火箭出了意外，第一时间得到消息的王永志心急如焚。王永志与载人航天工程总指挥曹刚川、副总指挥胡世祥马上召开紧急会议。经过长达五六个小时的分析、讨论，最后决定把已经对接好的火箭与飞船重新分离，各自重新进行检测。尤其是火箭，要做重点探伤检测，等所有故障排除后再重新对接。然后按原来程序，重新测试一次。
冥冥之中，上天好像也在佑护我们这些久经磨难矢志不移的航天人。1月3日，经过专家组检查，只差几毫米就撞到了火箭要害部位，使火箭逃过了一劫，没有发生功能性损伤。庆幸之余，未免有些后怕，若撞到的是火箭的要害部位，不仅损失了价值几千万元的火箭，而且此次飞行试验也将被迫长时间推迟甚至中止。
故障的分析判断是准确的，继续组织发射的决策是正确的。“神舟二号”发射成功了。当飞船在第五圈成功变轨，指挥中心响起了一片掌声，王永志的脸上终于绽露微笑。他清楚地看到，中国载人航天工程的这第二次飞行试验成功，标志着中国载人航天事业取得了可喜可贺的新的进展，中国人离实现真正意义上的载人航天飞行那一天，已经为时不远了。
在“神舟二号”飞船中，装备了环控生保这样一个全新的系统。环控生保系统的主要功能，是在飞船密闭座舱中创造一个适合于航天员生存和工作的内部环境，提供飞行全过程的生命支持。
载人航天飞行的外部环境条件十分严酷，特别是轨道空间高真空、高辐射和微重力三项特殊因素，对航天员的生存和安全来说是有害的甚至是致命的。为此需要研究各种航天环境因素对航天员的影响，为飞船工程设计提出医学和工效学的要求，采取周全的飞行医监医保措施，配置专用的航天员医监医保设备，保障航天员的安全。环控生保系统加上乘员系统的装船产品：如舱内航天服、舱载医监设备、航天食品、航天员医保用品、生活用品、应急救生装备等等，形成了完整的飞船内环境控制能力和对于飞行全过程的航天员生命活动的支持能力。
在正式载人前，以动物作为载荷能达到较为直观的效果，美国和前苏联都做过这样的飞行试验。我国主管单位一直以来也是这样想的，拟从云南买一批猴子回来训练。对此，王永志摇头了，我国有必要再走这条老路吗？我看不必了。我们应该用模拟人来做进一步试验。
他认为，以动物为载荷，考核和评价载人飞行器内环境的控制能力和环控生保系统性能，是一种可行的方法，可以得到较为直观的定性结果。但采用这一方法，也有其局限性。而为维持试验动物的生命安全，还需要研制相应的动物饲养系统，保障动物的供食、供水和废物收集处理，在一定意义上，这套装置的技术难度比人的更大。
同时，王永志给大家算了一笔账：用猴子做实验，就要搞动物饲养房、动物训练室，建一个猕猴饲养房就得3000万元。况且，猴子也不是好训练的。飞船升空，有过载，有噪声，它一过载，一受惊，一害怕，不吃不喝生了病该怎么办。飞船按设计在太空自主飞行7昼夜，如果猴子7天7夜不吃不喝，下来它死了，这算谁的账？究竟是飞船的问题，还是猴子自身的问题？很难说得清楚。反倒会给航天员增加思想负担，产生了顾虑。另外，用猕猴也不能完全模拟出人的生存条件来，因为猴子的最大代谢能力只有人的1／6，对氧的消耗很慢。飞船返回舱设计的是3名乘员，如果要模拟出3个人的生存条件，就得用18只猴子，返回舱内也装不下。那可真是大闹天宫了。
用动物做实验，无外乎两个目的。在早期载人航天时，人类还没有上天之前，观察在太空上没有重力的环境中生物能不能生存，所以要通过动物实验探索和研究，了解长期失重情况对生命是不是有影响。苏联有一个航天员已经飞了400多天，他回来以后仍然很健康。另外，飞船里面的内环境是靠飞船的环境控制和生命保障系统创造的一个人工环境，舱内大气压、氧含量和温湿度都是靠人工控制的。所以，为了验证飞船内环境的控制能力，用物理化学的办法，即研制出人体在线模拟装置代替大动物。这样能更科学更现代定量地对它施加一个工作负荷，比如他的耗氧的速率，耗氧的总量，产热量，这和宇航员都是一样的。这样拿回来的数据，足以说明载人飞船的安全性。
王永志有理有据的一番分析，使专家们深受启发，最终达成了不上大动物试验的共识，使中国载人航天工程从无人飞行试验阶段直接跨入载人飞行阶段，为工程跨越式发展赢得了时间，为国家节约了大量经费。
赋形配重假人中科院大连物化所，仅用600万元就研制成功拟人代谢装置，模拟人体新陈代谢过程中的氧耗量和产热量，以此作为飞船内环境的工作负荷，引领环控生保系统的研制工作。通过反复的地面匹配试验，验证环控生保系统的性能和可靠性。飞行过程中实时地把舱内数据传至地面，就足以判断将来把真正的人送上天会不会有问题。
与“神舟一号”飞船相比，“神舟二号”飞船的系统结构有了新的扩展，技术性能有了新的提高，飞船技术状态与载人飞船基本一致。这些数据的获得，为载人航天提供了宝贵的依据。
3.“神舟三号”飞船
“不谋万世者，不能谋一时”，对王永志来说，人生的很多时候就像是火箭发射一样，为了瞬间的成功，要付出漫长努力和等待，整个过程无不充满艰辛。科学探索的过程，往往是当一个硕果结出之后，一切便成为过去；另一场孕育已久、更为宏大的播种，即将开始。
“神舟三号”与“神舟一号”、“神舟二号”的最大区别，是它完全按载人的标准设计研制。飞船搭载了人体代谢模拟装置，能够定量模拟航天员代谢生理活动参数，所有标准都要高于前两艘飞船。
作为中国载人航天工程的总设计师，王永志还有一个重要职责，是在工程实施阶段对整个产品，特别是上天产品的设计与试验质量把关。他最难忘的是“神舟三号”发射场测试时发现的穿舱插座故障。
2001年9月30日，大漠深处的酒泉再度热闹起来，“神舟三号”飞船从北京运到了发射场。因为在发射当天，国家主席江泽民将亲临发射场观看指导，航天部明确指示：“神舟三号”飞船务必发射成功！
“神舟三号”飞船，在发射场完成三舱对接后，技术员给飞船做测试时，发现穿舱插座有一点不通。测试人员经过几次测试，结果都一样。
王永志在河南693厂调研插座问题
像这种插座飞船上共有77个。如果只是一个插座有问题，可重新更换一个；如果是插座批次性的问题，那问题可就太大了。王永志迅速从发射场赶回北京，直奔失效分析实验室。看到解剖件，他心里有数了，初步断定是深层次的设计问题。
为了深入探求插座的问题，王永志立即与有关负责人一起到生产厂家了解情况，结果发现插座本身的设计上存在明显缺陷。要想彻底去除隐患，必须重新设计、重新生产。
在许多专家会议上，分析、讨论、争执、辩论声响成一片，大家各抒己见，争论得十分激烈。
王永志主张：“插座是批次性问题，要彻底解决，重新设计生产，全部更换。”
有的专家道：“如果重新设计生产，就意味着预定的发射时间将至少推迟几个月，所有的计划要改变、进度要推迟。发射场的400多名发射人员将撤离现场，打道回府。下一步‘神舟四号’、‘神舟五号’的发射计划，也会被全部打乱！”
有的说：“这种插座在‘神舟一号’‘神舟二号’上已经使用过，飞船不是顺利地上了天？不也没出事吗？看来你的担心是多余的！”
还有人说：“飞船上还有备份插座。我这个信号是用两个点传的，这个点不通了，我那个点也能传过去。可以不换插座，按原计划发射！”
王永志说：“大家说的都有道理，但是插座虽小，却事关全局。比如地面上发一个信息，我叫它回来把发动机点着，结果这条线不通，信号送不上去，发动机点不着，不就捅大娄子吗？万一出事，不是全毁于一旦吗？这是个根本的质量问题，既然已经发现，就绝不放任何疑点上天！所以我建议，进度服从质量，推迟发射！”
2001年10月底，载人航天工程召开了总指挥、总设计师联席会议，共同商议“神舟三号”是否如期发射的问题。会议决定，更换全部穿舱插座，撤回试验队，3个月后再发射。工程总指挥部向中央打了报告，请求彻底解决问题，推迟发射。
国家主席江泽民在报告上作了批示：“要绝对保证安全。既然出现了问题，就一定要彻底解决，切勿抢时间！”
集合到一起不容易，撤离时更为艰难，大家的心情都很沉重，但也很理解。这就是载人航天质量要求的标杆！
3个月后，酒泉发射场再吹集结号。换上新插座的“神舟三号”飞船重新回到发射场，当飞船舱内1000多个接点全部导通之后，2002年3月25日，搭载了人体代谢模拟装置、拟人生理信号设备和形体假人的“神舟三号”飞船顺利升空。
记者采访王永志时问道：“实际上，你这个把关的角色是一个得罪人的角色，从某种意义上说是不受欢迎的角色？”
“挑毛病人家可能不太高兴，但是不高兴是一时的，从长远看还是高兴的。上海有一个总设计师讲得特别好，他说‘你挑毛病，我立功’。开始时可能不太理解，最终结果还是皆大欢喜。其实，大家都有一个共同的目标维系着，就是都想把载人航天工程搞成！”王永志如是说。
载人航天工程自中央政治局常委1992年审批立项后，就确定了一个目标——在确保安全、可靠的前提下，体现中国特色和技术进步。在载人航天工程中，也的确有很多中国特色和技术进步。飞船返回落地后，天上仍留有一个轨道舱继续在轨道上运行约半年时间，做大量的科学实验和观测，所以它的实用价值和综合效益便高于国外的同类产品。
“神舟三号”飞船成功的意义非常深远，它飞行试验的技术状态和将来载人飞行是一致的。所以，这次成功意义比前两次的成功更大。
4.“神舟四号”飞船
7个月后，“神舟四号”飞船和运载火箭从北京顺利运抵酒泉发射场。
“神舟四号”飞船，是在“神舟一号”“神舟二号”“神舟三号”飞行试验成功的基础上，经过进一步完善研制而成，配置、功能及技术状态与载人飞船基本相同。“神舟四号”飞船是第四艘无人飞船，由推进舱、返回舱、轨道舱和附加段组成。
“神舟四号”飞船是航天员上天前的最后一次发射。如果发射成功，中国将结束无人试验，转入载人飞行。
在中国载人航天工程这最后一次“彩排”中，上天好像有意要考验中国航天人，就像唐僧西天取经一定要经过种种磨难，才能取得真经一样。一场前所未有的更为严峻的考验，正在等待着王永志和所有航天人。
发射场的工作人员吸取了前三次发射的经验与教训，飞船、火箭进场后，无论系统测试还是联合检查都要一丝不苟地进行，大家都拿出挖地三尺的劲头，力争让隐患归零。
这时，国际航天界又传悲讯。10月16日，俄罗斯“联盟号U”火箭发射升空29秒钟后突然爆炸，导致发射场1人死亡，8人受伤。国外航天发射失利的消息再次传到发射场，11月28日，法国“阿里安5”运载火箭发射进入10秒倒计时之际，因制冷点火装置出现故障，发射被迫取消。12月11日，“阿里安5”运载火箭再次发射，火箭升空后仅3分钟，便横空爆炸，卫星随即坠入大西洋！
王永志已经70岁了，一般像他这个年纪的老人早已退休在家，儿孙绕膝，在温暖舒适的环境中一张报一杯茶地安享天伦之乐了。而身为总设计师的他，此时却和年轻人一样在发射场战天斗地，不辞劳苦地在70多米高的发射塔上研究和处理问题。有时他忙到深夜，刚躺下便被刺耳的电话铃声叫醒，匆匆赶到发射现场，把突发问题解决完毕天已大亮了。从“神舟一号”到“神舟四号”都是这样。
11月30日，由于连日劳累过度和精神紧张，飞船总装结束的当天，王永志赶到厂房了解现场情况，随即又听取了现场工作组的工作汇报。晚上王永志刚回到招待所，突然感到腹部疼得像刀割，而且疼痛向后腰呈放射状袭击，咽部像被什么塞住了一样呼吸困难，撕扯得他浑身一点力气都没有，汗珠子从额头浸出来，继而天旋地转，他这个从未在困难面前退缩的男人，却被莫名的病痛击倒了。
人们见状，忙把他背送到基地医院，经过医生诊断他患了急性胰腺炎。胰腺炎如不及时治疗，将严重损伤胰腺，延误治疗的致死率很高。
基地的医疗设施不完善，没有治疗的特效药。张建启司令员见状，派人马上赶到250公里外的酒泉医院取药，天亮前必须送回。此事被迅速报告了时任总装备部部长的李继耐上将，同时在北京成立了医疗组，遥控施救。病情基本控制住后，李部长当即做出指示，马上用飞机把王永志送回北京治疗。
中国航天人想用自己的成功，为航天界构筑信心和增加光明的时候，4天后，一股从西伯利亚滚滚而来的寒流，却以强劲之势袭卷了中国大地，无遮无拦地扑向了茫茫戈壁，酒泉的气温骤降到零下27度，鹅毛般的大雪将发射场笼罩在一片冰天雪地之中。