湖去看看，南京城墙到了湖边就拐了弯，直线就变成了曲线，整个南京城墙是个不规整的几何图形！这不正是我们老祖宗在城市规划上因地制宜的一个范例吗？”
除了反对在建筑上“多快好省”赶超苏联老大哥外，在很长一段时间里，杨廷宝想要反对的、担心的，是建筑系要被砍掉。从1940年到中央大学建筑系任教后，杨廷宝就一直在建筑系工作。南京解放后，他被任命为南京大学建筑系系主任。虽然1959年，杨廷宝被任命为南京工学院副院长，建筑系主任由刘敦桢担任了，但建筑系仍然是杨廷宝的家，是杨廷宝的命根子。
1960年10月至11月，南京工学院一些人以“适应教学与生产的需要”为名，别有用心地将建筑系砍掉，与土木系合并为土木建筑系，由刘敦桢担任系主任。
与此同时，土木系成立了建筑设计院，由童任院长，陈昌贤、朱敬业任副院长。但好景不长，翌年8月，建筑设计院又不得不奉命撤销。对于某些领导的这一举措，杨廷宝心有不满，大为担心，他的老友、素来耿直的童也不理解这种做法，他说：“建筑系与土木系有根本的区别，如果两系不并，地球就不转，那就合并。不然，建筑系还是要办！”但是在那个“流言谎言满天飞、愚蠢行为天天见”的年月里，“运动当头”，凡事上纲上线，杨廷宝与童的心也随着建筑系与木土系数次分分合合，如十五个吊桶打水——七上八下，忐忑不安。
建筑系办办停停，1963年8月，建筑系和土木系两系再次分开，仍由刘敦桢担任建筑系主任。1965年11月，南京工学院又从土木系和建筑系中抽调专业人员，成立建筑研究室，由杨廷宝任主任，童、张致中等任副主任。
1966年5月，“文化大革命”开始，中共中央政治局扩大会议通过的《**********》要求“全党必须彻底批判学术界、教育界、新闻界、文艺界、出版界的资产阶级反动思想，夺取在这些文化领域中的领导权”。这一运动持续十年，使中国人民遭受了一场空前的浩劫。南京工学院和其他高校一样，被迫“停课闹革命”，几年混乱、折腾，直到1972年春才开始招收工农兵学员。
这期间，破四旧，打倒“反动学术权威”的“红色浪潮”把南京工学院建筑系冲得天翻地覆。建筑系留存的图纸变成了“四旧垃圾”被付之一炬。一夜之间，不再需要建筑学这个专业了，建筑学被论定为伪科学，建筑系处于随时被取消的境地。各地的建筑尤其是古建筑被作为“四旧”砸的砸、烧的烧。而作为设计这些建筑的建筑师们，当仁不让地站到了被批判、被侮辱的队伍里，南京工学院建筑系的老中青年教师都受到了极其不公正的对待，顶着烈日，集体跪在建筑系的大门口。
此时，杨廷宝的很多老朋友、老同事也都被揪出来挨批挨斗。刘敦桢因为从事中国古典园林的研究，被指为假借整理民族文化之名，积极宣扬封建阶级腐朽和没落的一面，被诬蔑为“封建与资产阶级反动学术权威”，受到无端的迫害和严厉的批判，身心受到严重创伤，于1968年4月30日凌晨含恨离开了人世。梁思成更是受尽了屈辱和折磨，于1972年1月9日在北京含恨去世。对于两位老友的先后辞世，杨廷宝既感到万分愤懑，又无能为力，情不自禁地泪流满面。
其他院系的很多教授和老师也都成为批斗的对象，有的教授因承受不了非人的折磨和凌辱而寻了短见，自缢、投湖、投河、跳江、跳楼和吃安眠药的人一个接着一个，搞得人们整天心惊肉跳。而更多的生存者则仍然接受着无休止的批斗折磨，像杨廷宝这样在国内建筑界数一数二的“权威”更是逃脱不掉，自然也被套上了“反动学术权威”的帽子，有人还诬蔑他出国访问时当“叛徒”。他虽然名为副院长，却一直“靠边站”，成为一个摆设，被迫接受劳动改造和批判，交代“问题”，一夜之间学校里贴满了批他的大字报。
在“革命无罪，造反有理”的巨大声浪中，杨廷宝踉踉跄跄地被推到建筑系大门口，胸前挂着黑牌子，推倒在地。否定一切的思潮，无中生有的谩骂及人身攻击，使杨廷宝感到极度的苦闷；被批斗，被抄家，挂黑牌子，被贴大字报，并被要求到大字报栏前学习，反思自己的“罪行”，写检查，等等。对于这些，杨廷宝都只能默默地忍受。建筑系的学生虽然被工宣队、军宣队所利用，被这股浪潮冲昏了头脑，但对自己的老师还不至于下手太狠。面对种种侮辱，杨廷宝以更加沉默来坦然处之，他真正担心、挂念的，一是不能安心从事建筑设计工作，他对自己心爱的事业将要荒芜而备感焦虑；二是工宣队、军宣队要取消建筑系！他悄悄地问他的学生、尚在建筑系任教的齐康：“真要取消建筑系吗？”
随后，全系教师下放到南京师范学院附属中学劳动，住在附中学生宿舍，每天顶着烈日在工地上敲碎几百块砖头，劳动强度虽不大，但劳动条件很差，灰尘很大，一天八小时敲下来，中、青年教师都累得站不直身来，杨廷宝、童、刘光华、龙希玉等几位老教授也同样劳动，工宣队对老教授没有任何照顾。年青的教师经常找出各种各样的借口休息，“上厕所”的人特别多，也特别频繁，但杨廷宝却规规矩矩，不仅出勤率高，而且敲得也最认真。造反派要他画工厂的图，他也是一笔笔认认真真地画好。
有一天傍晚，不知来了什么“特大喜讯”，校工宣队命令全体人员召开晚会。会议在一间教室里开始后，大家都上去表演了节目。当大家要求杨廷宝出节目时，杨廷宝没有任何的矜持，马上站了起来，走到前面的空地上，赤手空拳，徒手翻了个凌空筋斗，倒把他的老同事和中青年教师吓了一跳，那时他已近七十高龄，真担心他会出什么差错和意外。但当看到他身体如此矫健时，大家的心里都很高兴，暗中为建筑系庆幸，默默地祝愿他健康长寿。