首先，因享有国家优惠政策所形成的资产在学校存续期间归属学校属有。《条例》第三十六条规定，独立学院资产中的国有资产的监督、管理，按照国家有关规定执行。独立学院接受的捐赠的使用和管理，依照《中华人民共和国公益事业捐赠法》的有关规定执行。对于增值部分财产，按照条例理解，归国家所有，这显然忽视了对举办者利益的保护，如果违背了比例风险与收益相一致的原则，不利于发挥举办者的积极性；当然，将全部的剩余财产权全部归举办者也违背了教育公益性原则。因此，可以确定一个双方都可以接受的比例或方案。产权分配必须遵循一定的原则，在进行独立学院产权分配时，必须要考虑几个方面的因素，一是促进学校发展的原则，所有的收益分配或资金预算方案，都必须要以学校的可持续发展为原则，投入的资产与增值资产的主要部分应用于学校的再发展。二是所有权与使用权分开的原则，学校拥有财产的使用权，但所有权全部归举办者各方。三是比例风险与比例利益原则，举办者对资产增值的拥有比例应与投资比例相当，增值部分每年应由国家进行审计，并按比例进行所有权分摊，这相当于产权的再分配。
其次，要体现公平与效率。明晰产权，发挥产权的激励功能，激发举办者的投资兴趣，使独立学院稳定、健康、持续地发展。《促进法》规定处理剩余财产的基本原则是：国家对独立学院的投入形成的财产和独立学院受赠形成的财产，由审批机关统筹安排，用于发展独立学院事业；由举办者出资（不是捐资）形成的财产，返还举办者。当然，在目前以投资而非捐资为主的办学形势下，允许学校在终止清算并有剩余财产的情况下返还原始投资是符合市场经济规律和竞争法则的，有利于鼓励教育投资和保护私有财产。遗憾的是，这些原则还缺乏可操作性。出资人的收益权在现有法律规范下，事实上都是得不到保障的。实际上，独立学院的出资人所关心的主要是两个问题：一是出资人对其投入部分所形成的校产是否拥有所有权与收益权；二是出资人对办学增值的校产部分享有什么权利。在澄清独立学院财产权法律关系的权能上，要区分举办者、管理者产权的各项权、责、利，特别要归还他们对财产的所有权和收益权。既然国家允许并鼓励民间投资办学，投资、举办者就自然而然地要求拥有完整的所有权和收益权。对独立学院举办者是否拥有资产收益权即剩余索取权的问题，《教育法》已规定任何教育都不允许以营利为目的办学，这实际上是否定了举办者的剩余索取权，而且《民办教育促进法》是在以独立学院为非营利组织的基点上来立法的。
3.7.3.3明确负责独立学院资产监管的主体
办独立学院与办其他事业不同，学校需要稳定，而举办者又需要减少风险。国家政府规定举办者为办学的投资仅作学校存续期间划拨使用，其产权归属举办者所有，学校以其办学收益回报举办者以作补偿。这里有一个重要前提，即政府对独立学院资产流向的监管。这是政府监管独立学院的最重要的方法，其核心不是学校的经费如何使用，而是学校的产权是否明晰，收支是否清楚，以防学校不正当盈利，保持学校稳定。目前，我国独立学院的财务实际上是不需进一步法制化，国家教育主管部门及主管理高校由于多种原因对独立学院机构的财务开支少于过问或基本不过问。在这种情况下，健全和完善独立学院财务监管的法规和规章至关重要。如日本在1971年就出台了《学校法人会计基准》，对学校法人会计的基准、原则、收益事业会计，计算文件作了明确规定，而且对重点资金计算及计算表、消费收支计算及计算表、资产负债表及报告制度作了具体规定，其实施起到了对学校法人财务的有效监管理作用，值得学习与借鉴。同时，举办者个人、企业应明确自己对独立学院的投资额，许多企业和举办者，在投资办教育时，也在其他领域有投资，出现了挪用独立学院经费的行为，为独立学院带来了极大的隐患。如广东英豪学校，湖南冠来学校等之所以倒闭，都是举办者的其他资金与办教育资金不分或改变资金用途造成的恶果。一旦改变独立学院的资金，独立学院将承担较大的风险。
国家对独立学院资产的监管比较薄弱，没有出台相应的学校外部资产监管制度，在制度只是委托主办高校进行监管，由于缺乏有效的外部监督，在独立学院的实际产权运作过程中，不排除出现转移、抽逃学校投资（或对办学收益的变相分配等）、学校的财务制度及资产管理制度不健全，没有专门的部门对独立学院的资产进行审计。因此，国家在不干涉独立学院办学自主权的情况下，对独立学院的教育教学和财务拥有监督检查权和评估权，对其资产有审计权。要完善资产管理制度，教育机构应当依法建立财务、会计制度和资产管理制度，并按国家规定设置会计账簿。在立法的实践中，国家既要保护独立学院合理的回报，又要对独立学院建立、健全财务管理的资产管理制度，并要求独立学院定期向有关部门报告其财务与资产的状况。国家应规定相关的监督执行主体专门进行对独立学院财务和资产的检查和审计。当独立学院按法定程序申请停办时，国家应制定具体的操作程序来处理学校的资产，对各类资产进行产权的界定，明确其债权和债务关系。要加强和完善监督机制，把外部监督和内部监督结合起来，加强对学校及管理者资金使用，收入分配等重大问题的监督，实行学校领导任期经济责任审计。
3.7.3.4健全独立学院的学校法人制度与内部治理结构
法人是指具有民事权利能力和民事行为能力，依法独立享有民事权利和承担民事义务的组织。按照《民办非企业单位登记管理暂行条例》的有关规定，独立学院法人应当属于民办非企业法人。虽然独立学院的财产归学校法人所有，学校法人对它所拥有的财产依法享有独立运用和支配的权利，但学校法人本身无法行使财产权利，必须通过一定的法人组织机构来行使即通过董事会、监事会等相互分离又相互制衡的机构来行使。独立学院的法人治理结构是指独立学院作为独立的法人实体，在举办者（出资人）、决策者、管理者和教职工等权益相关人之间建立的有关学校运营与权利配置的一种机制或组织结构，以及通过这种组织结构形成的责权利划分、制衡和配套机制等到一整套制度安排，在这种组织中，不同机构依据不同的职权，各司其职，各负其责，相互配合与制衡，以保障学校的正常决策和管理秩序。独立学院法人治理结构的构建，既要遵循法人治理结构的一般原理，又要受到教育规律的制约。违背教育规律所构成的高校法人治理结构，既不能体现高等教育的基本特点及其特殊要法度，又不可能适应高校自身发展的需要。独立学院法人治理结构体制的最大优势是形成一个责任明确、权力制衡的独立学院决策与管理体制，各司其职。所以，健全和完善学校法人的治理结构对产权的有效运行有重要的意义。更进一步来说，学校的内部产权治理的建立就是把属于学校法人的那部分产权权利在学校内部进行再配置，即通过有关的机构设置，人员配备，职能划分，使围绕着学校法人财产所形成的权利义务一体化，提升学校内部资源和资产的经营效益。在学校管理体制的一般模式中，学校内部的产权治理结构一般表现为，学校的法人代表一般赋予学校董事会的董事长或校长，在出资人或举办者多元化的情况下，所有权的分散导致所有权人组成代理董事会，并确立董事长作为所有权代理的代表。
学校内部治理结构的建立和健全，实质上就是把属于学校法人的那部分产权和事权基于配置效率和激励效率在学校内部进行再认定和再分配，即通过设置各种机构、配备各种人员、办公室不同机构和人员的权利责任义务，使产权和事权得到解决分解和落实。就独立学院自身而言，突出的问题是初始所有权（出资者所有权）与使用权尚未真正分离，董事长即校长，校长扮演着多种角色，既是举办者，也是办学条件经营者和行政管理者，权力高度集中，而职责不能充分履行，董事会形同虚设。因此，必须要建立和健全独立学院董事会制度，使董事会成为学校最高决策机构，主要负责审议学校重大事项并作出相应的决策，并有效的监督民办学校的校长执行会的决议。目的是将独立学院所有权与经营权彻底分开。完善非营利与营利独立学院法人内部治理机制，保证学校法人财产权的有效运行，虽然非营利独立学院的财产归学校法人所有，学校法人对它所拥有的财产依法享有独立使用和支配的权利，但学校法人本身无法行使财产权利，必须通过一定的法人组织机构来行使，即通过董事会，监事会等相互分离又相互制约的机制来行使。一是要培养法人治理结构的意识，仅有形式上的法人治理结构是不行的，如果没有举办者、管理者及教职工没有相应的法人治理结构的意识、观念和行为。任何完备的法人治理结构难以发挥应有的作用。此外，完善办学者（管理者）责任机制、建立信息披露制度等也是独立学院法人治理结构建设的基本内容；二是要推行独立董事制度，为完善董事会决策水平，更有效地处理好与学校管理层的关系，有必要引进独立董事制度，有效发挥独立董事的作用；三是倡导股东结构多元化，有利于消除举办者“独立专行”引起的隐患，打破家庭式管理，便于发挥股东会对董事会的监督作用。多个所有者的互相制衡，有助于在学校管理过程中用制度规范来替代浓厚主观色彩的伦理规范。
总之，独立学院的产权是一种特殊的产权组织和社会组织，探索建立“产权明晰，权责明确”的规范化产权结构，不仅是对现有独立学院产权结构的优化，也是寻求更加完善的产权制度。现有的独立学院的产权制度是静态情况下的产权法规条例，其实施的效果离不开独立学院产权制度的探索和实践，如何保护独立学院不同主体的合法利益及调动积极性，防止高校国有资产的流失，解决约束独立学院产权运作行为，有待于社会各界的共同努力！