第三，在前一阶段，由于对农村劳动力跨地区流动的严格限制，特别是《杭州市外来临时工管理暂行规定》基本上堵上了农民工跨地区进入杭州的渠道（作为吸纳农民工主渠道的非公经济尚未真正大规模发展是那时政府能有效控制农民工流动的一个重要原因），因此，杭州市的农民工实际上主要来自本市农村。到这一阶段，尽管如上所说，政府在劳动就业工作中没有放弃“先本市后外地，先城镇后农村”的方针，但是，由于前面所讲的拉力和推力的共同作用，特别是由于杭州作为东部沿海发达省份的省会城市所表现出来的越来越大吸引力，跨地区来杭的农民工越来越多，在杭州农民工中所占的比重越来越大。
2001年以来：走向城乡统筹、公平流动进入21世纪，特别是2002年中共“十六大”召开以后，我国的经济体制改革进入了全面建设社会主义市场经济的时期，我国的现代化进程也进入了全面建设小康社会的阶段，这就在客观上提出了逐步解决城乡分割分治的二元经济社会结构问题的要求。
同时，中国共产党总结几十年的执政经验，提出要在以人为本的科学发展观指导下，建设社会主义和谐社会。在这种宏观的经济社会政治背景下，农民工问题作为我国城乡分割分治的二元经济社会结构问题的集中表现，开始引起社会各界的真正广泛的关注和重视，而不再仅仅主要限于政府与学界，农民工的发展因此也进入了一个全新的阶段。特别需要指出的是，在这个阶段，政府和社会各界对于农民工问题的关注，已不再仅仅停留在要不要、允许不允许农民进城务工的问题，而开始关注他们进城之后的平等就业权以及平等地享有其他一系列政治社会权利的问题。如果说，在允不允许农民进城务工的问题上，市场一直表现为一种承认、肯定的力量，那么，同时也必须看到，来自市场的这种肯定、承认是一种工具性的、功利性的肯定与承认，即是从农民工作为一种生产要素能够带来多少经济效益的角度出发的肯定和承认，而不是自觉地将农民工作为一个权利主体的肯定与承认。
从权利的平等享有的角度来看，市场所固有的“弱肉强食”的性质往往在现实中将农民工排除在各种基本权利之外；而此前国家对于农民工在就业等方面的一些限制性的、区别对待的行为，则进一步被市场的强势方（资本）利用来对农民工实施超经济的剥削与压迫。而在此阶段，政府和社会各界开始真切认识到这些问题——当然，这从另一方面讲也是农民工斗争、争取的结果，其中包括一系列“以死抗争”——从而一方面逐步促进农民工在市场中的平等就业，另一方面则开始作为市场作用结果的一种校正力量，在维护农民工的基本权利方面发挥作用。这体现在国家在农民工政策的取向上，开始由前一阶段旨在促使农民工有序流动的管理引导，进一步转向扶持农民工进城就业，具体措施包括：逐步放宽农民工进城条件，降低和逐步撤销农民工进城就业门槛；逐步放松、解除对农民工进城的管制，变管制为救助（在这方面，2003年的“孙志刚事件”起到了催化助推作用），并减少对农民工不必要的管理；逐步统一劳动力市场，加强对农民工的就业服务，维护农民工的合法权益等。所有这些，都体现在这一时期国家发布的一系列重要文件中，如2003年1月国务院办公厅发布的《关于做好农民进城务工就业管理和服务工作的通知》，2004年12月国务院办公厅发布的《关于进一步做好改善农民进城就业环境工作的通知》，2005年5月劳动和社会保障部发布的《关于废止栀农村劳动力跨省流动就业管理暂行规定枛及有关配套文件的通知》，以及2006年3月国务院发布的《关于解决农民工问题的若干意见》等。
在这一阶段，而就农民工这个群体本身而言，其构成和规模都于此时发生了引人注目的变化：在构成上，随着新一代农民工的进入，农民工的受教育程度在逐年提高，与此相应，其平均进城务工年龄则有所提高；在规模上，到2006年，全国进城务工的农民工已达到1.3亿人，实际上已成为产业工人的主体。
杭州农民工在这一阶段的发展同样不可能与全国层面的状况完全脱节。当然，作为经济发达地区的一个省会城市，并且其本身在此时也正处于经济社会发展的一个健康良好的高涨时期，其农民工的发展也不可避免地会有自身的特点。总体上讲，杭州农民工在这个阶段的基本发展状况和特征表现为以下几个方面。
第一，在建立城乡统筹的就业机制、扶持农民工进城就业、促进公平流动方面，浙江省走在了全国的前面，杭州在某些方面又走在了浙江的前面。当然，这既与杭州作为经济发达省份的省会城市这一地位有关，同时也与行政体制改革使地方有了更多的相对自主权有关。浙江省从2000年开始城乡统筹就业试点工作，不过真正实质性地开展这项工作是在2002年2月实施的《浙江省劳动力市场管理条例》之后。而早在2001年4月，杭州市劳动局就发出了《关于进一步简化用人单位招用人手续有关问题的通知》，该通知废止了1998年市劳动局发布的《关于公布我市不准和限制招用外来劳动力行业和工种的通知》，同时规定杭州市各类单位从2001年起招用外来人员“不需再向劳动保障行政部门申报用人计划，不再使用《杭州市外来人员使用证》。用人单位可根据本单位实际需要，自主决定用人数量和工种岗位”。还规定用人单位可以通过委托职业介绍机构、参加劳动力交流洽谈会、网络、大众传播媒介、直接到劳动力资源地等等途径自主招用所需人员。这些规定大大方便了农民工进杭务工，也拓展了他们进杭的渠道。
2004年8月，杭州市人民代表大会常务委员会第19次会议又通过了《关于修改栀杭州市外来暂住人员管理条例枛的决定》，该决定修改、取消了1998年颁布的原《管理条例》中不少对外来务工者（其主体是农民工）加以限制和区别对待的条款，为统筹就业亮起绿灯。特别值得一提的是，该决定所做的有关修改大大淡化了《杭州外来人员就业证》制度。到2004年11月，市劳动和社会保障局就正式发出通知，取消了这一制度。在某种意义上，这是杭州市统筹城乡就业、建立统一的劳动力市场、促进劳动力公平流动的一个具有标志性意义的举措。而在全国和全省层面上，都要到下一年才有类似的举措。2005年12月，中共杭州市委、杭州市人民政府又先于国务院发布的《关于解决农民工问题的若干意见》而率先出台了《关于做好外来务工人员就业生活工作的若干意见》。
该文件提出了做好外来务工人员就业生活工作的基本目标，要到2010年在杭州市区形成比较完善的外来务工人员服务管理体系和工作机制，使外来务工人员基本实现安居乐业。具体内容包括：建立和完善工资支付保证制度，列入工资支付保证制度的企业覆盖率达到95%以上，保证外来务工人员工资按时足额发放，做到“有收入”。坚持市、区、街道（社区）、企业和个人联动，逐步形成多形式、多主体、多渠道、多层次的外来务工人员住房保障体系，做到“有房住”。最大限度扩大义务教育招生规模，保证凡符合有关条件的外来务工人员子女均能入学，做到“有书读”。完善基本的医疗服务体系，扩大对外来务工人员的医疗服务，缓解外来务工人员“看病难”问题，做到“有医疗”。适应外来务工人员特点的社会保障体系基本形成，社会保险制度日益完善，社会保险覆盖面进一步扩大，做到“有社保”。
组织化程度进一步提高，符合条件的外来务工人员加入工会组织的比例达到70%以上，外来务工党员纳入企业或社区党组织管理，做到“有组织”。《关于解决农民工问题的若干意见》的出台在某种意义上既是历年来杭州市政府和有关部门推动建立城乡统筹的就业机制、促进劳动力公平流动、服务扶持农民工之工作的一个总结，也是其决心进一步从整体上全面解决农民工问题、使农民工真正转变为“新杭州人”而加入到“共建共享生活品质之城”的行列中来的一个标志，在杭州市农民工政策的发展历史中具有里程碑的意义。在很大程度上，正是由于政府以及社会各界的这种服务、扶持农民工的努力，2007年2月，杭州得以被评为“最受农民工欢迎城市”。
第二，在农民工群体本身的数量规模上，与此前尽管在总体上呈扩张但在扩张中或多或少有所起伏的情形不同，在这个阶段，由于杭州市经济的持续增长而产生的对外来劳动力的旺盛需求，由于政府和社会各界扶持、服务农民工的一系列努力，当然，也由于国家在宏观层面上对农民工跨省、跨地区流动的扶持，来杭农民工的数量呈现持续迅速扩张的趋势。如今，一方面，农民工作为“新产业工人阶层”已成为杭州产业工人的主体；另一方面，外来农民工则已成为杭州农民工的主体。据杭州市劳动和社会保障局2004年的一个调查统计，在市区进城农民工中，来自本省的占36.9%，而来自外省的占了63.1%。
第三，尽管如上所示，在这一阶段，来杭农民工的数量呈现持续迅速扩张的趋势，但也正是在这个阶段，和其他沿海经济发达地区一样，杭州的劳动力市场中也出现了需求大于供给的所谓“民工荒”现象，特别是在每年的年初和年末，由于许多农民工纷纷返乡探亲过年，这一现象更加突出。这表明，尽管政府和社会各界在扶持、服务农民工方面已做出极大努力，但是，为了满足杭州经济社会发展的需求，在吸引农民工来杭工作、扶持服务农民工在杭就业、帮助稳定农民工在杭安居乐业方面，还有许多工作要做。