因此，张勋失败后，孙中山等人除了抨击张勋之外，还严厉谴责了段祺瑞和冯国璋。孙中山认为，段祺瑞根本就是想要通过煽动北洋督军闹“独立”，从而扩张自己的地盘；而冯国璋则“佯守中立，阴与周旋，兼为从中游说，迫胁元首，申请解散国会，实属通同谋叛”。由此可见，至少在张勋复辟这件事情上，冯国璋确实是机关算尽了的。
代理大憩统
张勋复辟失败之后，中国政局又面临着重新选出领导人的问题。这一次，冯国璋顺利地当上了代理大总统。这究竟是怎么一回事呢？让我们回到历史中去看一下。
我们都知道，张勋在宣布复辟之前，先是把国会解散了，然后成功地发动了复辟。紧接着，他就派了清王朝著名遗老之一的梁鼎芬，到黎元洪府上软硬兼施地要黎元洪在所谓“奏请归还大政”奏折上签字。在张勋等复辟派的人看来，清王朝是被北洋政府夺走的政权，现在就应该还政于大清，因此才有了这个举动。但是，对于这样无理的要求，黎元洪自然是予以了严词拒绝。
为了对付张勋，1917年7月2日，也就是张勋发动复辟的第二天，黎元洪在总统府秘书长张国淦的建议下发布了一个委任状，命令冯国璋以副总统的身份代理总统职务。不仅如此，黎元洪还抛开个人乃至党派恩怨，再次任命段祺瑞为国务总理，而且为了尽快办成此事，还让自己的贴身秘书连夜赶到天津，把委任令交给了段祺瑞。很显然，黎元洪的这两个任命状，就是为了敦促段祺瑞和冯国璋早日带兵入京，剿灭张勋的辫子军。
不过，段祺瑞和冯国璋接到委任状之后，却有着不同的态度。我们先来看看段祺瑞这一边。当时，段祺瑞对黎元洪的任命感到有些犹豫。他的手下也有着两种不同的意见：一种意见是不要搭理黎元洪，干脆趁现在局势混乱在天津自理旗帜；另外一种意见是接受黎元洪的任命，这样一来即便以后要图大事，段祺瑞好歹也是一个国务总理，做起事情来名正言顺。经过仔细的考虑，段祺瑞认为第二种意见更好，于是就答应黎元洪出任国务总理一职。
而在冯国璋这一边，当他收到从段祺瑞那里转递过来的黎元洪的委任状之后，几乎没有怎么考虑，就于1917年7月6日在南京宣布就任了代理大总统。随后，冯国璋以代理大总统的名义下令免去了李经羲的职务，同时正式任命段祺瑞为国务总理。就这样，新的一届北洋领导集体形成了。
接下来，就是由段祺瑞组织内阁。实际上，段祺瑞早在这次上台之前，就已经开始悄悄组阁了。只不过，当时有黎元洪以及国民党议员从中作梗，段祺瑞的秘密组阁进展并不顺利。经过张勋的复辟，不仅黎元洪丢掉了总统职位，而且国民党议员占多数的国会也解散了。这样一来，段祺瑞就能够放开手组织新内阁。
在组织新内阁的时候，由于考虑到研究系的政客曾经在对付国民党议员和黎元洪的斗争之中起了大作用，因此这次组阁段祺瑞就任命了不少研究系的政客做阁僚。但是，就在段祺瑞即将公布内阁成员名单之前，却遭到了来自部下的反对。这又是怎么一回事呢？
原来，段祺瑞的心腹大将徐树铮认为，这一次组阁不能过于“偏重党会”，也就是不要让内阁之中有过多的政党集团的人物。徐树铮担心的是，一旦在内阁之中出现党派之争，那就不利于整个内阁的协调和统一，就会影响到政局的稳定。正是基于这个考虑，徐树铮才反对梁启超、汤化龙和林长民等研究系的政客加入内阁。
但是，段祺瑞却并不能完全接受徐树铮的意见。在段祺瑞看来，自己与梁启超以及汤化龙等人交情不浅，以前这些研究系的政客曾给予自己不少帮助，而且他们在当时的名气都很大，找他们来组成内阁并不是一件坏事。因此，段祺瑞并没有听取徐树铮的意见。
可是，徐树铮依旧不死心，随后他就向冯国璋发去了一封电报，内容基本上都是抨击研究系政客的，尤其是指责梁启超。但是，大家都知道，冯国璋跟梁启超的交情同样十分深厚。何况，在政治头脑上，冯国璋一向最佩服的就是梁启超。因此，对于徐树铮的电报他根本就没有搭理。
不仅如此，为了梁启超等人能早日进入内阁，冯国璋还向段祺瑞发去指示，让他按照原来的意思办，尽快组成内阁。接到冯国璋的指示之后，7月14日，段祺瑞来到了北京。第二天，也就是7月15日，就以代理总统冯国璋的名义任命汪大燮为外交总长、刘冠雄为海军总长。
三天之后，7月18日，段祺瑞又任命了五位总长，他们分别是内务总长汤化龙、财政总长梁启超、司法总长林长民、农商总长张国淦以及交通总长曹汝霖。就这样，由冯国璋担任代理大总统、段祺瑞担任国务总理的新一届北洋政府成立了！
新政府诞生了，但是代理大总统的冯国璋此时却在犹豫，自己是否离开南京，北上就任。冯国璋不去北京的理由是很明显的，也就是不能离开江苏这块根据地，毕竟冯国璋是江宁霸主，他的基业都在江苏一带。
实际上，在冯国璋集团内部，也对他是否应该北上就任总统意见不一。
当时，就连冯国璋的夫人周砥以及他的女婿陈之骥都认为冯国璋不应该离开南京北上，因为这意味着离开了自己的老巢，没有了军队的庇佑，冯国璋坐上了空头总统的位置也没用。但是，冯国璋的参谋长师景云却认为，此时的北洋中央政府正是群龙无首的时候，因此冯国璋应该趁机扩大地盘，把自己的势力伸展到北京去。
有意思的是，就在冯国璋为是否北上伤脑筋的时候，段祺瑞这一边也在考虑这个问题，而且同样在其内部形成了不同的意见。其中的一种意见是，段祺瑞应该趁冯国璋还没有北上就任，自行代摄总统一职。这种意见的代表是徐树铮和丁仕源。但是，徐树铮等人在提出这个意见的时候，又担心冯国璋不好惹，因为他手握重兵，而且是法定意义上的代理大总统。一旦段祺瑞自行代摄总统一职，就无异于造反。
另外一种意见则以张国淦和张志潭为代表，他们认为按照宪法的规定，只有在大总统因为各种事故而无法行使职权的时候，才能够由副总统代理。
可是，现在黎元洪虽然因为张勋复辟而躲在东交民巷避难，但是却并不意味着他不能行使职权。不仅如此，即便是黎元洪此时真的无法行使职权了，那么也应该由副总统冯国璋代理。换句话说，不管怎样，都轮不到国务总理段祺瑞自行代摄总统一职。也就是说，段祺瑞代摄总统一职，其实是于情于法都不符合的。
事实上，对于这两种意见，段祺瑞本人更加倾向于第二种，他自己也觉得代摄总统这种做法不可取。虽然此时的段祺瑞也很想这样干，但是却不能这样干。不过，让段祺瑞感到犹豫的是，假如自己不这样干，一旦黎元洪抓住机会复职的话，将来肯定又会成为自己的死对头。因此，在冯国璋犹豫着是否北上就任代理大总统的时候，段祺瑞一时之间也拿不定主意。
也就在这个关键时候，直系军阀的几位大将，包括李纯和曹锟等人纷纷向全国发出了通电，表示坚决拥护冯国璋北上就任代理大总统。这一招可以说是先下手为强。看到这样的局面，本来就不敢自行代摄总统的段祺瑞，就更加担心总统职位一直悬而不决会影响到自己的总理职位，因此当即表示欢迎冯国璋北上。
不仅如此，为了表示自己的诚意，他还派出了以靳云鹏为代表的一行人，到南京去敦请冯国璋北上。在这个时候，黎元洪又于7月14日离开东交民巷，并宣布自己辞去总统一职。这样一来，由副总统冯国璋继任为中华民国的大总统，就是理所应当的事情了。
然而，此时的冯国璋又打听到徐树铮和丁仕源等人，正在北京劝段祺瑞自行代摄总统一职，因此最开始他对段祺瑞派来邀请他北上的代表一概不予接见，这很明显是在给段祺瑞下马威。但是，很快段祺瑞就拿定主意，一定要把冯国璋请到北京来当总统，自己则当国务总理。
这一次，段祺瑞就派来了靳云鹏到南京当说客。靳云鹏见到冯国璋之后，向他表示段祺瑞组成新内阁，一定会服从冯国璋。靳云鹏还说，只有冯国璋和段祺瑞好好合作，“二人同心，其利断金”，就一定可以开创出一个良好的政治局面。看到段祺瑞如此真诚，加上靳云鹏一番肺腑之言，冯国璋最终决定北上就任总统。
不过，很显然，冯国璋不能就这样离开南京。毕竟，江苏是他的老巢，冯国璋的全部实力都在这里，哪能轻易放弃呢？因此，在离开南京之前，冯国璋通过靳云鹏等人向段祺瑞提出了如下的一些交换条件：首先，他去了北京，江苏督军一职就空下来了，因此必须由江西督军李纯来接替。而李纯来当了江苏督军，那江西督军一职又空下来了。冯国璋认为，必须由第十二师师长陈光远担任江西督军一职。其次，这次去北京，冯国璋还提出必须让长期跟随自己的第十五师和第十六师当总统卫戍部队。
面对冯国璋的如此条件，段祺瑞心中自然是十分不情愿的。本来，在派人去迎接冯国璋北上的时候，段祺瑞就打好了主意，让自己的心腹大将段芝贵接替冯国璋北上之后空下来的江苏督军职位。这一下，却被冯国璋抢了先机。无可奈何之下，为了先稳住大局，段祺瑞只好答应了冯国璋的几个交换条件。
尽管如此，段祺瑞还是不甘心好处都让冯国璋占了。因此，段祺瑞向冯国璋提出了如下条件作为交换：首先，让冯国璋任命良佐为湖南督军，段芝贵为京畿警备总司令，吴光新为长江上游总司令兼四川查办使。尤其是段芝贵的京畿警备总司令一职，基本上就是段祺瑞安放在冯国璋身边的一颗定时炸弹。
要知道，这个职位就是专门负责北京的政治秩序安全的。没有什么事情的时候，这支部队当然要维持京城秩序，但是一旦冯国璋和段祺瑞出现矛盾，那么这支部队就可以迅速对付冯国璋。对于这一点，冯国璋自然很清楚，但是他心想，自己反正也有两个师的兵力保卫安全，可以不用那么担心。因此，他很快就答应了段祺瑞的条件。
就这样，在一番协商之后，1917年7月29日，冯国璋发布了一个全国通电，其中说道：“（黎元洪）坚持引退，长此濡滞，则政令多歧，人心不定，决定亲自去北京劝黎元洪复职，使国璋卸去代理职权，不胜大幸。”
大家请注意，在这个通电里，冯国璋只是表示自己是去北京劝黎元洪复职，从而能让自己卸去代理大总统的职务，并没有说自己是去就任。很明显，这只是一个谦虚之词。
到了7月31日这天，冯国璋就率领十六师师部及随从人员参谋长师景云、军务处长熊炳奇和军需总监张燮元等人，离开南京北上了。也就在临走之前，冯国璋依旧不放心自己的根据地。于是，他特意嘱咐新任江苏督军的李纯，以及南京交涉署交涉员温世珍，要经常与英国驻南京领事以及西南桂、滇等省保持密切的联系。
1917年8月1日，冯国璋一行人来到了北京。这一次，他是真的离开了自己的根据地江苏了。来到北京的当天上午，冯国璋就赶到了东厂胡同，在那里他拜访了专门从避居的法国医院赶回来的黎元洪。很显然，冯国璋这是来履行自己在通电中做的承诺来了。
果然，见面寒暄了一番之后，冯国璋就像走形式一样，虚情假意地劝黎元洪复职。对于冯国璋的真实用意，黎元洪自然心中十分明白，他当即就表示了拒绝。看到黎元洪拒绝了自己的请求，冯国璋又说了几句闲话就离开了。
到了8月4日这天，冯国璋向全国通电，宣布自己正式就任代理大总统的职位。就这样，一个以冯国璋为总统、段祺瑞为国务总理的北洋政府建立了起来。