另外，在飞机公司的改造方面，休斯也困难重重。他聘任了威廉·乔顿担任总经理，以替代离职的乔治，并组建了一个三人委员会。这三人委员会的成员包括休斯本人、乔顿和一名律师，他们掌理着公司的业务。休斯还重金雇用了许多科学家和技术人员。可是，乔顿上任后6个月就离开了公司。
与此同时，休斯又设法将他的飞机公司以及附属的电子工业部门和休斯工具公司脱离关系，并于1955年在佛罗里达州的迈阿密设立了霍华德·休斯医药学院，并以该学院的名义成立了一个托管委员会来代替自己管理飞机公司。
因为医药学院是一项教育事业，休斯不必缴纳捐税，所以有人认为这是他逃税的一种手段。但他也因此而不能干预飞机工厂的一切事务了。年近50岁的休斯接连放弃了电影和飞行这两个他最心爱的事业。不知这是不是休斯即将退休的先兆。
虽然如此，奔忙了半生的休斯仍然无法断然割舍自己建立的事业。他用大笔大笔注定无法收回利润的投资来慰藉力不从心的自己。一直到1956年，他都还和他的御用女星继续签约，并给她1000美元的周薪，而他拍摄的《不法之徒》仍在各电影院中继续上映，已经耗费了5000万美金的飞船项目仍在继续研究改进中。别人说他自负，说金钱对他来说微不足道，那么为了继续做曾经的那个自己，对于一些明知道不会有结果的工作，他还是继续地支撑下去。只要这些事情还在进行，昔日的情景还能再现，休斯就不会觉得自己已被逝去的光阴所抛弃。
为了贯彻对环球航空公司的理想，势必增购星座式客机，改装机内设备和训练优秀美丽的空中小姐。休斯曾多次设法订购这种流线型的客机，购置飞机的数目和交货日期也屡次斟酌，后来却因为他的竞争对手泛美航空公司的飞机全是喷气式飞机，速度也比星座式来得快而作罢。
最后，休斯决定投资3亿美元，购买63架康伟中型喷气式客机，据休斯说，这种每架400万美元的客机是很适合在美国国内作客运用途的。可是，当他向休斯工具公司董事会提出要求拨款时，却遭到诺亚·迪崔克的强烈反对。
诺亚·迪崔克一直是休斯最得力的帮手，休斯想要做的任何事情只要交给他就一定能办得到，甚至有人说休斯的王国实际上是诺亚·迪崔克为他建立起来的。可是，这一回诺亚·迪崔克为什么会坚决地反对休斯呢？诺亚·迪崔克认为休斯在当时的情况下根本拿不出这笔巨款，还得设法去筹借，这样做将会动摇休斯事业的基础。于是诺亚·迪崔克据理力争，要求休斯改变初衷。但是，休斯并不理会，诺亚·迪崔克只好辞职，离开了这个由他经营了30余年的休斯工具公司。
就在诺亚·迪崔克快要离开休斯公司时，休斯已经和康伟飞机公司的业务经理齐夫雷接上了头，他不眠不休地和齐夫雷讨论定制飞机的事情，察看飞机内部设计蓝图，要求一切都要按照他的意思做好，不久，他们俩终于达成了建造“康威880”型客机的制造原则。这个“康威880”的名称是指这种喷气式客机是休斯和齐夫雷两个人一共讨论了880次而得来的。事后，康伟公司的业务经理对休斯在航空机械上的丰富经验和想象力以及他追求完美的事业心赞不绝口。
远离尘嚣
休斯年过半百，仍然过着单身汉的生活。他的大半辈子都是在休斯敦和洛杉矶这两大城市度过的，他对这里的一切都十分熟悉。在两座城市里，他都兴建了自己富丽堂皇的宅邸，却极少在那里居住。他的几间卧室、书房、客厅的大门长期是锁着的，只留几名仆人看守，打扫房屋庭院。过了50岁，休斯对繁华喧嚣的大城市生活越来越感到厌烦。每年他都要到美国与加拿大接壤的边境山村或者内华达西部沙漠绿洲的私人别墅去隐居一段时期。内华达的西部沙漠地带气候变化无常，有时狂风大作，扬沙满天，地面一片迷雾，人、车辆都仿佛成了灰色的魅影，在漫无边际的沙漠中移动。不知是对神秘的沙漠风光的向往，还是为了寻求一片宁静，休斯在内华达西部沙漠的棕榈泉绿洲上建有一栋私人别墅，并偶尔会来这里静心地休养。
1957年1月，刚度过52岁生日的休斯忽然提出要与好莱坞女明星琼·彼得斯结婚。二人初次相识是在10年前。当时琼·彼得斯应邀观看休斯驾驶高空侦察机第一次试飞，不幸飞机出现了意外，休斯受伤严重。休斯住院期间琼·彼得斯经常去医院看望和照料他。休斯痊愈后一直与琼·彼得斯交往密切，两个人也逐渐产生了感情。但由于二人都忙于各自的事业，关系逐渐疏远了。期间，琼·彼得斯还经历过一场失败的婚姻。
休斯突然宣布结婚的消息着实令众人吃了一惊，没想到过了30年单身生活后他会再度步入婚姻。而对于休斯来说，这次婚姻很大程度是为了抵制外界对他的揣测和恶意攻击。当时有人策划阴谋，以休斯的病历和所谓的失踪大做文章，宣称霍华德·休斯已经精神失常，无法经营他的公司，要求法院作出裁决，禁止休斯经营他的产业。休斯生怕法院作出判决后，环球航空公司的股权就落入阴谋者之手，如果他有妻子的话，根据法律规定，妻子可以代管产权。这样，他与琼·彼得斯的婚姻就可以令阴谋者的计划破灭。
婚后，休斯带着琼·彼得斯远离了大城市的喧嚣，去了内华达。他们的行踪除了理发师艾迪外，没有一个人知道，而理发师艾迪对休斯隐居后的情况记忆十分深刻：
有时候，休斯的太太，也就是我经常在好莱坞电影里看到的琼·彼得斯，会坐在长沙发上抬起头来告诉我，要把丈夫的头发剪短一点，但是休斯却经常不太理会，他老是忙东忙西的。那时候的休斯看起来很苍老，他留着很长的胡子，模样有一点怪，像圣经中的先知摩西。我大约每隔4个月就要为他理一次发。由于那次的飞机失事，他的嘴唇一直到下巴处有一条长长的疤痕，我想他大概是为了掩盖这道疤痕才开始留胡子的吧。我经常替他把胡子修成画家的那种样子，但他却宁可留着浓密的大胡子。
休斯在洛杉矶度过1958年的圣诞节、同时也是自己53岁的生日以后，便跟外界断绝了往来，从此销声匿迹了。除了跟他最亲近的几个人之外，其他人都不知道他的下落。这更增加了他的神秘色彩。
为了安排影片《喷射机驾驶员》的演出，休斯又露了一次面。可是，各界对这部电影的反响却令他十分泄气。这部影片票房不好，影评人也用了很多尖刻的词汇责难它。然而，对于正需要钱用的休斯来说，这部电影的问世也算是聊胜于无。
当时，休斯住的旅馆中也经常有漂亮的女郎来看他，她们无不怀揣着借此一夜成名的梦想。她们知道，休斯很喜欢捧明星，也的确有很多明星成功地借着休斯大红大紫。但此时的休斯却已是今非昔比。实际上，自隐居以后，休斯很多年没有在媒体中露过面，唯一的一次是在波音707飞机中。当时，休斯一面驾着飞机在加州上空飞行，一面回答记者的问题。但是这位记者答应休斯不会将谈话的内容透露出去，而这位记者也很有职业操守，因此，他们两个人到底谈了些什么至今也无从知晓。事后，那位记者只说了一句话：“休斯是绝对不容许别人低估他的！”打那以后，休斯就再也没有接见过任何记者。