把握时机准备北伐
永历八年（1654年），南明朝西宁王李定国与郑成功联系，希望两军能够合作，从东西方向合力进攻广东，然后再沿长江北伐，共谋恢复明室的大业。郑成功同意了，于是派部将林察、周瑞领兵西进，却因诸多原因延误了与李定国的约期。结果导致李定国孤军奋战，最终不敌清军大败而回。李定国本来对与郑成功会师北伐，抱有很大期待，但却因郑成功的军队没有按时到达而误了大事，李定国对此相当失望。李定国和孙可望两人争功，致使在军内发生猜忌和摩擦，加快了西南形势节节败退的情势，东西联军反攻的希望是愈来愈小。当时清政府的兵力仍受西南方面的牵制，东南兵力空虚，而且郑家军在和议期间，整军训练，储备粮食，实力大增，北伐的准备就欠好时机这个“东风”了。
永历八年（1654年）十一月，清军漳州协守刘国轩向郑成功投降，引郑军进入漳州府城。攻下漳州后，郑军分兵进击，拿下同安、南安、惠安、安溪、永春、德化诸县，军队进入兴化地方。
永历九年（1655年），郑成功将厦门（当时称中左所）改名为思明州，并建造演武亭，以便亲自督察将士操练。同年九月，清军定远大将军和硕郑亲王世子济度率三万大军攻入福建，准备与驻守当地的清军一起准备进攻厦门。郑成功基于当时的形势决定放弃已占领的漳州、泉州两府属邑，并拆毁城墙，让清军没有地方安营扎寨，来消减清军攻击金门、厦门的兵力。同时还派遣军队兵分两路抗击清军，一路北上浙江，一路南下广东，令清军腹背受敌，难以兼顾头尾。北上郑军连战皆捷，攻入舟山；南下郑军虽然攻取揭阳，却遭到清援军击溃，死伤惨重。
后来，守卫海澄的将领黄梧因害怕治军甚严的郑成功处罚自己，于是献出海澄城向清朝投降。郑成功多年来投入了许多人力、物力建造海澄，黄梧的投降无疑给了郑成功一大打击，北征的计划也就因此搁浅了。丧失海澄的打击，远甚于当年厦门被劫，可是却没有摧毁郑成功坚定的决心，他为了补偿海澄的损失，发动了闽安之役。
闽安之役是由郑成功手下的大将甘辉领兵，攻福州，占闽安。他所掠夺的大宗的物资，足以抵偿丧失海澄的损失。此外又一连串的发动攻势，主要的目的还是在掠取军粮，厚植实力。
一直以来，清政府对郑成功都头痛不已，和也不成，战也不成，因此，清政府下令东南沿海一带，禁止船只私自出海。同时，清政府还采用挑拨离间的手法，招降了郑成功的许多部将，这些人包括曾经从清政府投降郑成功军下的黄梧、苏明、王士元等人。他们为什么会背叛郑成功呢？
永历十年（1656年），在一次和清军的战争中，苏茂和黄梧指挥的军队被清兵击败，当时伤亡重大，损失了五千多人。再加上苏茂曾经藏匿施琅，让他成功渡海逃走，之后施琅还降清了，这件事让郑成功一直耿耿于怀。虽然当时苏茂是念在和施琅的感情，所以藏匿施琅，并且偷偷地送他到大陆，而且苏茂也很忠心于郑成功，事后立刻来自首。在内心纠结了一番后，郑成功还是认为苏茂论罪该斩，黄梧也因此受罚。当时有许多将领却认为郑成功不应该把苏茂杀了，都为苏茂感到不平。清政府就利用了这些原因，在郑军将领之间挑拨是非。因此，那些心有不平的将领转而投向清政府。
黄梧投降清朝后，就根据自己对郑家军的了解向清政府提出了“平贼五策”。
第一策，黄梧认为郑成功以金门、厦门两个小岛为根据地，却能维持那么久而且曾好几次打败清军。主要的原因，就是他的一切资源都能从大陆上得到补给。如果清政府能够从根切断郑家军的补给，他就没有办法再这么顽强了。如果只是单纯的实施海禁，并不能完全断绝郑成功所需的补给。因为沿海的居民仍然会铤而走险，供应他粮食、造船、武器等物资。
要杜绝这个问题最彻底的办法是釜底抽薪，将沿海一带的居民全部往内陆迁，让沿海的村庄空无一人。这样郑成功的军队就只有死路一条，不攻自灭了。在这五条建议中，最值得注意的就是迁界的建议，这是黄梧根据自身经历而总结出来的，他认为这是对付郑成功最厉害的法宝。后来，黄梧也因为他提出的迁界建议，被授为一等公，长期驻留在漳南。
第二策，将沿海所有的船只全部烧毁，连一块木板都不留下。派兵看守海岸，禁止任何人越界。这样用不了半年，郑成功的船只就没有办法补修，他又得不到原料，自然就会逐渐腐朽不能使用。实施这两策后，郑成功的军队要要粮没有粮，要船没有船，不管郑家军人数再多、战斗力再强，郑成功多有谋略，都会使他们的军队瓦解。
第三策，尽快搜寻郑成功设在内陆各处的间谍网，正是由于这些严密的间谍网他才能得到最新最快的消息。在查处以后要严格处罚，使他的耳目不敢向他传递消息，这样就截断了郑成功的军情来源。
第四策，把郑成功家里的祖坟全部挖掘，这比杀他全家还要令他痛心。
第五策，在瓦解郑家军的力量之后，一定要把他们分别移往各省去开垦荒地，决不能让他们聚集在一起，这样才可以永绝后患。
黄梧的“平贼五策”环环相扣，且每个都是郑成功的军队所面临的弱点。施琅对此也大表赞同，希望清政府能够采纳。
除了这五条建议外，黄梧还向清政府报告了郑成功的另一特长，就是在作战时善于挖掘隧道。
黄梧降清后，有一次郑成功派兵来攻打清军，使用的就是隧道战。由于不知道防不胜防的郑家军又会耍什么计谋，清军人人自危。他们手足无措的样子令黄梧暗自感谢好笑。黄梧故作担忧地询问谁有办法对付神出鬼没的郑家军。清将一个个抓耳挠腮，面面相觑，无人回答。
黄梧环视众人一圈，慢慢地说道：“这有什么难的，我给你们出个主意。”他下令让每户百姓把他们大大小小的盆子盛满水放在外面。然后派士兵日夜轮班注视盆中水的动静。到了第三天，果然有手下来报，他驻守的附近盆里的水微微震动。黄梧立刻推测出那里的隧道已经快挖通了。于是连忙下令用火药去炸，隧道中所有的郑家军都被炸死在洞里。由这些可以看出，真正踩到了郑成功痛处的是他手下的叛将。
平贼五策中最致命的还是断绝郑成功的粮食补给。因为郑成功缺少广大肥沃的土地来种植粮食，没有粮食就难以养活庞大的军队，更无法支持他长期与清朝的抗战。在先天不足的经济条件下，唯有使尽各种手段来获取粮食。郑成功从永历元年以金门和厦门为根据地开始，一直到永历十三年（1659年）率军北伐为止，他的活动范围都是在浙江、福建、广东三省的沿海地区。在这么狭小的海岸平原上，养活近十万的郑家军是非常困难的。
掌管郑家军财政的杨英曾记录过，郑成功有多次的军事行动，都是为了夺取粮食才发动的。因为郑成功的粮饷大都是由杨英经手，因此他描写得最为清楚。从他的记载上看，郑成功为取得粮食而发动的战争，从永历三年（1649年）算起到永历十五年（1661年），在这十三年之中一共发动了四十四次之多，可以说是相当的惊人！
这种缺粮的情形，一直到占领台湾后才获得解决。郑成功在台湾力行屯田制度，从到处掠取，演变成自给自足的局面。
在郑家军和清政府的战争中，清政府以陆上的胜利为多，而郑军则以海上的胜利为主。由于清政府没有办法完全消灭郑成功在海上的势力，于是想出防堵的办法。
福建、广东沿海一带丘陵起伏，从陆地向海上运输粮食就一定要派兵接应，这是一件十分困难的事。但是郑成功却像是进入无人之境，来去自如，这使清政府的军队感到防不胜防，根本无法阻止。因此清政府的防堵政策只好宣布失败。
防堵这个办法失败后，清政府便采用了黄语提出的海禁之策。对此，清政府制定严格的惩罚措施。若是被查到与郑成功私自贸易，为官的则一律革职，绝不宽假；百姓看，不管是自己与郑军买卖物品还是藏匿来买物品的郑家军，一经发现，一律处死。海禁的范围包括：天津、山东、江苏、浙江、福建、广东等。
如此严重的刑法，使得那些地方的官员个个提心吊胆，不敢疏忽大意。这些地方官为了防止百姓偷偷出海，绞尽脑汁想尽各种方法，比如筑坝、围栅栏等。哪怕有一条船出现在海上，他们都会心惊胆战。
海禁实施后曾在一段时间达到了不错的效果，但是并没有维持多久。清政府便下令实行迁界政策。迁界政策是顺治十八年（1661年）六月开始实施的，清政府下令把山东到广东沿海的百姓全部向内陆迁徙，完全断绝郑家军的物资供应，使其弹尽粮绝而死。清政府特意派了兵部尚书纳海到福建去执行这项任务。清政府提出这个政策的理由是为了保障沿海百姓的安全，其实是杜绝他们支援郑成功。
清政府把沿海的居民迁走后，就把所有的村庄、田地都付之一炬，化为一片焦土，确实做到了彻底断绝郑成功的物资供给，但是也是因为这个政策，导致沿海的居民流离失所，怨声载道。这些百姓被迫远离家乡，他们在别的地方一时无以谋生，妻离子散，境况十分悲惨。
清政府为了加强海防，耗费了大量的人力物力，在海岸处每隔一段距离就设置炮台和瞭望台，可谓用心良苦。
永历十年（1656年）十二月，郑芝龙又再劝郑成功投降，被他义正词严地修书拒绝了。十二月二十九日，甘辉将清政府大将阿格商在护国岭杀死了，取得护国岭大捷。
永历十一年（1657年）四月，郑成功召集文武百官，共同商议北征的计划，最后决定进军长江，希望先光复南京。同时修书给驻守西南的孙可望和李定国，希望他们能够捐弃前嫌，同心合力，共同致力于光复明室的大业。
七月，郑成功再度举兵北征，起初非常顺利，占领了仙居、海门等地。由于福建提督李率泰得知郑成功把主力带去北征，使得闽安兵力空虚，于是在他的指挥下夺取闽安，等到郑成功发觉想要领兵回援的时候已经来不及了。郑成功不得不草草结束这场战役。
郑成功并没有灰心，他积极地命部下整备船只、武器和粮食，为再次北上做准备。永历十二年（1658年）七月郑成功命部下带领军队前往舟山驻扎。没想到在羊山遭遇飓风，导致船只、粮食损失严重，部下劝郑成功返回厦门，郑成功不愿无功而返，便命军队驶往舟山去修补船只、整顿军队和补充给养。
传说，在羊山的山上盘踞着一条巨龙，如果有船只经过一定要杀羊来祭拜，才能平安无事地通过。杀了一只羊之后，还要放很多羊在山上用来供奉，久而久之，羊就愈来愈多，因此这个岛就被称为“羊山岛”。
之后，郑成功与部下详细商议之后，定下北伐南京的计划。半年之后，挥师北进，派大将黄廷、洪旭、郑泰分别留守金门、厦门。
北伐大军的前锋，就是陈魁统领的郑家军的精锐之兵——铁人军。他们都是经过千挑百选、智勇双全的勇士，一共有八千名。全身披戴有朱碧花纹的铁甲，只露出一双眼睛。站在队伍的最前面，手执大刀，专门砍敌军骑兵的马腿。
除铁人军之外，还有海军、步兵、骑兵各五万，以及甲士十七万。另外还有数万后备兵力，船只有八千艘。
北伐四大战役
永历十三年（1659年）五月13日，郑成功率领大军北征。当时清政府的兵力，全部调往西南抗击李定国等明军。在东南一带，清军兵力非常空虚，郑成功认为北伐的时机到来了。如果能够占领长江一带，将来和李定国东西联合，光复明室将有更大的把握。
永历十三年（1659年），李定国在西南战线节节失利，最后只好渡过大金沙江，退到缅甸境内。在缅甸的赫碣，草草搭了十几间草屋，这就是永历帝的“宫殿”了。郑成功得知永历帝落魄的境况后异常悲痛，堂堂大明皇裔竟然到了结草为庐的地步。他满怀悲愤地写下了这首诗：
闻道吾皇赋式微，
哀哀二子首阳薇，
频年海岛无稍息，
四顾苍茫泪自挥。
五月初四，郑成功率领大军直入长江。大将张煌言曾建议郑成功先攻下崇明岛，因为崇明岛是一个海岛，位于长江口，是由江入海的据点。一旦攻下这个地方，就可以做为郑家军的大本营。许多将士都认为这个建议很好，因为占据崇明岛后，就可以在那里存储各项物资，这样要比从金门和厦门运来方便得多。
崇明岛地势险峻，易守难攻，想要攻破就需要大量的时间。郑成功不愿意为了攻打崇明岛而耗费太多的时间和精力。他想先攻打瓜州，因为瓜州是南京的门户，如果能够攻下瓜州，那么崇明岛也就不攻自破了。
六月十四日，郑成功气势昂扬地率领大军逼近瓜州。瓜州是南京的门户，也是进入长江的门户。清政府非常重视瓜州的战略地位，早已制定了严密的军事战略，企图拦阻郑家军，使他们不能顺利进入长江。
清军原本制订的作战计划，是先以“滚江龙”暂时将郑成功船队拦阻在长江外，这时安置在各“木城”的西洋大炮，全面发动火力攻向郑家军。因为郑家军的船队庞大，难以及时撤退，一定会被炸得“片甲不存”，正好一举歼灭郑成功的力量。
郑成功勘察过地形后，心情十分沉重，但并没有阻止他取得胜利的决心。当时他作了这样一首诗：
旭日东升万壑明。
高林秋爽气纵横。
千峰无语闲云过，
瀑布湍飞系我情。
两军交战时，清军先是率领满汉骑兵一万余人与郑家军在陆地作战。郑家军的张亮，趁清军不备率领部下游过长江。在战争刚刚打响的时候，就把清军在长江的防御工事“滚江龙”给破坏了。“滚江龙”就是清政府花费百万两银子，用巨大的木头，在镇江与瓜州之间宽有十里的江面上建了一个很长的坝，这个坝上可以骑马。清政府是用它来截断江水，阻断郑家军的船队进入长江。障碍一除，郑家军的船队，就浩浩荡荡地进入了长江口。
郑家军进入长江后，大将张煌言夺下清军设置的三座“木城”。“木城”是清军利用砍伐下来的杉树围成木栅，在里面留有五百名士兵，四十门大炮，只要有船经过就开炮攻击。结果，清军还没来得及开炮，就被郑家军攻破了。
这一次的成败关系极为重大，直接影响之后的一系列战役。郑成功身先士卒，部将们也以一当十，使瓜州一役大获全胜。
胜利之后，郑成功严令部下，不得惊扰当地百姓，要百姓们照常生活。
瓜州之役，旗开得胜，使郑家军军心大振，斗志高昂。郑成功在欣喜之余，提笔赋诗道：
京口瓜州指顾问，
春风几度到钟山。
迷离绿遍江南地，
千里怀人去不还。
瓜州之役，清军猛烈的炮火，足以使郑家军粉身碎骨。但是忠勇的战士不惧艰险，摧毁了“滚江龙”以及坚固的木城，终于获得胜利。
镇江在长江下游的南岸，是一个非常重要的军事据点，战略地位比瓜州更加重要。郑家军攻下瓜州后，郑成功想以胜利的高昂士气直取镇江。他认为因为用兵最重要的就是速战速决，必须挟胜利之余威，趁敌人来不及防备之时进攻镇江，一鼓作气把镇江城拿下来。于是就向张煌言询问他对这个决定有何看法。
张煌言的看法是，清军虽然在瓜州战败，但是并没有伤到清军力量的根本，他们只是暂退到芜湖。清军极可能会趁郑家军不备，从半路突击出来。最好的办法是，把军队分成两路。先派海军去消灭清政府在芜湖的海军力量。另派一支军队进攻镇江，这样就不会在中途遭受突击，免去后顾之忧。
郑成功很赞同张煌言的战略。决定按照他的建议，先派他率领海军，进攻芜湖。六月十八日，郑成功调集大军，准备第二天进攻镇江。清政府增派了万余人支援把守镇江的清军，郑家军也浩浩荡荡地到来了。双方面对面对峙了3天，都还没有发动攻击。郑成功仔细地勘察当地的形势，然后指挥自己的军队驻扎在银山。
二十二日黎明，清军分成五路像海水一般向驻扎在银山的郑家军冲来，镇江之役由此拉开了序幕。
当时郑成功的兵力与清军的比例是一比四。当清军第一路军队冲上来的时候，郑成功命令将士全部按兵不动。等清军快要冲到郑成功的军队前，只听他一声令下，手拿盾牌的铁人军立刻冲了出来，两个人躲在一个盾牌后面，他们一人砍马，一人砍人，使得清军连人带马滚到山坡之下。清军受挫后放慢了前进的速度，站在队伍后面的清军都拉满了弓，一时之间箭如雨下。但郑家军面不改色，奋勇往前、以一当十，顿时尸横遍野，而且清军在败退时互相践踏，死伤之数无法估计，终于使敌人溃不成军，纷纷逃命而去。郑家军在战场上缴获了不少的马匹、武器、盔甲等。
郑家军在这次战役中，用了一种特殊的战法，叫做“挥白旗”。这种战法就是，在两军交战一段时间后，郑军中突然出现一个用力挥白旗的人，当战士们看到白旗挥舞，就连忙分成两路后退。假如来不及后退的，就干脆伏倒在地上。郑家军的这些突如其来的动作，把清军搞得莫名其妙。根据这些动作，清军就会认为郑家军害怕畏战了，想要逃跑。这时清军就马上冲过来，当他们的人马冲到郑军的阵容前时，郑家军突然发炮轰击，这样一下就能打死几千名清军。
郑家军在银山大获全胜后，郑成功就下令围城，并向镇江招降，镇江的守城官员急忙跑到银山去向郑成功投降。
镇江之役，神勇的铁人军充分发挥了先锋的作用；将领周全斌虽然身负重伤，却仍坚持挥兵前进。正是因为这些奋勇抗敌的兵将们，才又一次夺得了战争的胜利。
六月十六日，郑家军攻下瓜州、镇江之后，就在焦山祭告天地，痛哭太祖、崇祯、隆武皇帝。这时三军痛哭誓师，声闻数里，场面非常感人。郑成功写了如下一首诗：
缟素临江誓灭胡，
雄师十万气吞吴。
试看天堑投鞭渡，
不信中原不姓朱。
瓜州之役、镇江之役大捷后，郑成功召开军事会议商讨攻取南京的战略。将领们纷纷发表自己的看法。参军潘庚钟的看法是，现在已经攻下了南京的门户瓜州，暂时不必急于进攻南京，应该先在瓜州收揽民心。对南京可以先采用间谍战，这样会比直接进行武力战斗要好，还可以减少损失。
另一参军甘辉对潘庚钟的意见深表赞同，他又补充到，现在控制了瓜州，正好控制住南北的咽喉，使山东的清军不能直接南下支援，而浙江方面的清军也不能直接北上，这样南京就不攻而破了。
冯澄世也接着说出自己的想法，长江以南地域广大，要直接以武力攻下许多城池并不容易。现在已经攻下了这个关键的地方，可以阻挡清政府南北的交通和粮食的运给。同时，我们尽最大可能招揽民心，再同李定国联系两军联合进军，这才是万全之策。
南京是郑成功少年时在此游学的地方，也是明朝旧首都，是郑成功光复明室的关键点。南京不但是郑成功北征的高潮，也是郑成功反清复明的一个顶点。正是因为南京在郑成功的心中有着非凡的意义，所以他不肯采纳部下们的意见，认为兵贵神速，要直取南京。
于是，郑成功再度召开军事会议，商讨用何种办法进攻南京。甘辉认为既要速战速决，就应该趁着士气正旺、敌军还在战败中没缓过劲的情况下日夜兼程，攻取南京。但这个季节正值逆风，如果走水路到南京，一定会浪费很多时间。这样清军会有充分的时间准备，胜利的把握就减小了，因此由陆路到南京比较稳妥。
但是，有些将领和郑成功并不同意甘辉的看法。他们认为当时正值酷暑，陆路行军会使身着厚重盔甲的士兵疲惫不堪，而且又是梅雨季节，道路泥泞很难行走，还是乘船去较为妥当。
郑成功的大军就浩浩荡荡地向南京进发了。快到南京时，郑成功听到一个非常振奋的消息。原来郑家军之前在瓜州之役和镇江之役所表现出的勇猛，使守卫南京的清军十分害怕。在郑家军还没有到达南京以前，他们已经有了怯战的心理。
郑成功派手下把招降信系在箭上，射到南京城中。信上的大意是说，希望他们能够主动投降，免得两军相抗造成重大伤亡。
南京城的提督管效忠看完郑成功的信，就和他的部下们商讨该如何对付郑家军。他的部下认为郑家军的确很厉害，而且郑成功本人又足智多谋，现在前来支援的大军还没有到达，应以智取而不以力敌。管效忠又请教了江南总督郧廷佐对付郑成功的办法，郧廷佐给他出了个主意。
管效忠就将计就计，回信给郑成功，信的大意是：“按照目前的形势，我确实是愿意投降的。但是朝廷有一个规定，凡是敌人攻城，必须坚守一个月。如果不能坚守一个月，那么战败之罪就会连累父母亲族。现在我的家人都在北京，希望你能给我一个月的限期，到时候我一定会开门投降的。”
参军潘庚钟认为分明是管效忠的缓兵之计，目的是想拖延时间，等待援兵。他之前去勘察南京城的虚实，发现里面根本就没有什么军队，如果现在立刻攻击，可以一战即胜。现在这一定是郧廷佐知道南京城兵力单薄，所以才想出来的诡计。因此力劝郑成功万万不可答应。
郑成功却自信地认为，清军对郑家军的威力心有余悸，一定不敢打什么歪主意。而且清廷也确实是有这个规定，让他不必太多疑。
潘庚钟看到郑成功毫不怀疑的样子，心里非常着急。他不明白素来足智多谋的郑成功，竟然相信管效忠这种人的胡言乱语。攻下南京城，一直是郑家军多年来的目标，如今成功唾手可得，难道要因为这明显的诈降而失败吗。他再次劝说郑成功，兵法上不是一再强调，凡是喜欢说可怜话的敌人一定是有目的的。既然愿意投降了就会立即投降，哪里有等待投降的说法呢？显然他不是真心求和，而是要等待援军的到来啊，请您千万不要上当。其他部将也都表示，多延迟一天，就多一份不利，要速战速决，绝对不能再拖延下去。
不管部下怎么苦苦相劝，郑成功始终听不进去，仍然坚持他自己的看法：“兵法也说，攻城为下，攻心为上。现在他既然已答应了要投降，我们也应该遵守约定。如果是他不守约，那么错在他，我们再攻城也不迟，而且明太祖的陵墓在南京，我怎么能够随便攻打呢？”
聪明一世的郑成功这次却刚愎自用，彻底落入了南京提督管效忠的陷阱。
这个计谋确实很厉害，就连聪明过人的郑成功都被他骗过了，郑成功真的相信了他的话，没有马上攻打，给予清军从容部署的机会。
在这期间，有许多地方都响应郑成功的号召，也有好几个县城纷纷投效。郑成功对这种情况非常满意，更加认为自己的决定是正确的。然而清政府看到这个情况后，派到南京的援军愈来愈多，防守南京的力量更加坚固了。
这时，江南提督郧廷佐又想到一个主意。他下令将南京城外十里左右的居民，全部迁入城内，所留物品全部烧毁，不给郑家军留下补给物资。同时又命令手下士兵穿着百姓的衣服，打扮成小商贩，与停靠在江边的郑家军做生意，暗中观察他们的动静，这也是向郑成功学来的“间谍战”。
郧廷佐又命令一小队人马主动地发动了一次小规模的战争，故意让郑家军获得胜利。渐渐地，郑家军的士兵们开始志得意满，使他们感到攻下南京简直是探囊取物，轻而易举。因此他们的斗志愈来愈松懈了。
看到这种情况，甘辉焦急地劝说郑成功，作战贵在速战速决，倘若拖延太久，军心就会松懈甚至于瓦解。现在我们的将士都开始骄矜起来，如果大意轻敌，攻取南京就危险了。不如趁这段时间攻打其他的地方，以激励军士们的斗志。郑成功仍然不听劝告，他认为现在是在养精蓄锐，等待接收南京城。
长期与郑家军作战，清军已经摸透了他们的作战方法。当援军一到，管效忠就开始率领大军反攻郑家军，他们采用侧面突击的战术，使郑家军所用的战术失效了。大将甘辉和林胜等人一致劝告郑成功，暂时由观昔门撤退，以后再见机行事。郑成功再一次没有听从他们的劝告，一定要将所有的兵力投入战斗，和清政府决一死战。
虽然郑家军英勇抗敌；将领甘辉身负重伤，仍然没有停止和敌人拼斗，最后被俘壮烈牺牲；大将林胜和陈魁则战死在观音山下，另一名大将万礼也被清军俘虏；但是这些都扭转不了战争的局势。南京之役，郑成功彻底失败了。
在郑家军与清军的许多次战役中，郑家军的将士们即使遇到挫败，也绝不逃跑。这么一支忠诚勇敢的军队就连管效忠看了也深为感动。他感叹地说：“我经过的战役不知道有多少次，但是从来没有看过这样壮烈的战役！”
后人对这件事感到非常的惋惜。当郑成功进军南京的时候，清朝派军南下支援的军队还没有到达，如果立即进攻，很可能获得全面性的胜利。
郑成功因没听从部下的劝告，导致军队伤亡惨重，南京之役彻底失败后，他想要举剑自刎，被手下劝阻了。他只好含悲忍泪，继续开创明日的道路。
在南京一役失败后，郑成功只好率领残余的郑家军退回镇江。当时很多大将都已阵亡，很多士兵在撤退中不知所踪，于是郑成功就重新整编军队，招揽兵员递补缺额。
这时，正领兵占据长江上游几省的张煌言，派了一个和尚偷偷地给郑成功送了一封信。劝他不要灰心丧气，因为天下人心思汉。当务之急是招兵买马，整编军队，以便日后反攻。郑成功想起张煌言曾劝他先攻下崇明岛，作为军事大本营再攻取南京。如果当时攻下崇明岛，或许还可以成为再度北伐的跳板。
郑成功把这个想法和部下们说了，他们认为这个建议依然可行，因此就决定进军崇明。当初郑成功不同意先攻打崇明，就是因为这里易守难攻。果然，这次攻打一直就不顺利。
郑成功的手下大将韩英身先士卒，只见他迅速登上云梯，爬上城墙，不料左腿被敌人打伤，从城墙上跌落下来。另一名大将王起俸也身负重伤，将士们仍奋力攻城。崇明的清军守将梁化凤死守崇明城，郑家军拼命猛攻很长时间还是攻不下来。韩英和王起俸的伤势一直没有好转，就相继去世了。
郑成功眼看情势不妙，就听从将领周全斌的劝告，率郑家军先返回厦门基地再作打算。郑成功虽然在南京之役遭到惨败，但是他的兵力还很强盛，仍是清军很大的威胁。这一次的崇明之役，郑成功主要的目的就是要告诉清政府，郑家军不会因为南京的失败而丧气，他们的斗志依然高昂。
当时南方的人民对郑成功的北伐都寄予很大的希望，许多人纷纷投到郑家军中。自从南京一战惨败后，瓜州和镇江也弃守了。北伐的胜利成果全部瓦解，使得江南的百姓大为失望。
声势浩大的北伐就这样以失败而告终了，究其失败原因有这几方面：
首先是由于郑成功治军过严等一些原因导致部下降清，使清政府更为彻底地了解了郑家军的弱点。
其次是不可预知的天气状况导致的。当郑家军浩大的军队从沿海行船挥师北上中，结果遭遇了羊山风暴。当时还不能解释这种奇怪现象，但是正是这个自然灾害给郑家军带来了严重的损失，不仅船只、粮食被毁，还贻误了战机。郑成功只得暂时停止北伐，补充物资后才重新起身。
还有极其重要的一个原因是，郑家军是一支善于海战的部队。它的优点和缺点，用一句话来概括，就是“制于海也受制于海”。他们的训练方法、生活习惯以及所配属的武器，都是适合于海战的。南京之役却完全是陆上作战，郑成功的军队当然不及清政府的骑兵部队。再加上郑成功没有听从部下的意见，有些急功近利，反而落入敌方的陷阱，丧失了战胜的大好时机。
再一个原因就是当初在西南战场占优势的明将李定国与郑成功商议好相互配合，东西夹攻，但是郑成功却因诸多原因没有及时与李定国联合起来，致使西南情势恶化，节节败退。当郑成功的军队抵达长江之后，清政府已经把西南李定国的势力驱逐到缅甸，这对清军来说解除了后顾之忧。可以抽调大军赶往东南战场，全力对付郑家军。对郑家军来说，这就是一场硬碰硬的战争。这批清军及时支援了南京，彻底扭转了东南的战局，北伐失败了。当初令人兴奋的北征计划，想不到就此落幕。郑成功上表永历帝，希望辞掉廷平郡王的封号，仍然像以前一样，以招讨大将军行事。