7月5日，谢里夫与克林顿签署联合声明，称“将采取具体步骤恢复克什米尔的实控线”。
10月12日，在由穆沙拉夫（Pervez Musharraf）领导的一场军事政变中，谢里夫被剥夺权力。
2000年
1月20日，美国助理国务卿卡尔·因德弗思（Karl Inderfurth）在会晤巴基斯坦外长阿哈迈德（Shamshad Ahmed）时，强调停止来自巴基斯坦土地的恐怖主义的必要性。
2月，巴基斯坦成立核指挥部（Nuclear Command Authority）。
3月25日，克林顿作为30年来的第一位美国总统访问巴基斯坦。
2001年
4月30日，美国公布2000年全球恐怖主义形态（Patterns of Global Terrorism 2000）报告，克什米尔的两个军事组织被列为“其他恐怖主义组织”。报告还批评巴基斯坦增加对塔利班的支持及对印控克什米尔的军事组织活动提供援助。
6月20日，穆沙拉夫任命自己为总统，同时继续保持其武装部队总司令职务。
9月13日，在美国的外交压力下，巴基斯坦总统穆沙拉夫向布什表示巴基斯坦将提供“反恐战争中的unstinted合作”。
10月7日，美国在阿富汗发动名为“持久自由行动”（Operation Enduring Freedom）反恐战争，南亚特别是巴基斯坦被美国视为前沿阵地。
12月21日，布什称：“我已致电巴基斯坦总统穆沙拉夫要求采取决定性行动打击‘拉什卡民兵组织’（Lashkar‐e‐Taiba，LET）和‘穆罕默德圣战组织’（Jaish‐e‐Muhammed，JEM）和其他恐怖主义组织，他们的领导人和活动”。
12月24日，巴基斯坦冻结LET的银行账号。印度指责LET卷入了12月13日对印度议会大厦的袭击行动。
12月25日，巴基斯坦发言人证实，政府已拘留“穆罕默德圣战组织”的领导人阿扎尔（Maulana Masood Azhar）。印度要求把他遣送到印度以接受审判。
12月26日，美国把“拉什卡民兵组织”和“穆罕默德圣战组织”列入国务院的恐怖主义名单。国务卿鲍威尔称，这两个组织在印度和巴基斯坦实施了大量的恐怖主义袭击。
12月28日，布什表扬巴基斯坦逮捕50名武装分子的决定。
12月29日，布什致电印度和巴基斯坦领导人，要求巴基斯坦“采取进一步强有力和决定性的措施消灭那些试图伤害印度、破坏巴基斯坦和挑起战争的极端分子”。
12月31日，据报道，被印度认为卷入12月13日议会大楼袭击事件的LET军事组织的创始人萨伊德因为“发表煽动性言论”而在巴基斯坦被捕。
2002年
1月1日，巴基斯坦总统穆沙拉夫向全国发表历史性的演说，发誓将结束巴基斯坦领土上的所有伊斯兰极端主义和恐怖主义活动。
1月，美国记者丹尼尔·皮尔（Daniel Pearl）在卡拉奇（Karachi）被伊斯兰激进分子绑架并随后被杀。
3月，美国在阿富汗东部山区发动的“巨蟒”（Anaconda）军事行动使多达约5000名基地组织武装分子逃到巴基斯坦。
4月30日，在一次有争议的全国公民投票中，穆沙拉夫被选为巴基斯坦总统。
6月，巴基斯坦总统穆沙拉夫向到访的美国副国务卿阿米蒂奇保证，巴基斯坦将阻止所有武装分子越过实控线的渗透活动。
7月，美国总统布什通知国会，将向巴基斯坦出售7架C‐130运输机和6个航空卫星侦察雷达以加强巴基斯坦的反恐能力，这在冷战结束以后还是第一次。
8月，有4700多名巴基斯坦士兵和观察员参加联合国在塞拉里昂、东帝汶、科索沃、刚果和其他国家的维和行动。
8月21日，穆沙拉夫签署一项“法律框架秩序”（Legal Framework Order）的命令，修改宪法，大大加强总统和军队的统治权力。
9月，美巴在伊斯兰堡举行1997年以来的首次防务合作小组（Defense Cooperation Group）会议，从而重新开始两国的安全合作关系。
9月12日，布什与穆沙拉夫在纽约会面。布什要求巴基斯坦结束在印控克什米尔地区的武装分子渗透活动，推动巴基斯坦的民主进程。
10月10日，巴基斯坦举行了1997年以来的首次全国大选。
11月，贾迈利（Zafarullah Jamali）被选举为巴基斯坦新总理，这是1999年10月谢里夫被解职以来的第一位总理。
2003年
3月，布什宣布2003年度取消因1999年巴基斯坦军事政变而实施的制裁。
巴基斯坦表示不赞成美国发动的伊拉克战争。
4月，巴基斯坦总理贾迈利与印度总理瓦杰帕伊进行了自2001年7月阿格拉峰会以来的首次直接接触。
6月，布什在戴维营（Camp David）接待来访的巴基斯坦总统穆沙拉夫，对巴基斯坦在美国领导的反恐行动中提供的支持表示感谢，并答应在2005财政年度到2009财政年度间提供30亿美元的经济和军事援助。
7月15日，由美国、巴基斯坦和阿富汗三国组成的三边委员会（Tripartite Commission）在喀布尔（Kabul）讨论稳定巴阿边境局势的问题。
7月16日，美国众议院通过“对外关系授权法”（the Foreign Relations Authorization Act，H.R.1950），要求总统向国会报告巴基斯坦在关闭恐怖主义营地、在克什米尔实控线禁止渗透活动和停止向任何第三方转移大规模杀伤性武器方面采取的行动。
7月17日，美国助理国务卿罗卡表示，美国相信“巴基斯坦的核设施掌握在政府手里”。她同时说，巴基斯坦“需要常规武器”，美国“愿意帮助（巴基斯坦）获得”。
7月23日，美国中央司令部新任总司令约翰·阿比扎伊德（John Abizaid）访问伊斯兰堡并会晤穆沙拉夫，对巴基斯坦在反恐战争中的合作表示感谢。
7月25日，美国国会16名议员写信给总统布什，对巴基斯坦在不扩散、反恐和民主化等领域的进展表示关注。
7月29日，美国参谋长联席会议主席理查德·迈尔斯（Richard Myers）到达伊斯兰堡，他称，巴基斯坦军队“非常强大”；并称，美巴军事合作的未来“非常光明”。
8月4日，巴基斯坦总理贾迈利说，以巴基斯坦为基地的恐怖主义组织如“拉卡什民兵组织”已经被关闭，可以证明，巴基斯坦没有支持恐怖主义。
8月11日，在阿富汗的美国军队误炸了边界巡逻站的两名巴基斯坦士兵。
8月12日，巴基斯坦外长卡苏里（Khurshid Mehmood Kasuri）表示，巴基斯坦将派兵参加联合国支持的伊拉克稳定部队。
8月17日，据报道，巴基斯坦前总理谢里夫称大约有4000名巴基斯坦士兵在1999年卡吉尔冲突中死亡；他还说，这一冲突是巴基斯坦军队在他不知情的情况下策划和发动的。
8月19日，美国驻巴基斯坦大使南希·鲍威尔（Nancy Powell）称，巴基斯坦将获得6架C‐130军用运输机。
8月23日，8名美国议员在伊斯兰堡会见穆沙拉夫，他们获得保证，巴基斯坦将不允许在其领土上产生恐怖主义活动。
8月27日，国际原子能机构（IAEA）的一份报告指出，巴基斯坦的公司向伊朗刚刚开始的核武器项目提供了“关键的技术和部件”，巴基斯坦否认与伊朗有任何核合作。
8月30日，在阿富汗的美国军队发动了一次新的军事进攻，以打击在阿巴边界附近的塔利班武装。
9月5日，巴基斯坦与中国成立反恐联合工作小组。
9月10日，有报道援引中国官员的话说，中国西北地区的伊斯兰分离分子使用了“在巴基斯坦的几个训练营”。
9月11日，美国国防情报局（Defense Intelligence Agency）的解密文件显示，巴基斯坦情报机构在20世纪90年代向基地组织提供了物质援助。
9月15日，布什正式承认，巴基斯坦是世界上“主要的非法毒品生产或转运国家”之一。
9月16日，美巴防务协商小组（DCG）开始在华盛顿举行为期3天的会议。
9月23日，穆沙拉夫在纽约会见鲍威尔，称巴基斯坦将派兵前往伊拉克，如果这是联合国支持的维和部队的一部分，并且其他伊斯兰国家也参加的话。
9月24日，布什在纽约会见穆沙拉夫，敦促巴基斯坦避免在克什米尔和阿富汗的“跨境渗透”。穆沙拉夫在联大发言时批评“在印度占领下对克什米尔人民的难以忍受的镇压”。布什通知国会向巴基斯坦出售价值约2亿美元的武器，包括空中交通管制雷达和40架“铃407”（Bell 407）直升机，以加强巴基斯坦支持“持久自由行动”和确保边界安全的能力。
9月30日，美国副国务卿阿米蒂奇称，巴基斯坦安全部队的一部分人可能并不愿意与美国合作。