2005年以来，广东、江苏、湖北等省陆续出台了集体建设用地使用权流转的管理办法。以广东省为例，集体建设用地使用权可以通过出让、出租、转让、转租和抵押，包括农村的经营性用地都可通过市场流转。第一，集体建设用地使用权同国有土地一样可以出让、出租、转让、转租、抵押、作价入股后，土地的价格不再取决于其“身份”，而是取决于其所处的地理位置。除集体土地使用权不能进行房地产开发外，其它用途的土地，均有评估机构按相同方法进行评估，相同位置的集体土地和国有土地，地价完全相同。第二，集体建设用地使用权在转让过程中，是采取出让、出租、还是作价入股等形式完全是由农民自己决定，必须由三分之二以上的本集体经济组织成员或者村民代表同意后方可实施，使农民的土地所有权真正得到了体现。国家依法对集体建设用地实行征收或者征用的，必须经过本集体经济组织成员的村民会议2/3以上成员或者2/3以上村民代表同意，即必须征求村民的同意后才能报批，保障了村民的知情权和参与权。第三，农民集体可合法地与工业企业等谈判，可自主地出让、出租集体建设用地，有利于形成农村集体土地使用权的市场价格，为政府制定征地补偿标准提供参照系。第四，集体建设用地使用权流转所取得的收益将纳入农村集体财产统一管理，其中50%以上应当专款专户用于农民的社会保障安排，不得挪用，为农民利益提供了一个保护底线。这一制度变迁归因于沿海发达地区经济发展的需要，初衷是为了给城市和工业发展提供更多建设用地，以缓解建设用地指标的紧缺，因为农地直接入市是有利于降低工业化成本的，农民直接与工业企业谈判，价格可能比政府征用后再出让更低。但在客观上，这项制度安排给予了集体建设用地一定的平等待遇，特别是关于集体土地与国有土地同地、同权、同价的原则，应当以全国性法律的形式予以确立。这些试行办法注意兼顾集体、地方政府、农民利益，各方均可从流转中受益，体现了同意一致性的原则，总体上是一个有效率的改进。但其对农村土地用途仍有管制的痕迹，对国家征用权使用范围未作有效的界定，对农民社会保障安排仍未跳出以土地换保障的束缚，还不是一个彻底的资本化流转机制。
国家征地行为实质上是以行政权侵犯财产权，即政府运用行政手段强制占有农民集体土地产权；如果不能根本改变征地制度的基本性质和方式，地方政府侵犯农民权利和权力寻租的现象就无法得到有效遏止。法律应当明确集体土地所有权与国家土地所有权是两个平等的民事权利主体，在交易中享有同等权利。如果两种土地所有权不平等，政府和企业的手便共同伸向农民，圈地运动就不可能得到遏制。农民的土地财产权利就难以摆脱被长期剥夺的命运，农民集体的最大一块财产性收入就不能实现。在市场经济条件下，建设用地管理的核心是实现土地的集约利用和土地收益的合理分配，而不是土地所有权必须由集体转为国有。明确两种土地所有权是平等的民事权利，是与物权法相一致的必然要求，应当作为土地管理法的指导原则之一。农村土地所有权的流转形式，不单单是农村集体之间的流转，也不单单是从农村集体经济组织手中基于征收等原因而流向国家所有，还应当包括，如果国家征收农村集体土地之后，并未能将土地用于公益事业项目，使公益事业目的落空，于一定期限届满后，农村集体经济组织则有权买回曾被征收的土地，重新取得所有权，以杜绝征而不用、多征少用、早征迟用以及擅自改变公益目的而滥用被征土地的现象，从而以权利制约权力（王崇敏、连昌松， 2006）。农地征用意味着农地权利的转移和农地利益的重新分配，现行农地补偿标准未能反映农地产权转移的真实状况。现行的农地征用制度未严格区分征用与征收，加上对农村土地用途的管制，使得政府的征用往往演变为征收，农民集体在征地过程中确实失去了农地所有权，而土地征用的补偿标准以农地使用权转让为理论依据，结果导致农地集体所有权的无偿转让。国家征收集体土地，必须向被征地支付与市场价格相等的所有权价格；国家征用集体土地，必须向被征地支付与市场价格相等的使用权价格，并在公共目的完成后将征用土地归还给农民集体。农村土地的征收和征用，政府只有在涉及“公共利益”的目的时才可以使用。“公共利益”目的用地主要包括公益事业、基础设施建设和生产公共产品的企事业单位以及军事用地等。国家为了公共利益的需要，可以用行政权力征收或征用农民集体土地，但必须征得被征地农民集体的同意。对于商业目的用地可以让农民集体成为市场的真正主体，农村集体土地使用权直接进入建设用地市场，减少政府行政干预的中间环节。农村土地直接入市交易的程序安排，应当包括：（1）地方政府不直接介入农地交易过程，它只是土地购买者与农村集体组织进行土地交易的监督者，交易双方以独立经济身份参与交易，协商农地使用权和所有权的转让价格。（2）农村集体组织必须将协商结果对农民公开，接受相关质询，经过农民集体决议之后的转让价格才具有真实有效性。（3）土地转让费的分配方面，农民直接获得农地承包经营权价格。农地集体所有权的行使主体，代表农民集体意愿对农村集体产权进行管理，索取农地所有权转让的适当补偿；通过对集体财产和集体收益的合理分配，给农民提供就业机会和分红权利，以替代农地的社会保障功能。（4）国家和地方税务部门根据土地交易价格，按照适当比例征收交易税；部分上缴国库作为中央政府财政收入，部分交付地方政府作为公共事务开支。
随着农村社会经济的发展，乡镇企业结构的调整，客观上要求对集体建设用地产权权能进行重新设定，在土地利用规划控制的前提下，允许集体建设用地使用权直接进入市场流转，为实现集体土地和国有土地同等权利，建立统一、规范、有序的城乡一体化的土地市场体系，以实现集体土地资产权利。集体土地和国有土地既然同是公有土地，就应该享受同等的权利。国有土地使用权能进入市场交易，集体土地使用权也可以进入市场交易。物权法规定国家所有或者国家所有由集体使用以及法律规定属于集体所有的自然资源，单位、个人依法可以占有、使用和收益。从集体土地所有权上直接派生出来的集体建设用地使用权可比照国有土地使用权，通过出让、租赁、作价出资或入股等方式取得，可以获得与国有土地具有同等权利的集体土地使用权证。农民集体经集体决定可以转让集体土地所有权，并获得相应的所有权收益，也可以保留集体土地所有权，而让集体土地使用权进入市场流转，农民在使用权流转中获得与其权利相当的收益。用地单位可以在市场上直接购买集体建设土地使用权，依法取得集体建设用地使用权的权利人，在土地使用年期内，可以将集体建设用地使用权转让、出租和抵押。整个土地政策的设计，应该在统一与平等对待城市和农村土地这一总体目标的指导下进行，增强土地权利和土地管理的一致性和整体性，以使土地拥有者的权利更有保障。应该采取稳健的步骤来整合城市和农村的土地市场、土地权利及城乡规划与管理，其中包括减少政府对城市土地一级市场的垄断，并促进形成一个更公平、更合理、更统一的评估财产价值的标准（国务院发展研究中心，2006）。当前我国农村土地补偿费的确定，是以土地近年农作物平均年产值的一定倍数作为补偿价格的计算依据，这种由政府通过法律的方式来进行定价的计算方法，带有浓厚的计划经济色彩，它是在农地用途选择与农地利用的多功能性受到严格限制，农地财富价值被大大低估，农地资产未来增殖收益被完全剥夺的限定条件下形成的农地价格，是一种制度性的偏低土地价格，造成征地价格与市场真实价格差别巨大。从中期来看，以通过集体建设用地所形成的市场价格作为基准，可能更为适当。允许集体建设用地市场存在，就可以基于土地的价值取决于它是否已是集体建设用地的假设，来推导出农地的补偿价值。价格是与用途相联系的，在征用前必须根据规划明确用途以便定价，而不能由政府在征用后确定，征用在建设用地规划内的农村土地应按建设用地的标准给予补偿。集体建设用地通过市场来实现其价值，可以使农村地区的土地实现其最大的使用潜力。就提高土地资源的资本化程度来说，应该恢复农村集体所有的土地资本属性，当前必须加快颁发土地权属证书，根据土地的区位、质量由专门机构进行价值评估，作为集体资产的货币形态在账内核算，国家在一定的法律范围内赋予农民集体对土地资本的运作和增值权利。
农村集体建设用地进入土地产权交易市场，应当在规划控制、用途管制和统一管理的原则下有序进行。要通过集体建设用地供应的总量控制以及土地利用总体规划和城市总体规划，并将集体建设用地供应指标纳入年度供应计划等手段来规范。对于农用地转为建设用地，必须根据土地用途管制原则，依法履行征地申请和审批。健全和完善相关政策，保证集体土地流转程序的公开、公平、公正，体现农民对土地的权利，保障农民合法权益，确保国家土地政策的衔接，以保证改革的顺利进行和农村社会稳定。严禁违反规划用地，疏导地方政府、农民集体修改规划的冲动，有效调节建设用地供求平衡，避免农用地搭车入市、一哄而上以及耕地流失等严重状况。在集体建设用地入市初期，为加强对集体建设用地交易的监管，一些试点地区可以考虑设立专门的农村集体建设用地市场，适当时机再与国有土地使用权市场合并或实行一体化管理。集体建设用地入市后，农民集体的土地出让金等收入将显著增加。据佛山南海区有关部门统计，集体土地出租、入股的收入相当部分用于发展集体经济和公共福利，每个村沉淀的资金达上千万元，全区农村沉淀资金以每年6-10亿元的速度猛增。在这种情况下，建立财务公开以及完善内部治理才会真正提上日程。农村集体建设用地直接入市后，政府不可能通过土地出让金的方式获取土地收益，但可以分享部分级差收益，同时通过设立土地增值税和土地交易税，或以市场价值为基础的财产税，来实现自身利益。随着土地出让收入的减少，这种财产税将替代目前的做法成为地方财政长期的、可持续的收入来源。
从一个更广阔的视角来看，还要促进土地市场与资本市场、劳动力市场的互动，农民集体可以将集体建设用地使用权作价入股用地企业，如企业上市这些股权可以进入资本市场流转，或土地出让金购买股票、债券、投资基金的形式进入资本市场，也可用一部分对失地农民进行教育和培训，进入劳动力市场，从而赋予集体土地产权更多的内涵。尽快创造条件，主要包括土地利用规划的法制化，集体土地所有权的确权，对农村建设用地的普查，土地管理体系和能力的建设等，以便在适当时机修改土地管理法，为全面推行集体建设用地使用权流转，并将之纳入规范化、制度化轨道奠定法律基础。