1899年底，随着袁世凯出任山东巡抚，新建陆军由天津小站移驻山东。虽然袁世凯在山东巡抚任上不到两年（1899年12月—1901年11月），但这是关系到袁世凯一生仕途发展的两年，在义和团运动、八国联军侵华战争错综复杂的阶级斗争和民族矛盾面前，袁世凯发挥其特有的智慧，运用了多种政治手段，左右逢源，应付清廷、列强、义和团，保境安民，不仅没有像其他的武装力量那样遭到沉重打击而瓦解，反而进一步扩大了军事实力。他手下的武卫右军及其先锋队迅速壮大，这使以袁世凯为首的北洋军势力快速崛起，成为清末民初一个极为重要的政治集团，左右中国政局近三十年，这些新式武装力量是袁世凯参与新政的政治资本，也成为庚子年后清廷依靠的主要力量。反观袁世凯的发迹历程，从小站练兵到山东推行新政再到直隶主持北洋事务最后夺取全国政权，当上民国的大总统，在山东推行新政的这两年起了承上启下的作用，是关键的一个阶段。袁世凯治理山东，由于处事果断刚毅，手段灵活，推行新式教育，刺激了商务发展，进行金融改革，顺应了时代潮流，博得改革者的欢迎。一系列政策的推行使得山东地区保持了一定时期的稳定，外得到列强的称赞，内为清廷所倚重。两年的山东巡抚任职充分展现了袁世凯在治军、理财、行政、外交诸多方面作为地方疆臣所具有的才能，他也在这个阶段完成了由一个新军将领到晚清政坛上举足轻重的政治人物历史蜕变，为其日后登上疆臣首席的宝座创造了极其有利的条件，这是袁世凯逐步步入权力巅峰的又一个里程碑。
一、袁世凯军事力量不断扩张
袁世凯在戊戌年间的政治旋涡中，最终滑向了后党一派，构成了对康梁维新党人致命的一击，袁世凯亦因此在戊戌政变之后得到了荣禄和清廷的特别赏识。袁世凯在这次戊戌政变中的应对，不但对于个人的发迹有着特别的影响，也使刚刚诞生不久的北洋集团获得了一个新的发展机会。戊戌政变之后不久，荣禄就建议慈禧太后，把京畿的各支军队统编成武卫军，以加强对军权的控制和京畿重地的防卫。慈禧太后遂命荣禄节制京畿一带的毅、甘、武毅、新建陆军诸军合编为武卫军。以聂士成武毅军为武卫前军，屯芦台；董福祥所统甘勇为武卫后军，屯蓟州；宋庆统领毅军为武卫左军，屯山海关；袁世凯所率新建陆军为武卫右军，屯津南小站；荣禄自率武卫中军，屯北京郊区南苑。自此，袁世凯的天津小站编练的新建陆军改称“武卫右军”。
德国自强租胶州湾后，1899年又加紧了对内地的渗透，不断侵扰我日照、沂州。山东海防的危机促使清廷派遣袁世凯武卫右军开赴山东，名为“弹压匪类，保护教民”（1），实则遏止德国向山东内地的进犯。1899年5月，袁世凯奉荣禄的命令率领新军八营前往德州一带进行军事演习。此间，他多次给荣禄写信，报告山东情况。面对甲午战争以后列强瓜分中国的严峻形势，他正确认识形势，准确把握时机，多次上奏，请求清廷练兵自强。他5月20号上书慈禧太后《时局艰危亟宜练兵折》中言到：
前年德人首发难端，袭据胶澳，嗣是俄人取金旅，英人占威海，法人索租广州湾，交迫迭起，不一而足。近日意大利谋索三门，德人复进踞日照，焚杀要胁，种种欺侮，条约不可行，公法不可诘，情理不可谕。即欲引一排难解纷之强邻，而亦不可得。推求其故，各国之所以蔑视夫中国者，果安在哉？盖亦由于我之兵力不竞而已。
袁世凯在这一奏折中建议，就兵法、操法、军规、器械等方面，应仿照各国军制，立定划一章程，请旨颁发各军一体遵照。5月24日，西太后根据袁世凯这个奏折，命令他把武卫右军平日训练的情形，详细奏陈，并将各种操法绘图贴说，进呈备览，袁世凯奉命后，即组织编写《新建陆军兵略录存》的原班人马，由他任主编，将现有操典，分别门类，编成《训练操法详细图说》，于8月23日上呈。
7月袁世凯回到小站，他又向清政府上了《强敌构衅侵权亟宜防范折》，折中指出：
德人窥伺山东，蓄志已久，分布教士，散处各邑，名为传教，实勘形势。而构衅之由，亦即阴伏于此……日照之事甫息，高密之变又起，接踵而至，竟成惯技，不但骚动民心，尤足损我国体……且东省居海北要冲，海程陆路悉由于此，倘滋他族逼处，我之漕运饷源势必梗阻，利害所关殊非浅鲜。现筹防之策，似莫若先自经理，不资以可藉之口，不予以可乘之隙……
袁世凯还指出自己目睹山东局面而“夙夜忧愤”，并建议在山东必须“慎选牧令”、“讲求约章”、“分驻巡兵”、“遴员驻胶”，作为防备之计，防止出现德国内侵的借口，也是防范教案的爆发。袁世凯的上书实际上是指控毓贤办理教案不善，以致事端迭起，其四条意见正是针对毓贤的要害而发的。山东外有德军虎视眈眈，内有义和团反洋教斗争，而毓贤愚昧排外，显然是不称职的。这个奏折为西太后所嘉许，立即抄给毓贤阅看，责令他查照办理。此时慈禧太后对山东巡抚毓贤的不满已经十分明显了，而对袁世凯的信任和器重日益加深。
义和团兴起于山东后，历任山东巡抚李秉衡、张汝梅和毓贤，在不同程度上同情并且间接或直接地支持义和团，其中毓贤的作为最为显著。这是山东义和团迅速发展的一个重要因素。毓贤对义和团开始以剿杀为主，曾以一年残杀义和拳民两千人而“声名卓著”。1899年12月，毓贤杀死了义和拳的著名领袖朱红灯等人，但义和拳的声势愈来愈大，官军屡吃败仗，毓贤无计可施。最后改“剿”为“抚”，派人跟各地拳民打交道，只求他们不要闹得太凶，就承认他们为合法组织，不加干涉。从此山东拳民改称“义和团”，取得了公开活动的地位，而毓贤以“山东匪患全部肃清”上报朝廷。义和团团民们以“扶清灭洋”为号召，吸引了更多的群众参加，一时山东成了反帝风暴的中心，引起列强的极大恐慌，他们对毓贤的做法极为不满，要求清政府撤换他。美国公使康格于1899年12月5日对清廷说“派一个能干的人代替他的职位”，假如没有足够武力的话，可把天津操练得很好的袁世凯的武卫右军调去协助。英国驻北京公使窦纳乐致函英国外交大臣索尔兹伯理时说得更直白：“关于今后山东北部的局势，我认为，最有希望的前景是挑选袁世凯充任巡抚。这位官员曾担任多年的中国驻朝鲜大臣的职务，并且最近统率驻天津附近受外国人训练的军队约8000人。……他性格果断，而且在必要的时候立即使用武力，这是他一生中在各种危急情势下进行活动的特点……在他所管辖的省份中，他将顺利地迅速平定叛乱。”（2）列强公使的意见，正符合西太后、荣禄任命袁世凯替代毓贤为山东巡抚的想法。
1899年12月，袁世凯署理山东巡抚，1900年3月14日清廷实授袁世凯为山东巡抚。武卫右军全军于次年5月开赴山东，这是袁世凯军事集团发展道路上的关键事件。第一，武卫右军是作为国家新型武装力量开赴山东的，它的作用受到最高统治者的重视。第二，武卫右军由天津开赴山东，避开了不久京津地区发生的抗击八国联军的战争，从而保存了武卫右军的实力。不然，也难逃聂士成武卫前军的命运。（3）到了山东巡抚任上，面对山东严峻的形势，他在《遵旨筹饷练兵酌拟办法折》中详尽阐述了他编练新军的理由。他说：
山东为京畿左辅，居南北要冲。自胶、威议租，两大逼处，强邻日谋进步，几若无复顾忌，可以为所欲为。而内地教堂林立，计逾千数，加以萑符不靖，勾结生事所在多有，若不亟图防范，万一狡敌得逞，则南北隔绝，海陆并阻，全局震动，何堪设想。且人方经营铁路，千里咫尺，入我堂奥，瞬息可达。控制抵御，势难疏缓，而武、沂、登、莱、青五府，滨海洋面，绵亘几二千里，扼要设防，尤关紧要。衡量形势，权度机宜，非有重兵不足以资保障；非有厚饷，不克以练精兵。臣所部武卫右军仅七千人，只可专备一路，实属不敷分布。
这一奏折体现袁世凯的核心思想就是改造旧军、编练新军。袁世凯初到山东看到山东驻有勇营34队，其中本省22营，河南嵩武军驻山东12营。这些山东驻军由于长期缺乏军事训练，加之武器装备极为落后，官兵腐败无能，毫无作战能力，他向清廷建议对这些山东驻军进行根本改造，以武卫右军的营制、饷章进行训练，配备以新式武器，编练出一支新军，与武卫右军配合，加强山东海防，维护山东地方的社会秩序。
袁世凯的建议紧贴山东局势，针对了山东驻军的问题，方案切实可行，受到清廷的高度评价，光绪皇帝认为“该抚所陈各节，自系为统筹全局起见，著照所请”，立即予以批准，“即就山东现有各营，汰疲去冗，分别裁调，集成新兵20营，增立一军，仿照武卫各军营制另订饷章，认真训练”。（4）在清政府的同意下，袁世凯决定以这山东驻军34营中的20营为基础，另行新组炮兵2营，合计22营，计官兵1万名，长夫近4000。这支部队命名为“武卫右军先锋队”。它仿照武卫右军营制，“汰疲去冗，分别裁调”，另立饷章，略低于武卫右军，高于原来待遇。其将领来源，一部分随原部而来；一部分从武卫右军将领中升调，如张勋、王世清、雷震春、孟恩远、何昭然等；另一部分由山东文官如胡景桂、倪嗣冲等兼任或专任。这是袁世凯改造旧军新创立的一支新军，完全听命于袁世凯，这支军队在袁世凯防范外国侵略、镇压义和团的过程中发挥了重要作用，后来袁世凯在直隶编练新军，武卫右军先锋队改编为北洋陆军第五镇。
1901年7月，根据朝廷谕令，江南自强军从江阴调往山东，交袁世凯督率训练。从此，江南自强军就归袁世凯统帅。该军由张之洞于1895年创办，与定武军同是最早的两支新军，以德国陆军为模式，聘请德国军官为教官，招募江苏、安徽青壮年农民为士兵，共有13营，即步队8营，马队2营，炮队2营，工程队1营，每营250人，除杂役人员不计外，共有士兵2860人，全部以西式装备，是一支与旧军完全不同的新式军队。1895年冬成军于南京，号“自强军”。自强军的营官、哨官也都由德国人担任，他们拥有带兵权和操练权，中国人担任副营官、副哨官，对士兵有约束权和惩责权。按照张之洞的计划，待外国将领将这支部队练成以后，由中国将领带领，然后外国军官继续训练第二支部队，这样反复进行三年可练成一支万人的军队。张之洞创办自强军不久就回任湖广总督原任，自强军由两江总督刘坤一接办。刘坤一虽然没有按张之洞原来的计划进行扩充，使自强军一直保持创建时的规模，但自强军编练三年大有成效，为中外所称赞。与此同时，与德国军官合同期满，刘坤一和他们解约，交由中国将领统帅。清政府也把自强军、新建陆军视为编练新军的样板，发出旨意要南方各省向自强军学习，要北方诸省向新建陆军学习。自强军、新建陆军是清政府甲午战争之后编练新军的不多的硕果。自强军调来山东时，计步、马、炮队共10营2500官兵，由记名总兵张腾蛟统带。中国最早的训练最好的两支新军合二为一，成为后来北洋军的主力部队。1905年初，自强军与武卫右军合编为北洋陆军第六镇。出任山东巡抚后，袁世凯除了实现扩军计划外，实际领有武卫右军、武卫右军先锋队和自强军三支新军，兵员总数达两万多人，其军事实力大为扩张，而军事实力的膨胀，为其对山东的治理奠定了坚实的基础。
1899年12月根据朝廷命令部分武卫右军从小站调进山东。1900年3月根据荣禄的奏请，武卫右军的另一部分悉数调往山东。袁世凯根据山东的局势和地理特点，派遣武卫右军设防于各地，建立了一个较为严密的防御体系，以制止列强尤其是德国的侵犯。他把武卫右军作为专防德国从青岛向内地扩张的力量。他把武卫右军的布防安置如下：总部与主力驻青州；步兵一营及炮兵一队驻潍县；骑兵一队、步兵一队驻高密，逼近胶州，作为前敌探队；步兵工营驻沂州府属之莒州，控制日照，与青州、潍县成掎角之势，不但可以阻止德军南侵之路，而且可以联络，相互声援。在布置武卫右军驻防外，袁世凯对山东驻军做了统一的全面部署。他把原来驻扎登州、宁海、烟台等嵩武军第五营更名为沿海防军，驻地不动，原有利捷水师炮营、原有河防两营，仍作海防、河防之用。由曹州镇总兵龙殿扬率领的驻扎在曹州、济宁一带的4营，称山东右翼防军。武卫右军先锋队则以济南为中心，分驻济南、东昌、武定各府属地，作为策应四方的机动部队。1900年6月，清政府向列强宣战后，袁世凯又把曹州镇新募的4营新军编入左翼防军序列，驻扎曹州。袁世凯任山东巡抚期间，德军没有对山东采取什么大的军事行动，袁世凯在军队防守的严密布防起了重要的作用。
二、山东教案
袁世凯出任山东巡抚时，山东已成为中国最为动荡不安的地区。作为德国的势力范围和中国南北的交汇处，西方殖民者的传教士在此具有强大的政治和宗教势力，这些教会在山东刺探情报，侵犯主权，包揽词讼，伤害无辜，霸占田产，勒索赔款，列强还加紧了对山东地区的文化侵略，西方传教士在这一地区广设教堂，大力发展教徒，而传教士的不法活动和教民倚恃教会、欺压百姓的现象日益严重，中西文化冲突激烈，民教严重对立，山东反洋教斗争日趋激烈，教案频繁发生，积怨颇深。
1900年，山东终于爆发了声震中外的“义和团运动”。义和团原名大刀会，它是由嘉庆年间白莲教的—支名为八卦教衍变而来。最早起于曹州，因其设坛拜神，分乡设场，练拳习武，并将传统武术与气功、迷信等相结合，自称“神功附身，刀枪不入”，所以被人们称为“义和拳”。凡加入义和团的人都红巾扎头，内藏符咒，红兜肚、红腿带、红巾裹两手，手腕内俱有白纸符咒。另一支则一切皆以黄色，有的则是红披挂而戴黑巾名叫黑团。红黄两色的人都恭敬黑团，据说黑团最厉害。义和团团民的年龄10岁以上至45岁，均手抱大刀，系以红布，民间争相传言义和团能避枪炮，火器不能伤身，以刀砍皮肉亦不破不流血。义和团见到洋房都要烧毁，见洋人则呼为大毛子，见天主教、基督教徒则呼为二毛子。他们带着强烈的民族主义和复仇心理，又夹杂着盲目的排外情绪和荒唐愚昧，他们焚教堂，砸洋物，杀洋人，也杀“二毛子”，各坛口祭的神也是五花八门，千奇百怪，有拜玉皇大帝的，也有拜观音菩萨的，有拜孙悟空、杨二郎、猪八戒的，有拜李逵、宋江、鲁智深的，所供奉的神灵都是取自《封神榜》、《三国演义》和《水浒传》。是年，正值中国北方干旱，河水断流，农田枯裂，疫病流行，而洋人和传教士在中国内陆所引起的反感与灾害引发的饥饿交织在一起，使得大量的灾民附和，于是义和团力量大增，并正式打出了“扶清灭洋”的旗号。
义和团除了扶清灭洋的政治口号外，还有一个政治口号是要得一龙二虎的“头”，所谓一龙就是光绪，二虎是庆亲王奕劻、大学士李鸿章。慈禧这时所亲信的，是一帮昏庸无识的亲王大臣，以及顽固守旧的士大夫。这些人利用慈禧的守旧反洋心理，鼓励义和团这个民间组织膨胀。不到一年时间，义和团便自山东蔓延到河北、山西，甚至进入北京，除了焚烧教堂，杀戮教士、教民外，还拆卸铁路路轨和电线。德国侵略者以教案为借口向清政府无端勒索，并向山东内地侵略扩张。而以山东巡抚毓贤为首的一批昏庸无知的封建顽固派官僚，企图利用人民群众的反洋教斗争，以达到其与列强抗衡的政治目的，导致山东义和团急剧膨胀，遍及山东广大地区，戕害教民、焚烧教堂的案件就有1000多起，造成了极其严重的后果，使得山东局势动荡异常。袁世凯的前几任巡抚，虽然对反洋教斗争进行镇压时，或镇压不力，或对人民同情，致使反洋教斗争发展为义和团运动，山东拳会林立，民教斗争十分激烈。而袁世凯到山东就任后，首先要处理的棘手问题就是山东的教案问题。教案是民教冲突，又涉及对外交涉，既是民政，又关乎外交的成败。山东局势的恶化大都是由教案引起的，如何处理好山东教案问题对于稳定山东的政治局面具有重要的意义。
袁世凯就任山东巡抚以后，就在《复陈办理东省民教情形折》中指出山东教案发生的原因，在于地方官不能持平办案，在审判教案的过程中有袒教抑民的现象。他提出了一个全面解决山东教案的方案，即“治标、治本”两策：
所谓治本者何？在于调和民教而已。而调和民教，又在于颁示约章，整顿吏治。臣己出示，剀切晓谕。申明传习西教，本为国家条约所允许，教民虽习西国之教，犹是中国之民。教不得倚势凌民，凌民者许民指控；民不得借端闹教，闹教者按律究治。又通饬各属，遇案不分民教，但论曲直。毋许教士干预词讼。严禁胥役藉案需索，并选择简明条约，刊刻颁发，令地方各官讲习遵守，知所依据，复面告各国洋教士等知会各堂，谨守教规，断不准违背约章，横生枝节。（5）
袁世凯所谓的治标之策，就是镇压人民的反洋教斗争，即当前急务，消除义和团反教起事“在于绥靖地方而已”。绥靖地方，又在于“清除匪类，化导愚氓”，“谆切劝谕，设法解散”，“严拿案犯首要”。具体办法是首先派官吏到各地进行劝导，将义和团等组织设法解散；其次是动用武力，悬赏缉拿案犯首要。
所谓“治本”，在于调和民教纠纷。而“调和民教纠纷，又在于颁示约章，整顿吏治”。近代教案的反复出现，双方均未遵守条约确是原因之一。袁世凯调和民教，处理教案的所谓治本之策，在于中外都必须遵守现有的有关条约。对中国民众来说，既然条约允许外国在中国传教，那么就不得借端闹教。对外国传教士来说，不得违背约章，必须遵守中国法度，依法传教。对地方官来说，应该熟悉条约规章内容，办案以约章为依据，不分民教，但论曲直。
袁世凯到达济南的第四天（12月30日），平阴、肥城交界处发生了一起教案，英国传教士卜克斯被当地群众杀死。袁世凯受理此案后，按照《大清律例》，以结伙持械杀人定罪，拿出一个初步意见上奏，主犯孟光汶处死，同案犯吴方城拟绞监候，同案犯吴经明判两年徒刑，杖责八十。此外，肥城县知县因保护不力被革职，罚出事地方居民银500两，为卜克斯竖起纪念碑，赔给教堂银9000两。
尽管袁世凯在批驳英国领事的意见时对英方已经作了让步，比如允许建教堂、立碑记等，但英领事仍不满足，坚持严重处分案发地之地方官，提出一个苛刻的方案要袁世凯接受：一、将凶犯从重治罪，巡抚会同观审，该领事监刑。二、将泰安府知府及肥城、平阴两知县均革职，永不叙用。三、照教会内绘图，在行凶地方建立教堂，由教士择地，由官给费，并由民集资立碑。四、恭录上年十二月初四日谕旨，及办案情形，由巡抚出示晓谕。在这种情况下袁世凯始终坚持中国司法主权，拒绝英人的要求：“断无无罪获谴之理。即西国亦当同之。该守令委无应得之咎，实不能滥予惩处。”（6）综观袁世凯处理肥城教案的全过程，他极力维护国家司法主权、行政处分权，办案“讲求约章”，不屈从外国的压力，有理、有利、有节地与英领事进行斗争，袁世凯是一个讲求约章、持平民教、办事干练的官员，给外国人造成“热心办理善后”的印象，以为袁世凯是一个公正、开明的官员，从面博得外国人对他的好感和支持。从这个意义上讲，袁世凯处理卜克斯教案是成功的。
为杜绝再发生此类事件，他命令各州县派遣军队对所有教堂、教士严密保护，让教士集中居住，还将在山东省境内的洋人一律押护至通商口岸。如袁世凯在光绪二十六年九月十二日（1900年11月3日）《东省防务仍形吃紧谨密陈大略情形折》中说：“窃查本年五六月间……臣思患预防，当其势将蠢动之初，即飞饬各属，勒限三日，将在境洋教士及办理铁路矿务各洋匠，一律押护赴通商各口……”（7）当时的外国传教士对此也多有记载，如烟台的美国传教士郭显德便说：“从羊角沟，由美国驻烟台领事法勒出面包了一艘日本轮船‘广谷丸’，来回四次，把这二百多人都由海路送到烟台。这样，在整个义和团运动中，山东未伤一（外国）人，不能不感谢美国领事富勒尔与山东巡抚袁世凯之见识及魄力也。”（8）另外，下令地方官讲习遵守，使之成为中外交涉的依据；严令“缉匪”为牧令专责；鼓励州县自筹资金，自行招募勇丁，藉以“缉匪”；加强民团的组织领导，激励他们查拿本地拳党刀会；整顿保甲，清查户籍，填写各村门牌号码，号令各庄遵照保甲章程，随时相互稽查；挨户晓谕劝说，不准子弟学习神拳、刀会。与此同时，严申纪律，不准清军和团练勇丁挟嫌累及无辜，更不得以一面之词，妄拿无辜；不准胥役勒索民家，以杜扰累，而弭争端。凡前任有误拿被捕者，立予释放，准其免予议处。对由于天灾所造成的困难户，予以赈济，等等。上述指令，袁世凯强调办案不积压，不逾夜，雷厉风行，有令必行，有禁必止。
袁世凯以调和民教、持平办理的方针处理山东教案问题，在稳定山东局势方面起到了明显的效果，到1900年八国联军侵华前，山东教案大多得到了解决，由教案引发的义和团活动也渐渐平静下来，当然，这对山东的义和团反帝斗争的形势极为不利，但对山东免遭八国联军的侵略起到了一定的作用。
三、剿杀义和团
1899年12月底，正值山东义和团方兴未艾之时，袁世凯取代毓贤出任山东巡抚。袁世凯执行其标本兼治的方案，山东义和团活动渐趋平静。袁世凯继毓贤出任山东巡抚，可谓临危受命。但他所面对的不仅仅是风起云涌的义和团，还有作为义和团对立面的外国教会、中国教民以及教会势力背后的西方列强。在当时国际国内局势下，如何处理这些问题，是对一个新任巡抚的极大考验。
1900年4月，义和团在袁世凯所谓标本兼治的政策的弹压下，开始向天津、北京、保定一带开展活动，并得到迅猛发展。慈禧因光绪的背叛、欲置她死地，让她下决定“行废立”。因外人的干预，治光绪不死，终于以她弟弟的外孙、她侄女婿端王载漪之子溥儁为“大阿哥”，待时取代光绪为君。结果，进一步激起了大臣、绅商以及逃亡海外的康、梁等保皇派勾结洋人的同声反抗。这使原本就仇视洋人的旧派统治集团，对一切与“洋务”有关的事物更仇视了。此时，清王朝中央以载漪、刚毅为首的顽固排外集团，取得了主导地位，左右了朝政。他们对义和团由最初的镇压，发展到利用义和团反帝，来泄列强干涉其废光绪另立新君的私愤，—批守旧派官僚也随声附和，推波助澜。愚昧和无知使得他们如醉如痴，高喊义和团是天降诸神，助我大清诛灭洋人。视近代新科学、新技术如仇寇的大学士徐桐，竟然说：“轮船、火车、邮电、机械，百出洋人，亦妖术耳，正可利用义和团来拆铁路、炸桥梁、毁电线，譬如治疮，以毒攻毒。”5月间，清延决定“招团御侮”（9）。5月1日，清廷命袁世凯将山东义和团办成“官办私团”，被袁世凯断然拒绝，他在5月19日上《遵旨筹议官练私团事不可行据实复陈折》中说：“伏查义和拳即离卦教中所称之义和团，与白莲教同出一源。止有拳会之名，本无乡团之目。嘉庆年间，党徒甚炽，原任直隶总督臣那彦成，钦奉仁宗睿皇帝谕旨，查禁捕治，惩之甚严，当时亦辨之甚晰，此风渐戢。相去日久，官吏安于无事，防范稍疏，余孽复萌，浸滋浸长，至上年遂复公然传习……皆凶横方匪类……是宜严禁预防，未可权宜迁就……臣考其本源，衡以近情，推及流弊，窃以为原奏所称，因其私团而官练之，实属必不可行。”（10）
到了6月，局势急剧变化。6月10日左右，义和团在顽固排外势力的“道引”下，大批涌进北京。16日，慈禧太后任命刚毅、董福祥招募义和团成军。此时，在6月10日，俄、英、美、日、德、法、意、奥八国组成联合侵略军2000余人，在英国将领西摩尔率领下，由天津向北京进犯。23日，慈禧太后任命庄亲王载勋、军机大臣刚毅为统率义和团大臣，把义和团纳入官家轨道。
袁世凯对义和团的政策，大致以1900年6月为界限，可分为前后两个时期，前期剿抚兼施，后期则坚决镇压。在京津义和团的影响下，早已平静下来的山东义和团复起，“津沽乱作，境内拳匪，复起响应。迨天津不守，逃勇溃团，由沧州、盐山、庆云等处，纷窜东境，外内勾结，旬余之间，呼啸成群，揭竿树旗，到处滋扰”（11）。对复起的山东义和团和由直隶入境的义和团，袁世凯动用军队，毫不犹豫地进行镇压。8月，他颁布了《严拿拳匪暂行章程》，规定：“无论军民人等，凡有练拳或赞成拳党者，杀无赦”；“父兄纵容子弟学习邪拳，除将子弟正法外，该父兄拿获监禁三年”，“窝留者与匪犯同罪”等等。又张贴告示，指责义和团邪教，是“匪”，是“祸根”，号令格杀勿论、除恶务尽。同时，他派张勋、雷震春、孟恩远、曹锟、吴凤岭、倪嗣冲等各带军队，分别到各州县“兜剿”，甚至用大炮和步枪屠杀义和团，几乎把整个山东纳于血海之中。如雷震春当时任炮兵管带，驻扎齐东。该县有一大村庄，居民700多户，大都参加了义和团，他们修有坚固的土寨，还备有快枪，与官军周旋。雷震春难以对付，便向袁世凯请示，袁世凯对他说：“办大事不可有顾忌心，设再姑容安有肃清之一日，子即带队前往，如再抗拒，立即开炮轰洗，造孽归予一人。”雷震春返回齐东后，就命炮兵轰击该村。滨州皂李庄有拳厂10多处，聚集义和团1000多人，雷震春率兵围剿，先开炮轰击，接着步队进攻，马队从两翼包抄，枪炮齐发，轰平了这个村庄。（12）
袁世凯还对镇压义和团卖力的官兵予以重赏，如张勋在海丰南关镇压杨子明义和团，获得“记大功三次，银二百两、功牌二十张的奖励”（13）。曹锟在禹城王家坊镇压义和团，受到表彰：“曹帮统锟勇于任事，应记大功一次。在事出力勇丁，赏银一百两，以示鼓励。”（14）同时，袁世凯还严厉惩办镇压团民不力之官员。据《筹笔偶存》记载，从7月22日到9月15日之间，颁发告示9种，给予其部文武官员杀拳立功受奖者90余人次，惩处包括记过、摘顶、撤职者30余人，斥责者9人。据袁世凯于9月底电告张之洞说，他先后诛戮4000人，现在境内颇为安静。当时，镇压基本结束，拳民活动基本平息。袁世凯则自称“东省拳匪剿办殆尽”（15）。
在袁世凯的强硬政策下，依靠其新式军队，残酷地镇压了义和团，复起的山东义和团在两三个月内被瓦解。袁世凯虽然遭到了义和团的仇恨，在山东流行“杀了袁鳖蛋，我们好吃饭”的话，但他确保了山东一省的安宁，没有使义和团由山东而进一步向江南蔓延，也为他赢得了政治声誉。