10月2日，美国总统布什和许多国会议员在华盛顿会见了巴基斯坦总理贾迈利，讨论了地区恐怖主义、核扩散和克什米尔局势等问题。同日，据报道巴基斯坦部队在阿富汗边界打死8名、逮捕18名基地组织武装分子。
10月6日，副国务卿阿米蒂奇在伊斯兰堡会见了穆沙拉夫，双方回顾了两国战略关系。
10月13日，巴基斯坦参谋长联席会议主席阿卜杜勒·阿齐兹·米尔扎（Abdul Aziz Mirza）访问美国。
10月21日，巴基斯坦与中国在上海举行海军联合军事演习，这是中国第一次与外国海军举行军事演习。
10月30日，美国国家安全顾问赖斯（Condoleezza Rice）说：“巴基斯坦需要进一步努力以确保不发生来自巴基斯坦或克什米尔的恐怖主义行动”。
11月3日，巴基斯坦伊斯兰政治联盟的两位领导人强烈谴责美国在阿富汗的政策。
11月13日，美国驻巴基斯坦大使南希·鲍威尔（Nancy Powell）发表政策演讲，重申美国对巴基斯坦的长期承诺。同日，美国中央司令部副司令史密斯（Smith）访问伊斯兰堡，与巴基斯坦领导人讨论美巴反恐合作。
11月15日，穆沙拉夫宣布取缔3个激进的伊斯兰组织。20日，又取缔了另外3个极端主义组织。
11月26日，印度和巴基斯坦在边界和实控线正式停火，美国称这是“走向和平的步骤”。
11月28日，据报道，国际原子能机构（IAEA）正在调查伊朗从巴基斯坦获得铀浓缩技术的可能性。
12月11日，据报道，两名巴基斯坦核科学家失踪，但随后被发现并被拘留，接受有关向伊朗转移核技术的询问。
12月14日，穆沙拉夫躲过一次显然针对他的暗杀行动。
12月17日，穆沙拉夫在一次讲话中表示，巴基斯坦准备放弃长期坚持的在克什米尔执行联合国有关决议的要求。美国对此表示欢迎。
12月22日，巴基斯坦首次承认正在调查3名巴基斯坦科学家是否向外国第三方转移了敏感的核技术。
12月25日，穆沙拉夫再次躲过一次暗杀行动。
2004年
1月1日，穆沙拉夫赢得信任投票，允许其总统任期到2007年。布什称穆沙拉夫是“美国的朋友”，并表示对巴基斯坦核设施的安全有信心。
1月20日，巴基斯坦禁止所有从事核武器项目工作的科学家离开巴基斯坦。
1月23日，穆沙拉夫承认巴基斯坦的科学家好像向外国出售了核技术。
1月28日，美国参议院对外关系委员会举行印巴关系听证会，该委员会路加（Richard Lugar）表示：“美国在南亚的长期积极接触是极为重要的”；同时，他认为：“巴基斯坦应通过行动，而不仅仅是口头上，证明其关于避免武器扩散和保证核设施安全的承诺是认真的”。
1月29日，美国中央司令部司令约翰·阿比扎伊德（John Abizaid）说，据他所知，“巴基斯坦为美国在直接打击基地组织方面做得比其他任何国家要多。”
1月31日，因向伊朗和利比亚非法出售图纸和其他核技术材料并从中收受几百万美元，阿卜杜尔·汗（A.Q.Khan）被解除总理科学顾问的职务。美国欢迎巴基斯坦对核科学家的调查。
2月3日，白宫发言人称：“穆沙拉夫总统已向我们保证（巴基斯坦政府）没有卷入任何扩散行动”。
2月4日，阿卜杜尔·汗在巴基斯坦国家电视台承认他在向外国出售核武器技术和材料中的作用，并为他的行动承担责任。他保证这类行动将来不会再发生，并强调“这些行动从来没有政府的任何授权”。
2月5日，鉴于其对国家的贡献，穆沙拉夫同意对阿卜杜尔·汗的行动给予宽恕。他认为，金钱是巴基斯坦科学家非法活动的动机。他表示，巴基斯坦不会向国际原子能机构（IAEA）的调查人员提交相关文件，也不会让他们核查巴基斯坦的核设施。美国表示对阿卜杜尔·汗的宽恕是巴基斯坦的内部事务，并相信巴基斯坦“正在采取严肃的措施以结束危险的扩散网络的活动”。美国还“希望巴基斯坦向国际社会分享其发现的情报”。
4月14日，巴基斯坦议会通过一项成立国家安全委员会（National Security Council）的法律，反对党领导人批评说，这是使巴基斯坦军队的永久统治地位制度化。
5月3日，美国贸易代表（USTR）再次把巴基斯坦列为特别301下的“重点观察名单”。
5月12日，美国国际宗教自由委员会再次建议美国把巴基斯坦列为“特别关注的国家”。
5月27日，据报道，美巴两国政府同意建立通讯联系，以避免美国军队今后“侵犯”巴基斯坦领土。
5月29日，巴基斯坦试射“高里”中程弹道导弹后，一印度官员称这一试验使“军备竞赛升级”。
6月16日，美国总统布什将巴基斯坦列为美国的非北约主要盟国（majornon‐NATO ally，MNNA）。
6月20日，经过两天有关在核领域建立信任措施的会议，印巴两国同意建立热线以减少突发性核战争的威胁。
6月23日，美国众院通过“2005财政年度情报授权法”（the Intelligence Authorization for FY 2005，H.R.4548），其中第304款要求中央情报局局长向国会报告巴基斯坦停止大规模杀伤性武器的扩散和打击恐怖主义的情况。
7月12日，联合国秘书长安南任命巴基斯坦驻美大使阿什拉夫·卡齐（Ashraf Jahngir Qazi）为联合国驻伊拉克使团团长。
7月14日，美国众议院对外关系委员会举行有关巴基斯坦和反恐听证会。
7月15日，美国众议院通过2005财政年度对外行动拨款法案（Foreign Operations Appropriations FY 2005，H.R.4818），该法案将建立一个向巴基斯坦提供3亿美元军事援助的新的基础项目，并允许巴基斯坦使用多达2亿美元的经济援助基金以减少巴基斯坦对美国的优惠债务。同日，正在伊斯兰堡访问的美国副国务卿阿米蒂奇表示“美国完全满意美巴关系的状况”。
7月16日，美国与巴基斯坦签订协定，使用2004财政年度的经济援助基金抵消巴基斯坦对美国政府的4.95亿美元优惠债务。
7月17日，美国核控制委员会的8名代表首次与巴基斯坦核科学家代表团就民用核安全问题在华盛顿举行双边会谈。
7月21日，巴基斯坦海军司令在华盛顿会晤美国国务院和国防部官员，讨论美国向巴基斯坦出售新的武器系统的可能性。
7月22日，美国公布“9·11”委员会报告。报告强调在巴基斯坦西部消灭恐怖主义避难所的重要性。要求向穆沙拉夫总统的政府提供长期和广泛的支持，只要其继续实行打击恐怖主义和“明智和温和”（enlighten moderation）的政策。同一天，美国众院审议《取缔核黑市法》（the Nuclear Black‐Market Elimination Act，H.R.4965），该法案授权总统对被认定为违法转移用于核爆炸装置的核浓缩和再处理的材料、技术、设计和设备的那些“外国个人和实体”实施至少3年的制裁。该法案还要求总统认定巴基斯坦是否有效地停止所有扩散活动并与美国充分分享有关阿卜杜尔·汗扩散网络的信息。
7月24日，巴基斯坦政府释放一位核科学家和两名退休前军官，他们自2003年12月以来被怀疑参与了阿卜杜尔·汗扩散网络的活动。同日，巴情报部长表示，如果伊拉克提出请求，如果其他伊斯兰国家也派兵，如果议会通过这一政策，巴基斯坦将考虑向伊拉克派兵。
7月25日，美国向巴基斯坦提供9架“铃”（Bell）直升机以帮助其打击恐怖主义。
8月3日，巴基斯坦与中国首次举行为期4天的反恐联合军事演习。
8月8日，巴基斯坦内务部确认已逮捕巴基斯坦恐怖分子头目卡利尔（FazlurRehman Khalil）。他曾于1998年与本·拉登一起签署命令宣称杀死美国人和犹太人是穆斯林的义务。
9月2—3日，美巴反恐与执法联合工作小组（US‐Pakistan Joint Working Group on Counterterrorism and Law Enforcement）在伊斯兰堡召开会议。
9月22日，巴基斯坦总统穆沙拉夫在纽约参加联合国大会之机与美国总统布什会晤，重申扩大和深化两国关系的承诺。随后，穆沙拉夫访问华盛顿，参加由54名议员组成的国会巴基斯坦连线（Congressional Pakistan Caucus）的成立大会。
9月23日，美巴两国任命各自新的驻对方的大使：美国新的驻巴大使克劳克（Ryan Crocker）和巴基斯坦新的驻美大使卡拉曼（Jehangir Karamat）。
10月25日，巴基斯坦总统在会见记者时提出解决克什米尔问题的“七区建议”，即：将克什米尔地区划为七区（两区在巴控克什米尔，五区在印控克什米尔），实行非军事化，或由两国共同控制，或由联合国管辖，或进行全民投票，然后讨论决定其最终地位。印度对此反应冷淡，并称有关克什米尔问题的讨论不应通过媒体进行。
12月4日，穆沙拉夫访问美国。