我国目前收入差距过大的一个突出表现即行业和部门的收入分配不合理。其根本原因在于国家对无效率产权的保护。一些部门和垄断行业凭借“行政权利”占有生产要素，获得大量额外收益。目前，我国对非公有制经济进入银行业、邮政和电信业、铁路、航空、保险、石化、钢铁、出版、新闻等行业在内的三十多种行业仍然存在着限制性规定，这在很大程度上阻碍了非公有制经济与国有经济之间的公平竞争，加强了这些行业的垄断，为这些行业带来远远超过社会平均利润率的高额利润， 垄断行业内职工收入明显高于其他行业的员工，许多企业员工工资是全国平均工资水平的3-10倍。根据国资委编制的统计年报，2005年利润排名前40家的企业，平分了6000多亿央企利润中的95%。其中有12家企业的利润都超过了100亿，而这12家企业主要来自石油石化、冶金、通信和电力系统等垄断行业。垄断行业收入长期明显高于其他行业，造成了收入差距不合理地拉大及社会利益关系的失衡，成为我国构建和谐社会的一大障碍。 我国目前不合理的收入分配差距并不是市场经济造成的， 而是市场不规范下的无序和失信造成的， 其根源在于产权改革的滞后或无序。其中很重要的一个原因所有制关系和产权改革的过程中伴随着代理人损公为私及寻租行为造成了社会成员之间的收入悬殊。在产权改革的过程中，不同程度存在自发私有化的现象，一些人打着产权改革的名义，采取各种各样的手法侵吞国有资产，造成国有资产严重流失，自己中饱私囊，通过侵吞国有资产，许多人肥了，迅速成为亿万富翁。在国有企业改制的过程中，一些地方和一些部门， 不按规范进行操作， 而是急于甩包袱、赶进度， 暗箱操作， 内外勾结， 不惜牺牲国家和职工的利益。将原来属于全体或部分劳动者的生产资料， 半卖半送地出让给少数人， 把公有制企业变成了私人企业。有的虽然变成了股份制企业， 却不让职工持股， 只让少数经营者持股。使原属公有的生产资料没有等值等价出让；二是全民或集体范围内的劳动者没有得到受让的均等机会；三是原来平等的劳动者现在不平等了， 少数人成了掌握生产资料的企业主， 大多数人成为地位不稳固的打工者。在国有企以改制的过程中，许多职工盲目下岗分流，而这些人因为没有得到补偿， 一解雇就将一无所有，生活贫困。我国目前实行的按劳分配和按要素分配相结合的分配体制存在着整体收入分配结构不合理，要素产权分配不到位，在要素分配结构中，偏重要素产权分配，轻劳动产权分配，重视非劳动要素，轻劳动要素。现阶段，我国现实中的按生产要素分配仍处于起步、探索阶段， 规范生产要素及其参与收入分配权利，完善按生产要素分配存在诸多问题。第一，参与分配的生产要素不完全，按生产要素分配不充分。主要表现为土地、资源等重要的生产要素还没有真正参与到分配中来，所获得的要素报酬也不充分。例如：农村土地被征用的补偿费和转让费过低，城市土地被无偿使用的现象严重存在；矿产资源被无偿开采现象非常普遍。要素分配不到位，农民的土地权益未能得到有效保护，大量失地农民的利益被严重侵害。近年来，随着全国经济建设及城市化步伐的加快，大量的农村或城郊土地被政府征用，被征地农民总数大约已有4000万——5000万左右。由于一些地方征地行为不规范，对农民补偿标准偏低，失地农民利益受到严重损害， 改革开放以来，各级政府通过对农民集体土地低价补偿转化为国有土地在高价出售的方式，从中转移了巨额价值，据估计高达20000多亿元。这部分资金本是农民收入的重要组成部分，却被国家通过涉及土地若干法律合法剥夺，有的成了非国有企业和私人资本的财产。农民甚至失去最基本的生活保障，对社会稳定构成严重威胁；第二，按生产要素分配的具体衡量标准不确定。生产要素按贡献参与分配，这里的贡献 标准各异。第四，各生产要素之间的分配比例不合理。各生产要素在分配中所占份额与其贡献不相符，分配关系扭曲。劳动与资本的收入结构不合理，分配中出现强资本弱劳动的趋势；各种劳动之间的收入结构不合理。如分配过分向资本倾斜、管理者的收入有的过高而有的则过低、一般劳动者在收入分配中处于劣势。
