当然，说毛泽东哲学是在整体上呈现为政治伦理形态的哲学，并不是说它径直地离开了自然科学。恰恰相反，辩证唯物主义哲学的创立就是建筑在吸取近代和现代自然科学的思想成果基础之上，毛泽东哲学无疑地继承了辩证唯物主义哲学的这个优良传统，尽管它以关心人类社会的进步为毕生使命，但它同时这样或那样地与自然科学发生联系，把自然科学中许多新的思想观念吸收进去或予以改造，遂使自身的内容更加丰富。不容抹煞的事实是，毛泽东终生热爱自然科学，经常挤出时间学习和了解自然科学，尤其是在50年代末和60年代初的建国时期，为了更好地指导中国社会主义的经济建设，他更是广泛涉猎各科自然科学，例如天文学、地质学、地理学、生物学、人类学、生命科学、遗传学、医学、农业科学、土壤学、物候学、化学，以及冶金、机械制造等工艺学和科学史。早在20年代，毛泽东的思想就直接地受到达尔文进化论的影响，尔后又间接地受到爱因斯坦相对论及粒子物理学思想等的影响。因此，近代和现代自然科学间接地甚至直接地构成了毛泽东哲学的一个理论来源，有关自然科学的哲学思想构成了毛泽东整个哲学体系中的一个重要组成部分，并在较大程度上改善了毛泽东哲学的总体结抅和功能。由于毛泽东对有关自然科学进行过认真的哲学思考，所以，他的哲学中含有鲜明的进化思想、物质无限可分思想、系统思想和无神论思想。但是，由于毛泽东哲学在总体上是一种政伦哲学，这诸种思想观念在毛泽东那里就更多地被改造和升华，被赋予特有的理解和用特殊的方式得以阐释和发挥。进化思想往往被毛泽东用来为社会的进步和变革作论证，并升华为一种富有革命性和辩证性的进化观念。物质无限可分思想尽管是毛泽东就日本物理学家坂田的文章进行讨论时提出来的，曾得到诺贝尔物理学奖金获得者格拉肖的赞同，并且格拉肖还提议以“毛粒子”（Mans）来命名那些说明物质结构中更基本组成部分的一些设定，但毛泽东的物质无限可分思想却根源于对立统一观念，而不是来自于粒子物理学研究本身。毛泽东的系统思想亦主要是在制定社会革命和建设的政策和策略时实际形成的，虽然它与中医科学及有关农业科学思想有密切联系，但并不具有系统理论形态。无神论无疑是毛泽东哲学中的一个重要思想，但对于毛泽东来说，它被作为一种反对封建迷信的有力武器而受到重视的程度更甚于物质不灭观念本身。所以，从全体上看，尽管自然科学和与自然科学相关的思想同毛泽东哲学间接或直接地发生着联系，毛泽东的自然哲学思想不可分割地构成毛泽东整个哲学体系的一个较为重要的组成部分，但从其形成条件和机制及其发生的社会功用来看，它更多地是直接为社会政治和社会道德的进步服务，它被纳入了毛泽东哲学那种政治伦理形态的总体中，因而相对说来，自然哲学的色彩在毛泽东哲学的总体中就显得淡薄。从主观条件看，这一切都与毛泽东本人一生的社会经历密切相关。
作为毛泽东哲学的创始人，毛泽东一生几乎是在社会政治涡流中闯过来的。一部《毛泽东选集》，记录了他从事和领导伟大中国革命的传奇般的历史。从《毛泽东选集》第1卷中的第1篇文章《中国社会各阶级的分析》，到第4卷的最后一篇文章《唯心历史观的破产》，展示了毛泽东的整个新民主主义革命思想的壮丽图卷。建国后1957年发表的《关于正确处理人民内部矛盾的问题》等著作，标明了毛泽东对社会主义经济、政治和文化的全面建设，及对社会主义时代人际关系处置的新探索。尔后在70年代提出的“三个世界”的理论，则表明了毛泽东对建构在新的世界经济格局基础上的世界政治大势的理解和掌握，表明了他依靠和结盟哪些政治力量以确定政治打击方向的国际政治斗争的策略，及表明了他对世界被压迫的弱小民族和国家人民的道义上的深切同情。概而言之，毛泽东作为政治家、革命家，他的哲学彻头彻尾地卷入了社会阶级斗争、政治斗争和政治革命的旋涡，他的哲学浑身浸透了社会政治伦理的内容，历史时代决定了他这种哲学深信“革命加生产即能解决吃饭问题的真理”。毛泽东哲学不仅使中国在经过新民主主义革命后进入到社会主义的时代，不仅使中国人民在赢得独立、自主后可以着手建立既强盛又具有社会主义新型民主、自由和平等的国家，并且还使中国为全世界被压迫民族和人民作出了榜样，使中国以一种反帝、反封、反殖、反霸的先锋形象和建设和平、公正、进步社会的现实形象出现在世人眼中。从世界范围看，毛泽东哲学特别给了广大第三世界人民为争取自身的民族解放和独立，以及建立新的、强大的民族国家以有效的思想武器。
处于社会巨变时代的毛泽东哲学，其社会功能决定了它必然要和社会政治、伦理紧密结合，而这种紧密结合必然导致哲学更加直接地参与现实社会生活。
毛泽东的哲学学说、政治学说、伦理学说各以自己的特殊功能为中国新民主主义革命服务着：哲学学说为它提供思想方法，政治学说为它作出具体政治设想，伦理学说则从道义上标明它的合理性。这三者在协同服务的过程中又相互渗透着：哲学使政治学说具有严谨的逻辑思维，政治学说、伦理学说则使哲学的内容丰富多样。