然而，让袁世凯和冯国璋都没有想到的是，就在冯国璋、张勋的部队紧锣密鼓地按照计划进军的时候，南京城内就接连发生了好几次从独立到取消独立再到独立的循环变动。稍微熟悉这件事情的人都会觉得，政治真是一件可笑而又十分无奈的事情。那么，这究竟是怎么一回事呢？
我们知道，当时在南京坐镇的，是宣布了江苏独立的国民党元老黄兴。
然而，当冯国璋的大军攻取了临淮之后，黄兴意识到，南京基本上是保不住了。因此，两天之后，也就是7月28日的晚上，黄兴就悄悄离开了南京城。
这样一来，南京的大权就落在了代理江苏民政长蔡寅的手中。当时，冯国璋的女婿、时任北洋军第八师师长的陈之骥，跟蔡寅关系很好。于是，他们两人就在黄兴离开南京之后，宣布取消了南京的独立。
随后，蔡寅和陈之骥便向袁世凯发了一封电报，并请袁世凯批准原任江苏都督程德全回南京任职。收到蔡寅和陈之骥的电报之后，袁世凯自然十分高兴，于是他很快就批准了这个请求。
然而，虽然军界和政界都一再邀请程德全回南京主持大局，但是此时的程德全却对政治有了厌恶之情，根本就不愿意出山主政。这样一来，南京就只好由蔡寅和陈之骥两人暂为管理。
现在看起来，假如就在这个时候，冯国璋或者张勋两支部队中的任何一支进入了南京城，便不会发生后面的再次取消独立事件了。然而，让人觉得十分匪夷所思的是，冯国璋的先锋部队一直到8月11日才抵达南京城外的浦口，而张勋的部队更离谱，居然到了8月12日才抵达南京郊外的龙潭镇。可是，就在他们两人的军队缓慢开进到南京近郊那段时间里，南京已经再次宣布了独立。那么，这是怎么一回事呢？
本来，黄兴离开之后，驻守在南京的那些所谓“叛军”都已经毫无反抗之心了，他们此时想的，就是冯国璋和张勋的部队早日进城对他们进行整编。
但是，在这些军队之中，却有一部分下级军官和士兵，对于蔡寅和陈之骥突然取消独立感到不满意。
在他们心中，黄兴离开时并没有宣布取消南京独立，为什么此时又要取消呢？这不是让自己的军队显得反复无常，毫无军威吗？况且，这些下层军官和士兵，不知道从哪里听来了一个消息，就是冯国璋等人接管南京之后，将会遣散乃至处置那些曾经参与讨伐袁世凯的官兵。
因此，在多种因素的共同作用下，这帮军官和士兵便在军队中散布一些不利消息，一时之间，关于袁世凯和冯国璋的谣言满天飞，南京城内充满了一股恐怖和紧张的气氛。后来，官兵们的情绪越来越愤慨，他们纷纷组织集会，以壮声势，都表示愿意拼死保卫南京独立。
也就在这个危急的时刻，原本在苏北组织讨袁运动的革命党人何海鸣与韩恢听说了黄兴离开南京，南京也已经宣布取消独立的消息。为了保存“革命”据点，他们两人连夜带着军队回到了南京城。
可以想见，就在南京城内官兵们情绪愤慨之极的时候，何海鸣与韩恢率军来到，将会造成什么样的影响。当时，韩恢与驻守在南京的第一师官兵关系亲密。于是，何海鸣与韩恢便通过与第一师联系，进而获取了南京驻军的信任和支持。
一切准备停当之后，8月8日，在何海鸣的率领下，一百余人攻占了都督府，宣布南京“恢复独立”。何海鸣自任江苏讨袁军临时总司令，同时，为了收买人心，他还让陈之骥当江苏省都督。可是，陈之骥又怎么会答应呢！
听见何海鸣等人再次宣布南京独立的消息后，陈之骥连忙调遣军队，将何海鸣暗中劫持到了第八师的司令部，并且再次宣布取消南京独立。
尽管如此，南京城内依旧是火药味很浓，战争可以说是一触即发。陈之骥也深知，别说是自己的第八师实力赶不上第一师以及何海鸣等人的军队，就算是赶得上，在第八师内部同样也存在着希望南京独立的官兵，而且数量还不在少数。换句话说，陈之骥此时最担心的，还是军队是否会发生哗变。
正是由于这个原因，陈之骥才找到了驻南京的英国领事。在英国领事的帮助下，陈之骥于10日悄悄渡过长江，赶到了当时还在滁州的岳父冯国璋的军营。他的意思很明显，就是想要让岳父尽快进攻并拿下南京，以免日久生乱。
当时，陈之骥认为，就算自己的军队发生变乱，也不会在这几天，应该还会有些日子。然而，这一次，他错了。他刚一走，第八师的29团便冲进了司令部，救走了何海鸣。何海鸣获救后，与韩恢一起率领所有叛军占领了南京城，并于11日下午再次宣布南京独立。
当冯国璋的军队于11日来到浦口时，南京已经落人敌手了。无可奈何之下，冯国璋只好安排女婿陈之骥乘船逃到了日本避难。
同样的，张勋这一方面也遇到了不小的难题。当他率领部队按照原定计划攻取镇江之后，原本就水火不相容的两支镇江地方军扬州军和镇江军，发生了严重的武装冲突。
没有办法，张勋必须先稳定地方局势，只好用武力平息了两支军队的争斗。也正是由于这个原因，张勋的部队甚至比冯国璋的军队都来得还要晚一些。而此时的南京，已经第三次宣布独立，城内的守军已经做好迎战北洋军的准备了，可以说是以逸待劳。
事已至此，说什么都没有用了，只能尽快将南京城攻下来。不过，张勋却想要抢头功。因此，8月14日，在没有与冯国璋协商的情况下，张勋便命令自己的部队以及江苏的第四师向紫金山和天保城发动突然袭击。
一开始，突袭取得了成功，张勋部队一度占领了天保城和紫金山。然而，第八师却很快就组织了反攻，趁张勋部队刚刚占领天保城，还没有来得及巩固城防的时候，便一战而夺回了该城。随后，第八师又利用有利地形，在天保城的城墙上架炮猛轰紫金山。在敌人强大的炮火攻击下，张勋只好率部从紫金山撤离。
就在张勋部队发动突袭取得胜利，随后又很快失败这段时间里，冯国璋却没有采取行动的意思。他明白，张勋是想抢头功。
事实上，在张勋部队占领天保城和紫金山之后，冯国璋本来也想于16日渡过长江，向南京发起进攻。不过，实战经验丰富的冯国璋，很快就意识到张勋的这次胜利只是一个侥幸，一旦敌人从被突袭的失败之中清醒过来并组织反扑的话，张勋必然遭到惨败。后来的结果，证明了冯国璋的判断是正确的。实际上，冯国璋就算此时渡江，也将会遭到讨袁军的炮轰。
张勋吃了一次大亏之后，心中自然不甘心。于是，他又发动了第二次突袭，并再次拿下天保城和紫金山。谁知，此时士气正高涨的讨袁军，很快就派出第八师的主力29团再次夺回了天保城、紫金山。
张勋见无法从这两处突破，就改变了一下进攻方向，选在了19日猛攻南京城东面的几个门，并第三次拿下了天保城，进而将作战前线推进到洪武门。
然而，天保城依旧防守不牢，以至于20日讨袁军曾经一度把它夺了回去。张勋部队几乎是付出了惨重的代价，才重新占据了这个可以说得上是南京城屏障的据点。21日，讨袁军向天保城发起了近乎疯狂的进攻，然而三次进攻下来都无法夺回该城。自此，南京城的屏障失守了，不过张勋部队也付出了十分惨痛的代价。
就在张勋和讨袁军来回反复争夺天保城的时候，冯国璋则一直在长江对岸隔江相望。他心想，你张勋不是要抢头功吗，那天保城这块最难啃的骨头就让你去啃吧。一直到张勋部队最终牢牢控制住了天保城，冯国璋才下令自己的部队开始渡江作战。由于之前江边的守军都被调去进攻天保城了，因此冯国璋部队渡江十分顺利。部队全部过江后，冯国璋随即命令张宗昌率领江苏第三师进攻神策门，并配合施从滨率领的陆军第五师进攻太平门。
十分有趣的是，冯国璋虽然下达了作战命令，但是却并不让这两支部队那么急于进攻。他像是在等待什么似的，显得不紧不慢，以至于就连袁世凯也开始为他着急起来。
袁世凯担心，万一南京迟迟拿不下来，就绝对会影响到全国的大局。因此，袁世凯向冯国璋接连发去了好几次电报，催促他尽快进攻。可是，冯国璋本人却还是那么不紧不慢的，他甚至向部队说：“早迟必定成功，无须太为着急。”
有人曾经如此解释冯国璋此举，认为他其实是在让张勋当自己的马前卒。
不管怎样，跟冯国璋的不紧不慢比起来，张勋真的是十分急于拿下南京的。
当张勋听到袁世凯的电报内容之后，更是想要抢到头功。因此，他便命令自己的部队全力进攻。
在张勋部队的猛力攻击下，南京的朝阳门于26日失陷了。欣喜若狂的张勋马上向北京方面发去喜报，同时命令骑兵部队先行入城。谁知，骑兵部队刚进城门，就被埋伏在城中坑道里的讨袁军一顿狠揍，骑兵部队几乎全军覆灭。
张勋吃了这个大亏，也就不敢再像以前那么鲁莽进攻了。而冯国璋听到这个消息后，他就像早就预料到了一样，表情十分轻松。随后，冯国璋命令自己的部队严守在南京城外各主要关隘，没有他本人的军令不得擅自行动。
实际上，冯国璋的上述看似反常的举动，背后都有着高超的军事智慧和全局考量。当时，在南京周围，尤其是在芜湖的讨袁军，实力还很强大。也就是说，就算冯国璋和张勋顺利拿下了南京城，一旦南京城中溃逃的讨袁军和芜湖等地的讨袁军会师，那么北洋军很有可能陷入被包围的境地。这就是兵法上讲的险地不宜轻进的道理。对于这个道理，深通兵法的冯国璋自然是十分熟悉的。
而眼前的南京城，就是一处险地，他又怎么会像张勋那样冒失进攻呢？
果然，等到8月28日芜湖的讨袁军被击败之后，南京城已经陷入了孤立无援的境地，冯国璋便果断地下达了进攻命令。而张勋见到冯国璋开始行动了，也顾不得上一次的失败，再次全力猛攻南京城。
此时困守在南京城内的讨袁军，已经知道了自己的处境，士气顿时下降。
张勋部队乘敌人防备不及的空当，用火雷炸开了从太平门到朝阳门之间的一段城墙，北洋军战士像潮水一样涌进了南京城。随后，冯国璋的部队也从太平门、神策门和通济门杀人。
南京的讨袁军哪里抵挡得住北洋军的进攻，只能节节败退，除了少数官兵在巷战中牺牲之外，绝大多数退守到雨花台的官兵，都被从下关和狮子山杀人的北洋军消灭。随后，冯国璋一把火，烧光了下关繁荣的商业区。而张勋部队更是烧杀淫掠，无恶不作。
南京城的陷落，标志着二次革命的彻底失败。
称雄半壁江山
南京城陷落之后，冯国璋面临着一个选择，究竟是按照袁世凯的意图留在南京当江苏都督，还是回到天津继续当自己的直隶总督。
才进入南京城的时候，虽然冯国璋也曾经命令部队火烧下关，但是无论如何，作为一个读过圣贤书的高级将领，冯国璋都不会像张勋那样，在南京城里烧杀淫掠，犯下滔天罪行。
据说，在冯国璋出面干涉之前，张勋部队已经把南京城抢劫一空，“虽家具什物，亦搬运全尽，各等人民体无完衣。”也就是说，张勋手下的官兵，竟然连南京百姓的衣物都要抢，这真是令人不耻的罪行。因此，当得知张勋部队的恶行之后，冯国璋立即出面加以制止。
他先是好言规劝张勋，让他替天下苍生着想，可是品行恶劣的张勋哪里听得进去这些忠言，依然我行我素。无可奈何之下，冯国璋下令逮捕了在街上抢劫的数百个张勋部队的官兵。
张勋闻讯后，立即带领部队赶来要人。一时之间，双方在南京街头上演了一幕持枪对峙的好戏。
冯国璋和张勋部队起了内讧，最担心的人自然是袁世凯。袁世凯的目的，就是为了让冯国璋和张勋一起平定南方各省的叛乱。可是，现在这两人竟然自己人打了起来，这无疑是一个不利于全局的坏消息。因此，袁世凯很快就向冯国璋和张勋分别发去了电报进行规劝，同时他还嘱托时任中华民国海军司令的刘冠雄到南京进行调停。
在袁世凯的努力斡旋下，冯国璋和张勋才最终言归于好，张勋也下令部队不再干出各种恶行。然而，惨剧已经酿成了，此时停手不干，又有什么作用呢？
不过，冯国璋和张勋之间的另外一个问题却并不容易解决，这个问题就是究竟应该由谁来担任江苏省的都督。实际上，在这个问题上感到为难的是冯国璋。相比较起来，张勋在这个问题上显得理直气壮得多。这是怎么一回事呢？
原来，就在从北京出发南下的时候，冯国璋和张勋就定下了一个“君子协定”：谁先攻进南京，将来就由谁担任江苏省的都督，也就是“先入城者为督”。因此，在攻打南京城的时候，张勋为了抢得头功，发了疯似的进攻，就算多次失败、伤亡惨重也在所不惜。
可是，就像上文说到的那样，冯国璋却从全局的观念出发，为了保存实力，表现得并不十分积极。让人觉得好奇的是，冯国璋甚至还在张勋部队攻人南京城那天，突然得了重感冒，体力不支到无法与张勋“一同入城”。很自然，这是冯国璋在有意让张勋抢得头功。这样一来，按照事前的约定，就应该由张勋担任江苏省的都督了。
然而，在南下进军之前，袁世凯就已经有意无意地暗示过冯国璋，只要顺利拿下南京城，就让他代表北洋军坐镇南京，防止南方各省以国民党为首的各种反叛势力再次作乱。
于是，冯国璋便面临了一个困难的选择：到底当不当这个江苏省都督？
想来想去，冯国璋最终决定还是遵守先前跟张勋的约定，由张勋担任江苏省都督。随后，他便向袁世凯保举了张勋。