上述三个概念和三段话，对于理解瑜伽行派的本体论和认识论十分重要：本体是心；心性本来无生。但心所蕴含之法性，却能建立一切善法，引发智慧，使之自我完善，证取菩提，行菩萨道。此中“心”或“心性”，即是菩提。这一思想的表达实在曲回笨拙，说穿了，就是心性本静，由心性本静而蕴含诸多善法；依心性本静而起菩萨行，最后回归于本静，就可以完成菩萨修习的根本目的。但由于“心”这个简单的自我展开、自我完善、自我回归的过程，关系到心为什么会有污染，为什么不守自性，会有五蕴及其世界的产生，以及此心又存在在什么地方，诸如此类一大堆问题，要解答得圆满，有一定的说服力，十分困难，所以有些说法晦涩难解，不知所云；有些前后矛盾，不知孰是；有些粗略不详，可作多解。如此等等，暂且打住。
经文的结论有二：（一） 菩萨“住随心观……系缚其心，修习智通，得神通已，但以一心而能善知一切心相；既了知已，依心自体说法”。此处说法的依据，已经不是经书，而是众生本有的“心自体”；心自体至高无上，成了唯一的权威。（二） 菩萨住随心观故，不为心尽，不为心灭，安住于心；但为令心远离生死相续结缚，而安住于心。又复以诸心念智力，安住诸法无生无起正决定性，而不退堕二乘地中；又以是力持心相续，乃至成满一切佛法，一刹那心相应慧、觉悟阿耨多罗三藐三菩提。“安住于心”略称“安心”，在中国南北朝以致隋唐禅法中，占有重要地位。此处所谓“安心”，不是为了令心灭尽，任何思维活动皆无，而是为了把心从生死的结缚中解脱出来。同时充分运用“念心”所生智力，一方面安住于诸法本来“无生”的认识中不动摇，另一方面支持此心持续相续，直到觉悟无上菩提。这也是“心念住”的最终目的。
④ 关于“法念住”。此念住有三：一念法“空”，即“于一切法住随法观，不见少法远离于空”，与此相应，是无相、无愿、无起；二念法“缘起”，即“不见少法远离缘起”；三是“不观于法及以非法”，即无分别。
那么什么是“法”？这里的定义是：“谓无我义是名法义，无有情义、无命者义、无数取趣义，如是等义，是名为法。”所谓“非法”，那就相反，以“我见义”为首的诸种“见义”，均名“非法”。然而克实说来，法与非法都是语言概念，是对同一对象的两种不同的判断，所以说：举要而言，一切诸法，或名为法，或名非法……若能了知如是诸法皆空、无相及以无愿，即一切法并名为法；若有计著我及以我所见随眠，即一切法并名非法。据此，法与非法只是认识论上的差别，与客观事物自身的存在或不存在以及可能存在的形式无关。正因为如此，佛教的全部修习，无不以树立所谓“正见”、“正观”为根本任务：“住（如是）随法观已，不见一法而非佛法，而非是佛，而非是道，而非解脱，而非出离者”。此即是“空”。具备了这种“空”的观念之后，“又复获得无障大悲，观诸众生所有烦恼皆从虚假妄想而生，知诸烦恼体性自离。何以故？是诸烦恼等趣了义，无少烦恼可积可集。”此即是“缘起”。而缘起则妄，妄即是空，以空始能成妄，故空即缘起。
将这套观念运用于佛教实践，是把菩提与烦恼统一起来，“如是随觉即是菩提，烦恼之性即是菩提性”。菩提性“觉”即是“空”，所以说“随觉即是菩提”；烦恼性空，所以又说“烦恼之性即是菩提性”。
⑤ 菩萨应如何“念”法并住于“法”？回答是：（但心）无所住，非忆非忘，而能了知，（是谓）念所安住。何以故？所安住念，即名法界；若住法界，即住有情界；若住有情界，即住虚空界。由如是故，说此诸法与虚空等。此处所言的“安住念”，乃是空性与觉性的统一，体现的是菩提之功能，为一切善法的本原，所以叫作“法界”。如果把握了法界，那就把握了有情界，也就懂得了有情的本质与虚空界相等。
对法的这些分析，实际上都与其规定的菩提性有关，而不涉及“法”是否具有客观性的问题。此处所谓法界即是菩提，菩提即是法界。因为缘起性空，言语假立，都必须以菩提的存在为前提、为主体。
在三十七菩提分中，略有特色的解释还有一些，这里撮要作点介绍：
其一，决定善恶心的要素有二：一是“所缘境”，如“色相”，其作为客体无所谓善恶，但作为“所缘”，它的客观性就有了变化——若以“妙相”视之，则起贪心；见到受到损坏，而起瞋心；若以“不净相”视之，则“贪欲寂静；慈愍相故瞋恚寂静”，如此等等，在同一物上，由于取相作所缘境之不同，才使本无善恶之心性有了善恶诸行。二是“作意”，“作意”指动机、意向，究此“所缘境”，乃由“作意”取相所生起。“作意”既可引发向恶，亦能导向从善。此说值得注意处，是“所缘境”并非脱离“作意”等取相行为的客体；在“所缘境”背后，应该另有可以被“取相”的客体存在，不过经文中并没有如此表达，在瑜伽行派中则成为一大问题。
其二，促使善法积集的途径极多，表达善法的文句无量，然而“菩萨一切善根，乐欲为本，由精进故而能积集”。因为只有乐于修善的欲望，才精进不已，坚持到底，达到究竟。由此打破了佛教不分青红皂白，厌恶和反对任何“乐”和“欲”的传统。
其三，关于菩萨的“智慧力”，谓“是菩萨生生之处，乃至世间已行、正行工巧业处，难作难解，而诸菩萨于彼一切不由师教，现前了知……又于一切出世间法，谓能救度诸世间者”，悉能摄受，不为一切世间天人之所制伏。据此，菩萨智应该是全能的，不只在佛教教理和实践上，而且于世间工巧等行业也出类拔萃；于能够救度世间的一切出世间法，也能摄受——至少在理论上，大乘佛教并不排斥生产技能，但也为江湖法术之类进入佛教敞开了大门。
其四，在解释“念觉分”时，再次论及“念力”的问题，认为“正念”即是“如理”念想，由此念力，“随觉诸法，观察诸法，寻思诸法，了达诸法，简择诸法，鉴照诸法”，最后“随觉一切诸法体相”，成就“了达诸法自体相智”：“谓由念力觉一切法自体相空”。这说明，诸法性空，是从“念”开始，由念力统帅此后的观察、寻思、了达、拣择、鉴照等一切认识活动，由此成就的空慧，其实已经存在于开始对空的念想之中。出发点就是终结点，终结的空慧在于把最初灌输来的空理转化为自己所有。
《菩萨藏经》列举了种种修道，说一千道一万，总归“唯有一趣道善巧”。此“一趣道”，为菩萨道作了一个总结，以其非常的特殊性，值得摘录备存： 所谓菩萨，独一众表，无有与等，不假伴助，为证阿耨多罗三藐三菩提故，由自摄受精进势力，清净欲解，被坚固铠。何以故？由是菩萨不由他悟，不缘于他，自所建立，自力所起，严备如是坚固甲铠。
（菩萨由此兴发是念：）如是甲铠一切众生所不能擐，我今独擐……我于今者严备如是，岂令布施自在度我？我当自在度彼布施；如是持戒、忍辱、精进、静虑及般若等，岂令自在而度于我？我当自在先度于彼。又作是念：我于今者，岂令波罗蜜多发起于我？我当发起波罗蜜多。如是广说，一切善根皆当因我而便发起，不令善根发起于我……
（总而言之，）于如是法不假伴助，自能建立，谓我独一，无有等者，当坐坚固胜金刚座，自以势力摧伏魔军，用一刹那相应妙慧，当证无上正等菩提。这一段话，集中表现了菩萨道“依自不依他”的精神。“我”是六波罗蜜多的唯一主体，“我”不能受波罗蜜多的支配，而应该支配波罗蜜多。“我”应该主宰一切、创作一切，而不应该被任何势力所主宰、被任何理论所支配。佛教始终反对“我见”，本经也不例外，但在这里，不但没有破除“我”，回避“我”，而且特别号召菩萨树立“谓我独一，无有等者”的观念，强化以致坚固对“我”的自信。这种精神，我们在中国禅宗中可以见到，在外来的佛典译籍里则十分稀罕。玄奘在他的第一部译经里将这一精神作为所有菩萨道的总结和概括，推荐给大唐的读者们，这不止对我们理解他所译介的瑜伽唯识学是一种启发，即使对理解玄奘的佛学思想背景，也是一种帮助。联系到前述把智慧解释作“大我”，和追求“自在”的说法，是中国佛教研究者很值得深入探索的题目。
第九，关于菩萨之“缘起善巧”，指的是以般若观对十二因缘的重新解释。此处可记的是它对“无明”的界定：“不如理作意”。“不如理作意”是生死流转之本；“如理作意”则是出离生死之本——世间与出世间的差别，归根结底，决定于是否如理作意——理性思唯起决定性作用。
第十，菩萨善巧的最后一项“一切法善巧”，包括所谓有为善巧、无为善巧两方面。按经文解释，“无为善巧，即以如是妙善身、语及以意行，回向毕竟无为菩提，回向无为菩提妙观”。又，“诸法正智现观善巧，无上菩提不由他缘于无为法而复作证，是则名为无为善巧”。
把握“无为菩提”是“无为善巧”唯一任务。前一句话表示，要通过本经描述的佛教有为法（身语意）回向无为菩提；后一句话表示，要以“正智”无条件地证得“无为菩提”——其所谓“不由他缘”，指“正智”非是“能缘”，“无为菩提”亦非“所缘”；尽管“正智”能够证得菩提，但两者不存在通常认识的那种“能缘”与“所缘”的关系。这是瑜伽行派认识论中的神秘主义部分。
分析一切法善巧，最终归结为“一切智智”，所以说菩萨“一切法善巧者，是则名为一切智智”。“一切智”是一个概念，“一切智智”又是一个概念。前者相当于共相智，指对性空的认识，或称“无为智”；后者指在性空认识的指导下对一切法的认识，相当于对“别相”的认识，即是“有为智”。这两者加在一起，就能作到“菩萨虽行三界而不为彼三界烦恼之所染污……虽具通达一切三界出离之法，而不坠堕出离界中”——这都属于大乘的通说。
《菩萨藏经》以所谓“四无量”、“六波罗蜜多”和“四摄法”概括全部菩萨道，至少在中国，成为大乘佛教共许的主张。一切菩萨行，无出其外。但在具体诠释时，本经既摄取了小乘的某些思想，甚至与当时大乘潮流极不相容的部分，也在已经十分流行的大乘般若学和菩提心论中摇摆，表现了此经在世界观和宗教实践上双重综合的特色。
至于全经的特色，它最明确地表示，“佛”不是创世主，即使神通如何广大无边，也不能创造世界，创造物种，他甚至没有决定他人命运的能力。佛被描绘为先知先觉者，他只能成为众生的导师。众生的命运由众生自身决定，此谓之“业报”法则；业报法则不可变更，但导师可以指出从中解脱出来的道路，至于听与不听、行与不行，全由众生自己选择。菩萨是佛的学说的践行者、普及者，只有处在众生中间，讨众生欢喜，为众生谋利益，启发众生觉悟，菩萨自身才能彻底解脱，由此形成对众生的尊重和恭敬——这一系列观念的理论意义和实际意义，只有在与一神教教旨的比较中，才能深切地体会得到。尤其是能够喊出“自能建立，谓我独一”这种自信和自立的口号，是对“神”的“唯一性”的更明晰的挑战。