企业党组织确立现代管理就必须要对现代管理有整体性的认识。相关调查表明，不少企业党组织对现代管理的整体性认识并不充分，存在一些认识误区和空白，集中反映在五个方面：第一，对改革就是一种创新性管理的理解和认识不足。在企业党组织中，改革就是对现行管理的积极调整和置换。通过改革，进一步优化内部现有的管理关系，才能建立现代管理机制，理顺管理体系和管理方法，充分调动全体组织成员的积极性，创新管理思维或意识，打造出利于发展现代管理的良好环境。对此，不少人对管理就是生产力、组织力的认识依然模糊，理解不深。第二，对现代管理立足于改造企业党组织内部的领导制度、组织制度、分配制度、管理制度等的认识不清晰，因而现代管理要解决的管理理念、思想、行为、方式等的必要性认知不多，没有从管理的整体上进行战略性思考。第三，难以在整体上有效地利用人、财、物与各种智能资源进行宏观性布局，通过变革落后的管理方式，增强管理素质，提高管理的综合能力和外部环境的适应能力，推动管理现代化进程。第四，没有把握好积极利用管理相关原理、要素开发管理资源、推进管理现代化的能动链接，把开发管理资源和推进现代化作为管理的创新内容，促进企业党组织的全面管理。第五，缺乏对现代管理整体性的认识，导致一些企业党组织管理主次不明，轻重不分，局部管理缺少根基，管理环节匮乏链接，具体实施动力不足，考核评价看重表象的情况时有发生，以旧翻新，以形式的完美掩饰内容空洞的管理还没有根本性改变。
（二）自我管理能动性不明显
企业党组织自我管理的主体地位与在实际管理中的职能弱化现象表现主要集中在两个方面。从主观上看，企业党组织一般作为上级党组织的一个基层组织单位，长期受制于比较严格的组织管理，已经习惯一切以上级指示或组织的章程、条例来决定自我的组织管理方式与管理内容。这样的管理照搬形式和内容，单调而严格的执行，封闭而僵化的管理，形成了企业党组织比较有代表性和普遍性的管理模式。强调企业党组织执行力，突出严格性，显示统一性，增强凝聚力，提高战斗力无可厚非，亦十分必要，但不能进行简单的二元性判断，用模块化的监督替代管理，用灌输式的方式，一味强调坚决的贯彻与服从，丧失了企业党组织的自我发展的组织活力和发展的创新力。企业党组织管理的管理主体意识不明显，特别是自我管理的设计、规划、实施等，表现出的主动性和积极性不高，党组织自我管理的责任角色体现得不够充分，全面管理难以到位。
从客观上看，企业党组织内部现有的管理机构定位清楚，但党组织的全面管理功能或概念却体现不明。党办看似具有日常管理的职能，但更多是在处理党组织的日常事务。纪委当然是一种机构管理形式，但更多体现在检查纪律，处理违纪等事项之上，不是企业党组织全面管理的组织体现。这些机构的职能运作与党组织的自我管理联系紧密，但没有承担或体现企业党组织全面管理的主体责任，党组织自我管理的地位常常被弱化，导致自我全面管理出现了链条式脱节或某些空白。企业党组织的全面管理既有党办形式的管理体现，又有纪委的形式体现等，这种管理各执一段，出现了“哑铃式”的管理结构。这样的管理，结果是单一性或职能性管理目标明确，而党组织的全面管理目标模糊，缺乏明确而具体的全面管理标准，造成全面管理职能的欠缺。由于多数企业党组织管理岗位没有具体化，管理没有全面化，党组织内部缺少专职管理人员，一人多岗现象突出。这种管理现状与企业党组织的自我全面管理不相称，职能不明，责任不明，也是造成企业党组织全面管理难以优化的一个重要原因。
（三）全面管理资源明显不足
依据党建及现代管理的理念和运作实践，企业党组织的管理资源主要由管理人才资源、管理组织资源、管理技术资源和管理信息资源构成。这些资源经具化、组合、配置、协调等手段，最终将形成组织的管理资源体系，在企业党组织的建设中发挥积极作用。企业党组织承担着党的基层组织建设的重任，基础性建设的特征非常明显，是党建工作的重要依靠对象。在面对社会基层开党务工作的基础上，不少企业党组织始终面临管理资源制约带来的诸多困难。管理资源不足，造成组织动能不够，管理体系始终配属与上级党组织的管理机制，平面的比较单一的管理非常普遍。自我管理资源不足，现有的管理明显不足，已经成为企业党组织在改革与发展过程中管理优化的主要障碍。这同样表现在企业党组织自我管理的主体地位与所需管理资源匹配的失衡上。按照党建要求，企业党组织显然要体现自我管理的重心移置，不断突出党组织自我管理和党员群众的主体地位，但由于管理资源的不平衡与匮乏，一般企业党组织不得不尽量统筹现有管理资源，抓东放西，难以形成全面管理的体系或系统，最终构建出行之有效的管理机制。另一方面，管理资源始终不足，极容易使企业党组织管理重心难以继续下移至各个基层组织，甚至出现管理重心倒置的现象，无法满足企业整个党组织发展的不同要求，导致基层党组织管理失调，党建工作的主动性、积极性不高，难以通过企业党组织的现代管理形成自我管理机制的运行特色。
（四）管理资源开发不充分
企业党组织全面的自我管理资源不足，一个重要原因，是自身管理资源的开发不充分。从管理形式到管理内容积极开发管理资源，对现行的一些管理方式进行必要的补充、协调、置换和改造，是企业党组织自身发展的主观需要，也是整个党建工作的客观必然。根据企业党组织管理现状和管理水平状况，积极开发管理资源，加速实现管理现代化的症结主要表现在五个方面：一是不少企业党组织对提高开发管理资源重要性的认识不足，没有把积极利用资源开发，加速管理现代化视为自身的核心工作，由此投入相当精力进行管理资源开发的设计、决策、组织和实施。在日常工作中，依靠上级指示，沿袭上级管理，重上级管理导向，轻自我能动管理的情况依然不少。二是没有积极创造企业党组织现代管理的普及和与提高的条件，进行全方位的管理资源的开发和利用。“以上级指示促管理，以红头文件代管理、以党纪规范做管理，以转发代管包管理”的管理模式，以及惯用的管理方法，已明显制约了企业党组织自我管理资源的开发。资源不足，利用率不高，企业党组织很难加速管理科学知识的更新，变自发地学习先进管理经验为自觉地掌握管理技能，形成全面管理的现代化合力。三是管理资源开发不足，企业党组织缺乏管理的要素组合，没有资源的利用优势，明显影响着党组织确立现代管理思想，提高管理综合素质的管理进程。根据企业党组织现行管理结构和管理体制的特点，管理要素的组合不尽人意，要素绩效难有质的提高，并表现在多个管理的节点上，其中，欠缺组织牵头、全员配合、精心设计、突出创新的组织要素最为突出。受此影响，企业党组织难以形成从领导成员到各级基层组织的管理网络和运作体系，促进管理常态化的高效运作，推动党组织管理机制的进一步转换和管理进步。四是管理资源开发没有数量和质量优势，资源能量不足，企业党组织很难制定开发管理资源的规划，推行现代管理科学的激励机制，为改革管理提供必要的保障条件。五是由于管理资源开发和利用缺乏力度和深度，没有资源优势确保企业党组织处理好开发管理资源、推进管理现代化和建立现代管理制度的互动与组合，对改变管理方法，促进管理变革，营建管理新制影响极大。
（五）机制僵化影响管理现代进程
目前，企业党组织依据现代管理的原理或规律，借鉴现代经济管理、现代社会管理等运作经验，积极进行现代管理还处于初级阶段。企业党组织存在的诸多管理与党组织发展的矛盾亦日渐突出。传统的组织管理造成机制僵化，现行的企业党组织管理仍然还存在不能适应现代管理的观念和方法，对加强现代管理的钳制依然明显。加上管理理念和方法与现在党建工作的迅速发展互动不足，接轨并不紧密，僵化的管理无法跟得上党组织的发展壮大速度。同时，企业党组织之间、党组织的党员之间没有互动式管理优势，责任并不明确。据调查，机制僵化集中表现在：僵化的管理机制固化着管理的创新性思维和理念，抑制着成员思想，惯有的管理会深刻影响企业党组织的党建、文化建设和组织管理绩效；僵化的管理机制制约着管理的创新目标设计、组织形式的优配、实施手段的创意、新模式的应用和绩效的多样化评价等，积极推进现代管理进程阻碍依然较大；僵化的管理机制很容易弱化企业党组织的自身机能，降低工作效率和对外来风险的抗击能力，也最容易降低组织内部的凝聚力和组织外在的公信力，引发党组织的活力变异，无法承担使命，实现党建的工作目标。
（六）管理手段比较落后
目前，企业党组织的发展规模还在不断扩大，党员结构、党员素质等也发生了很大变化，管理跟不上形式发展，形式更不上内容发展的情况越发明显。经验不足，资源不足，利用不足，创新不足，加上日常管理的形式和内容形态交替频繁，都在一定程度上制约了企业党组织全面管理的改革和深化进程。企业党组织管理手段落后的情况还依然束缚着管理的创新性和持续性发挥，主要表现在四个方面：首先，管理沿袭性极强，过分强调从上而下的管理，企业党组织管理没有横向的自我运作空间。高度的集中统一，使企业党组织更多去照本宣科，或凭借现行的党纪党规来替代管理，将管理和党纪混同起来，导致管理内涵不清，走向不明，活力降低，影响了管理手段的创新。其次，管理资源使用单一，资源分配也不尽合理。企业党组织的一个部门或一个基层组织，更多依赖管理的旧有模式进行操作，没有进行管理的横向互动与交叉。如人才资源管理和信息资源管理二者没有明确的互动关系，机构单一带来的管理单一，单一管理带来的单一绩效还比较普遍。再次，管理形式和内容上虽然引进了现代管理的一些元素，如信息化、网络化的管理，但应用性差，运行落后，缺少管理的广度和深度。“公文式”、“文件式”或“资料式”的备份管理模式，使不少企业党组织管理手段雷同，形式和内容可以随意相通，失去了企业党组织应有的管理特色或管理风格。最后，由于管理的人才资源、组织资源、技术资源和信息资源等核心资源没有构成稳固的一体化管理优势，管理系统要么各自为战，各管一段，要么互动不够，联系不佳，管理被模块化或单元化，使管理出现手段不统一，实施不统一，甚至出现管理作用相互抵消、相互矛盾的情况，全面管理由此层参差不齐，此涨彼消，脱节性的管理滞后了管理手段的创新，萎缩了管理手段的改进空间。
（七）管理的考核方式陈旧
从党建效果、组织发展、作用发挥等层面看，企业党组织总体来说成效不少，发展瞩目，但也有不少企业党组织没有形成健全的、完善的科学管理体系，始终不能形成具有创意性的管理考核制度。现有管理考核制度看似明确，目标、评价等条款清清楚楚，但考核存在的形式主义和教条主义倾向，使考核留于摆架子，评价基于走形式，依样画葫芦式的考核形式和内容已经难以适应新的管理要求。同时，具体所要考核的对象和考核价值的取向并不清晰，使考核依据某些单调程序，格式化评价非常死板。特别是在管理工作业绩考核的评审上，有些企业党组织过于注重管理的表面成果，忽视了考核的内涵延伸，对考核所提供的经验教训，移植于新的管理所具有的重要参考作用思考不够，借鉴不多。目前，考核方式陈旧还表现在运用管理量化考核指标体系时出现新的倾向，即以数量追求为向导，数量掩盖质量，数量堆砌成效的情况。带有功利主义的绩效考核被膨胀和扩张，损害了考核的权威性、严肃性。一些暗箱操作的考核有悖于公正、公平、公开和透明的原则，会给企业党组织的管理事业带来严重后果。