这位三井家的“总设计师”着手的第一步，就是建立起一个家族集团的架构（如图所示）。高利让6个成年儿子各自立家成为户主，各家的家名取自所居住地的地名，每家都享有三井的姓氏，故又称作“本家”。除了男性主体外，高利还把女性家庭也纳入到家族集团架构中来，分别是自己的长女家和过继掉的五子安长的长女家，故又称作“连家”。高利生前确立了8户家族成员，再加上后来陆续加入的3个女性连家，就形成了日后构成三井家族的“三井十一家”。
为了加强家族集团的凝聚力，防止各家之间的血缘关系变淡，三井家族进行族内通婚的现象非常普遍。例如高利把长女嫁给了自己的侄子，这个侄子就是自己早年做了别家养子的二哥的儿子。如果哪家的香火不旺，也必须优先从族内挑选养子过继，以保证成员家族的正统地位。
高利以“一家一本，整体一致”的原则，设计出了三井家族的基本架构，等于是在他生前就确定了这些成员的家族地位和财产继承的权利。同时，他还确立了长子高平一脉的总领家地位，即在三井家族集团中，北家的地位最高，北家的户主就是整个大家族的族长。因为长子高平早前给自己取了八郎右卫门的名字，后来“八郎右卫门”就成为总领家的世袭号，谁继承了这个名号，谁就是三井家族的族长。
高利的这招看似是分家，实际上却是在三井的旗号下，巩固了血亲、姻亲之间的联系，各家均以三井家族的整体利益为最高利益，团结一致，世代相传。这样，高利就不必担心自己死后，整个家族会分崩离析了。
这样一个缜密的家族架构，在高利死前整整运作了三年。虽然当时还只有八家，但高利亲自督阵的这三年“试运行期”，对这个家族结构权威性的确立和日后稳定性的形成，实在意义重大。
接下来就是遗产的具体分配问题了。
1694年2月，已是久卧病榻不起的高利把子女们都叫到跟前，语重心长地告诫：“一木易折，十木难摧”。同样的话，此前大家在不同的场合听过不下百遍，如今听来，却似临终遗言一般。在子女们的低声啜泣呜咽中，高利宣布了遗产分配办法。
除了留给妻子的财产外，高利把全部财产分成了70份，按比例分给了10户家庭，即在三年前确立的8个家庭的户主之外，又增加了最年幼的第十个儿子和过继的第五个儿子。为什么把财产分作70份？据说是因为高利这一辈子累积的财产已经超过了7万两金。这笔巨额财富的分配方式如表所示。不难看出，高利相当于是把全部财产折成股份，按照不同的份额比例分给了子女。如果说之前确立的八个家庭是在家族地位上给予认可的话，那么现在则是在经济地位上也予以了确认。尽管长子在家族内部地位优势明显，但其他成员同样拥有不可忽视的权利。这样一个“股份制家族”的形态，又一次让世人领教了三井始祖高利的过人之处。
直到两百年后，由日本著名的启蒙思想家福泽谕吉创办的《时事新报》还专门介绍了三井家的财产分配法，并评价其为“一种奇特的方式”。那么可以想见在当时，一代豪商三井的遗产分配，该会引起怎样的轰动和议论。
设计安顿好了一切身后事，高利可以放心地走了。3个月后，这位三井财阀的奠基人逝去，终年72岁。按照高利遗愿，他被葬在京都的天台宗寺庙真如堂。此后，那里也就成了三井家族的祠堂。
新统帅的“三板斧”
三井家族迎来了第二代总领家高平。
这位42岁的新统帅论才智、论为人，样样都不逊其父。15岁独闯江户，到大伯的吴服店里帮工，21岁跟着父亲缔造家业，独当一面。高平历经了创业的艰辛，也领受了成功的荣耀。对于三井家族的今天，高平比其他弟妹都更珍惜。所以接掌父亲的帅印之后，高平当即决定，不对父亲的遗产进行实际分割，而是将各家的财产放在一起共同经营，维持三井家族的整体一致。
高平的决定得到了各家户主的支持。所以在高利死后，三井家的吴服店、兑钱店依旧维持着原先的经营模式。帅印的平稳过渡，让三井家的事业继续高歌猛奏。
新帅上任“三板斧”。高平的第一板斧，是对三井家族事业的经营架构进行调整。原先，三井家的店铺和住所不分，前院开店，后院住人，事业家业混在一起。高平着手把家里的归家里的，店里的归店里的，两者明确分离。随即，他又设计了一套人事制度，从店主、掌柜，到领班、小厮，一共分16个等级序列，每一级别的职责权限、任用资格等都有明确规定。这可以看做现代日本公司中“年功序列”制的最早雏形。
为了更好地对三井家的各个分号进行有效管理，1710年初，高平在京都成立了三井家族的领导机构“大元方”，三井家从此有了真正意义上的最高统帅部。在此之前，三井家的两块业务吴服店和兑钱店各自独立，分别由各自的京都店进行统管，但在这两块业务之上，却没有一个独立的机构进行全局管理。新设立的这个“大元方”很像现在的合资总公司，由各家出资成立，出资比例就按照高利生前对遗产分配所定下的比例执行。
从此，各个分号如需经营资本，则统一以借贷的方式向“大元方”申请，各分号的经营利润大部分上缴“大元方”，由“大元方”统一支配。“大元方”提取一部分资金作为三井家族的生活费，同样按照高利定下的分配比例发放给各家各户，其余则作为资本金再投入到经营中去。
这样，总公司、分公司、合资公司、控股公司……这些现代意义上的经营模式，三井家族早在18世纪初就已经具备了。
“大元方”设立之初的总资本金约为15万两金，5年后膨胀到24万两，相当于每年增长10%。这在仍以农耕为主的封建社会，已是十分骄人的商业成绩了。
当然，“大元方”的主宰者原则上必须由三井家族总领家的户主担任，以确保对整个家族以及家族事业的人事和行政上的绝对权力。“大元方”的出现，已经使三井具备了财阀结构的雏形。
高平的第二板斧，是建立一个庞大的家族“小金库”。三井家的人特别有忧患意识，这或许与从武士没落的家族史有关。高平自己就曾亲身经历江户本町的那场大火，体会过两家吴服店被尽数烧毁的切肤之痛。所以三井家的事业越是红火，高平就越是担心有朝一日会从高处摔下来。高平的担心有很多，比方说经营不济、骄纵浪费等主观因素，比方说火灾、饥荒等不可控因素。如果哪一天呼喇喇似大厦倾，这一大家子人该怎么办？
高平想出了一个以备不时之需的法子，那就是建“小金库”。他把各个分号上缴给“大元方”的收益再抽取一部分封存起来，既不发放也不投资，完完全全作为储备金。这笔钱与一般意义上的存款不同，绝对不允许随意支配。即便是造栋房子买块地之类的大开销，也只能花日常的储蓄金。只有当家底全部被掏光，或者发生万一的不测情况时才能动用。所以这笔钱被称作“穴藏金”，顾名思义就是埋起来不用的钱。
为了鼓励各个分号向“大元方”多多上缴利润，高平把各店纳金的10%作为奖励返还，给店员发奖金。这样一来，大家的积极性空前高涨，缴到“大元方”的纳金也越来越多。所以，三井家的这笔“穴藏金”数额究竟有多少？不得而知。但是100多年后，当幕府把三井家当做提款机，三井家被折磨得几乎快要破产，却还是能拿出钱来暗地里资助倒幕派，足见这笔在三井鼎盛时期埋下的“穴藏金”有多么深不可测。
高平的第三板斧，就是立规矩——给店员立规矩，给族人立规矩。高平订立了一套叫做《大式目》的店规，用现在的话说就是员工手册。