这不仅与其冷战时期的政策不同，也与克林顿第一任期时对印巴较为平衡的政策相异。其原因大致有以下几个方面：
第一，美国认为是巴基斯坦首先越过实控线，“巴基斯坦的部队及军事盟友处在实控线错误的位置”，[17]因此理应由巴基斯坦首先采取行动，撤回其部队。
第二，美国有情报表明巴基斯坦军队在准备使用核武器，“卡吉尔危机好像可怕的1914年，军队动员、灾难隐现”，[18]因此要向谢里夫施加压力，迫其做出正确的选择，避免最严重和最危险的后果。
第三，卡吉尔冲突正向对印有利的方面发展，印在常规力量上有优势，美国认为不可能说服印度首先采取行动，因此只是要求印度保持克制。
第四，在美印关系上得分。美国认为，“一旦（巴基斯坦）从卡吉尔撤退，我们将在印度获得更多的可信性（credibility）”，“总统打电话给瓦杰帕伊预先通知（美国与巴基斯坦达成的）声明”，[19]从中可以看出美国对印度的重视和倾斜。
自卡吉尔冲突后，美国的南亚政策，特别是在克什米尔问题上的政策出现重要调整，即认同《西姆拉协议》，要求尊重实际控制线；印巴通过直接对话来解决克什米尔问题，鼓励双方回到拉哈尔进程。
对巴基斯坦来说，卡吉尔是其对外战略失败的一个象征，因为巴基斯坦没有能预料到其在卡吉尔的行动招致的国际孤立和批评。美国学者阿什利·特利斯认为，巴基斯坦从卡吉尔危机中得到的最大教训是类似的行动有很高的政治风险，特别是巴基斯坦的国际声誉。[20]
巴基斯坦的军事政变明显违背了美国在该地区的“民主”利益和目标，因此美国对巴基斯坦实施了新一轮的制裁。巴基斯坦在国际社会更加孤立。但美国对巴基斯坦军事政策的反应总的来说是温和的，所以对穆沙拉夫也没有采取更进一步的行动。在要求巴基斯坦尽早恢复民主的同时，美国继续与巴基斯坦新领导人穆沙拉夫保持联系，对巴基斯坦采取建设性接触政策。这不仅因为巴基斯坦依然重要因而不能被忽视，而且因为在美国看来，穆沙拉夫虽然废除了民选政府，但他的政治观点总的来说还是温和的。如果穆沙拉夫下台，很有可能导致巴基斯坦陷于进一步的混乱。在美国学者看来，巴基斯坦是一个问题国家（aproblematic state），但不应被忽视。巴基斯坦的崩溃不符合美国的利益。[21]
第三节美国的克什米尔政策
克什米尔问题也许是世界上最困难的国际政治争端，因为“很少双边冲突像印度和巴基斯坦之间的克什米尔争端那样难以解决”。[22]冷战时期，尽管美国与巴基斯坦结成抗苏战略联盟，但自20世纪60年代早期以来，美国在克什米尔问题上一直缺乏卷入的动力，因为美国觉得这一问题既棘手又没有至关重要的利益。美国对克什米尔问题缺少兴趣有利于印度政府，因为它一直强烈反对外部力量的干预。冷战的结束，特别是通过1998年的核试、1999年的卡吉尔冲突和2000年的克林顿南亚之行，美国对克什米尔问题的看法和政策逐渐作出一些调整。1999年，在克什米尔山谷卡吉尔地区发生的冲突中，美国一改以前的中立和平衡政策，转而对巴基斯坦施加压力，采取有利于印度一方的立场和政策，这是对冷战时期美国克什米尔政策的一次超越。
一、冷战时期美国在克什米尔问题上的政策演变
冷战开始后，南亚这个“世界上最遥远的地区之一”[23]在美国对外战略中的地位并不突出，美国也没有多少可以用来处理印巴关系的人才和资源。[24]克什米尔冲突发生时，正是冷战开始之时。但是，美国并不愿意涉足这一问题。美国认为一旦卷入克什米尔问题，苏联也会跟进。但当时的杜鲁门政府也担心印巴之间的争端会导致战争从而危及美国在南亚次大陆有限的利益。美国最大的担心并不是印巴能否和如何解决其争端，而是担心这会严重影响地区稳定从而为苏联向南扩张其影响提供机会。“美国把克什米尔争端看成是与美国都有良好关系的两个国家之间的问题，而不涉及美国的关键利益。克什米尔似乎是一种地区争端，并且印度已提出建议全民公决作为解决的基础，联合国应该能解决。”[25]
因此，美国在克什米尔问题上的政策主要是与英国一起，通过联合国解决克什米尔问题，支持联合国1948年4月通过的决议，由联合国主持进行公民投票决定克什米尔的归属。当时，联合国安理会在讨论克什米尔问题时，美国和英国都不赞成一个独立的克什米尔，因为“除了担忧英属印度的巴尔干化（Balkanization），也担心因为克什米尔的政治和经济脆弱而战略位置重要，有可能导致共产主义的渗透和进一步增加地区的不稳定”。[26]美国的政策是要结束克什米尔争端给地区稳定造成的威胁，而不是站在印度或巴基斯坦的任何一方去谴责另一方。
但是，即使美国的这种立场也引起印度的强烈不满。印度指责联合国没有谴责巴基斯坦为侵略者，还把两国作为冲突中同等的双方。尼赫鲁认为美国在克什米尔问题上的立场是受与苏联对抗中的美国全球利益而不是冲突本身的影响，因此是“完全错误的”，“扮演了肮脏的角色”，美国的目的是“要在巴基斯坦获得军事和经济上的特权”。[27]
1949年1月，印巴双方接受停火。由于印度在战争中获得克什米尔的大部分土地，而穆斯林人口在其中又占多数，因此印度从最初提出变为反对进行全民公决，这一立场得到苏联的支持。另一方面，1954年，随着巴基斯坦与美国结成联盟，美国把克什米尔问题纳入冷战框架，开始从美国的全球战略和冷战角度处理克什米尔问题。美国与巴基斯坦结盟，是为遏制苏联的扩张，而不想与印度对立。不仅如此，美国还希望印度成为发展中国家实行民主的样板，而不希望在亚洲出现另一个共产主义大国，更不愿意把印度推入苏联的怀抱。
1965年，印巴再次因为克什米尔问题而发生战争。约翰逊政府同时对印度和巴基斯坦实行武器禁运，这又引起巴基斯坦的不满足，认为美国是一个“不可靠的朋友”。在巴基斯坦看来，与印度的对抗需要外界的支持。而在美国看来，以前的调停最后换来的还是战争，美国南亚政策的目标不是帮助巴基斯坦对抗印度，它有更大的目标即对抗苏联，而南亚并不是美苏争夺的主战场，而且美国正忙于准备自己的战争：越南战争。此后，美国逐渐淡出南亚，而让苏联去调停印巴之间的冲突。
1971年，印巴发生第三次战争，东巴基斯坦在印度的帮助下独立为孟加拉国。显然，这次战争不是为了克什米尔，尽管有学者认为是美国阻止了印度对西巴基斯坦的侵犯。1972年7月，印巴两国达成《西姆拉协议》，双方承诺尊重对方的领土完整，这一协议实际上把双方在克什米尔控制的现状固定化，并使克什米尔从一个国际社会广泛参与的国际问题变为有限的地区和双边问题。克什米尔地区形势也渐趋平静。1974年，美国对这一协议表示了支持，赞成印巴在《西姆拉协议》的基础上通过双边谈判解决克什米尔问题。这一基本政策立场一直延续到现在。
20世纪80年代，美国在克什米尔问题上表示出更积极的姿态。这可能有两个原因：第一，苏联入侵阿富汗使巴基斯坦再次成为“前线国家”，美国重新激活美巴战略同盟，向巴基斯坦提供了大量经济和军事援助，并支持穆斯林武装在阿富汗的抗苏活动。第二，印控克什米尔地区的伊斯兰分离主义势力不断上升，并得到巴基斯坦的支持和帮助。印控克什米尔地区的伊斯兰武装与印度安全部队之间冲突的升级使印度与巴基斯坦之间的紧张对立达到1971年以来最严重的程度。1990年5月，布什派遣副国家安全顾问罗伯特·盖茨（Robert Gates）作为特使访问新德里和伊斯兰堡，并在一定程度上缓和了两国在边界地区的紧张对立。
总之，克什米尔问题与冷战有一定的联系。冷战时期，美国和苏联分别向巴基斯坦和印度提供武装，在国际场合支持一方。但两个超级大国达成一种谅解，不让克什米尔冲突影响他们之间核心的战略关系。美国的克什米尔政策的目标是不让这一地区问题影响美国的全球目标。
二、冷战后美国在克什米尔问题上的政策选择
克林顿上任后的初期，把克什米尔视为印度、巴基斯坦和克什米尔人三方之间一块有争议的领土（disputed territory）。1993年5月，美国国务院南亚事务官员马洛在印度演讲时指出，关于克什米尔问题，“美国不会提出特别的解决方案，我们关注的是过程”。他进一步表明了美国在此问题上的原则立场：第一，实际控制线两边的所有克什米尔地区都是有争议的领土；第二，这是一个应由印度和巴基斯坦和平解决的问题，同时要考虑克什米尔人民，包括穆斯林和非穆斯林的愿望；第三，如果双方愿意，美国在这一过程中将提供帮助。[28]这一表态实际上是在印度和巴基斯坦之间保持了一种平衡。“克什米尔是有争议的领土”的立场显然对巴基斯坦有利；“通过双边渠道解决”是印度一直所主张的，但“要考虑克什米尔人民的愿望”却是印度不愿意听到的；“美国将提供帮助”是巴基斯坦希望看到的，但其前提是“双方愿意”，但印度显然不会满足这一前提。
1993年9月，克林顿在联合国大会发表演说时，把克什米尔与波黑、阿富汗等同视为国际热点问题。美国学者建议克林顿政府在克什米尔争端问题上也采取接触战略，其要点是：第一，继续公开劝告印巴两国就克什米尔问题举行对话；第二，私下积极推动新德里和伊斯兰堡恢复会谈，为双方建立非正式的沟通渠道；第三，相对于克什米尔及其居民的最终地位问题，有一些问题比克什米尔争端的这一核心问题较易得到解决，如减少跨越实控线的事件、改善印控和巴控克什米尔地区之间的经济关系等，美国可为双方就这些问题达成协议提供协调和帮助；第四，任命一位克什米尔问题的特别协调员，并推动第二轨道外交。[29]1994年3月和4月，助理国务卿拉斐尔和副国务卿塔尔博特分别访问了南亚。此后，美国调整了其南亚的政策，淡化敏感的克什米尔问题。
1995年3月，拉斐尔在参议院对外关系委员会近东和南亚事务小组委员会出席听证会时，对美国的南亚政策进行了说明，关于克什米尔，她提出美国的几个政策要点：第一，“克什米尔争端的解决要通过印度和巴基斯坦之间的直接对话，同时要有克什米尔人民的参与”。第二，“解决的前景在很大程度上有赖于印度安全部队增加对人权的尊重和结束外部对武装分子的支持”。第三，“如果印度和巴基斯坦提出要求，美国将对这一进程提供帮助。巴基斯坦已经提出这样的要求，但印度没有，因此美国的直接参与是有限的。美国对这一冲突没有偏向性的结果，但这种解决对长期稳定是非常关键的。”[30]
1995年12月6日，拉斐尔在众议院国际关系委员会亚太小组委员会出席听证会时又提出，“我们要求印度采取必要的步骤使克什米尔人参与关于未来前途的对话。我们一再要求巴基斯坦停止对克什米尔武装分子的物质援助作为缓和紧张的一步。我们还同克什米尔领导人接触以努力使他们建设性地思考政治解决办法。”[31]但她认为“美国不再认为具有通过全民公决解决克什米尔问题的可能性”。
可见，克林顿政府上台后，在克什米尔问题上表现得更为积极，特别关注印控克什米尔地区的人权问题，并对克什米尔并入印度的合法性表示疑问，同时要求让克什米尔人民更积极地参与未来谈判。但在克林顿政府的第二任期，美国的南亚政策有一个较大的变化，更倾向于与印度发展，并把克什米尔地区武装分子的暴力活动与美国的安全联系在一起。
1999年卡吉尔冲突期间，美国再次从中调解。与前几次不同的是，美国这一次明显站在印度一边，这不仅与冲突的起因即巴基斯坦首先采取军事行动有关，更与冷战后美国南亚政策的调整即向印度倾斜有关。美国的这次调解的强度也是前所未有的。这是因为冲突双方已是拥有核武器的国家，冲突的升级将导致核战争的发生。
1999年7月4日，在克林顿与谢里夫发表的联合声明中，美国正式表明其克什米尔政策的核心是：尊重实际控制线。2000年3月，克林顿在访问巴基斯坦时，再次表明美国的立场：美国将尽一切努力避免因克什米尔争端造成的冲突及其升级，但不会出面斡旋或解决克什米尔争端本身。克什米尔问题只能由双方通过对话和谈判解决，美国的作用限于为这种对话和谈判创造条件，但不会参加到对话和谈判过程中去。而这种对话和谈判的前提和基础是尊重实际控制线和《西姆拉协议》。美国众议院国际关系委员会主席、共和党人海德（Henry J.Hyde）认为，在克什米尔问题上，美国更愿意成为经纪人，而不是调停者或介入者。