柴可夫斯基对莫斯科的新环境并没有感到特别兴奋，原因是他的思乡病和忧郁症已经和他结下了不解之缘。幸而尼古拉·鲁宾斯坦既有耐心，而且能容忍，加上这时柴可夫斯基的身份已经由学生转变为老师，因此才没有遭受到太多的折磨与痛苦。
柴可夫斯基发现尼古拉富有同情心，且为人和善，又毫无他哥哥安东·鲁宾斯坦那种高不可攀的态度，心中真有种如释重负的感觉。尼古拉虽然只比柴可夫斯基大5岁，但对待这位新人，就如同父亲疼爱儿子一般。柴可夫斯基写信告诉弟弟说“尼古拉就像护士一般地照顾我”。尼古拉不但对他关怀备至，要他和自己住在一起，而且还送他半打新衬衫，并找自己的裁缝师为他量制礼服。
柴可夫斯基在莫斯科时期，也建立了他一生中重要的两段友谊，一个是音乐学院的督学阿里布列赫特，另一个是音乐学院教授，也是拉罗什的密友卡什金。另外，他还有幸结识了出版商尤尔根松，这个人对俄国音乐的前途极具信心，日后，柴可夫斯基的许多乐曲都交给他出版发行。
一开始，柴可夫斯基很担心自己不能适应新的职位，不久即因日渐胜任教导工作而自感惊奇。他在1866年2月19日写信告诉亚历山德拉说：“我现在对莫斯科的生活已渐渐能适应，但是有时难免感觉非常孤寂。最使我意外的，是我的讲授工作还能胜任，如今我极像一个老师。我的思乡病已经好得多了，不过莫斯科仍旧是一个陌生地方；如果想让我无牵无挂地在这里住上几年，现在还谈不上，说不定我终生都不会这么想。”
实际上，他的生活比信上所说的要愉快得多。他不但从阅读《狄更斯文集》获得了极大的乐趣，而且大部分的空闲时间还陪尼古拉涉足英国俱乐部。他日后的“嗜酒”与“能饮”的习惯，无疑都是在这时期养成的。在工作方面，他只修改过前一年做学生时所写的两首乐曲。鲁宾斯坦兄弟二人对那首《C小调序曲》交相批评，柴可夫斯基在许多年后也承认它确实不好。
奇怪的是那首乐曲的原稿曾一度失踪，直至1922年重被发现后，方始出刊问世。不过，他那《F大调序曲》却广受欢迎，经过修改之后，3月16日由尼古拉指挥作首度演奏。他依照惯例，也把这事告知家人。他在写给孪生弟弟的信上说道：“乐曲演奏过后，听众鼓掌请我再次出场。更令我高兴的是，尼古拉邀宴时，大家也一再地对我表示欢迎。我之所以再三地告诉你们这些，原因是我对自己的初次成功感觉特别兴奋。”
经过这件事情以后，柴可夫斯基收获到了信心，于是就着手编写《G小调交响曲》，但事实证明他在身心两方面都没有做好充分的准备。不久之后，当他在报上读到别人批评他乐曲的文章时，由于尚未学得反击的功夫来保护自己，因此久久不能释怀。
他写信告诉朋友说：“我在阅读那篇批评文字时，几乎不知道该怎么办才好。只觉眼前发黑，头脑晕眩，我像个疯子似的跑出咖啡厅。我真不知道该如何是好。一整天我都在街上游荡，莫名其妙地自言自语：‘我永远是一个没用的人……我是个无足轻重的家伙……我不成才……我休想有所作为……总结说来，即使我辛劳一生，也不一定就能做好什么事……我没有那种天才。’”
不管他当时是如何面对这些尖刻的批评的，但是这些却没有使他自暴自弃。他像平常一样，以加倍的热忱来努力工作，他日夜不休地埋首编写他的第一首交响曲。4月份的时候，他感到身体不适。他写信告诉弟弟阿纳托里说：“我精神崩溃的原因有三个，一是交响曲的编写工作很不如意；二是鲁宾斯坦他们知道我比较冲动，竟然成天设法来刺激我取乐；三是我摆脱不了活不长久及留下未完成交响曲的想法。真希望夏天快点到来，我好回去休息并忘却一切烦恼……我恨所有的人类，真想退休下来，找个人烟稀少的乡野地方居住。”
圣彼得堡传来消息，说柴可夫斯基的《F大调序曲》在鲁宾斯坦指挥下，演奏得非常成功。一时，柴可夫斯基的心情开朗了不少，他写信告诉妹妹亚历山德拉说他的身体状况已大为见好。在这段时间，柴可夫斯基原本想去卡明卡旅行，结果却因道路不通只好作罢，改而陪伴妹妹的婆婆达维多夫夫人及她的女儿薇拉等人到别处去过夏。
起初，他非常欣赏乡村的宁静与美丽，愉快地浏览刚出版的舒曼乐曲及门德尔松的《意大利交响曲》来排遣时光。但当他重拾自己的交响曲工作时，所有的旧症顿时复发了。7月底，经医生诊治，他只有经过彻底的休养才能痊愈，柴可夫斯基只好停止了晚上的工作。
由于工作时间受到限制，加上工作本身又有困难，柴可夫斯基未能如愿在夏季把交响曲的工作完成，但在回莫斯科以前，他仍把这首未完的曲稿交给了鲁宾斯坦和查伦巴。但是，他们认为还得加以修改，才有演奏的价值，因此他的演出希望终告落空。
圣彼得堡的这种反应倒是让他的心情暂时缓和下来，而且回到莫斯科后，他还惊喜地发现薪金增加了一倍。这时，音乐学院已决定马上要迁到较大的地方去了。音乐学院的新址9月13日正式启用，柴可夫斯基在酒会中演奏格林卡的钢琴曲。
作为庆贺沙皇太子与丹麦公主结婚的礼物，尼古拉邀请柴可夫斯基根据丹麦国歌编写一首乐曲。柴可夫斯基编写交响曲的工作因此暂时停止。当皇室的新夫妇11月到莫斯科访问时，他第一次演奏那首祝贺乐曲，并获赠一对金袖扣。
柴可夫斯基的第一首交响曲在11月底完成后，尼古拉建议他作首次演奏，但他却要求只在莫斯科一地举行，结果效果不佳。后来，柴可夫斯基听从他人的意见，将它加以修改，送往圣彼得堡审查。其中有两段被认为“适合演奏”，而且确实曾经在1867年2月23日公开演奏，但是最后圣彼得堡仍将全曲退回。
演奏的失败及观众的批评，使柴可夫斯基变得心灰意冷，甚至把修改过的乐曲全部焚毁。至于原来的乐曲，则在一年后才有机会公开演奏。此时，他正在根据奥斯特洛夫斯基的剧本编写歌剧。一年前他写信给阿纳托里，首次提到自己的这个工作计划，说他在奥斯特洛夫斯基同意提供脚本后，真是既高兴又兴奋。
1867年3月初拿到脚本后，他立即动手开始工作。可是，这次的合作已注定不会成功。柴可夫斯基因疏忽大意丢失了原稿，奥斯特洛夫斯基只好凭着记忆重新再写，但以后却杳无音讯，这使得柴可夫斯基失去了耐心，合作的基础也因此而逐渐动摇。
夏天，柴可夫斯基陪着妹妹的婆婆及家人在哈布沙尔度假时，他与奥斯特洛夫斯基的合作宣告破裂。但他并未因此气馁，他决定要独力完成。
当时他的精神状态很好，他甚至还写了一组由三首曲子合成的钢琴乐曲赠送给薇拉·达维多夫，其中，编为第二号的乐曲名为《哈布沙尔的回忆》。
柴可夫斯基仍然摆脱不了自怨自艾的情绪，他写了一封信给妹妹亚历山德拉：“我对生活感到厌倦了……梦寐以求的是一种宁静、庄严及神圣的环境，而那只有和你一起时才能享受得到。你一定要把你的母爱分一部分给我这疲倦的哥哥。或许你会认为我的这种心境很容易使人联想到我该结婚了。不过，我并没那么想。我的疲乏已使我怠惰得不愿结婚、成家，以及担起养活妻子儿女的责任。总而言之，结婚对我来说是一件不可能的事。”
这可能是将在1877年爆发的“火山”预先传出的信号，后来，心中的苦闷终于逼使柴可夫斯基决定结婚，但婚后的一切却很不如意。他在1867年年底的许多信件中提到“酗酒”问题，这极可能是他参加社会活动过多所导致的。
不过他仍然在12月完成了歌剧《Voyevoda》，据莫杰斯特说它很成功，这由它在同一季中上演过3次可以证明。柴可夫斯基的作曲生涯，在1868年2月3日，第一次向前跨进了一大步。这时，他的第一首交响曲初次在莫斯科作盛大的演奏。
据莫杰斯特说，“它的成功超过了所有人的期望”。柴可夫斯基也听取了别人的意见，首次在一次慈善音乐会中担任指挥。卡什金日后回忆起当时的情景说：“我到后台问他有什么样的感觉，他说很奇怪，自己竟然一点都感觉不到紧张。但我看他在台上显得十分忙乱、胆怯，似乎还感到很狼狈。虽然乐曲都在他脑子里，但他指挥时不看曲谱，所以经常出现差错。幸好交响乐团的人都对乐曲熟悉，他们不管柴可夫斯基如何指挥，仍在笑声中把舞曲演奏得很出色……”
柴可夫斯基再次大胆地公开指挥演奏，是10年以后的事；而他终于能够克服对指挥台的惧怕时，时光已经再过10年了。尽管柴可夫斯基的指挥工作未尽理想，但慈善音乐会却产生了另一种重要的影响。音乐会中演奏的乐曲，包括了里姆斯基·科萨柯夫的《塞尔维亚主题幻想曲》，排演时柴可夫斯基就对这曲子产生了深刻的印象。
在音乐会结束几天后，有人写文章批评《塞尔维亚主题幻想曲》，说这部曲子缺乏格调及活力。柴可夫斯基非常气恼，写了一篇长文为里姆斯基·科萨柯夫辩护。里姆斯基·科萨柯夫是新派作曲家之一，他实际掌握了圣彼得堡的音乐领域。新派乐曲运动以格林卡为其灵魂，著名的评论家斯塔索夫对此拥护不遗余力。此事曾经在社会上轰动一时，并使得柴可夫斯基与俄国新派作曲家产生了亲密、和谐的接触。
新派作曲家极力主张为俄国人编写俄国音乐，绝对不受西方的任何影响。他们轻视鲁宾斯坦及他的学生那种无条件接受西方观念的作风，反之，鲁宾斯坦阵营也对新派作曲家不满。柴可夫斯基早先就曾以不屑的口吻，说那类的爱国主义者是“圣彼得堡的外行人”。
柴可夫斯基的文章发表以后，自身发生了很大的变化。新派作曲家看到鲁宾斯坦的门徒如此支持他们，自然非常高兴，因此当柴可夫斯基和他父亲到圣彼得堡的复活节时，受到他们的热烈欢迎。
柴可夫斯基虽也经常向新派作曲家请教，但对他们并未予以全力支持。他在1878年写信告诉梅克夫人说：“圣彼得堡的作曲家很有天赋，但是他们都傲慢得可怕。他们认为自己比世界上所有的其他音乐家都好，那种信念很幼稚，也很外行。”
先不论柴可夫斯基当时的内心究竟作何想法，至少表面上公开存在着一种美好的关系。这种情形正如莫杰斯特所说：“柴可夫斯基和新派作曲家间的关系可以比喻成两个友善的国家，他们虽有共同的立场，但是各自独立生存并保持着自身的利益。”
柴可夫斯基1868年和他的得意门生与密友席洛夫斯基在巴黎过夏。他对巴黎歌剧院的演出水平有很深刻的印象：“它对每一部分细节都很重视，因此纵然在无关紧要的地方也能产生出良好的效果，但我们却对那种表演方式丝毫没有概念。”
9月回到莫斯科时，他发现薪金又有增加，同时《Voyevoda》也正准备在10月演出。不过他却在9月底自行要求延期排演，理由是意大利歌剧团访问莫斯科时，交响乐团的人及合唱团的歌手将会分心。但事实证明那并不是唯一的理由。