晦庵说：
存养是静功夫，省察是动功夫。（《学的》）
静，而不知所以存之，则天理昧而大本有所不立矣；动，而不知所以节之，则人欲肆而达道有所不行矣。（《学的》）天理是心之本有的，属于静的方面，所以看重“存”，所以晦庵主张“存天理”。人欲是动而后生的，属于动的方面，所以看重“节”，所以晦庵主张“去人欲”。他说：
修德之实，本手去人欲，存天理，不必声色货利之娱，宫室观游之侈也。但存诸心，小失其正，便是人欲。（《学的》）又说：
耳目口鼻四肢之欲，虽人所不能无，然多而不节，未有不失其本心者，学者所当深戒也。（《学的》）
晦庵对天理人欲的解释，有一种颇奇特的见解，他拿活心死心去解释。他说：
心要活，活是生活之活，对着死说。活是天理，死是人欲，周流无穷，活便能如此。（《语类》）
有人问，程子所说的“要息思虑，便是不息思虑”，怎讲？晦庵说：
思虑息不得，只敬，便都没了。（《语类》）
晦庵认为只有敬之一字，可以做到一切的功夫。当然存天理去人欲的功夫，也不能离开一个敬字。他说：
敬则欲寡而理明，寡之又寡，以至于无，则静虚动直，而圣可学矣。（《学的》）
晦庵希望我们以敬的功夫，做到欲寡理明的地步，做到“寡之又寡，以至于无”的地步，这便是他所认为“圣可学”的功夫。
关于晦庵思想的体系，略如上述。现在择要加以批判。
三、晦庵思想的批判
晦庵的思想是融合儒、道、释三家思想而成的，又为周、张、二程诸人思想之集大成者，在中国思想界确实是个有数的人物。儒家思想在中国社会上已经占了很长久的历史，可是自晦庵产生以后，儒家的地位更特别地增高。教育家的孔子，到了晦庵手里，就变成宗教家的孔子了；伦理学家的孔子，到了晦庵手里，就变成玄学家的孔子了。他所集注的《论语》、《孟子》、《中庸》、《大学》，成为儒家的圣经；他所讲的格物、致知、居敬、穷理，成为士林的圭臬。这些，都可以看到他在中国社会上影响之大。毋怪他的思想，在中国学术界笼罩了有六七百年之久。平心地说，他一生做学问的坚苦牢固的精神是可以敬佩的，他所讲的格物，本着程伊川的精神，“今日格一件，明日又格一件”，这对于中国尊重知识尊重考证的学派也是影响很大的。除了这些，我们就只看见他拼一生的心血以加强中国社会的封建意识，以增多无知民众的固定观念，以厚植维护宗法的儒家势力。我们现在且提出他思想中几个要点来批评。
首先，使我们惊诧的，便是他的绝对观念说。我们知道，西洋第一个观念论者柏拉图，他把世界截成两个：一个是观念界，他认为这是真实界；一个是感觉界，他认为这是迷妄界。这两个世界是绝不交通的。这样，他便走上一个无法解释的二无论。不料我们的考亭朱子，正怀着同样的见解。他也把世界截成两个：一个是真实的，一个是迷妄的；而所谓真实的，是一个虚无缥缈的理。他说：“除了这道理是真实法外，见世间万事颠倒迷妄，耽嗜恋着，无一不是戏剧，真不堪着眼也。”柏拉图把世间万事比作“幻影”，朱晦庵便把世间万事比作“戏剧”，是出于同样的看法。无怪晦庵更补充地说：“世间万事，须臾变灭，皆不足置胸中。”把须臾变灭的世间万事抛开，试问所谓真实界的理，如何真实起来？这一著不弄清，那就全般的说教都不免要瓦解。那就晦庵所谓理，任它如何真实，根本与我们不发生关系，正犹柏拉图的观念界与我们不发生关系一样。这是第一点可批评的地方。
其次，是他的理先天地说。在西洋哲学上第二个观念论者便是康德。
他提出一种先验的主张，认客观世界是由悟性之先天的形式，所谓范畴者的制限而成立，即是说先有范畴才有客观世界。不幸我们的考亭朱子，也牢守着这样的立场。他以为“未有天地之先，毕竟是先有此理”。“有此理，便有此天地”。试问未有天地之先，理存于何处？我们只知道“理”是随着世界的产生而产生的，随着世界的发展而发展的。有这样一种存在物，就产生这样一种法则，有那样一种存在物，就产生那样一种法则，法则总是随着存在物而产生而变化的。法则不能离开存在物而有所谓超然的存在。这便是存在决定思维，思维不能决定存在。这只有主观的观念论者，会离开存在物而相信有法则，离开感觉而相信有理性。法则离开了存在物，理性离开了感觉，那就会成为一种虚无缥缈的东西。如果讲到真理，那就会拿自己的意见当作真理，或则武断着世间只有一个真理。晦庵说：“人只有一个公私，天下只有一个邪正。”这是他的明明白白的主观的观念论之暴露。晦庵以为离开了天地会有理，和康德认为离开了客观世界会有范畴，不是一样的看法么？康德的看法是认客观世界根本是由范畴造成的；而晦庵也明白地说：“有此理，便有此天地。”不是认“此天地”根本是由“此理”造成的吗？这完全是主观的观念论一派的见解，和真正的客观的真理是距离得很远很远的。
再次，我们要批评他的天理人欲说。他的天理人欲说，是从他的绝对观念说而来。在他的绝对观念说里面，把世界截成真实界和迷妄界，因此在他的修养法里面，就有天理人欲说。他主张天理宜存，人欲宜去，但人欲如何可去呢？他说：“敬则欲寡而理明，寡之又寡，以至于无。”试问人类可以无欲么？世间上有没有“无欲”的人类？这都是由于晦庵看“耽嗜恋着，无一不是戏剧”。不然，欲望在人类，正是一种生机，“饮食男女，人之大欲”，如何可去，如何可无？晦庵把世界截成两段，当然从他的玄学演绎到他的伦理学，不能不得出这样一种结论。
最后，我们要批评他的读书的态度。晦庵认“读便是学，学便是读”，关于这点，清代学者如颜习斋一流人曾加以批难，后当论及。我此刻所要说的，是晦庵认“读书一事，尚可以为慑服身心之助”。他以为古人设教，自洒扫应对进退之节，礼乐射御书数之文，必皆使之抑心下气。现在这些礼节都没有了，只有拿读书来替代。晦庵主敬，正与这种态度相同。他说：“古者小学已自暗养成了，到长来已有圣贤坯模……如今全失了小学功夫，只得教人且把敬为主。”无论主敬也好，读书也好，他的根本意思是在“销磨飞扬倔强之气”。自经晦庵这番的说明，于是后来的统治阶级，尤其是满清，遂专用这种态度，提倡读书，以销磨被统治阶级的飞扬倔强之气。晦庵对于读书，既抱着这样的一种态度，毋怪他对科举毫不加非难。并且说：“非是科举累人，自是人累科举。”用慑服身心，销磨志气的态度，提倡读书，只是表现一个御用学者的可悯的心境。
自晦庵以后，反对晦庵的很多，我们现在单提出反对而颇具力量的三个人：一是王阳明，他根据他的极端唯心论去反对；二是颜习斋，他根据他的实践的精神去反对；三是戴东原，他根据他的理欲一元论去反对。现在依次略加说明。
王阳明是一个极端的观念论者，他觉得朱晦庵的观念论还不够数，因为晦庵虽主张心理合一，但他还认事事物物，各有一理，阳明便直截了当地主张“求理于心”。这样，便一切的一切无往而非观念了。阳明在答顾东桥的书中，批评晦庵颇严厉。书云：
夫物理不外于吾心，外吾心而求物理，无物理矣。遗物理而求吾心，吾心又何物耶？心之体，性也，性即理也。故有孝亲之心，即有孝之理，无孝亲之心，即无孝之理矣；有忠君之心，即有忠之理，无忠君之心，即无忠之理矣。理岂外于吾心耶？晦庵谓人之所以为学者，心与理而已。心虽主乎一身，而实管乎天下之理；理虽散在万事，而实不外乎一人之心。是其一分一合之间，而未免已启学者心理为二之弊。此后世所以有“专求本心，遂遗物理”之患，正由不知心即理耳。夫外心以求物理，是以有暗而不达之处；此告子义外之说，孟子所以谓之不知义也。心一而已，以其全体恻怛而言谓之仁，以其得宜而言谓之义，以其条理而言谓之理；不可外心以求仁，不可外心以求义，独可外心以求理乎？外心以求理，此知、行之所以二也。求理于吾心，此圣门知行合一之教，吾子又何疑乎！（《传习录（中）》）王阳明的观念论，可谓登峰造极，可是还没有达到荒谬的态度，像下面的话，就荒谬极了。
先生游南镇，一友指岩中花树问日：“天下无心外之物，如此花树，在深山中自开自落，于我心亦何相关？”先生日：“你未看此花时，此花与汝心同归于寂；你来看此花时，则此花颜色一时明白起来，便知此花不在你的心外。”（《传习录（下）》）英国有一个极端的观念论者巴克莱，他这样观察世界。他说：“凡存在的都是被感觉的。”意思是说，凡不感觉的都是不存在的。有人问他：
“你不曾出生时那些旧的东西，为什么会存在？”他说：“这是由于先辈有人去感觉它。”又问：“异地的东西为什么会存在？”他说：“这有异地的人去感觉它。”西方有个巴克莱，东方便有个王阳明，都陷入唯我论，真可谓无独有偶。用这样的观点去批评朱晦庵，朱晦庵是不接受的。
其次讲颜习斋，颜习斋的见解便高明多了。习斋处处看重实用，他便用实用的观点批评晦庵。晦庵说：“古人只去心上理会……今人只去事上理会。”习斋便从这点下攻击。习斋说：
见理已明，而不能处事者，多矣。有宋诸先生，便谓还是见理不明，只教人明理。孔子则只教人习事。迨见理于事，则已彻上彻下矣。此孔子之学与程、朱之学所由分也。（《颜氏学记》）“见理于事”和“求理于心”，是两种刚刚相反的见解。这么一来，晦庵便站不住了。还有，关于读书问题，习斋也对晦庵攻击最力。晦庵说：
“书只贵读，读多自然晓……尝思之，读便是学……学便是读……若读得熟而又思得精，自然心与理一，永远不忘。”习斋以为这种读书法也不对。
他主张“读之以为学”，而反对晦庵“读便是学”的看法。习斋说：
周公之法，春秋教以礼乐，冬夏教以诗书，岂可不读书？但古人是读之以为学，如读琴谱以学琴，读礼经以学礼。博学之，是学六府、六德、六行、六艺之事也。专以多读书为博学，是第一义已误。
又何暇计问思辨行也！（《颜氏学记》）
又说：
元为此惧，著《存学编》，申明尧、舜、周、孔三事、六府、六德、六行、六艺之道。明道不在章句，学不在诵读，期如孔门博文约礼，实学实习实用之天下。（《颜氏学记》）
可见习斋的话是处处针对晦庵而发的。不过习斋所谓学，还是以学尧、舜、周、孔之道为主，其维护封建的思想，是和晦庵一致的。
戴东原的哲学，则为针对宋代一般学者的思想而发，其对晦庵攻击之处，更为鞭辟近里。晦庵主张存天理、去人欲，东原则明目张胆地认天理和人欲并非两事，因而揭起理欲一元论的旗帜。东原说：
欲者，血气之自然，其好是懿德也，心知之自然。（《疏证（上）》）
圣人顺其血气之欲，则为相生养之道。（《疏证（上）》）又说：
有血气则有心知，有心知则学以进于神明，一本然也。（《疏证（上）》）
东原认血气是就欲的方面而言，心知是就理的方面而言，都是属于一种自然的状态。但是必定要先有血气之欲，然后才能有心知之理。“有血气则有心知”一语，是东原理欲一元论的中心思想。在晦庵一方面，则主张“未有天地之先，毕竟是先有此理”，“万理具于一心”。无怪东原对于晦庵所说的“理”，要力加攻击了。东原首先告诉我们：欲不可无。他说：
孟子言：“养心莫善于寡欲。”明乎欲不可无也，寡之而已。（《疏证（上）》）
天理者，节其欲而不穷人欲也。是故欲不可穷，非不可有。（《疏证（上）》）
又说：
欲其物，理其则也。（《疏证（上）》）
晦庵却说：“欲寡理明，寡之又寡，以至于无。”明明是“无欲”的主张了。这点也是东原所攻击的。其次，东原告诉我们理在事中。他说：
物者，事也。语其事不出乎日用饮食而已矣。舍是而言理，非古贤圣所谓理也。（《疏证（上）》）
又说：
是故就事物言，非事物之外别有理义也。有物必有则，以其则正其物，如是而已矣。就人心言，非别有理以予之而具于心也。心之神明于事物，成足以知其不易之则。譬有光皆能照，而中理者，乃其光盛，其照不谬也。（《疏证（上）》）
再次，东原告诉我们：不可视理如有物。他说：
举凡天地人物事为，求其必然不可易，理至明显也。从而尊大之，不徒日天地人物事为之理，而转其语日理无不在，视之如有物焉，将使学者皓首茫然，求其物不得。（《疏证（上）》）晦庵的主张，明明是“欲不可有”，“求理于心”，“视理如有物”，那么，他所谓理者，仅不过是一种意见。若以意见为理，流弊所及，将有不堪设想之处。所以东原对晦庵便下了这样的警告：
自宋以来，始相习成俗，则以理为如有物焉，得于天而具于心，因以心之意见当之也。于是负其气，挟其势位，加以口给者理伸，力弱气慑口不能道辞者理屈。呜呼，其孰谓以此制事以此制人之非理哉？（《疏证（上）》）
人莫患乎蔽而自智，任其意见，执之为理义。吾惧求理义者以意见当之，孰知民受其祸之所终极也哉？（《疏证（上）》）又说：
人死于法，犹有怜之者，死于理，其谁怜之！（《疏证（上）》）东原对晦庵的攻击，可谓达到百尺竿头，但所持的理由，却是很正确的。在封建社会统治阶级的淫威之下，“死于理”的确实要比“死于法”的更可怜。这是东原的识解过人之处。
总之，晦庵谈理，建立一种理学，结果，对于封建社会统治阶级的效用大，而对于被统治阶级的帮助却是极微极微，宜乎在中国现代社会也成为一般人攻击的目标。